我也来讲讲我眼中数学家对生物现象的理解 - 未名空间MITBBS历史存档

我也来讲讲我眼中数学家对生物现象的理解# Biology - 生物学

D*62012-08-29 07:08

1 楼

I am a completely new user to iPhone, I've used only Android previously, so
don't laugh at me if my questions is too stupid for you. :-)
I just bought a new iPhone 5s at T-Mobile local store last weekend, and am
feeling it good. However, I still haven't figured out how to 中文输入 for
messages, WeChat, WhatsApp, Search, YouTube, ... I just downloaded 搜狗输入
板, but how can I embed it into the input keyboard? I just want to add the
中文输入 function option while keeping the entire iPhone still in English
structure. I know how to do it in Android, but I don't know how to do it in
iPhone, and I'd appreciate anyone's help if you would help me, thanks! :-)

b*r2012-08-29 07:08

2 楼

我也来讲讲我眼中数学家对生物现象的理解，不一定对。
我觉得生物现象确实是可以用数学描述的，打个比方用个回归方程归纳已有现象，并预
测一个实验结果。生物学家根据自己的以往经验认为，如果希望预测准确程度达到95%
以上，可能需要100个项，每个项的系数都不小，都有可能对最终结果产生黑白颠倒的
影响，当然也有可能其中一些项是无关紧要的，但是现在未知的东西太多，只好都放在
回归方程里面。现在数学家来了，对于这100项里的95项都既看不懂也觉得太麻烦，然
后强行要剔除其中95个项来做一个漂亮好算的回归方程，然后觉得生物学家总是关注细
枝末节，连自己都说不清楚的东西放进去干嘛。什么东西还搞不清楚，就来个
assumption不就解决了嘛！
最后的结果呢，确实修正来修正去搞出来一个回归方程，只有5个项，看起来简洁漂亮
，算法也极其fancy，关键是确实可以完美拟合现有的数据，发表了高分的文章。但是
。。。接下来其他生物学家再照着套新数据就歇菜了，根本就预测不准现实生活中的生
物现象，这个方程也就进了垃圾堆。或者也有可能，那一堆assumption实际上在生物体
中根本就不成立，局限性大得已经无法接受，只是审稿的人并不理解这一点。
打个比方，刚才艳阳天帖子里那个数学模型预测微管运动的，微管上面那么多化学修饰
，外界的环境变化那么多，随便一个事件可能就啪的一下，整个微管都解体了，你说怎
么个搞个简单准确的数学模型预测生物体内微管的运动。

D*32012-08-29 07:08

3 楼

iPhone自带中文输入，去设置，general，里面添加中文键盘

so
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6

【在 D******6 的大作中提到】

: I am a completely new user to iPhone, I've used only Android previously, so
: don't laugh at me if my questions is too stupid for you. :-)
: I just bought a new iPhone 5s at T-Mobile local store last weekend, and am
: feeling it good. However, I still haven't figured out how to 中文输入 for
: messages, WeChat, WhatsApp, Search, YouTube, ... I just downloaded 搜狗输入
: 板, but how can I embed it into the input keyboard? I just want to add the
: 中文输入 function option while keeping the entire iPhone still in English
: structure. I know how to do it in Android, but I don't know how to do it in
: iPhone, and I'd appreciate anyone's help if you would help me, thanks! :-)

N*n2012-08-29 07:08

4 楼

是呀，不过能通过review panel 发表或者拿到钱就成功了。

【在 b****r 的大作中提到】

: 我也来讲讲我眼中数学家对生物现象的理解，不一定对。
: 我觉得生物现象确实是可以用数学描述的，打个比方用个回归方程归纳已有现象，并预
: 测一个实验结果。生物学家根据自己的以往经验认为，如果希望预测准确程度达到95%
: 以上，可能需要100个项，每个项的系数都不小，都有可能对最终结果产生黑白颠倒的
: 影响，当然也有可能其中一些项是无关紧要的，但是现在未知的东西太多，只好都放在
: 回归方程里面。现在数学家来了，对于这100项里的95项都既看不懂也觉得太麻烦，然
: 后强行要剔除其中95个项来做一个漂亮好算的回归方程，然后觉得生物学家总是关注细
: 枝末节，连自己都说不清楚的东西放进去干嘛。什么东西还搞不清楚，就来个
: assumption不就解决了嘛！
: 最后的结果呢，确实修正来修正去搞出来一个回归方程，只有5个项，看起来简洁漂亮

D*62012-08-29 07:08

5 楼

OK, got it, thanks!

【在 D*****3 的大作中提到】

: iPhone自带中文输入，去设置，general，里面添加中文键盘
:
: so
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6

V*n2012-08-29 07:08

6 楼

简言之，就是用有限的参数无法模拟复杂的生命现象以及背后近似无限的调控因素。

d*r2012-08-29 07:08

7 楼

做数学模型的原因恰恰是因为人们相信复杂的生命现象背后的控制因素是有限的。。

【在 V********n 的大作中提到】

: 简言之，就是用有限的参数无法模拟复杂的生命现象以及背后近似无限的调控因素。

d*r2012-08-29 07:08

8 楼

I would rather quit biology research if that's the goal

【在 N******n 的大作中提到】

: 是呀，不过能通过review panel 发表或者拿到钱就成功了。

M*P2012-08-29 07:08

9 楼

你对数学家的理解完全错误。

★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器

【在 b****r 的大作中提到】

: 我也来讲讲我眼中数学家对生物现象的理解，不一定对。
: 我觉得生物现象确实是可以用数学描述的，打个比方用个回归方程归纳已有现象，并预
: 测一个实验结果。生物学家根据自己的以往经验认为，如果希望预测准确程度达到95%
: 以上，可能需要100个项，每个项的系数都不小，都有可能对最终结果产生黑白颠倒的
: 影响，当然也有可能其中一些项是无关紧要的，但是现在未知的东西太多，只好都放在
: 回归方程里面。现在数学家来了，对于这100项里的95项都既看不懂也觉得太麻烦，然
: 后强行要剔除其中95个项来做一个漂亮好算的回归方程，然后觉得生物学家总是关注细
: 枝末节，连自己都说不清楚的东西放进去干嘛。什么东西还搞不清楚，就来个
: assumption不就解决了嘛！
: 最后的结果呢，确实修正来修正去搞出来一个回归方程，只有5个项，看起来简洁漂亮

b*r2012-08-29 07:08

10 楼

多打几个字就这么难
发个帖一点营养都没有

【在 M*P 的大作中提到】

: 你对数学家的理解完全错误。
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器

b*r2012-08-29 07:08

11 楼

你为什么会觉得有人会认为生命后面的控制因素是无限的？

【在 d*****r 的大作中提到】

: 做数学模型的原因恰恰是因为人们相信复杂的生命现象背后的控制因素是有限的。。

N*n2012-08-29 07:08

12 楼

这个也不容易，是很不容易。

【在 d*****r 的大作中提到】

: I would rather quit biology research if that's the goal

d*s2012-08-29 07:08

13 楼

搞回归方程什么的，弄简化模型描述什么的都是物理学家做的事情吧。
数学家要处理的问题应该是别人给抽象好的吧

【在 b****r 的大作中提到】

: 我也来讲讲我眼中数学家对生物现象的理解，不一定对。
: 我觉得生物现象确实是可以用数学描述的，打个比方用个回归方程归纳已有现象，并预
: 测一个实验结果。生物学家根据自己的以往经验认为，如果希望预测准确程度达到95%
: 以上，可能需要100个项，每个项的系数都不小，都有可能对最终结果产生黑白颠倒的
: 影响，当然也有可能其中一些项是无关紧要的，但是现在未知的东西太多，只好都放在
: 回归方程里面。现在数学家来了，对于这100项里的95项都既看不懂也觉得太麻烦，然
: 后强行要剔除其中95个项来做一个漂亮好算的回归方程，然后觉得生物学家总是关注细
: 枝末节，连自己都说不清楚的东西放进去干嘛。什么东西还搞不清楚，就来个
: assumption不就解决了嘛！
: 最后的结果呢，确实修正来修正去搞出来一个回归方程，只有5个项，看起来简洁漂亮

a*n2012-08-29 07:08

14 楼

回归方程不准确要么是他没有validation
要么是新的数据限定条件跟原方程限定条件不一样
这只能说他的定律应用范围不够广，就像牛顿定律不适用于围观现象一样，没设么稀奇
的

D*a2012-08-29 07:08

15 楼

相信因素是有限的，和相信有限个因素各个优先级不一样，再和相信自己的方程包含了
所有重要因素是好几码子事

【在 d*****r 的大作中提到】

: 做数学模型的原因恰恰是因为人们相信复杂的生命现象背后的控制因素是有限的。。

s*y2012-08-29 07:08

16 楼

我来提供统计学家的rebuttal，尽管我不是统计学家，呵呵
（1）统计模型帮你在很多变量中找到最重要的变量。也有可能帮你找到causal的变量
（改变这些变量的值，因变量的值也会随之改变。例如发现增加变量5的值，微管运
动加快，但这一点争议恒大）。不管怎么说，早稻少的变量来描述因变量提供了这
些变量的统计意义，统计意义可以独立于生物依依并有助于对问题的理解。
（2) 统计模型可不只是fitting data. 统计理论中很重要的一部分是如何防治
overfitting. 也就是说一个好的统计模型最重要的是对将来数据的预测。微管都没了
，怎么还有将来数据？这一点我就不展开来说了，有待其他统计天牛善良登场。

b*r2012-08-29 07:08

17 楼

你的前面两句话我完全同意
不同意的是你最后一句，觉得“没什么稀奇的”
现在问题是由于生物体的过于复杂，现有的数学模型都过于简化了，所以适应范围不是
不够广，而是窄到几乎没有意义，窄到现实中几乎找不到几个可以应用的地方
要是真的像牛顿定理一样，对于整个宏观世界都基本描述预测准确，而且要别人上百年
才发现其不精确的地方，没有任何人会抱怨的

【在 a*******n 的大作中提到】

: 回归方程不准确要么是他没有validation
: 要么是新的数据限定条件跟原方程限定条件不一样
: 这只能说他的定律应用范围不够广，就像牛顿定律不适用于围观现象一样，没设么稀奇
: 的

z*t2012-08-29 07:08

18 楼

赞同这一点
关于方法论基本不懂随便胡说几句：）
但因为模型往往是实际现象的简化，新的发现总能加入新的控制因素推翻或者改变模型
生物和物理基本上都是模型思维只不过生物体的处理中存在一定的模糊性

【在 d*****r 的大作中提到】

: 做数学模型的原因恰恰是因为人们相信复杂的生命现象背后的控制因素是有限的。。

u*d2012-08-29 07:08

19 楼

我也相信

【在 d*****r 的大作中提到】

: 做数学模型的原因恰恰是因为人们相信复杂的生命现象背后的控制因素是有限的。。

b*r2012-08-29 07:08

20 楼

当然是有限的
但是说到底，这个就是个重点和次重点的问题。我觉得现在要推进对生物的理解，先要
重视的是生物技术，其次才是数学模拟。首先要把把生物体先描述清楚，其次才可能找
到比较简单明白的部分，尝试用数学解决。现在离描述清楚还差得十万八千里呢
我觉得研究生物就像研究一块外星人留下来的电路板（当然实际上比现有人类的电路板
要复杂几个数量级）
现在这块电路板坏了，当从A端输入信号1的时候，本来应该在B端产生0的应答。现在变
成产生1的应答。A到B中间如果隔了只有几十层几百层，用数学物理模拟可能还是有机
会搞明白，但是生物的读入和读出点往往隔了可能几百万，几百亿甚至更多层（人体有
几亿亿个细胞，而每个细胞的结构和功能比人类最复杂的化工厂还复杂），但是任何一
个细胞都完全有可能对任何另一个细胞的命运做出决定性的控制。关键是这种控制的方
式可能又有成百上千种，比如分泌各种可溶性信号蛋白、释放离子、放电、物理接触等
等，而不是简单物理世界里粒子和粒子之间那四种作用力就差不多了，更不是电路板里
一个电流一束光就行了
你现在还觉得目前阶段，用数学建模的方法对解决生命本质问题很有希望吗

【在 u**********d 的大作中提到】

: 我也相信

c*32012-08-29 07:08

21 楼

生命体本身是有规律，但是并不见得符合数学模型的规律。
生物进化，难道还要知道数学模型，按照数学模型去进化。
真有上帝创造地球生命，或者地球生命是非常高科技水平生物创造的，人家的技术也不
见得是以数学模型为基础的。
现在这种把非线性系统，都向数学模型上套的做法，就是古代的八股. 生物这么多投入
，还这么失败，让搞得人灰心丧气，其实已经证明，现在的方向是错误的。这就像计算
机里的人工智能，一定非要把智能系统，向数学模型上套，也是彻底的失败

【在 d*****r 的大作中提到】

: 做数学模型的原因恰恰是因为人们相信复杂的生命现象背后的控制因素是有限的。。

l*y2012-08-29 07:08

22 楼

专程来赞一下这一句。
科学的两个基本的 hypotheses 就是：世界是有规律的；这种规律是可以被人类认识的。
无限的调控因素是客观事实，但是却不会导致系统过于复杂以至于无法用数学模型来模
拟，否则这个系统就不可能作为科学研究的合格对象。
就像研究炮弹的弹轨，虽然每一个空气分子都是调节因素，但依然可以相当好地用数学
模型来模拟。
再比如高分子物理领域，一个系统里基本上没有几条一模一样的高分子链，但是数学模
型却可以相当好地描述其性质和行为。
另外，并非所有的数学模型都是机理模型。半机理模型和经验模型相当多。事实上，大
部分实际应用的模型都属于后两者。

【在 d*****r 的大作中提到】

: 做数学模型的原因恰恰是因为人们相信复杂的生命现象背后的控制因素是有限的。。

l*y2012-08-29 07:08

23 楼

这个我以前写过一个读书笔记，讨论的 Uri Alon 的那本 An introduction to
systems biology 的教材的最后一章。Alon 很令人信服地讨论了为什么生物体系的规
律是简单并且可以被人类理解的，原因恰恰是进化压力导致“复杂”系统更容易被淘汰
，而模块化才更适应进化。

【在 c****3 的大作中提到】

: 生命体本身是有规律，但是并不见得符合数学模型的规律。
: 生物进化，难道还要知道数学模型，按照数学模型去进化。
: 真有上帝创造地球生命，或者地球生命是非常高科技水平生物创造的，人家的技术也不
: 见得是以数学模型为基础的。
: 现在这种把非线性系统，都向数学模型上套的做法，就是古代的八股. 生物这么多投入
: ，还这么失败，让搞得人灰心丧气，其实已经证明，现在的方向是错误的。这就像计算
: 机里的人工智能，一定非要把智能系统，向数学模型上套，也是彻底的失败

l*y2012-08-29 07:08

24 楼

我认为，数学建模是人类理解生命本质的必由之路。新的发现未必需要数学建模，但是
对重大生物问题的理解，一定要在数学模型的层面 -- 虽然很多人并没有意识到自己是
在这个层面。太多人把数学模型理解为一堆定量的公式 -- 那个叫数学工具；或者一堆
描述关系的公式 -- 那个叫数学语言。数学模型中最重要的是其背后的东西：从数学思
想上对系统的理解和认识。
比如说去年还是前年的那篇讲不同 genes 的 mRNAs 是如何通过竞争 miRNA 来互相调
控彼此的表达的，那就是一个典型的数学模型。
建议大家经常问自己两个问题：我的生物问题是什么？我的数学问题是什么？当然了，
最好在加一个问题：我的哲学问题是什么？

【在 b****r 的大作中提到】

: 当然是有限的
: 但是说到底，这个就是个重点和次重点的问题。我觉得现在要推进对生物的理解，先要
: 重视的是生物技术，其次才是数学模拟。首先要把把生物体先描述清楚，其次才可能找
: 到比较简单明白的部分，尝试用数学解决。现在离描述清楚还差得十万八千里呢
: 我觉得研究生物就像研究一块外星人留下来的电路板（当然实际上比现有人类的电路板
: 要复杂几个数量级）
: 现在这块电路板坏了，当从A端输入信号1的时候，本来应该在B端产生0的应答。现在变
: 成产生1的应答。A到B中间如果隔了只有几十层几百层，用数学物理模拟可能还是有机
: 会搞明白，但是生物的读入和读出点往往隔了可能几百万，几百亿甚至更多层（人体有
: 几亿亿个细胞，而每个细胞的结构和功能比人类最复杂的化工厂还复杂），但是任何一

c*32012-08-29 07:08

25 楼

其实最后是个哲学问题。
你要是相信这个世界是非线性的，以此为哲学，就不会非要什么问题都套数学模型了。
如果相信这个世界是线性的，就像现在的科学信仰，那倒是会去套数学模型。
问题是这个世界是线性的吗，就算原来认为是线性的数学物理，到微观也成非线性的了。
人类的文明这么低级，5000年里只有这200年好歹算现代文明。如果真有其他外星先进
文明，这点时间根本不值一提。但是如果生物的大方向错了，是根本不可能有成果的。

【在 l***y 的大作中提到】

: 这个我以前写过一个读书笔记，讨论的 Uri Alon 的那本 An introduction to
: systems biology 的教材的最后一章。Alon 很令人信服地讨论了为什么生物体系的规
: 律是简单并且可以被人类理解的，原因恰恰是进化压力导致“复杂”系统更容易被淘汰
: ，而模块化才更适应进化。

l*y2012-08-29 07:08

26 楼

非线性模型也是数学模型啊。

了。

【在 c****3 的大作中提到】

: 其实最后是个哲学问题。
: 你要是相信这个世界是非线性的，以此为哲学，就不会非要什么问题都套数学模型了。
: 如果相信这个世界是线性的，就像现在的科学信仰，那倒是会去套数学模型。
: 问题是这个世界是线性的吗，就算原来认为是线性的数学物理，到微观也成非线性的了。
: 人类的文明这么低级，5000年里只有这200年好歹算现代文明。如果真有其他外星先进
: 文明，这点时间根本不值一提。但是如果生物的大方向错了，是根本不可能有成果的。

c*32012-08-29 07:08

27 楼

非要牵强附会，什么东西都能和数学模型拉上关系。但这是自己骗自己。
就像生物进化，影响的因素无数，包括行星撞地球这种偶然事件。并不是最适合的生物
的才能生存的。非要说生物进化是朝着符合数学模式的方向发展，纯属一厢情愿。生物
就不这样进化，你能有什么办法。

【在 l***y 的大作中提到】

: 非线性模型也是数学模型啊。
:
: 了。

l*y2012-08-29 07:08

28 楼

这都是什么啊。。。继续写我的非线性的 modeling paper 去了。。。

【在 c****3 的大作中提到】

: 非要牵强附会，什么东西都能和数学模型拉上关系。但这是自己骗自己。
: 就像生物进化，影响的因素无数，包括行星撞地球这种偶然事件。并不是最适合的生物
: 的才能生存的。非要说生物进化是朝着符合数学模式的方向发展，纯属一厢情愿。生物
: 就不这样进化，你能有什么办法。

p*62012-08-29 07:08

29 楼

非常同意你说的。
我认为所有PhD学生都应该经常问自己：我的哲学问题是什么？这样才对得起自己的学
位。

【在 l***y 的大作中提到】

: 我认为，数学建模是人类理解生命本质的必由之路。新的发现未必需要数学建模，但是
: 对重大生物问题的理解，一定要在数学模型的层面 -- 虽然很多人并没有意识到自己是
: 在这个层面。太多人把数学模型理解为一堆定量的公式 -- 那个叫数学工具；或者一堆
: 描述关系的公式 -- 那个叫数学语言。数学模型中最重要的是其背后的东西：从数学思
: 想上对系统的理解和认识。
: 比如说去年还是前年的那篇讲不同 genes 的 mRNAs 是如何通过竞争 miRNA 来互相调
: 控彼此的表达的，那就是一个典型的数学模型。
: 建议大家经常问自己两个问题：我的生物问题是什么？我的数学问题是什么？当然了，
: 最好在加一个问题：我的哲学问题是什么？

p*62012-08-29 07:08

30 楼

到底知不知道什么叫建模，什么叫线性什么叫非线性？

【在 c****3 的大作中提到】

: 非要牵强附会，什么东西都能和数学模型拉上关系。但这是自己骗自己。
: 就像生物进化，影响的因素无数，包括行星撞地球这种偶然事件。并不是最适合的生物
: 的才能生存的。非要说生物进化是朝着符合数学模式的方向发展，纯属一厢情愿。生物
: 就不这样进化，你能有什么办法。

c*32012-08-29 07:08

31 楼

就像经济学家觉得用股市数学模型可以炒股一样，最后是输钱

【在 p********6 的大作中提到】

: 到底知不知道什么叫建模，什么叫线性什么叫非线性？

a*n2012-08-29 07:08

32 楼

这怎么叫牵强附会呢？
非线性的东西本来就是数学研究的内容，只不过它的解没线性那么直观简单而已

【在 c****3 的大作中提到】

: 非要牵强附会，什么东西都能和数学模型拉上关系。但这是自己骗自己。
: 就像生物进化，影响的因素无数，包括行星撞地球这种偶然事件。并不是最适合的生物
: 的才能生存的。非要说生物进化是朝着符合数学模式的方向发展，纯属一厢情愿。生物
: 就不这样进化，你能有什么办法。

w*x2012-08-29 07:08

33 楼

宇宙万物不是deterministic的并不代表数学不能用来描述它。。。
典型如non-deterministic图灵机

u*d2012-08-29 07:08

34 楼

我的原话是我“相信复杂的生命现象背后的控制因素是有限的”，而你也同意这点。
我是做生化的，怯于杀老鼠，对在老鼠尸体里找东西束手无策，对建模对概率更不甚了
了。仅就我自己的研究而言，我认为最迫切的需要的确是生物技术的突破，例如尽量准
确地定义细胞状态，尽量全面而精确地描述细胞成分的变化，尽量高通量地筛选影响细
胞状态的元素。但是我在一些高通量数据的处理上依赖生物信息学的合作者，沟通也很
吃力。也许RNA-seq,ChIP-seq,Mass Spectrum,microfluidic chip+单细胞操作等等这
些现在已经开始流行的技术很快就会像western blot和qPCR一样普及，对数据处理能力
的要求会更高。
数学除了帮助我们处理数据，能不能自己开辟一个领地来解释生命现象呢？至少图灵的
工作是被人广泛肯定的，我相信有更多的例子，但是了解有限。
你的反对意见主要还是基于生物系统的极端复杂性，但是这个问题对于实验生物学同样
存在：一般情况下，一个PHD几年时间只能建立一种细胞状态下两个蛋白间的关系，何
年何月才能把这几万万几亿亿的关系都解开？显然这些关系是有主次之分的。不管是我
们做实验的，还是数学建模的，现在走极端互相鄙视，都是没有充分理由的。

【在 b****r 的大作中提到】

: 当然是有限的
: 但是说到底，这个就是个重点和次重点的问题。我觉得现在要推进对生物的理解，先要
: 重视的是生物技术，其次才是数学模拟。首先要把把生物体先描述清楚，其次才可能找
: 到比较简单明白的部分，尝试用数学解决。现在离描述清楚还差得十万八千里呢
: 我觉得研究生物就像研究一块外星人留下来的电路板（当然实际上比现有人类的电路板
: 要复杂几个数量级）
: 现在这块电路板坏了，当从A端输入信号1的时候，本来应该在B端产生0的应答。现在变
: 成产生1的应答。A到B中间如果隔了只有几十层几百层，用数学物理模拟可能还是有机
: 会搞明白，但是生物的读入和读出点往往隔了可能几百万，几百亿甚至更多层（人体有
: 几亿亿个细胞，而每个细胞的结构和功能比人类最复杂的化工厂还复杂），但是任何一

m*52012-08-29 07:08

35 楼

如果相信是无限的，你干脆去信上帝得了，搞个屁的科研...
科研的目的就是从看似无限的变化中寻找有限的调控因素

【在 V********n 的大作中提到】

: 简言之，就是用有限的参数无法模拟复杂的生命现象以及背后近似无限的调控因素。

c*32012-08-29 07:08

36 楼

生物的进化发展，某种程度就像人类的行为，人类社会的发展。
人类因为自己最了解自己，知道自己为什么有这样的行为，驱动力是什么，社会为什么
这么演化。你可以去用数学模式描述人类行为和社会规律，但就算你很了解自己，也很
难用数学模式描述人类的行为，解决社会问题。
细胞可以也是自我组织，有内在行为的驱动力，这是规律只不过我们不了解。在不了解
微观生物规律的情况下，去用数学描述和解决问题，还效果还不达不到数学解决人类社
会问题的效果。
生物是有自己的规律，但生物的规律不见得遵从数学模式描述的形势。如果生物遵从某
种简单数学模式，生物的多样性就很难存在了。

【在 w***x 的大作中提到】

: 宇宙万物不是deterministic的并不代表数学不能用来描述它。。。
: 典型如non-deterministic图灵机

z*t2012-08-29 07:08

37 楼

赞同这一点
关于方法论基本不懂随便胡说几句：）
但因为模型往往是实际现象的简化，新的发现总能加入新的控制因素推翻或者改变模型
生物和物理基本上都是模型思维只不过生物体的处理中存在一定的模糊性

【在 d*****r 的大作中提到】

: 做数学模型的原因恰恰是因为人们相信复杂的生命现象背后的控制因素是有限的。。

b*r2012-08-29 07:08

38 楼

没错，一个PHD几年时间只能建立一种细胞状态下两个蛋白间的关系，所以你说基于这
么少量的，稀疏的data去建模，大部分时候不会是非常非常不靠谱吗

【在 u**********d 的大作中提到】

: 我的原话是我“相信复杂的生命现象背后的控制因素是有限的”，而你也同意这点。
: 我是做生化的，怯于杀老鼠，对在老鼠尸体里找东西束手无策，对建模对概率更不甚了
: 了。仅就我自己的研究而言，我认为最迫切的需要的确是生物技术的突破，例如尽量准
: 确地定义细胞状态，尽量全面而精确地描述细胞成分的变化，尽量高通量地筛选影响细
: 胞状态的元素。但是我在一些高通量数据的处理上依赖生物信息学的合作者，沟通也很
: 吃力。也许RNA-seq,ChIP-seq,Mass Spectrum,microfluidic chip+单细胞操作等等这
: 些现在已经开始流行的技术很快就会像western blot和qPCR一样普及，对数据处理能力
: 的要求会更高。
: 数学除了帮助我们处理数据，能不能自己开辟一个领地来解释生命现象呢？至少图灵的
: 工作是被人广泛肯定的，我相信有更多的例子，但是了解有限。

b*r2012-08-29 07:08

39 楼

我其实一开始就不否认数学建模在生物研究中能起到一定的作用，但是看问题还是有个
主次，比方说不能因为一个懒人干了一件事就说他不是懒人。RNA相互调控这样的例子
当然不错，但是出不了多少的
或者换个比方，你要让500年的数学家物理学家研究有机化学，他们可能偶尔碰巧有些
有意思的想法，甚至对后世有些重要的提示作用，但是总的来说，不管他们怎么努力，
还是基本在瞎折腾。不等到炼金士和化学家们反反复复做无数实验积累无数实验现象，
数学家物理学家的知识怎么样也不会在这个领域有多少作为。但是你看现在，就可以用
很精确的数学语言描述化学反应的过程和小分子的结构和反应过程，甚至可以直接设计
各种有机小分子
类似的，我看也得再让生物学家们好好折腾几十上百年，数学家们才会在生物领域大有
作为，现在嘛，还早得很

【在 l***y 的大作中提到】

: 我认为，数学建模是人类理解生命本质的必由之路。新的发现未必需要数学建模，但是
: 对重大生物问题的理解，一定要在数学模型的层面 -- 虽然很多人并没有意识到自己是
: 在这个层面。太多人把数学模型理解为一堆定量的公式 -- 那个叫数学工具；或者一堆
: 描述关系的公式 -- 那个叫数学语言。数学模型中最重要的是其背后的东西：从数学思
: 想上对系统的理解和认识。
: 比如说去年还是前年的那篇讲不同 genes 的 mRNAs 是如何通过竞争 miRNA 来互相调
: 控彼此的表达的，那就是一个典型的数学模型。
: 建议大家经常问自己两个问题：我的生物问题是什么？我的数学问题是什么？当然了，
: 最好在加一个问题：我的哲学问题是什么？

l*s2012-08-29 07:08

40 楼

I am afraid that if the public does realize how daunting the task is, nobody
would want to invest in basic research anymore.

【在 b****r 的大作中提到】

: 我其实一开始就不否认数学建模在生物研究中能起到一定的作用，但是看问题还是有个
: 主次，比方说不能因为一个懒人干了一件事就说他不是懒人。RNA相互调控这样的例子
: 当然不错，但是出不了多少的
: 或者换个比方，你要让500年的数学家物理学家研究有机化学，他们可能偶尔碰巧有些
: 有意思的想法，甚至对后世有些重要的提示作用，但是总的来说，不管他们怎么努力，
: 还是基本在瞎折腾。不等到炼金士和化学家们反反复复做无数实验积累无数实验现象，
: 数学家物理学家的知识怎么样也不会在这个领域有多少作为。但是你看现在，就可以用
: 很精确的数学语言描述化学反应的过程和小分子的结构和反应过程，甚至可以直接设计
: 各种有机小分子
: 类似的，我看也得再让生物学家们好好折腾几十上百年，数学家们才会在生物领域大有

w*i2012-08-29 07:08

41 楼

咱做生物的有没有和炼金士对应的高级说法？

【在 b****r 的大作中提到】

: 我其实一开始就不否认数学建模在生物研究中能起到一定的作用，但是看问题还是有个
: 主次，比方说不能因为一个懒人干了一件事就说他不是懒人。RNA相互调控这样的例子
: 当然不错，但是出不了多少的
: 或者换个比方，你要让500年的数学家物理学家研究有机化学，他们可能偶尔碰巧有些
: 有意思的想法，甚至对后世有些重要的提示作用，但是总的来说，不管他们怎么努力，
: 还是基本在瞎折腾。不等到炼金士和化学家们反反复复做无数实验积累无数实验现象，
: 数学家物理学家的知识怎么样也不会在这个领域有多少作为。但是你看现在，就可以用
: 很精确的数学语言描述化学反应的过程和小分子的结构和反应过程，甚至可以直接设计
: 各种有机小分子
: 类似的，我看也得再让生物学家们好好折腾几十上百年，数学家们才会在生物领域大有

c*32012-08-29 07:08

42 楼

所以要大规模计算么

b*r2012-08-29 07:08

43 楼

好像没有，不过那些特会忽悠的大牛们我看和炼金士挺对应的

【在 w****i 的大作中提到】

:
: 咱做生物的有没有和炼金士对应的高级说法？