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全基因组甲基化数据如何分析？

全基因组甲基化数据如何分析？# Biology - 生物学

B*S2012-10-06 07:10

1 楼

业界的人说说

b*72012-10-06 07:10

2 楼

阿

l*i2012-10-06 07:10

3 楼

现在得到一些candidate genes，这些基因的转录调控和可能与DNA甲基化有关。能否把
这些基因放在一起分析，如何量化不同细胞内这些基因的甲基化水平？

T*i2012-10-06 07:10

4 楼

当然有

【在 B****S 的大作中提到】

: 业界的人说说

s*s2012-10-06 07:10

5 楼

多少细胞多少基因啊？做pcr的或者whole genome的bisulfite seq

【在 l*******i 的大作中提到】

: 现在得到一些candidate genes，这些基因的转录调控和可能与DNA甲基化有关。能否把
: 这些基因放在一起分析，如何量化不同细胞内这些基因的甲基化水平？

B*S2012-10-06 07:10

6 楼

IBM的research有目共睹，烧钱也是大手笔。但是intel好像没看到。
可能IBM的牛人很多，虽然烧钱，还是出了不少东西。intel烧不起。

【在 T*******i 的大作中提到】

: 当然有

l*i2012-10-06 07:10

7 楼

两种细胞，一个正常细胞，一个是癌细胞株。现在得到70多个candidates，与某种现象
有很强的相关性，而且在癌细胞株中全部高表达。简单地在UCSC browser里看了一下，
在癌细胞株中，这些基因的启动子区似乎hypomethylation。我现在想把甲基化的数据
量化、图示话，最好能cluster。

【在 s******s 的大作中提到】

: 多少细胞多少基因啊？做pcr的或者whole genome的bisulfite seq

y*a2012-10-06 07:10

8 楼

也请同时说说在Intel工作到底是个什么水平，和其它大公司比

【在 B****S 的大作中提到】

: 业界的人说说

g*y2012-10-06 07:10

9 楼

are these genes related to cell cycle?

f*r2012-10-06 07:10

10 楼

Intel has a microprocessor lab in hilsboro, oregan
My shi xiong has interned there. He said people jokes about things and he is
not sure whether they are making of him or just joking... don't like those
ppl

s*s2012-10-06 07:10

11 楼

不知道怎么cluster. 2kb upstream TSS, 分20个bin, 平均一下，做两个curve不就行
了？

【在 l*******i 的大作中提到】

: 两种细胞，一个正常细胞，一个是癌细胞株。现在得到70多个candidates，与某种现象
: 有很强的相关性，而且在癌细胞株中全部高表达。简单地在UCSC browser里看了一下，
: 在癌细胞株中，这些基因的启动子区似乎hypomethylation。我现在想把甲基化的数据
: 量化、图示话，最好能cluster。