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两篇s引发的一通感慨

两篇s引发的一通感慨# Biology - 生物学

p*y2012-12-31 08:12

1 楼

刚买了4个月的房子，贷了230，000。最初利率是4.25%,15年，最近利率降了就准备做refinance,15年，3.875%,no cost。因为刚付了才几个月(没有多付，老老实实的monthly payment)，所以这次refinance还是贷230，000。折腾了一堆事情以后，明天终于要去title公司签字了，可是看了一下发过来的HUD-1发现refinance以后每个月只比以前少付20块钱，而且title公司说明天签字的时候要交3300左右的charge.看HUD-1细节是一堆加加减减以后我还需要付的。
各位经验丰富的兄弟姐妹帮我想想，是什么地方会有问题哪？如果真的就是这样，那我还refinance个什么劲啊？。。。现在心里很是不爽。。。

c*n2012-12-31 08:12

2 楼

网上看了一下，貌似很麻烦啊，那个key都要用第三方软件才能读出来。有没有人这么
做过了，有啥tips？多谢

c*a2012-12-31 08:12

3 楼

Antiviral Innate immunity 的最新进展
最近看到science上面有个innate immunity的牛人连灌两篇，心里很是xmjdh,于是决定
写点自己的浅见来表示对这个领域的大牛的仰慕之情。
就先从这两篇science说起吧。确实这是该领域的突破性进展，发S也是当之无愧。一篇
文章阐述了对于DNA virus 引起的antiviral interferin response的全新机理。以前
该领域一直致力寻找直接结合双链DNA的受体，也找到了好几个，但是在KO小鼠上面表
型并不十分明显。
而Dallas的james chen领导的小组发现DNA virus or ds DNA经常在细胞里诱导核苷酸
的转化，其产物cGAMP则能够直接激活下游的interferin responses. 所以这个cGAMP
就是在这个天然免疫反应里面一个secondary messager。当病毒或者细菌DNA进入细胞
被降解转换的时候，cGAMP 的产生能激活抗病毒免疫反应来诱导干扰素反应和阻止病毒
或者细菌的复制。
那么，自然这个负责转化病毒或者细菌DNA产生第二信使产物的酶在抗病毒免疫反应中
及其关键了。Chen的另外一篇s,就是发现并且详细的研究了这个酶的功能结构域，比如
说哪一段介导DNA binding, 哪一段催化产物合成。
文章结构简单而条理清楚，可谓言简意赅。发现也确实是独辟蹊径，令我等这样的庸才
佩服。当然他们的发现也是受到别人的发现的启发，因为09年jem上面有一篇文章说细
菌产生的cyclic-di-GMP可以诱导干扰素反应，而jc则是其中co-authors之一。当然可
能有的牛人就是一片c全cover了，但是分成两篇也无不可。文章主要就是生化分析和一
点细胞上的功能分析。没有小鼠或者是不同种细胞的data，但是我觉得开创性的工作不
需要顾及那么多的细枝末节。
联想起他们俩年前在c上发表的另外一篇关于DNA receptor的文章，和这两篇s的发现有
异曲同工之妙。那篇文章是说细菌或者病毒的DNA会结合宿主细胞的RNA polymerase
III, 把DNA 转录成RNA, 然后被细胞里的一个well characterized的RNA receptor (
RIG-I) 识别从而激活interferon responses. 几乎同时另外一个group的同样发现发表
在NI上面，更加证实他们结果是可靠的。
说起james chen, 确实是一个低调的牛人。同所的xiaodong wang几乎在华人中无人不
晓了，而JC可能只有领域内才知道。几年前jc得过一个welch chemistry award, 这个
是个人成就奖，奖金好像30还是50万刀，记得当时UTSW的校长对其充满溢美之词，说诺
贝尔奖发给那几个发现ubiquitination介导蛋白降解的学者，而jc则发现了
ubiquitination的另外一半功能(大意如此，即jc的发现可与诺奖比肩)。当然这个重要
性见仁见智，但是jc确实做了很多革命性和开创性的工作，这一点值得学习。在他发现
ubiquitination能够参与蛋白活化而激活NF-kappaB通路的时候，几乎没几个人信他，
他也是饱经质疑。不过真金不怕火炼，时间证明他是对的。另外他的博后老板也是超牛
一个，其后力挺也不可忽视。说起他的博后老板，我还真是孤陋寡闻，都不知道他的主
要学术贡献是什么，只知道分子生物学的那本号称red bible的实验指南他是编者之一
（Tom Maniatis）.
当然jc还有别的重要发现，比如说把线粒体和天然免疫联系起来的一个关键adaptor
protein (MAVS). 这篇文章奠定了jc在一个新的领域的高起点和开始了jc在antiviral
immunity领域的旅程。
而这个领域其实国内的Shu Hongbin组也做出了非常出色的工作，所以即使shu个人在网
上偶受非议，他的工作的重要性是不容置喙的，当选院士也是实至名归。他们发现的
VISA(MAVS) 和 MITA (STING)在antiviral immunity领域是极其重要的发现。任何一个
从事该领域的学者都不能绕过他们的发现。当然他在领域的学术地位还不是那么强势，
比如说这两个重要蛋白最后都没有以他们的最初提议来命名。另外，visa, mita都是从
他们强大的yeast 2 hybrid系统里筛出来的，对于细胞内定位则没有准确定论，比如说
visa他们没有报道在mitochondria上面，而MITA他们报道在线粒体上，而另外的group
则认为sting是ER protein. Again, 这些小的错误/差异不能掩盖这些发现在领域进程
中的地位和重要性。
个人对于innate immunity 所知非常局限，多围绕2011年诺奖之研究方向而学习，所以
题目可能过大，请大家不吝拍砖。

h*a2012-12-31 08:12

4 楼

问你的broker吧.是不是这3300他会帮你付

S*n2012-12-31 08:12

5 楼

现在还用8? key读出来，直接用来激活全新安装的8.1

g*r2012-12-31 08:12

6 楼

谢谢分享. 对病毒学和基因治疗方面的工作应该有指导意义.
不过跟大家熟知的dsRNA诱导干扰素途径相比, DNA分子的诱导活性应该不在同一个数量
级.

c*e2012-12-31 08:12

7 楼

1、如果你的broker答应你是no cost refinance，那就应该是broker而不是你出这$3,
300。
2、你的月付款应该分别是$1,730/m和$1,687/m，应该相差$43/m，怎么会才差$20/m?

a*12012-12-31 08:12

8 楼

弄个image也行啊

S*r2012-12-31 08:12

9 楼

DNA分子如果只通过STING，应该不激活NF-kappaB和炎症反应？

p*y2012-12-31 08:12

10 楼

哦，我问问他。可是这个20块钱差价也太少了。。。

【在 h****a 的大作中提到】

: 问你的broker吧.是不是这3300他会帮你付

c*n2012-12-31 08:12

11 楼

8.1还没有正式release吧

B*m2012-12-31 08:12

12 楼

多谢推荐。这几天正看innate immunity的东西，看到这样的新进展很激动。
Zhijian chen对泛素多聚体的研究很深入也很扎实，看他的文章是一种享受。
楼主忘记贴上文章的地址了，害得我找了一会。这两篇牛文在这里，有兴趣的同学可以
看看：
http://www.sciencemag.org/content/early/2012/12/19/science.1232
http://www.sciencemag.org/content/early/2012/12/19/science.1229

p*y2012-12-31 08:12

13 楼

哦，谢谢啊！我加上了monthly escrow payment. refinance前后monthly escrow payment 数字好像不一样了。我一直不太懂这个escrow account.
不过即使不加这个43的差别正常吗？对房子的finance一点没有经验。

【在 c**********e 的大作中提到】

: 1、如果你的broker答应你是no cost refinance，那就应该是broker而不是你出这$3,
: 300。
: 2、你的月付款应该分别是$1,730/m和$1,687/m，应该相差$43/m，怎么会才差$20/m?

l*l2012-12-31 08:12

14 楼

xps8500安装什么SSD呐？
有推荐吗？

z*82012-12-31 08:12

15 楼

这个版上的牛人是怎么做到，平时都是用英文看书看文献学东西还能融会贯通的用中文
描述东西的呢？我觉得science上要bilingual还挺难的。特别是在美国用英文学的东西
，经常对不上中文的号啊！

b*d2012-12-31 08:12

16 楼

不应该是只差20块，肯定是哪里算错了。

做refinance,15年，3.875%,no cost。因为刚付了才几个月(没有多付，老老实实的
monthly payment)，所以这次refinance还是贷230，000。折腾了一堆事情以后，明天
终于要去title公司签字了，可是看了一下发过来的HUD-1发现refinance以后每个月只
比以前少付20块钱，而且title公司说明天签字的时候要交3300左右的charge.看HUD-1
细节是一堆加加减减以后我还需要付的。
我还refinance个什么劲啊？。。。现在心里很是不爽。。。

【在 p*y 的大作中提到】

: 刚买了4个月的房子，贷了230，000。最初利率是4.25%,15年，最近利率降了就准备做refinance,15年，3.875%,no cost。因为刚付了才几个月(没有多付，老老实实的monthly payment)，所以这次refinance还是贷230，000。折腾了一堆事情以后，明天终于要去title公司签字了，可是看了一下发过来的HUD-1发现refinance以后每个月只比以前少付20块钱，而且title公司说明天签字的时候要交3300左右的charge.看HUD-1细节是一堆加加减减以后我还需要付的。
: 各位经验丰富的兄弟姐妹帮我想想，是什么地方会有问题哪？如果真的就是这样，那我还refinance个什么劲啊？。。。现在心里很是不爽。。。

n*e2012-12-31 08:12

17 楼

我的是thinkpad laptop，不过我觉得应该很类似。
我用原来的key重新安装了clean的win8 pro到ssd，没有乱七八糟的各种bloatware，感
觉不错 :)
如果对预装的垃圾软件无所谓，那就 create restore image ->USB 还原到SSD
如果要clean的系统，需要小折腾一下。我用 rw-everything 读key, 然后找了一个零
售版的win8，按照下面link改了镜像，然后用原厂的key重装到ssd.
http://answers.microsoft.com/en-us/windows/forum/windows_8-wind

【在 c******n 的大作中提到】

: 网上看了一下，貌似很麻烦啊，那个key都要用第三方软件才能读出来。有没有人这么
: 做过了，有啥tips？多谢

B*m2012-12-31 08:12

18 楼

这里仅凭记忆，有错误的话请见谅。Zhijian那篇鉴定出MAVS功能的雄文，是从分析出
发。通过分析，发现MAVS与RIG-I 和MDA5部分结构的类似之处，预期MAVS与它们能相互
作用；然后通过实验详细阐明了MAVS处于RIG-I和MDA5下游，对于innate immunity极为
重要。
这次zhijian兄是不是也是从序列和功能分析入手，推测C6orf150的功能，并通过实验
证实，然后发现cGAMP作为信号分子激起干扰素通路？然后他们从后向前，讲了一个倒
叙的、但是更加引人入胜的精彩故事？
这篇文章（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3274382/#R22），可能有今后几篇CNS的种子。对innate immunity有兴趣的同学可以看看。

b*a2012-12-31 08:12

19 楼

原来的没impond,refi的有impond
另外似乎这3000多是预付的利息和保险

1

【在 b*d 的大作中提到】

: 不应该是只差20块，肯定是哪里算错了。
:
: 做refinance,15年，3.875%,no cost。因为刚付了才几个月(没有多付，老老实实的
: monthly payment)，所以这次refinance还是贷230，000。折腾了一堆事情以后，明天
: 终于要去title公司签字了，可是看了一下发过来的HUD-1发现refinance以后每个月只
: 比以前少付20块钱，而且title公司说明天签字的时候要交3300左右的charge.看HUD-1
: 细节是一堆加加减减以后我还需要付的。
: 我还refinance个什么劲啊？。。。现在心里很是不爽。。。

B*m2012-12-31 08:12

20 楼

不知道怎么贴图片。刚google了一把，试试能不能行。

s*d2012-12-31 08:12

21 楼

应该是新的 escrow 估计的每个月付款增加了。
这个是付到你自己的帐户里，没问题的。
你要再付一次 escrow，然后等一个月后拿会原来 impound 帐户里面的钱。

l*12012-12-31 08:12

22 楼

Sure
plus one Plos Bio 2012 paper from that Tom Maniatis lab too:
Zhao M. xxx mmm nnn and Tom Maniatis (2012)
Stochastic Expression of the Interferon-β Gene
PLoS Biol. 10: e1001249.
HTTP : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22617958
plus
2012 one Nature sister:
Multi-layered stochasticity and paracrine signal propagation shape the type-
I interferon response.
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22291574
ps: for how to Stochastic Hidden Markov chain simulating MAVS KEGG pathway
pls just try one R&Python plat form,
bioservices 0.3.0
utilities to ease manipulation of R packages using rpy2.
Keywords: bioservices,signalling,signalling pathways,biological databases,
kegg
License: GPL
Platform: Linux,Unix,MacOsX,Windows
HTTP: //pypi.python.org/pypi/bioservices/0.3.0

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说起james chen, 确实是一个低调的牛人。同所的xiaodong wang几乎在华人中无人不
晓了，而JC可能只有领域内才知道。几年前jc得过一个welch chemistry award, 这个
是个人成就奖，奖金好像30还是50万刀，记得当时UTSW的校长对其充满溢美之词，说诺
贝尔奖发给那几个发现ubiquitination介导蛋白降解的学者，而jc则发现了
ubiquitination的另外一半功能(大意如此，即jc的发现可与诺奖比肩)。当然这个重要
性见仁见智，但是jc确实做了很多革命性和开创性的工作，这一点值得学习。在他发现
ubiquitination能够参与蛋白活化而激活NF-kappaB通路的时候，几乎没几个人信他，
他也是饱经质疑。不过真金不怕火炼，时间证明他是对的。另外他的博后老板也是超牛
一个，其后力挺也不可忽视。说起他的博后老板，我还真是孤陋寡闻，都不知道他的主
要学术贡献是什么，只知道分子生物学的那本号称red bible的实验指南他是编者之一
（Tom Maniatis）.

【在 B****m 的大作中提到】

: 这里仅凭记忆，有错误的话请见谅。Zhijian那篇鉴定出MAVS功能的雄文，是从分析出
: 发。通过分析，发现MAVS与RIG-I 和MDA5部分结构的类似之处，预期MAVS与它们能相互
: 作用；然后通过实验详细阐明了MAVS处于RIG-I和MDA5下游，对于innate immunity极为
: 重要。
: 这次zhijian兄是不是也是从序列和功能分析入手，推测C6orf150的功能，并通过实验
: 证实，然后发现cGAMP作为信号分子激起干扰素通路？然后他们从后向前，讲了一个倒
: 叙的、但是更加引人入胜的精彩故事？
: 这篇文章（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3274382/#R22），可能有今后几篇CNS的种子。对innate immunity有兴趣的同学可以看看。

b*d2012-12-31 08:12

23 楼

那就没有问题了，impound你是要提前付Property Tax的。

【在 b*a 的大作中提到】

: 原来的没impond,refi的有impond
: 另外似乎这3000多是预付的利息和保险
:
: 1

b*r2012-12-31 08:12

24 楼

挺有意思的
请问一下“细菌或者病毒的DNA会结合宿主细胞的RNA polymerase
III, 把DNA 转录成RNA, 然后被细胞里的一个well characterized的RNA receptor (
RIG-I) 识别从而激活interferon responses. ”
文章中有无提到细胞如何区别自身和细菌/病毒DNA转录出来的RNA？

m*g2012-12-31 08:12

25 楼

escrow payment应该是一样的，除非是你的地产税或者保险变了。

payment 数字好像不一样了。我一直不太懂这个escrow account.

【在 p*y 的大作中提到】

: 哦，谢谢啊！我加上了monthly escrow payment. refinance前后monthly escrow payment 数字好像不一样了。我一直不太懂这个escrow account.
: 不过即使不加这个43的差别正常吗？对房子的finance一点没有经验。

B*m2012-12-31 08:12

26 楼

谢谢信息。
现在一大堆的信息都在提醒我：该认真学习python了。
做实验之余，还要敲code，是郁闷的事情。但是看来不得不做了。

type-

【在 l**********1 的大作中提到】

: Sure
: plus one Plos Bio 2012 paper from that Tom Maniatis lab too:
: Zhao M. xxx mmm nnn and Tom Maniatis (2012)
: Stochastic Expression of the Interferon-β Gene
: PLoS Biol. 10: e1001249.
: HTTP : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22617958
: plus
: 2012 one Nature sister:
: Multi-layered stochasticity and paracrine signal propagation shape the type-
: I interferon response.

d*s2012-12-31 08:12

27 楼

很可能是这样

【在 m******g 的大作中提到】

: escrow payment应该是一样的，除非是你的地产税或者保险变了。
:
: payment 数字好像不一样了。我一直不太懂这个escrow account.

f*i2012-12-31 08:12

28 楼

20 $/MONTH
forget it.

做refinance,15年，3.875%,no cost。因为刚付了才几个月(没有多付，老老实实的
monthly payment)，所以这次refinance还是贷230，000。折腾了一堆事情以后，明天
终于要去title公司签字了，可是看了一下发过来的HUD-1发现refinance以后每个月只
比以前少付20块钱，而且title公司说明天签字的时候要交3300左右的charge.看HUD-1
细节是一堆加加减减以后我还需要付的。
我还refinance个什么劲啊？。。。现在心里很是不爽。。。

【在 p*y 的大作中提到】

p*y2012-12-31 08:12

29 楼

谢谢大家!
今晚好好的问了一下broker,现在清楚了。那个3300是需要放在这一年的escrow帐户的
钱减掉一些credit之后剩下的，然后以前那个旧的escrow account里面的钱会2个礼拜
以后退回来。我看了一下大概4500左右。所以的确是zero cost refinance.这些钱加加
减减的差额原来都是关于escrow account.暂时我还能多拿回来1200左右。不过早晚还
是要交的，并不是挣了1200.只是escrow account的计算时间因为refinance变化了。
monthly payment 他也给我重新看了一下。没有错，去掉escrow monthly payment以后
，每个月大概省了将近60块钱。escrow monthly payment的变化 summermaid 说的是对
的，就是根据之前的数字做了一些调整。因为开始的escrow account需要多少来付tax
不是那么精确。

b*d2012-12-31 08:12

30 楼

算对了就好，恭喜了．

tax

【在 p*y 的大作中提到】

: 谢谢大家!
: 今晚好好的问了一下broker,现在清楚了。那个3300是需要放在这一年的escrow帐户的
: 钱减掉一些credit之后剩下的，然后以前那个旧的escrow account里面的钱会2个礼拜
: 以后退回来。我看了一下大概4500左右。所以的确是zero cost refinance.这些钱加加
: 减减的差额原来都是关于escrow account.暂时我还能多拿回来1200左右。不过早晚还
: 是要交的，并不是挣了1200.只是escrow account的计算时间因为refinance变化了。
: monthly payment 他也给我重新看了一下。没有错，去掉escrow monthly payment以后
: ，每个月大概省了将近60块钱。escrow monthly payment的变化 summermaid 说的是对
: 的，就是根据之前的数字做了一些调整。因为开始的escrow account需要多少来付tax
: 不是那么精确。

c*e2012-12-31 08:12

31 楼

打破砂锅问到底啊！精神可嘉！

c*n2012-12-31 08:12

32 楼

能告诉一下哪个银行吗? 谢谢!