RNA-seq 表达量问题 - 未名空间MITBBS历史存档

l*h2013-03-28 07:03

1 楼

我H1B快要过期了，已有劳工卡。PD是07年的，估计今年底前就可能绿卡批吧，大家觉
得还有必要折腾延期H1B吗？485交上去后除了劳工卡下来，其他没有任何消息，大家怎
么知道被预批了等名额的？还有如果延期，最晚过期前多久最好把延期材料交上去？真
是延又觉得多此一举，不延又怕万一被拒。

A*e2013-03-28 07:03

2 楼

简单一点说吧，处理和对照，每个40000万reads.如果处理组的rpkm为1.0，对照组为0
或者远低于1.0。这个数据有效吗？该如何理解？我的一种理解是这个表达量都太低
了，直接认为该基因在该tissue里面没有表达，从而不在该tissue里发挥功能。但是问
题又来了，往往一些很重要的基因表达量还挺低的。
rpkm为多少可以认为有效表达？现在journal有无比较公认的数值？请推荐paper或讨论
。多谢！

m*l2013-03-28 07:03

3 楼

延期的话,提前半年

【在 l*h 的大作中提到】

: 我H1B快要过期了，已有劳工卡。PD是07年的，估计今年底前就可能绿卡批吧，大家觉
: 得还有必要折腾延期H1B吗？485交上去后除了劳工卡下来，其他没有任何消息，大家怎
: 么知道被预批了等名额的？还有如果延期，最晚过期前多久最好把延期材料交上去？真
: 是延又觉得多此一举，不延又怕万一被拒。

s*s2013-03-28 07:03

4 楼

你能不能折算成transcripts/cell，这样就容易看了。

为0

【在 A*******e 的大作中提到】

: 简单一点说吧，处理和对照，每个40000万reads.如果处理组的rpkm为1.0，对照组为0
: 或者远低于1.0。这个数据有效吗？该如何理解？我的一种理解是这个表达量都太低
: 了，直接认为该基因在该tissue里面没有表达，从而不在该tissue里发挥功能。但是问
: 题又来了，往往一些很重要的基因表达量还挺低的。
: rpkm为多少可以认为有效表达？现在journal有无比较公认的数值？请推荐paper或讨论
: 。多谢！

l*h2013-03-28 07:03

5 楼

没听说过延期要提前半年啊？这么说我已经不能延了？不会吧？

P*y2013-03-28 07:03

6 楼

First, you need biological replicates to get statistical significance. This
is required by most journals (especially high-profile). Second, 400M reads
per sample are overkill. For expression analysis, 5-10M mappable reads are
enough.
I don't think there is a standard cutoff RPKM value. It's arbitrary.

为0

【在 A*******e 的大作中提到】

: 简单一点说吧，处理和对照，每个40000万reads.如果处理组的rpkm为1.0，对照组为0
: 或者远低于1.0。这个数据有效吗？该如何理解？我的一种理解是这个表达量都太低
: 了，直接认为该基因在该tissue里面没有表达，从而不在该tissue里发挥功能。但是问
: 题又来了，往往一些很重要的基因表达量还挺低的。
: rpkm为多少可以认为有效表达？现在journal有无比较公认的数值？请推荐paper或讨论
: 。多谢！

m*l2013-03-28 07:03

7 楼

现在延期处理的很慢,不是说必须提前半年,但是最好这样

【在 l*h 的大作中提到】

: 没听说过延期要提前半年啊？这么说我已经不能延了？不会吧？

t*d2013-03-28 07:03

8 楼

如果这个基因你很感兴趣，用qpcr 做一次。如果不是很感兴趣，就不要费这个事了。

为0

【在 A*******e 的大作中提到】

: 简单一点说吧，处理和对照，每个40000万reads.如果处理组的rpkm为1.0，对照组为0
: 或者远低于1.0。这个数据有效吗？该如何理解？我的一种理解是这个表达量都太低
: 了，直接认为该基因在该tissue里面没有表达，从而不在该tissue里发挥功能。但是问
: 题又来了，往往一些很重要的基因表达量还挺低的。
: rpkm为多少可以认为有效表达？现在journal有无比较公认的数值？请推荐paper或讨论
: 。多谢！

m*o2013-03-28 07:03

9 楼

有老公卡确实没必要，除非公司全包

h*t2013-03-28 07:03

10 楼

rpkm是啥？我记不得了

l*h2013-03-28 07:03

11 楼

那如果10月后突然绿卡批了，我H1B延期还没下来，咋办？到时是否要赶紧withdra?

j*p2013-03-28 07:03

12 楼

1. RPKM = 1 约等于 1 copy/cell. 同样是rpkm=1，如果这个是从100M reads出来的，
可信度比从10M来的高。同时，RPKM=1可以通过单细胞FISH验证。
2. qPCR 灵敏度比100M RNAseq高，能够validate RPKM=0.1左右，就是cycle要多些。
3. 即使没有replicate，也可以做统计，cufflinks, DESeq 都有这样的选项（简单的
fisher-exact test），但得出的pvalue显然没有那些有replicate的来得靠谱。
4. 做表达量的时候，通常会用 log2(RPKM+1)，然后做fold change的时候，会用log2
的差，+1既是为了去0，避免fold change = 无穷大，也是为了减少对那些表达量很小
的RNA的fold change的over estimation。

y*n2013-03-28 07:03

13 楼

咦，这倒是个问题，谁来回答？我捐一个包子。

【在 l*h 的大作中提到】

: 那如果10月后突然绿卡批了，我H1B延期还没下来，咋办？到时是否要赶紧withdra?

n*42013-03-28 07:03

14 楼

'5-10M mappable reads are enough' for bacteria. It is too low for eukaryotic
organisms like human.

This

【在 P*********y 的大作中提到】

: First, you need biological replicates to get statistical significance. This
: is required by most journals (especially high-profile). Second, 400M reads
: per sample are overkill. For expression analysis, 5-10M mappable reads are
: enough.
: I don't think there is a standard cutoff RPKM value. It's arbitrary.
:
: 为0

i*t2013-03-28 07:03

15 楼

那个申请就作废了。啥也不用干。

【在 y*****n 的大作中提到】

: 咦，这倒是个问题，谁来回答？我捐一个包子。

n*42013-03-28 07:03

16 楼

cufflinks is not reliable tool. Go for DESeq.
One replicate is way too unreliable to draw any statisics conclusion.

log2

【在 j*p 的大作中提到】

: 1. RPKM = 1 约等于 1 copy/cell. 同样是rpkm=1，如果这个是从100M reads出来的，
: 可信度比从10M来的高。同时，RPKM=1可以通过单细胞FISH验证。
: 2. qPCR 灵敏度比100M RNAseq高，能够validate RPKM=0.1左右，就是cycle要多些。
: 3. 即使没有replicate，也可以做统计，cufflinks, DESeq 都有这样的选项（简单的
: fisher-exact test），但得出的pvalue显然没有那些有replicate的来得靠谱。
: 4. 做表达量的时候，通常会用 log2(RPKM+1)，然后做fold change的时候，会用log2
: 的差，+1既是为了去0，避免fold change = 无穷大，也是为了减少对那些表达量很小
: 的RNA的fold change的over estimation。

b*y2013-03-28 07:03

17 楼

h1b延期不是只要旧的过期前把申请交上去就行了吗，干嘛要提前那么多？

【在 m*******l 的大作中提到】

: 现在延期处理的很慢,不是说必须提前半年,但是最好这样

t*d2013-03-28 07:03

18 楼

Excellent. Thank you!

log2

【在 j*p 的大作中提到】

: 1. RPKM = 1 约等于 1 copy/cell. 同样是rpkm=1，如果这个是从100M reads出来的，
: 可信度比从10M来的高。同时，RPKM=1可以通过单细胞FISH验证。
: 2. qPCR 灵敏度比100M RNAseq高，能够validate RPKM=0.1左右，就是cycle要多些。
: 3. 即使没有replicate，也可以做统计，cufflinks, DESeq 都有这样的选项（简单的
: fisher-exact test），但得出的pvalue显然没有那些有replicate的来得靠谱。
: 4. 做表达量的时候，通常会用 log2(RPKM+1)，然后做fold change的时候，会用log2
: 的差，+1既是为了去0，避免fold change = 无穷大，也是为了减少对那些表达量很小
: 的RNA的fold change的over estimation。

s*n2013-03-28 07:03

19 楼

公司出钱，干嘛不延？
老公卡工作万一485悲剧，那你就得马上丢工作出境，延了H!B，还有时间卖房，卖车，
刷爆信用卡etc

【在 l*h 的大作中提到】

: 我H1B快要过期了，已有劳工卡。PD是07年的，估计今年底前就可能绿卡批吧，大家觉
: 得还有必要折腾延期H1B吗？485交上去后除了劳工卡下来，其他没有任何消息，大家怎
: 么知道被预批了等名额的？还有如果延期，最晚过期前多久最好把延期材料交上去？真
: 是延又觉得多此一举，不延又怕万一被拒。

d*i2013-03-28 07:03

20 楼

1 rpkm = 1 read per million reads per 1kb gene, 这个不等于1 copy/cell

log2

【在 j*p 的大作中提到】

: 1. RPKM = 1 约等于 1 copy/cell. 同样是rpkm=1，如果这个是从100M reads出来的，
: 可信度比从10M来的高。同时，RPKM=1可以通过单细胞FISH验证。
: 2. qPCR 灵敏度比100M RNAseq高，能够validate RPKM=0.1左右，就是cycle要多些。
: 3. 即使没有replicate，也可以做统计，cufflinks, DESeq 都有这样的选项（简单的
: fisher-exact test），但得出的pvalue显然没有那些有replicate的来得靠谱。
: 4. 做表达量的时候，通常会用 log2(RPKM+1)，然后做fold change的时候，会用log2
: 的差，+1既是为了去0，避免fold change = 无穷大，也是为了减少对那些表达量很小
: 的RNA的fold change的over estimation。

l*12013-03-28 07:03

21 楼

Mark!
archatea and eubacterial might =2 copy/cell or even more

【在 d********i 的大作中提到】

: 1 rpkm = 1 read per million reads per 1kb gene, 这个不等于1 copy/cell
:
: log2

s*s2013-03-28 07:03

22 楼

差不多一个数量级吧。不同的细胞可能差个几倍

【在 d********i 的大作中提到】

: 1 rpkm = 1 read per million reads per 1kb gene, 这个不等于1 copy/cell
:
: log2

A*e2013-03-28 07:03

23 楼

多谢多谢，受教了！
请问
RPKM = 1 约等于 1 copy/cell，这个是怎么估算出来的？
4. 做表达量的时候，通常会用 log2(RPKM+1)，这里有什么reference可用吗？

log2

【在 j*p 的大作中提到】

: 1. RPKM = 1 约等于 1 copy/cell. 同样是rpkm=1，如果这个是从100M reads出来的，
: 可信度比从10M来的高。同时，RPKM=1可以通过单细胞FISH验证。
: 2. qPCR 灵敏度比100M RNAseq高，能够validate RPKM=0.1左右，就是cycle要多些。
: 3. 即使没有replicate，也可以做统计，cufflinks, DESeq 都有这样的选项（简单的
: fisher-exact test），但得出的pvalue显然没有那些有replicate的来得靠谱。
: 4. 做表达量的时候，通常会用 log2(RPKM+1)，然后做fold change的时候，会用log2
: 的差，+1既是为了去0，避免fold change = 无穷大，也是为了减少对那些表达量很小
: 的RNA的fold change的over estimation。

a*g2013-03-28 07:03

24 楼

100m reads的时候 10fpkm以下算low expression
10-30之间正常表达
如果单个基因很低没啥意义
focus on the one you can measure and change