这个Irys单分子基因组结构成像系统看起来很猛啊 - 未名空间MITBBS历史存档

这个Irys单分子基因组结构成像系统看起来很猛啊# Biology - 生物学

b*r2013-04-09 07:04

1 楼

今天从这个中国公司收到的广告邮件。不知道效果到底如何，这个看起来不比nanopore
差啊，而且都已经在商业公司卖了。。。
http://www.bio-star.cn/contents/239/225.html#ly
Irys单分子基因组结构成像系统
剥茧抽丝，让让基因组纤毫毕现
Irys系统特征
长链DNA分子
DNA分子可长达几百kb，完全可以跨越重复单元和可变区。
高质量的数据
单分子DNA通过纳米通道被拉直，平行排列，生成高质量的图像，基因组结构展现无遗
应用灵活
Irys系统可以作为一个开放的平台为研究人员提供多种形式的遗传分析
让我们组织，而不是堆砌数据
在过去的几年里，二代测序的高通量一直主导着基因组研究的发展。
但是二代测序技术可以廉价的获得大量的测序数据，但是受制于较短的读长，这使得科
学家们无法简单而直观地看到整个基因组范围的结构变化。现在，针对更长片段的分析
方法对于基因组结构研究显得越来越重要。另外，由于基因组的复杂性，诸如重复序列
和结构变异，限制了基因组的重构和对功能元件的理解。Irys系统克服了这些困难，利
用一种新的方法去获取单分子，尤其是长链DNA分子的图像。
长链DNA分子
Irys系统的核心是已经获得专利的芯片技术。这种芯片可以使盘绕的DNA长链随机解开
、拉直，进入纳米级通道。这些纳米通道可以防止半卷曲的DNA分子重新缠绕，并且将
大量长链DNA分子拉直，平行排列在一起直接拍照成像（图1）。
IrysPrep 试剂盒可以通过限制性内切酶在特异位点进行剪切，然后连接上带有荧光的
碱基使长链DNA分子被标记。软件会将长链上的荧光点翻译成相应的序列信息，以帮助
组装基因组图谱。成像后，DNA分子会从纳米通道中排出，新一批的DNA分子会进入。这
种动态的，多循环的技术使Irys系统可以实现每小时内完成几个GB的DNA分子的线性化
和成像。。。。

b*n2013-04-09 07:04

2 楼

报价多少啊？

nanopore

【在 b****r 的大作中提到】

: 今天从这个中国公司收到的广告邮件。不知道效果到底如何，这个看起来不比nanopore
: 差啊，而且都已经在商业公司卖了。。。
: http://www.bio-star.cn/contents/239/225.html#ly
: Irys单分子基因组结构成像系统
: 剥茧抽丝，让让基因组纤毫毕现
: Irys系统特征
: 长链DNA分子
: DNA分子可长达几百kb，完全可以跨越重复单元和可变区。
: 高质量的数据
: 单分子DNA通过纳米通道被拉直，平行排列，生成高质量的图像，基因组结构展现无遗

c*r2013-04-09 07:04

3 楼

made in China?

s*s2013-04-09 07:04

4 楼

和nanopore根本两回事啊。
这玩意儿不是直接测序用的，只是通过荧光标记DNA上特定位置，
用这个做marker看看CNV这类的。不知道和NGS平台的数据整合做
的怎么样，整合的好的话，估计还有点意思

nanopore

【在 b****r 的大作中提到】

: 今天从这个中国公司收到的广告邮件。不知道效果到底如何，这个看起来不比nanopore
: 差啊，而且都已经在商业公司卖了。。。
: http://www.bio-star.cn/contents/239/225.html#ly
: Irys单分子基因组结构成像系统
: 剥茧抽丝，让让基因组纤毫毕现
: Irys系统特征
: 长链DNA分子
: DNA分子可长达几百kb，完全可以跨越重复单元和可变区。
: 高质量的数据
: 单分子DNA通过纳米通道被拉直，平行排列，生成高质量的图像，基因组结构展现无遗

b*r2013-04-09 07:04

5 楼

哦，明白了
我开始说nanodrop和这个类似是基于nanodrop也宣称自己可以读几十Kb以上的reads
我也没仔细看这文章，如果你看了，那它这个荧光其实根本不是焦磷酸终止法那样每个
碱基都有label的咯？那样的话很多片段很难准确定位啊,可能性太多了

【在 s******s 的大作中提到】

: 和nanopore根本两回事啊。
: 这玩意儿不是直接测序用的，只是通过荧光标记DNA上特定位置，
: 用这个做marker看看CNV这类的。不知道和NGS平台的数据整合做
: 的怎么样，整合的好的话，估计还有点意思
:
: nanopore

c*r2013-04-09 07:04

6 楼

美国的。。。
http://www.bionanogenomics.com/our-products
创始人是个普林斯顿的中国人
http://www.bionanogenomics.com/about-us/senior-management#cao

【在 c********r 的大作中提到】

: made in China?

b*k2013-04-09 07:04

7 楼

你们有兴趣没？我恰好认识这家公司的一个头头觉得他们这东西非常cool
opgen似乎有个类似的技术但是没有这个cool

nanopore

【在 b****r 的大作中提到】

: 今天从这个中国公司收到的广告邮件。不知道效果到底如何，这个看起来不比nanopore
: 差啊，而且都已经在商业公司卖了。。。
: http://www.bio-star.cn/contents/239/225.html#ly
: Irys单分子基因组结构成像系统
: 剥茧抽丝，让让基因组纤毫毕现
: Irys系统特征
: 长链DNA分子
: DNA分子可长达几百kb，完全可以跨越重复单元和可变区。
: 高质量的数据
: 单分子DNA通过纳米通道被拉直，平行排列，生成高质量的图像，基因组结构展现无遗

b*k2013-04-09 07:04

8 楼

这个机器不是用来测序的啊是用来大规模测physical map的看什么genome
duplication啊 deletion啊，invertion啊，这种宏观问题比NGS要好，尤其是那些重复
序列里面的变异。

【在 b****r 的大作中提到】

: 哦，明白了
: 我开始说nanodrop和这个类似是基于nanodrop也宣称自己可以读几十Kb以上的reads
: 我也没仔细看这文章，如果你看了，那它这个荧光其实根本不是焦磷酸终止法那样每个
: 碱基都有label的咯？那样的话很多片段很难准确定位啊,可能性太多了

b*r2013-04-09 07:04

9 楼

多谢，了了
其实这玩意分辨率可能和aCGH差不太多,但是物理定位比较准

【在 b******k 的大作中提到】

: 这个机器不是用来测序的啊是用来大规模测physical map的看什么genome
: duplication啊 deletion啊，invertion啊，这种宏观问题比NGS要好，尤其是那些重复
: 序列里面的变异。

s*92013-04-09 07:04

10 楼

resolution 500 bp?

b*r2013-04-09 07:04

11 楼

如果确实能和已有的CNV数据库很好的互相沟通起来，成本又够低，我们这种临床lab绝
对会有兴趣的
它还有个好处是不要扩增，如果确实如此，而且starting material要求得很少，那还
是有niche的，现在的芯片和NGS技术需要的DNA太多了，很不方便

【在 b******k 的大作中提到】

: 你们有兴趣没？我恰好认识这家公司的一个头头觉得他们这东西非常cool
: opgen似乎有个类似的技术但是没有这个cool
:
: nanopore

b*k2013-04-09 07:04

12 楼

FYI: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0055864
我觉得这东西上临床的话其实就是你说的这个问题，得有人去做大量的比较看看和现有
方法和数据吻合度有多大的问题，是个辛苦的groundtruthing的干活。

【在 b****r 的大作中提到】

: 如果确实能和已有的CNV数据库很好的互相沟通起来，成本又够低，我们这种临床lab绝
: 对会有兴趣的
: 它还有个好处是不要扩增，如果确实如此，而且starting material要求得很少，那还
: 是有niche的，现在的芯片和NGS技术需要的DNA太多了，很不方便

b*r2013-04-09 07:04

13 楼

你这文章里他们做BAC用了1mg DNA，一点不省啊，这一下就少了太多意思了

【在 b******k 的大作中提到】

: FYI: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0055864
: 我觉得这东西上临床的话其实就是你说的这个问题，得有人去做大量的比较看看和现有
: 方法和数据吻合度有多大的问题，是个辛苦的groundtruthing的干活。

f*e2013-04-09 07:04

14 楼

这个，。。。是 mapping, 不是 sequencing. 这个在美国好几个公司在搞，把
gemomic dna 拉直固定成像的具体技术少许区别而已。
说道多么有用，还远着呢。学术界这么多年了也很难让多数人相信分析出来的结果。
opgen 搞了这么多年也就是 bacteria 做一做。很多时候还是有限的用于帮助
sequence alignments.

nanopore

【在 b****r 的大作中提到】

: 今天从这个中国公司收到的广告邮件。不知道效果到底如何，这个看起来不比nanopore
: 差啊，而且都已经在商业公司卖了。。。
: http://www.bio-star.cn/contents/239/225.html#ly
: Irys单分子基因组结构成像系统
: 剥茧抽丝，让让基因组纤毫毕现
: Irys系统特征
: 长链DNA分子
: DNA分子可长达几百kb，完全可以跨越重复单元和可变区。
: 高质量的数据
: 单分子DNA通过纳米通道被拉直，平行排列，生成高质量的图像，基因组结构展现无遗

f*e2013-04-09 07:04

15 楼

单分子的问题是都有一个 distribution, 和 ensemble 数据本质区别就是在针对某个
目标位点的分析时候需要在那里有一定的 depth. 所以需要大量的数据来支持。

【在 b****r 的大作中提到】

: 如果确实能和已有的CNV数据库很好的互相沟通起来，成本又够低，我们这种临床lab绝
: 对会有兴趣的
: 它还有个好处是不要扩增，如果确实如此，而且starting material要求得很少，那还
: 是有niche的，现在的芯片和NGS技术需要的DNA太多了，很不方便