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新出的Nature Nano，蛋白晶体管DNA测序

新出的Nature Nano，蛋白晶体管DNA测序# Biology - 生物学

C*H2013-05-09 07:05

1 楼

有人注意到吗？
单分子，电测量，数据好得不可思议啊，除了他们的protein transistor fab起来麻烦
一些，似乎速度，精度都完胜现在的一切技术阿。刚刚测了5万个碱基，尚无任何错误。
这篇文章读起来很奇怪，没有测量仪器细节，不知道里面有没有什么catch?
http://www.nature.com/nnano/journal/vaop/ncurrent/abs/nnano.201

W*o2013-05-09 07:05

2 楼

so amazing technology

误。

【在 C***H 的大作中提到】

: 有人注意到吗？
: 单分子，电测量，数据好得不可思议啊，除了他们的protein transistor fab起来麻烦
: 一些，似乎速度，精度都完胜现在的一切技术阿。刚刚测了5万个碱基，尚无任何错误。
: 这篇文章读起来很奇怪，没有测量仪器细节，不知道里面有没有什么catch?
: http://www.nature.com/nnano/journal/vaop/ncurrent/abs/nnano.201

s*s2013-05-09 07:05

3 楼

首先，好像没说长度吧。5万个是所有的data总和，不是一次吧？
另外，貌似要用激光读单分子，不知道scale up以后怎么解决。

误。

【在 C***H 的大作中提到】

k*12013-05-09 07:05

4 楼

八卦一下作者落款都是 taiwan China

y*82013-05-09 07:05

5 楼

这个更像pacbio的技术。但是要好很多。测conductivity可以避免现在pacbio的致命缺
陷。
从原理上看精准度应该和现有的nanopore差不多，但也可能好上一个数量级。毕竟合成
的速度比单纯的过一个孔要慢很多。如果现在nanopore是raw error rate 4%, 这个应
该在0.1 - 5%.
从读长上应该和pacbio差不多，都是取决于polymerase的processability. 500bp-4kb
左右吧，但是可以宣称做到10-20kb。

C*H2013-05-09 07:05

6 楼

有人注意到激光了。真正的测量上他们没有用激光，只是用激光测了一下他们的
Transistor的速度。不过这个速度测量显然不靠谱，几百pA的信号居然能有超过GHz的
带宽，也是这篇文章奇怪的地方之一。

【在 s******s 的大作中提到】

: 首先，好像没说长度吧。5万个是所有的data总和，不是一次吧？
: 另外，貌似要用激光读单分子，不知道scale up以后怎么解决。
:
: 误。

y*32013-05-09 07:05

7 楼

木有nature。。求个pdf看看？谢谢哦
c*********[email protected]

C*H2013-05-09 07:05

8 楼

是的，很像pacbio，误码率低了不止一个数量级，原理上读长应该差不多，不知道为什
么他们只用50mer。
另外一个奇怪的地方是他们加了9V的电压在IgG的两臂上。溶液里加这么高的电压完全
不make sense... 就算没问题，基本上一个电子transfer的能量就是9eV或者4.5eV，可
比pacbio的光子能量大多了，不知道会不会损伤蛋白。

4kb

【在 y******8 的大作中提到】

: 这个更像pacbio的技术。但是要好很多。测conductivity可以避免现在pacbio的致命缺
: 陷。
: 从原理上看精准度应该和现有的nanopore差不多，但也可能好上一个数量级。毕竟合成
: 的速度比单纯的过一个孔要慢很多。如果现在nanopore是raw error rate 4%, 这个应
: 该在0.1 - 5%.
: 从读长上应该和pacbio差不多，都是取决于polymerase的processability. 500bp-4kb
: 左右吧，但是可以宣称做到10-20kb。

o*n2013-05-09 07:05

9 楼

真的列，呵呵

【在 k*****1 的大作中提到】

: 八卦一下作者落款都是 taiwan China

u*12013-05-09 07:05

10 楼

台巴子的立委还不赶紧出来投诉Nature说台湾被中国占便宜，降低国格
lol

【在 k*****1 的大作中提到】

: 八卦一下作者落款都是 taiwan China

z*i2013-05-09 07:05

11 楼

我们台湾的同事，我也没把他作为中国人看。

【在 k*****1 的大作中提到】

: 八卦一下作者落款都是 taiwan China

s*s2013-05-09 07:05

12 楼

其实我看到这文章第一反应是，华大终于可以买一个潜在的前沿技术了。看了作者列表
以后，估计还是继续山寨吧

误。

【在 C***H 的大作中提到】

l*12013-05-09 07:05

13 楼

after tg beat No. 7 fleet then all belong to tg
if tg is beaten by No. 7 plus alfa fleets then all belong to
Guo-Ming Party and also the capital will be back to Nan jing, only we should
learn how to use traditional chinese after then.
人類基因解碼有了新突破！交通大學結合蛋白質電晶體、生物科技，開發更快速、更精
準、更便宜的單分子定序平台，把基因解碼時間由1天縮短為1小時，刊登在國際期刊《
自然奈米科技》（Nature Nanotechnology）。同時，未來可用於流感病毒定序，協助
研製H7N9疫苗。
交大材料系教授黃國華 (Steven Huang)、生物科技系助理教授陳昱勳 (Yu-Shiun Chen
)
研發第3代DNA單分子定序平台。
黃國華說明，交大研究團隊把DNA聚合?連接在單分子蛋白質電晶體上，透過即時電導訊
號，1小時就可以完成基因定序，而且成本從5000美金（新台幣約15萬元）降為500美元
（約新台幣1.5萬元）
http://www.nctu.edu.tw/english/middle_article.php
http://www.pac.nctu.edu.tw/Report/report_more.php?id=24071

【在 s******s 的大作中提到】

: 其实我看到这文章第一反应是，华大终于可以买一个潜在的前沿技术了。看了作者列表
: 以后，估计还是继续山寨吧
:
: 误。

C*H2013-05-09 07:05

14 楼

质疑开始出现了
http://www.genomeweb.com/sequencing/industry-experts-question-c

误。

【在 C***H 的大作中提到】

s*n2013-05-09 07:05

15 楼

早就被质疑的一塌糊涂了，都不知道reviewer都是些啥人？

s*92013-05-09 07:05

16 楼

Can you post the article?

【在 C***H 的大作中提到】

: 质疑开始出现了
: http://www.genomeweb.com/sequencing/industry-experts-question-c
:
: 误。

s*n2013-05-09 07:05

17 楼

主要是做生物的看不出破绽，一帮搞电和材料的一下就给我指出一堆问题，搞不好
reviewer还真是外行

C*H2013-05-09 07:05

18 楼

可是做生物的该能看出来，不管有没有primer，oligo1和oligo2都是stable hairpin
without overhang，应该不会有反应才对啊

【在 s********n 的大作中提到】

: 主要是做生物的看不出破绽，一帮搞电和材料的一下就给我指出一堆问题，搞不好
: reviewer还真是外行

s*n2013-05-09 07:05

19 楼

没看那么细，主要是觉得结果太perfect了，请教了一下做材料和电的，给了一堆？？
？。

【在 C***H 的大作中提到】

: 可是做生物的该能看出来，不管有没有primer，oligo1和oligo2都是stable hairpin
: without overhang，应该不会有反应才对啊

s*92013-05-09 07:05

20 楼

http://www.genomeweb.com/sequencing/industry-experts-question-c
The group questioning the paper has issues with components of the physics,
enzymology, and chemistry behind the study.
One issue, said Lindsay, is that the study describes using superconducting
materials at the interface of the protein transistor and probes to reduce
signal decay. However, he said, "none of us know of a superconducting
material that works at the same temperature as a polymerase."
Superconducting materials operate at well below freezing with even so-called
high temperature superconductors operating below -135 degrees Celsius.
Polymerases, on the other hand, generally operate around room temperature
Another issue relates to the bioelectronics and chemistry. The study's
authors say that they applied a voltage across the electrodes of up to 9.0
volts. However, at that high of a voltage, water would become hydrolyzed,
generating hydrogen and oxygen gases. If that happened, said Wanunu, it
would be difficult to measure signals that were a property of the enzyme.
In order to not hydrolyze water, he said the applied voltage would have to
be below around 1.5 volts.
Finally, the scientists had concerns with the enzymology described in the
paper.
Polymerase incorporation of nucleotides depends on diffusion of the
nucleotide into the appropriate binding site, explained Lindsay. This
diffusion is stochastic. However, the authors describe incorporation events
occurring at very regular intervals. "None of us understand how this would
be achieved," Lindsay said.