KEGG pathway map 怎么存成一个adjacency matrix 或 graph object? - 未名空间MITBBS历史存档

KEGG pathway map 怎么存成一个adjacency matrix 或 graph object?# Biology - 生物学

p*g2013-10-07 07:10

1 楼

他们对学生的生活工作学业，都是了如指掌的，绝对不会糊涂半
点的，因为这些生活品质和个人习惯，能直接渗透出一个学生对科研有多投入，对学术
有多passion，对paper有多重视，对创新有多enjoy
你如果都不知道你的学生回家以后，每天在干嘛---你是如何知道他的心思有没有聚焦
在你的课题上的？你是如何搞清楚他有没有认真钻研过实验室的protocol的，这都是
相辅相成的关系啊。

R*i2013-10-07 07:10

2 楼

娃星期一夜里做了噩梦，从梦中哭醒。我把她带到我们床上，安慰了一会儿，就睡下了
。后来她睡得还挺踏实。但是这一周后来连续的几天里天黑以后她时常委委屈屈的，和
我说她再也不要bad dreams 了。夜里要我陪。我陪也陪了，也确定没有再做噩梦了，
也试图和她谈了她的噩梦（她说梦到房间在晃），谈了梦境和现实不同，也试图找到她
生活里的变化和压力（准备上K了，要添小弟弟了，因为夏令时天长了晚饭以后出去玩
累了）并且以正面情绪和她谈了她每天的活动。。。但是似乎都没有用。临睡还是很紧
张，要我反复保证会帮她把bad dreams赶走，而且还是很害怕的样子。我不知道该怎么
帮助她摆脱这噩梦的困扰。今晚和我妈在电话里说起来，我妈说最好的办法是从此不提
，让孩子淡忘就好了。可是我不知道女儿如果仍然主动和我谈我该怎么办？有妈妈能介
绍点经验么？谢谢！

g*g2013-10-07 07:10

3 楼

RT. KEGG网站上搜到的网络结构图怎么样下载成matrix格式，或者一个类似igraph
object能在R里面进行分析和处理的数据？

s*g2013-10-07 07:10

4 楼

你这话说的没错

w*t2013-10-07 07:10

5 楼

这个没什么用的，我从小到大都是做噩梦的，做了几十年了，自己习惯了就好了
但我从小被人称开心果，不是内向害羞的人哦
不用担心

【在 R*********i 的大作中提到】

: 娃星期一夜里做了噩梦，从梦中哭醒。我把她带到我们床上，安慰了一会儿，就睡下了
: 。后来她睡得还挺踏实。但是这一周后来连续的几天里天黑以后她时常委委屈屈的，和
: 我说她再也不要bad dreams 了。夜里要我陪。我陪也陪了，也确定没有再做噩梦了，
: 也试图和她谈了她的噩梦（她说梦到房间在晃），谈了梦境和现实不同，也试图找到她
: 生活里的变化和压力（准备上K了，要添小弟弟了，因为夏令时天长了晚饭以后出去玩
: 累了）并且以正面情绪和她谈了她每天的活动。。。但是似乎都没有用。临睡还是很紧
: 张，要我反复保证会帮她把bad dreams赶走，而且还是很害怕的样子。我不知道该怎么
: 帮助她摆脱这噩梦的困扰。今晚和我妈在电话里说起来，我妈说最好的办法是从此不提
: ，让孩子淡忘就好了。可是我不知道女儿如果仍然主动和我谈我该怎么办？有妈妈能介
: 绍点经验么？谢谢！

N*n2013-10-07 07:10

6 楼

自己要把原始的文件下来，有1对1的关系，然后做成matrix

p*g2013-10-07 07:10

7 楼

记得以前HUBT教授曾经批判我，中午闯入导师office数百次是一个不端的行为，我现
在把真相告诉你们，你觉得这是不礼貌，可在我导师那里，他看这个问题的角度就完全
是另一方向了。。。
他会觉得一个连lunch都不及时去吃的学生，对他的科研是废寝忘食的态度----记住了
，这是一种态度的映射，是一种献身精神的流露，他绝对不会认为一个按时吃饭+准时
睡觉的学生是一个好学生，你们低头看看自己的脚丫，你们会觉得一个每天晚上10点准
时上床的学生，他是真心想搞好学术的料子嘛？
既然他每次都笑眯眯接待了我，让我坐下来，慢慢说，不要着急，丝毫没有责怪我打断
他的其他事务的冲突时间的意思，就暗示了，他认为这种interrupt是有价值的，没价
值的打断，他当然要把你轰跑了。
不要说他了，你们看一个帖子觉得没价值的，不也在这成天闹腾么？你都明白这个道理
，没价值的东西不要去浪费时间，他那么高的学术地位，怎么会不如你明白？
不要以为牛人脑子缺根弦，这些很小很细微的东西，都能让他看清楚这个学生的能力和
潜力的，生活习惯甚至个人信仰。

l*g2013-10-07 07:10

8 楼

我小时候做恶梦，我妈妈就跟我说，枕头下面放个剪刀就好了，说的很真实的感觉，于
是我很相信我她的话，当天就觉得心里特别踏实，以后都不再怕了。其实这个本身没啥
，就是个心理作用

p*g2013-10-07 07:10

9 楼

Some packages in R/Bioconductor do this type of work or even more:
http://pathview.r-forge.r-project.org/
http://bioconductor.org/packages/2.13/bioc/html/pathview.html
http://bioconductor.org/packages/2.13/bioc/html/KEGGgraph.html

f*m2013-10-07 07:10

10 楼

学生应该是自由的。导师可以影响学生但不该强迫学生。学生将来也可以成为导师的老
师，或是倒卖电子产品的护士。人各有命，不可强求！

【在 p******g 的大作中提到】

: 他们对学生的生活工作学业，都是了如指掌的，绝对不会糊涂半
: 点的，因为这些生活品质和个人习惯，能直接渗透出一个学生对科研有多投入，对学术
: 有多passion，对paper有多重视，对创新有多enjoy
: 你如果都不知道你的学生回家以后，每天在干嘛---你是如何知道他的心思有没有聚焦
: 在你的课题上的？你是如何搞清楚他有没有认真钻研过实验室的protocol的，这都是
: 相辅相成的关系啊。

c*z2013-10-07 07:10

11 楼

我十来岁的时候，有一晚梦到一个邪恶的妖怪害了我姥爷，我从小是姥姥姥爷带大，当
时姥姥已经去了，姥爷和我们生活在一起，每天照顾我，我和姥爷的感情极深。
但是那个梦及其恐怖，当时我看我眼睁睁看着那个妖怪害了我姥爷，自己却无能为力，而且不知道那妖怪是什么变得，
就是极其恐怖的感觉。
醒来一身冷汗，我吓得要死，上厕所看着痰盂都是人脑袋，那种感觉现在还记得。
第二天我突然醒悟了，我应该保护我姥爷阿，我就下定决心，再做这样的梦，我就和妖
怪拼了，打不过就背着我姥爷跑路。。
然后睡觉前我就摩拳擦掌，就像拳击手马上上场比赛一样，激昂慷慨，结果那个梦再也
没来。。。
后来，又听说梦到老人去世是增寿的，我欣慰了不少。

【在 R*********i 的大作中提到】

: 娃星期一夜里做了噩梦，从梦中哭醒。我把她带到我们床上，安慰了一会儿，就睡下了
: 。后来她睡得还挺踏实。但是这一周后来连续的几天里天黑以后她时常委委屈屈的，和
: 我说她再也不要bad dreams 了。夜里要我陪。我陪也陪了，也确定没有再做噩梦了，
: 也试图和她谈了她的噩梦（她说梦到房间在晃），谈了梦境和现实不同，也试图找到她
: 生活里的变化和压力（准备上K了，要添小弟弟了，因为夏令时天长了晚饭以后出去玩
: 累了）并且以正面情绪和她谈了她每天的活动。。。但是似乎都没有用。临睡还是很紧
: 张，要我反复保证会帮她把bad dreams赶走，而且还是很害怕的样子。我不知道该怎么
: 帮助她摆脱这噩梦的困扰。今晚和我妈在电话里说起来，我妈说最好的办法是从此不提
: ，让孩子淡忘就好了。可是我不知道女儿如果仍然主动和我谈我该怎么办？有妈妈能介
: 绍点经验么？谢谢！

N*n2013-10-07 07:10

12 楼

这个现在不能得到KEGG的dataset，要钱买。

【在 p***g 的大作中提到】

: Some packages in R/Bioconductor do this type of work or even more:
: http://pathview.r-forge.r-project.org/
: http://bioconductor.org/packages/2.13/bioc/html/pathview.html
: http://bioconductor.org/packages/2.13/bioc/html/KEGGgraph.html

p*g2013-10-07 07:10

13 楼

换我导师，会批评学生去做倒卖电子产品的，这反映了一个学生的敬业心和对学术追
求的积极度

【在 f*********m 的大作中提到】

: 学生应该是自由的。导师可以影响学生但不该强迫学生。学生将来也可以成为导师的老
: 师，或是倒卖电子产品的护士。人各有命，不可强求！

h*y2013-10-07 07:10

14 楼

你好可爱呀~ 又很勇敢！

【在 c***z 的大作中提到】

: 我十来岁的时候，有一晚梦到一个邪恶的妖怪害了我姥爷，我从小是姥姥姥爷带大，当
: 时姥姥已经去了，姥爷和我们生活在一起，每天照顾我，我和姥爷的感情极深。
: 但是那个梦及其恐怖，当时我看: 我眼睁睁看着那个妖怪害了我姥爷，自己却无能为力，而且不知道那妖怪是什么变得，
: 就是极其恐怖的感觉。
: 醒来一身冷汗，我吓得要死，上厕所看着痰盂都是人脑袋，那种感觉现在还记得。
: 第二天我突然醒悟了，我应该保护我姥爷阿，我就下定决心，再做这样的梦，我就和妖
: 怪拼了，打不过就背着我姥爷跑路。。
: 然后睡觉前我就摩拳擦掌，就像拳击手马上上场比赛一样，激昂慷慨，结果那个梦再也
: 没来。。。

p*g2013-10-07 07:10

15 楼

KEGG did shut down their ftp access for bulk download. But users are still
able to access data through Rest API: http://www.kegg.jp/kegg/rest/.
You don’t really need to download anything by youself. The program does
that.

p*g2013-10-07 07:10

16 楼

记得有一次，有个学生跟导师complain我没有及时回邮件，导师就回复他了，告诉他：
我家里有人住院了，正在疲惫不堪的照顾家人，负责接送，已经很辛苦了，导师让这个
学生耐心等几天，还要求那个学生向我道歉，同时要求他给我写一封祝福家人康复的信
---这个学生不敢怠慢，就把这些邮件都转发过来，然后自己在body内容里写下，祝福
你家人顺利出院和早日康复，真的很抱歉不知道你家里有事，一直在等你邮件。
看了那些他们私下交流的邮件，我还是挺感动，也吃惊的，没想到导师背后这么护着我
啊，这是学生把邮件发给我，让我看到了导师的另一面，其他人的那么多没发过来的邮
件，可想而知了。。。
所以说，有些人如果觉得导师和学生，就该各关各的门，每星期只要meet一次就算完成
教学任务了，那真是得好好练练江湖的艺术---师生关系是一门很深的学问，非常多的
讲究和门道。

c*z2013-10-07 07:10

17 楼

脸红。。。本来是很害怕的，可是自从下决心打败妖怪后，就觉得胸中充满了勇气，一
点也不害怕，很神奇！

【在 h***y 的大作中提到】

: 你好可爱呀~ 又很勇敢！

p*g2013-10-07 07:10

18 楼

You don’t really need to download anything by yourself. The program does
that.

l*n2013-10-07 07:10

19 楼

好可爱！

脸红。。。本来是很害怕的，可是自从下决心打败妖怪后，就觉得胸中充满了勇气，一
点也不害怕，很神奇！
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【在 c***z 的大作中提到】

: 脸红。。。本来是很害怕的，可是自从下决心打败妖怪后，就觉得胸中充满了勇气，一
: 点也不害怕，很神奇！

t*y2013-10-07 07:10

20 楼

开一个night light会不会好一些？

【在 R*********i 的大作中提到】

: 娃星期一夜里做了噩梦，从梦中哭醒。我把她带到我们床上，安慰了一会儿，就睡下了
: 。后来她睡得还挺踏实。但是这一周后来连续的几天里天黑以后她时常委委屈屈的，和
: 我说她再也不要bad dreams 了。夜里要我陪。我陪也陪了，也确定没有再做噩梦了，
: 也试图和她谈了她的噩梦（她说梦到房间在晃），谈了梦境和现实不同，也试图找到她
: 生活里的变化和压力（准备上K了，要添小弟弟了，因为夏令时天长了晚饭以后出去玩
: 累了）并且以正面情绪和她谈了她每天的活动。。。但是似乎都没有用。临睡还是很紧
: 张，要我反复保证会帮她把bad dreams赶走，而且还是很害怕的样子。我不知道该怎么
: 帮助她摆脱这噩梦的困扰。今晚和我妈在电话里说起来，我妈说最好的办法是从此不提
: ，让孩子淡忘就好了。可是我不知道女儿如果仍然主动和我谈我该怎么办？有妈妈能介
: 绍点经验么？谢谢！

d*g2013-10-07 07:10

21 楼

你太可爱了，摩拳擦掌地上了床，哈哈。
我家小妞昨天晚上睡着睡着哭了起来，然后一会儿就又没声音了，我不知道今天上床会
不会有反应。如果她做噩梦，能讲出来，我就用你这种方法让她不再怕做噩梦。

【在 c***z 的大作中提到】

: 我十来岁的时候，有一晚梦到一个邪恶的妖怪害了我姥爷，我从小是姥姥姥爷带大，当
: 时姥姥已经去了，姥爷和我们生活在一起，每天照顾我，我和姥爷的感情极深。
: 但是那个梦及其恐怖，当时我看: 我眼睁睁看着那个妖怪害了我姥爷，自己却无能为力，而且不知道那妖怪是什么变得，
: 就是极其恐怖的感觉。
: 醒来一身冷汗，我吓得要死，上厕所看着痰盂都是人脑袋，那种感觉现在还记得。
: 第二天我突然醒悟了，我应该保护我姥爷阿，我就下定决心，再做这样的梦，我就和妖
: 怪拼了，打不过就背着我姥爷跑路。。
: 然后睡觉前我就摩拳擦掌，就像拳击手马上上场比赛一样，激昂慷慨，结果那个梦再也
: 没来。。。

l*r2013-10-07 07:10

22 楼

buy or make a dreamcatcher?
http://www.kidzworld.com/article/6855-make-your-own-dreamcatche

R*i2013-10-07 07:10

23 楼

就是对MM来说不影响白天的生活啦？

【在 w********t 的大作中提到】

: 这个没什么用的，我从小到大都是做噩梦的，做了几十年了，自己习惯了就好了
: 但我从小被人称开心果，不是内向害羞的人哦
: 不用担心

R*i2013-10-07 07:10

24 楼

嗯，那我也想个法子蒙蒙她吧

【在 l****g 的大作中提到】

: 我小时候做恶梦，我妈妈就跟我说，枕头下面放个剪刀就好了，说的很真实的感觉，于
: 是我很相信我她的话，当天就觉得心里特别踏实，以后都不再怕了。其实这个本身没啥
: ，就是个心理作用

R*i2013-10-07 07:10

25 楼

太神奇太英勇了。。。

【在 c***z 的大作中提到】

: 我十来岁的时候，有一晚梦到一个邪恶的妖怪害了我姥爷，我从小是姥姥姥爷带大，当
: 时姥姥已经去了，姥爷和我们生活在一起，每天照顾我，我和姥爷的感情极深。
: 但是那个梦及其恐怖，当时我看: 我眼睁睁看着那个妖怪害了我姥爷，自己却无能为力，而且不知道那妖怪是什么变得，
: 就是极其恐怖的感觉。
: 醒来一身冷汗，我吓得要死，上厕所看着痰盂都是人脑袋，那种感觉现在还记得。
: 第二天我突然醒悟了，我应该保护我姥爷阿，我就下定决心，再做这样的梦，我就和妖
: 怪拼了，打不过就背着我姥爷跑路。。
: 然后睡觉前我就摩拳擦掌，就像拳击手马上上场比赛一样，激昂慷慨，结果那个梦再也
: 没来。。。

R*i2013-10-07 07:10

26 楼

好象怕的不是黑。她还要求我把窗帘关严实。不过可以试试。。。

【在 t******y 的大作中提到】

: 开一个night light会不会好一些？

V*o2013-10-07 07:10

27 楼

这是个啥呀？我一直以为是印第安人的图腾之类的。

【在 l*****r 的大作中提到】

: buy or make a dreamcatcher?
: http://www.kidzworld.com/article/6855-make-your-own-dreamcatche

R*i2013-10-07 07:10

28 楼

是个symbol吧？好象还是心理安慰的路子。不过可以试试。。。

【在 l*****r 的大作中提到】

: buy or make a dreamcatcher?
: http://www.kidzworld.com/article/6855-make-your-own-dreamcatche

V*o2013-10-07 07:10

29 楼

害怕房子晃，是不是你们在加州？大家心理都有些提防地震，所以不知不觉地影响了小
朋友？
或者你多带他去游乐场坐些震动的游乐ride,以后他对震动就不怕了。

【在 R*********i 的大作中提到】

: 娃星期一夜里做了噩梦，从梦中哭醒。我把她带到我们床上，安慰了一会儿，就睡下了
: 。后来她睡得还挺踏实。但是这一周后来连续的几天里天黑以后她时常委委屈屈的，和
: 我说她再也不要bad dreams 了。夜里要我陪。我陪也陪了，也确定没有再做噩梦了，
: 也试图和她谈了她的噩梦（她说梦到房间在晃），谈了梦境和现实不同，也试图找到她
: 生活里的变化和压力（准备上K了，要添小弟弟了，因为夏令时天长了晚饭以后出去玩
: 累了）并且以正面情绪和她谈了她每天的活动。。。但是似乎都没有用。临睡还是很紧
: 张，要我反复保证会帮她把bad dreams赶走，而且还是很害怕的样子。我不知道该怎么
: 帮助她摆脱这噩梦的困扰。今晚和我妈在电话里说起来，我妈说最好的办法是从此不提
: ，让孩子淡忘就好了。可是我不知道女儿如果仍然主动和我谈我该怎么办？有妈妈能介
: 绍点经验么？谢谢！

v*e2013-10-07 07:10

30 楼

其实娃是很会给自己解决问题的，只要大人不第一时间帮她分析和解决。以后她再主动
谈起噩梦，大人只需要认真地听，然后说：＂这样啊，看来你很不喜欢那个噩梦，但是
每个人都要睡自己的床，你愿意想办法解决这件事嘛？＂
事情交给她自己去做，然后你会发现孩子作为独立的个体，她其实很有办法，很有主见。

【在 R*********i 的大作中提到】

: 娃星期一夜里做了噩梦，从梦中哭醒。我把她带到我们床上，安慰了一会儿，就睡下了
: 。后来她睡得还挺踏实。但是这一周后来连续的几天里天黑以后她时常委委屈屈的，和
: 我说她再也不要bad dreams 了。夜里要我陪。我陪也陪了，也确定没有再做噩梦了，
: 也试图和她谈了她的噩梦（她说梦到房间在晃），谈了梦境和现实不同，也试图找到她
: 生活里的变化和压力（准备上K了，要添小弟弟了，因为夏令时天长了晚饭以后出去玩
: 累了）并且以正面情绪和她谈了她每天的活动。。。但是似乎都没有用。临睡还是很紧
: 张，要我反复保证会帮她把bad dreams赶走，而且还是很害怕的样子。我不知道该怎么
: 帮助她摆脱这噩梦的困扰。今晚和我妈在电话里说起来，我妈说最好的办法是从此不提
: ，让孩子淡忘就好了。可是我不知道女儿如果仍然主动和我谈我该怎么办？有妈妈能介
: 绍点经验么？谢谢！

R*i2013-10-07 07:10

31 楼

我们在东岸，娃从来没经历过地震。甚至我问她地震有什么不好，她都说不出来 - 所
以觉得挺奇怪呢。

【在 V*********o 的大作中提到】

: 害怕房子晃，是不是你们在加州？大家心理都有些提防地震，所以不知不觉地影响了小
: 朋友？
: 或者你多带他去游乐场坐些震动的游乐ride,以后他对震动就不怕了。

R*i2013-10-07 07:10

32 楼

娃的办法是妈妈陪坐到她睡熟 - 我也不在乎陪一段时间，因为总是会过去的。只是这
种害怕的状态让我们都很困扰，所以希望她能快点走出来。

见。

【在 v********e 的大作中提到】

: 其实娃是很会给自己解决问题的，只要大人不第一时间帮她分析和解决。以后她再主动
: 谈起噩梦，大人只需要认真地听，然后说：＂这样啊，看来你很不喜欢那个噩梦，但是
: 每个人都要睡自己的床，你愿意想办法解决这件事嘛？＂
: 事情交给她自己去做，然后你会发现孩子作为独立的个体，她其实很有办法，很有主见。

y*52013-10-07 07:10

33 楼

是不是有老二了，老大有压力了？

w*42013-10-07 07:10

34 楼

小兔汤姆系列的书不错。
可以给她讲讲这本。《汤姆的噩梦》
http://pic.baobao88.com/huiben/tonghua/201111/72647.html
告诉她，做梦是正常的事，有好梦，有坏梦，但都不是真的。就像听故事一样。

【在 R*********i 的大作中提到】

: 娃星期一夜里做了噩梦，从梦中哭醒。我把她带到我们床上，安慰了一会儿，就睡下了
: 。后来她睡得还挺踏实。但是这一周后来连续的几天里天黑以后她时常委委屈屈的，和
: 我说她再也不要bad dreams 了。夜里要我陪。我陪也陪了，也确定没有再做噩梦了，
: 也试图和她谈了她的噩梦（她说梦到房间在晃），谈了梦境和现实不同，也试图找到她
: 生活里的变化和压力（准备上K了，要添小弟弟了，因为夏令时天长了晚饭以后出去玩
: 累了）并且以正面情绪和她谈了她每天的活动。。。但是似乎都没有用。临睡还是很紧
: 张，要我反复保证会帮她把bad dreams赶走，而且还是很害怕的样子。我不知道该怎么
: 帮助她摆脱这噩梦的困扰。今晚和我妈在电话里说起来，我妈说最好的办法是从此不提
: ，让孩子淡忘就好了。可是我不知道女儿如果仍然主动和我谈我该怎么办？有妈妈能介
: 绍点经验么？谢谢！