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Gene expression数据做GSEA的问题

Gene expression数据做GSEA的问题# Biology - 生物学

S*e2013-11-04 08:11

1 楼

孩子3岁半。有时候问他，是谁把 xx 弄倒了，他转转眼睛，说爷爷/奶奶。晚上睡觉前
，不愿意睡觉，就说要pooh - pooh, 在potty 上做半天，让我讲故事，讲了2个，啥
也没有拉。。。。
觉得性质上是说谎，可是看他转转眼睛，又觉得是闹着玩，不是真说谎。该怎么管教呢
？

b*n2013-11-04 08:11

2 楼

已经涨了8周了，从12年低，涨了25%
难道不能再涨4周，连涨12周？40%？
这世界没有什么不可能
纳斯达克上2000，DOW直接上10000也不过是迟早的事
BUFFET说危机已经过去，NO BIG BANK FAIL AND ALL TAXPAYERS MONEY WILL GET
PAID BACK，他看好WFC，他说INFLATION 要来了
TIMING MARKET 我们搞不好，最苯最有效的办法是捂，捂指数
周一前市我将拿回TNA和FAS，UYM 和URE
希望能以低于卖出价拿回然后一只捂到历史新高
其实想一想？股市迟早要创新高，DOW迟早要到2万点，虽然可能会等1-3年
但为什么不能等呢？除非你对美国没有信心
如果美国要衰落，我们都不能身免
但只少在可预见的将来，世界上还没有任何一个国家能替代美国
中国吗？至少还需要100年

m*c2013-11-04 08:11

3 楼

13.3寸 QHD，Broadwell处理器只有1.72 pounds!! 还有个360度翻转屏的触控版也只有
2.04 pounds.
嫌沉党可以考虑入了。

M*r2013-11-04 08:11

4 楼

请问，我做Gene expression之后，得到两万多基因的表达值；如果FDR设定0.05之后，
还剩300多。
打算做GSEA，和别人的KD数据比较，那是用FDR filter之后的300多基因，还是直接把
全部基因都导入到GSEA软件里面让GSEA filter？
谢谢！

i*e2013-11-04 08:11

5 楼

下一次直接说：xx 倒了，你把它扶起来放好吧
定10分钟timer, 到时间就说，poopoo 睡觉了，明天醒了才会来，咱们也该去睡觉了

【在 S*******e 的大作中提到】

: 孩子3岁半。有时候问他，是谁把 xx 弄倒了，他转转眼睛，说爷爷/奶奶。晚上睡觉前
: ，不愿意睡觉，就说要pooh - pooh, 在potty 上做半天，让我讲故事，讲了2个，啥
: 也没有拉。。。。
: 觉得性质上是说谎，可是看他转转眼睛，又觉得是闹着玩，不是真说谎。该怎么管教呢
: ？

n*72013-11-04 08:11

6 楼

不错，公款就可以上了

W*o2013-11-04 08:11

7 楼

all genes imported to GSEA for cluster/pathway analysis.

【在 M********r 的大作中提到】

: 请问，我做Gene expression之后，得到两万多基因的表达值；如果FDR设定0.05之后，
: 还剩300多。
: 打算做GSEA，和别人的KD数据比较，那是用FDR filter之后的300多基因，还是直接把
: 全部基因都导入到GSEA软件里面让GSEA filter？
: 谢谢！

M*r2013-11-04 08:11

8 楼

太感谢了。FDR过滤后的做，为什么不可以？
还一个问题。我经常遇到1001 error，就是None of the gene sets that you
specified passed the size threshold.
我同事说可能是下载用来比较用的别人的gene set里面包含的基因太少。但是我看了一
下，里面有200多个基因。
也不是 gene identifiers 没设置对，我试了false和ture，都不行。
这是怎么回事？
能设置Min/Max size parameter吗？该怎么设置？
谢谢！！

【在 W***o 的大作中提到】

: all genes imported to GSEA for cluster/pathway analysis.

W*o2013-11-04 08:11

9 楼

I usually write code to run GSEA in terminal. I can copy you my settings
later.

【在 M********r 的大作中提到】

: 太感谢了。FDR过滤后的做，为什么不可以？
: 还一个问题。我经常遇到1001 error，就是None of the gene sets that you
: specified passed the size threshold.
: 我同事说可能是下载用来比较用的别人的gene set里面包含的基因太少。但是我看了一
: 下，里面有200多个基因。
: 也不是 gene identifiers 没设置对，我试了false和ture，都不行。
: 这是怎么回事？
: 能设置Min/Max size parameter吗？该怎么设置？
: 谢谢！！

M*r2013-11-04 08:11

10 楼

能否看看你的settings呢？
多谢了

【在 W***o 的大作中提到】

: I usually write code to run GSEA in terminal. I can copy you my settings
: later.