请问有做quantitative genetics的人吗？问个kinship和mixed model的问题。 - 未名空间MITBBS历史存档

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请问有做quantitative genetics的人吗？问个kinship和mixed model的问题。

请问有做quantitative genetics的人吗？问个kinship和mixed model的问题。# Biology - 生物学

r*t2014-05-05 07:05

1 楼

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z*n2014-05-05 07:05

2 楼

大多数人不会开着GPS上下班,　服务器端怎么会有实时的交通数据呢？
难到不开地图这些手机也往服务器端发送位置信息?这么干应当会有隐私问题吧．

o*n2014-05-05 07:05

3 楼

我们想把kinship matrix加到我们的model里，分析一些植物的genotype和它们的trait
的关系。
采样的时候，我们每个植物的genotype取了三个样，有27种植物的genotype，所以有81
个样品。
在把kinship放到模型里的R packages里，要求trait data matrix和kinship matrix要
有一样的size，请问我们这种81*n trait的trait data matrix和27*27的kinship
matrix怎么才能对应起来呢？取平均值肯定不是最优的办法。
谢谢！

f*52014-05-05 07:05

4 楼

从手机基站来的。

【在 z*n 的大作中提到】

: 大多数人不会开着GPS上下班,　服务器端怎么会有实时的交通数据呢？
: 难到不开地图这些手机也往服务器端发送位置信息?这么干应当会有隐私问题吧．

M*P2014-05-05 07:05

5 楼

balanced design, 我觉得取平均值是没问题的。

trait
81
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8

【在 o******n 的大作中提到】

: 我们想把kinship matrix加到我们的model里，分析一些植物的genotype和它们的trait
: 的关系。
: 采样的时候，我们每个植物的genotype取了三个样，有27种植物的genotype，所以有81
: 个样品。
: 在把kinship放到模型里的R packages里，要求trait data matrix和kinship matrix要
: 有一样的size，请问我们这种81*n trait的trait data matrix和27*27的kinship
: matrix怎么才能对应起来呢？取平均值肯定不是最优的办法。
: 谢谢！

z*n2014-05-05 07:05

6 楼

我查了一下, 不是这样的.
http://www.readwriteweb.com/archives/google_maps_gets_smarter_c
也就是说Android用户开了my location的在贡献数据, 这好象确实有privacy问题.
也说明了其实果果是受益者, 果果没有给GG用户隐私数据, 但在使用服务.

【在 f*******5 的大作中提到】

: 从手机基站来的。

o*n2014-05-05 07:05

7 楼

谢谢你的回复。
那如果不是balanced design请问怎么处理好？
比如实际中，有的样品测序没有出来，所以不是每个genotype都有3个replicates。
gwas里面每个genotype应该也会测几个replicate的吧，而且也不一定是balanced
design，他们是怎么把不一样大的trait data matrix和kinship matrix联系起来的呀？
也许做gwas的人不会遇到我这个问题吧，他们的每个replicates也都genotype过，有
SNP data，所以trait data和kinship的矩阵大小一致。可是我们没有每株植物的SNP
data。
我这个问题看来真的不好办…… :-(

d*a2014-05-05 07:05

8 楼

看了这一段，我感觉好多了。:-)
Update: We just heard back from Google - here is the official statement
about which phones will be able to contribute traffic data to Google Maps:
Google Maps products that include location services will make use of this
information for traffic. This includes the downloadable Google Maps for
Mobile product for mobile phones as well as the Google Maps application for
Android phones. One exception is the maps functionality that Google provides
for the iPhone - the iPhone does not provide any location data that is used
for traffic crowdsourcing at this time.
苹果用户也不是受益者。Google Map在iPhone上是残缺版，严格地说，
没有正常的导航功能（无语音，Nav界面很差）。没什么人用它来做导航，当然
也就拿不到多少traffic数据（就算Google想拿的话）。

M*P2014-05-05 07:05

9 楼

you can do a majority vote and see how it goes.
in your case, genotype is the control variable, which is not assumed to be
random variable in most situations. If anyone knows how to make both
genotype and phenotype as random variable, I would like to learn how to do
the analysis.

呀？

【在 o******n 的大作中提到】

: 谢谢你的回复。
: 那如果不是balanced design请问怎么处理好？
: 比如实际中，有的样品测序没有出来，所以不是每个genotype都有3个replicates。
: gwas里面每个genotype应该也会测几个replicate的吧，而且也不一定是balanced
: design，他们是怎么把不一样大的trait data matrix和kinship matrix联系起来的呀？
: 也许做gwas的人不会遇到我这个问题吧，他们的每个replicates也都genotype过，有
: SNP data，所以trait data和kinship的矩阵大小一致。可是我们没有每株植物的SNP
: data。
: 我这个问题看来真的不好办…… :-(

f*52014-05-05 07:05

10 楼

你是说google map啊。我05年左右听了个talk是讲怎么发假traffic信息，那时候还没
有android。

【在 z*n 的大作中提到】

: 我查了一下, 不是这样的.
: http://www.readwriteweb.com/archives/google_maps_gets_smarter_c
: 也就是说Android用户开了my location的在贡献数据, 这好象确实有privacy问题.
: 也说明了其实果果是受益者, 果果没有给GG用户隐私数据, 但在使用服务.

o*n2014-05-05 07:05

11 楼

谢谢你的回复。
如果我们不加kinship到model里，那么genotype就是一个有27个level的factor，R会
assume这些level是一样的，但其实它们之间的genetic distance并不一样，所以我们
想把这个信息加到model里。
让我困惑的就是怎么加。我想到一个办法就是把每个plant genotype跟其它所有
genotype的total genetic distance作为一个新的covariate放到model里。但我又觉得
，这个covariate和genotype不是collinear的吗？
plant breeding的人有时会把kinship matrix加到model里做association analysis。
不过我们的trait不是传统意义上的phenotype，也没有每株植物的SNP data，所以很多
软件/package不能用……

【在 M*P 的大作中提到】

: you can do a majority vote and see how it goes.
: in your case, genotype is the control variable, which is not assumed to be
: random variable in most situations. If anyone knows how to make both
: genotype and phenotype as random variable, I would like to learn how to do
: the analysis.
:
: 呀？

c*c2014-05-05 07:05

12 楼

ios 5上的google map本来就是apple自己做的，怎么可能会给google贡献traffic data
，apple从来没当过活雷锋

for
provides
used

【在 d***a 的大作中提到】

: 看了这一段，我感觉好多了。:-)
: Update: We just heard back from Google - here is the official statement
: about which phones will be able to contribute traffic data to Google Maps:
: Google Maps products that include location services will make use of this
: information for traffic. This includes the downloadable Google Maps for
: Mobile product for mobile phones as well as the Google Maps application for
: Android phones. One exception is the maps functionality that Google provides
: for the iPhone - the iPhone does not provide any location data that is used
: for traffic crowdsourcing at this time.
: 苹果用户也不是受益者。Google Map在iPhone上是残缺版，严格地说，

M*P2014-05-05 07:05

13 楼

you think this as a two step process. First you get the best genotype
estimation you can get using 3 replicates for each species. For the second
step, you forget about the errors in the genotype and assume they are 100%
correct. Then you do the linear mixed model for whatever your analysis is.
The kinship is used as random effect to control for the relateness of the
species.

【在 o******n 的大作中提到】

: 谢谢你的回复。
: 如果我们不加kinship到model里，那么genotype就是一个有27个level的factor，R会
: assume这些level是一样的，但其实它们之间的genetic distance并不一样，所以我们
: 想把这个信息加到model里。
: 让我困惑的就是怎么加。我想到一个办法就是把每个plant genotype跟其它所有
: genotype的total genetic distance作为一个新的covariate放到model里。但我又觉得
: ，这个covariate和genotype不是collinear的吗？
: plant breeding的人有时会把kinship matrix加到model里做association analysis。
: 不过我们的trait不是传统意义上的phenotype，也没有每株植物的SNP data，所以很多
: 软件/package不能用……

c*c2014-05-05 07:05

14 楼

ios 6的traffic data也是用户自己contribute的

【在 z*n 的大作中提到】

o*n2014-05-05 07:05

15 楼

谢谢你哦。我想你的意思是，把第一步算出的genotype的coefficients作为dependent
variable用kinship来model，对吗？那第二步的什么结果可以回答plant genotype和
trait的关系吗？
我们还知道有significant genotype by environment interaction，所以第一步的
model里面也会加入E和GxE，所以GxE也会被genotype relatedness影响。

【在 M*P 的大作中提到】

: you think this as a two step process. First you get the best genotype
: estimation you can get using 3 replicates for each species. For the second
: step, you forget about the errors in the genotype and assume they are 100%
: correct. Then you do the linear mixed model for whatever your analysis is.
: The kinship is used as random effect to control for the relateness of the
: species.

l*k2014-05-05 07:05

16 楼

没智能手机之前map就有live traffic了呀

【在 z*n 的大作中提到】

o*n2014-05-05 07:05

17 楼

@MHP:
我下午查文献和R help list的时候看到有人跟你类似的方法了。
我刚想出来另外一个办法了！
我把那个kinship matrix inflate到trait data的size就可以了，然后随便什么可以
take kinship or correlation matrix的package都能用了，哈哈！而且这样比取均值
要更make sense。

S*t2014-05-05 07:05

18 楼

数据来自Caltrans等机构
另外我觉得做为用户，就live traffic而言，大家都上传位置和速度信息，难道不是好
事，这个可以获得更及时准确的traffic信息。为什么老有人杞人忧天的担心自己的那
点隐私，而就想坐享其他用户提供的数据？

【在 z*n 的大作中提到】

l*k2014-05-05 07:05

19 楼

有些人在意，至少说明一下，给用户个选择

【在 S********t 的大作中提到】

: 数据来自Caltrans等机构
: 另外我觉得做为用户，就live traffic而言，大家都上传位置和速度信息，难道不是好
: 事，这个可以获得更及时准确的traffic信息。为什么老有人杞人忧天的担心自己的那
: 点隐私，而就想坐享其他用户提供的数据？

s*p2014-05-05 07:05

20 楼

ios5里location service里有traffic这个开关，是提供traffic的信息的
至于有没有给google，那就不知道了

data

【在 c*c 的大作中提到】

: ios 5上的google map本来就是apple自己做的，怎么可能会给google贡献traffic data
: ，apple从来没当过活雷锋
:
: for
: provides
: used

g*g2014-05-05 07:05

21 楼

这个东西，体现的是自由。Android又没逼着你上传location，觉得
自己隐私那么重要，关了就好了。

z*n2014-05-05 07:05

22 楼

这和说没人逼着冠西去修电脑一个性质, 不告而拿毕竟在道德上是站不住脚的. 用户应
当有
知到这产品到底在做什么的自由. 现在去问个gmap用户, 又有几个知道即便不用gps自
己的位置也在被上传?
关了location实际上就是在占那些没有关location的用户的便宜, 也就是说这产品只给
了暴露自己隐私和占别人便宜两种选择...

【在 g*****g 的大作中提到】

: 这个东西，体现的是自由。Android又没逼着你上传location，觉得
: 自己隐私那么重要，关了就好了。

S*t2014-05-05 07:05

23 楼

settings -> location services自己读读

【在 z*n 的大作中提到】

: 这和说没人逼着冠西去修电脑一个性质, 不告而拿毕竟在道德上是站不住脚的. 用户应
: 当有
: 知到这产品到底在做什么的自由. 现在去问个gmap用户, 又有几个知道即便不用gps自
: 己的位置也在被上传?
: 关了location实际上就是在占那些没有关location的用户的便宜, 也就是说这产品只给
: 了暴露自己隐私和占别人便宜两种选择...

g*g2014-05-05 07:05

24 楼

你又瞎扯了，这个东西一开机就给个警告，EULA里面有，那是不告而拿吗？
这就跟windows上软件crash了，微软还问你要不要report呢，里面很多隐私。

【在 z*n 的大作中提到】

c*i2014-05-05 07:05

25 楼

其实就是雇了一堆民工趴在桥上看。

z*n2014-05-05 07:05

26 楼

又有几个人认真看过EULA? 我到这里来问都没有几个知道gmap的live traffic是这么实
现的.
果饭可以一直理直气壮的说至少iphone不实时跟踪用户... iphone用户的隐私是有保证
的.

【在 g*****g 的大作中提到】

: 你又瞎扯了，这个东西一开机就给个警告，EULA里面有，那是不告而拿吗？
: 这就跟windows上软件crash了，微软还问你要不要report呢，里面很多隐私。

w*t2014-05-05 07:05

27 楼

楼主，我劝劝架，大家讨论可以认真，但千万别上火啊。

【在 z*n 的大作中提到】

: 又有几个人认真看过EULA? 我到这里来问都没有几个知道gmap的live traffic是这么实
: 现的.
: 果饭可以一直理直气壮的说至少iphone不实时跟踪用户... iphone用户的隐私是有保证
: 的.

c*c2014-05-05 07:05

28 楼

ios6 apple都说明了是用用户的gps data来做live traffic的啊。

【在 z*n 的大作中提到】

i*z2014-05-05 07:05

29 楼

貌似跟google apple关系不大。路下面间隔一段都有埋线圈的，那个可以测流量吧，政
府公路部门会有系统监控吧，让后有需要，应该可以合法得到这种live的数据吧。要不
然像511那种信息网站，它的交通数据哪里来？应该不会跟什么私人google apple公司
共享这种信息吧。
google apple用户手机上传的信息应该也是有帮助的，各个数据汇总后综合显示交通情
况吧

w*t2014-05-05 07:05

30 楼

看了楼上的回帖，突然想到，网站的实时交通拥堵情况信息，是哪里来的呢？
比如这个：
http://www.wtop.com/?sid=&nid=871
难不成是有人或有公司卖出去的吗？

【在 z*n 的大作中提到】

c*c2014-05-05 07:05

31 楼

For websites, some government website provides such information (accident,
road work, road block, etc)
Also, there are sites for tracking road sensors, just crawling those sites
should be enough.

【在 w******t 的大作中提到】

: 看了楼上的回帖，突然想到，网站的实时交通拥堵情况信息，是哪里来的呢？
: 比如这个：
: http://www.wtop.com/?sid=&nid=871
: 难不成是有人或有公司卖出去的吗？

c*92014-05-05 07:05

32 楼

一般来说，Live Traffic的数据来源有如下方式：
--政府有一定的Traffic monitoring装置，可以提供一部分Live交通数据。而且各个地
方的信息多少，准确度还不一样
--一些商业公司有自己的设备采集交通信息，包括Google。
--用户提供。方式包括主动和被动的。主动提供的不多，也不应该鼓励，因为牵涉到一
些安全问题。而以被动的居多。比如说，包括政府的交通数据，有一部分就是用户被动
提供的。在我们这里，以前是靠检测车辆的Toll Tag来实现的。现在移动设备越来越多
，数据应用也越来越普遍，这个是提供实时交通的最佳方式。
我觉得现在应该立法，明文规定可以通过Mobile Device来匿名搜集数据。而且这部分
数据传输应该免费，用户有权利选择提供和不提供，然后这个信息应该要共享。通过立
法，才能保证Privacy不是问题，因为用户需要提供的仅仅是location + 交通信息（速
度等），不能有任何私人信息被记录（比如说mobile device的ID等）。

z*n2014-05-05 07:05

33 楼

我觉得这是正解.
用户需要对于服务方如何使用用户的隐私信息有最终决定权. 和靠用户隐私信息谋利的
公司和团体讨论是不可能有自觉自愿的解决方案的, 就是与虎谋皮. 规范服务方行为应
当靠立法.

【在 c****9 的大作中提到】

: 一般来说，Live Traffic的数据来源有如下方式：
: --政府有一定的Traffic monitoring装置，可以提供一部分Live交通数据。而且各个地
: 方的信息多少，准确度还不一样
: --一些商业公司有自己的设备采集交通信息，包括Google。
: --用户提供。方式包括主动和被动的。主动提供的不多，也不应该鼓励，因为牵涉到一
: 些安全问题。而以被动的居多。比如说，包括政府的交通数据，有一部分就是用户被动
: 提供的。在我们这里，以前是靠检测车辆的Toll Tag来实现的。现在移动设备越来越多
: ，数据应用也越来越普遍，这个是提供实时交通的最佳方式。
: 我觉得现在应该立法，明文规定可以通过Mobile Device来匿名搜集数据。而且这部分
: 数据传输应该免费，用户有权利选择提供和不提供，然后这个信息应该要共享。通过立

w*t2014-05-05 07:05

34 楼

小声的咳嗽一下，知道google为什么和政府走在了一起吗？

【在 z*n 的大作中提到】

: 我觉得这是正解.
: 用户需要对于服务方如何使用用户的隐私信息有最终决定权. 和靠用户隐私信息谋利的
: 公司和团体讨论是不可能有自觉自愿的解决方案的, 就是与虎谋皮. 规范服务方行为应
: 当靠立法.

w*y2014-05-05 07:05

35 楼

这个纯粹瞎扯，家里LD是做这个的，Live traffic的数据全是买的，
你在highway上开车的时候，注意一下，基本上每个头顶的指示牌，下面都有一个基于
radar的receiver，专门收集traffic的数据的，一般都是专门的公司来收集，这个钱主
要是当地的DOT来支付的，现在地图公司也开始买这部分数据，整合的map里面了。

【在 z*n 的大作中提到】

z*n2014-05-05 07:05

36 楼

有篇09年的文章说不是这样的...
http://www.readwriteweb.com/archives/google_maps_gets_smarter_c
"Google will also tap into data it receives from GPS-enabled phones that use
Google Maps with the My Location feature."
如果是公共信息, APPL自己做maps最终是可以赶上的, 如果是Android phone的
location信息, 如果果果不想同样跟踪用户, 是没有办法赶上的.

【在 w*****y 的大作中提到】

: 这个纯粹瞎扯，家里LD是做这个的，Live traffic的数据全是买的，
: 你在highway上开车的时候，注意一下，基本上每个头顶的指示牌，下面都有一个基于
: radar的receiver，专门收集traffic的数据的，一般都是专门的公司来收集，这个钱主
: 要是当地的DOT来支付的，现在地图公司也开始买这部分数据，整合的map里面了。

w*y2014-05-05 07:05

37 楼

那个数据有可能是有些没有traffic data available的地方。
绝大部分的metro area都有这些数据了。

use

【在 z*n 的大作中提到】

: 有篇09年的文章说不是这样的...
: http://www.readwriteweb.com/archives/google_maps_gets_smarter_c
: "Google will also tap into data it receives from GPS-enabled phones that use
: Google Maps with the My Location feature."
: 如果是公共信息, APPL自己做maps最终是可以赶上的, 如果是Android phone的
: location信息, 如果果果不想同样跟踪用户, 是没有办法赶上的.

N*e2014-05-05 07:05

38 楼

http://www.mitbbs.com/article_t/PDA/31889601.html