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用beadarray package分析芯片数据求助
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用beadarray package分析芯片数据求助# Biology - 生物学
m*g
1
亲爱的老婆大人:
遵照您的旨意,我在书房里反省了一个小时四十三分零七秒,喝了一杯白开水,上
了一次卫生间,没有抽烟,以上事实准确无误,请审查。
附上我的检讨报告,不当之处可以协商。
经过3个月的婚姻生活,我认为老婆同志温柔贤良,勤奋聪颖,是不可多得的好妻
子,而身为丈夫的我却举止乖张,态度轻狂,所作所为确有值得商榷之处。
以下是我对自己恶劣行径的剖析,请领导批阅:
1.昨天的事情是我不对。你做的红烧茄子虽然有点咸,但是香醇可口,瑕不掩瑜
,我不该指责你浪费盐。我这么求全责备,完全是暗藏嫉妒之心。不过再加点水是可以
的。
2.你说喜欢陆毅的时候,我不该信口雌黄说我喜欢梁咏琪,害得你两天不能理我
,极其痛苦 。仔 细一想,我的回答确实很不妥当,因为你的>花心还局限于内地,我
却冲到了港台,我还是喜欢周迅好了。
3.你喜欢看韩剧里的小政哥,我不该百般阻挠,你拿我和他比较我也不该表示抗
议,因为人家小政哥都没有抗议。
4.星期六的那次婚礼,我说我开会,不知道能不能去,你准备了两个红包,一个
100的,一个200的,结果我没去,你不小心送出去了厚的。亲爱的,我不该笑你
,你已经做得很好了,换作我,可能将两个都一块儿送出去了。
5.上次你买来黄花鱼,我不该信誓旦旦,冒充大厨,结果你帮厨时欢呼雀跃,闻
味时垂涎欲滴,吃的时候却垂头丧气,对于你脆弱的心理而言,这是难以承受的。
6.你剪短了头发,问我好不好看,我说好看,你很高兴;进一步求证,我说还行
;你追问到底好不好,我回答,不如以前好,使你非常难过。这是我的错,以后此类的
回复均以第一次为准。
7.你在网上认识了很多优秀的朋友,一时间鸿雁传书,玉照纷飞,我不该用报纸
上的报道打击你 。不过你穿白裙子的那张照片真的不好看,还是穿高领衫的那张好,
旁边有我当保镖,显得气派。
8.探望你外甥那次,你回来和我讨论谁应该洗尿布,我的确不该推卸责任,惹你生
气。不过亲爱的,这项任务过于遥远,我们还是讨论谁负责生好了。他们家是谁生的?
9. 你指责我把袜子到处乱放时,我不应该反诬你到处放书,毕竟袜子是臭的,书
是香的。
10.你请雪儿吃麦当劳的时候,我不该在桌子下面偷偷踢她,让你大发雷霆,可是
她踩坏了我那么多皮鞋,你为什么都不管?
11.你说我长得不如你漂亮的时候,我不应该顽固抵赖,你说得很对,证据确凿,
可以让瞎子作证。
12.我下楼倒垃圾回来,你围着我转了好几圈,问我抽了几根,我说一根,你就大
生其气。亲爱的,我真不知道你的鼻子如此灵敏,其实我抽了两根。
你一直是善解人意的女孩,希望你能够原谅我,给我改过自新的机会。为了家庭安
定,经济繁荣,顺便提几个小小的建议:
1.不要指着电视里的帅哥说他像你从前的男友,你第一次近距离接近男士是在大
二的舞会上,慌慌张张地狂踩别人的脚,很不幸那个人是我。
2.逛商店的时候,不要总是突发奇想,比如要买一个粉碎机回去做蒜泥,你不觉
得我这个机器比较经济吗?
3.吃饭的时候,你总是嫌我吃得少,照相的时候却又嫌我胖,亲爱的,这真的让
我很为难。
4.不要给我出一些刁钻古怪的问题,说那是脑筋急转弯,结果让我逻辑混乱。
5.不要在我看枪战片的时候给我讲笑话,而且不笑不行。
以上种种,请老婆大人明鉴。友情提示:卧室里昨日有蜘蛛出没,如需护驾,请联
系客厅西面休闲区组合沙发一号,竭诚为您服务。
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i*i
2
正在学着用bioconductor里面的beadarray+limma分析数据。
初步就是看看differential expressed gene。
我用的步骤是
1.用readBeadSummaryData读入summary level的数据,因为core已经提供了quantile
normalized, background subtracted的数据了,我就直接用了。
2.用genefilter去掉所有表达值小于4的probe (f1 3.用limma分析差异表达基因
4.用toptable输出结果
不知道以上步骤有没有问题。
另外我有一些问题想请教:
1. toptable给的结果是按照logFC排列的,数值有正有负,如何把up regulation和
dwon regulation的分开
2. toptable给的结果只有probe ID,怎么样才能把symbol等annotation信息加在这些
选出来的基因的后边,join table as right part。
如果能给出R代码就能帮我少走很多弯路,谢谢。
如果哪位能够提供她/他常用的关于芯片数据分析代码就更好了。
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v*e
3

dwon regulation的分开
选出来的基因的后边,join table as right part。
1.
toptablePos = toptable[toptable$logFC >=0,]
toptableNeg = toptable[toptable$logFC <0,]
2. try "merge"

【在 i*****i 的大作中提到】
: 正在学着用bioconductor里面的beadarray+limma分析数据。
: 初步就是看看differential expressed gene。
: 我用的步骤是
: 1.用readBeadSummaryData读入summary level的数据,因为core已经提供了quantile
: normalized, background subtracted的数据了,我就直接用了。
: 2.用genefilter去掉所有表达值小于4的probe (f1 : 3.用limma分析差异表达基因
: 4.用toptable输出结果
: 不知道以上步骤有没有问题。
: 另外我有一些问题想请教:

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m*u
4
Wow, as said, Bio People is doing Data Analysis in Bio research process.
Therefore, It is very easy for Bio People to find industry jobs as a
database analyst. There are many many industry jobs a Bio people can do.
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i*i
5
非常感谢。
你的方法很简洁。

【在 v*******e 的大作中提到】
:
: dwon regulation的分开
: 选出来的基因的后边,join table as right part。
: 1.
: toptablePos = toptable[toptable$logFC >=0,]
: toptableNeg = toptable[toptable$logFC <0,]
: 2. try "merge"

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