t*z
4 楼
我来尝试解释下吧。
如果要计算基因进化速率的具体数值,那么第一需要进化树,第二需要估计进化分支的
年代(利用化石证据或者其他基因的已知的突变率),然后根据进化树上树枝的长度(
积累的突变个数),就可以算出你感兴趣的基因的进化速率(单位时间内突变数量)了。
年代的估计是个很不靠谱的事情,基本是十个组能做出十个结果。所以在多数情况下,
你无法精确算出进化速度,而是只能比较相对的进化速度。后者可以分成两种:
一、感兴趣的基因在这个物种中是否比在别的物种中进化快?做该基因家族的进化树然
后比较树枝长度就可以。
二、感兴趣的基因跟同一个基因组中的别的基因相比是否进化快?这个问题意义不是很
大,因为不同基因的进化速率本来就是一个分布。如果真想知道,可以单纯比较从一个
共同祖先开始(哪怕年代未知)的各个基因积累的突变个数。
常用软件包中PAML就有比较全面的关于进化速率的功能。
【在 M*P 的大作中提到】
: 有人说跟sex reproduction 相关的基因进化快,这种是用什么方法测量的?
如果要计算基因进化速率的具体数值,那么第一需要进化树,第二需要估计进化分支的
年代(利用化石证据或者其他基因的已知的突变率),然后根据进化树上树枝的长度(
积累的突变个数),就可以算出你感兴趣的基因的进化速率(单位时间内突变数量)了。
年代的估计是个很不靠谱的事情,基本是十个组能做出十个结果。所以在多数情况下,
你无法精确算出进化速度,而是只能比较相对的进化速度。后者可以分成两种:
一、感兴趣的基因在这个物种中是否比在别的物种中进化快?做该基因家族的进化树然
后比较树枝长度就可以。
二、感兴趣的基因跟同一个基因组中的别的基因相比是否进化快?这个问题意义不是很
大,因为不同基因的进化速率本来就是一个分布。如果真想知道,可以单纯比较从一个
共同祖先开始(哪怕年代未知)的各个基因积累的突变个数。
常用软件包中PAML就有比较全面的关于进化速率的功能。
【在 M*P 的大作中提到】
: 有人说跟sex reproduction 相关的基因进化快,这种是用什么方法测量的?
M*P
5 楼
多谢
了。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我来尝试解释下吧。
: 如果要计算基因进化速率的具体数值,那么第一需要进化树,第二需要估计进化分支的
: 年代(利用化石证据或者其他基因的已知的突变率),然后根据进化树上树枝的长度(
: 积累的突变个数),就可以算出你感兴趣的基因的进化速率(单位时间内突变数量)了。
: 年代的估计是个很不靠谱的事情,基本是十个组能做出十个结果。所以在多数情况下,
: 你无法精确算出进化速度,而是只能比较相对的进化速度。后者可以分成两种:
: 一、感兴趣的基因在这个物种中是否比在别的物种中进化快?做该基因家族的进化树然
: 后比较树枝长度就可以。
: 二、感兴趣的基因跟同一个基因组中的别的基因相比是否进化快?这个问题意义不是很
: 大,因为不同基因的进化速率本来就是一个分布。如果真想知道,可以单纯比较从一个
了。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我来尝试解释下吧。
: 如果要计算基因进化速率的具体数值,那么第一需要进化树,第二需要估计进化分支的
: 年代(利用化石证据或者其他基因的已知的突变率),然后根据进化树上树枝的长度(
: 积累的突变个数),就可以算出你感兴趣的基因的进化速率(单位时间内突变数量)了。
: 年代的估计是个很不靠谱的事情,基本是十个组能做出十个结果。所以在多数情况下,
: 你无法精确算出进化速度,而是只能比较相对的进化速度。后者可以分成两种:
: 一、感兴趣的基因在这个物种中是否比在别的物种中进化快?做该基因家族的进化树然
: 后比较树枝长度就可以。
: 二、感兴趣的基因跟同一个基因组中的别的基因相比是否进化快?这个问题意义不是很
: 大,因为不同基因的进化速率本来就是一个分布。如果真想知道,可以单纯比较从一个
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