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蛋白会在什么情况下进入nucleus？

蛋白会在什么情况下进入nucleus？# Biology - 生物学

r*k2014-09-24 07:09

1 楼

我发觉我的病人sample 我的interested protein都在nucleus。但是在in vitro我
transient express这个蛋白就不在nucleus。大神们有什么建议吗？我试过加一些
growth factor去stimulate，但是此蛋白还是无动于衷呀。。。。。

x*e2014-09-24 07:09

2 楼

hormone？
分析蛋白序列有nls吗

【在 r******k 的大作中提到】

: 我发觉我的病人sample 我的interested protein都在nucleus。但是在in vitro我
: transient express这个蛋白就不在nucleus。大神们有什么建议吗？我试过加一些
: growth factor去stimulate，但是此蛋白还是无动于衷呀。。。。。

S*p2014-09-24 07:09

3 楼

还不睡？

【在 x********e 的大作中提到】

: hormone？
: 分析蛋白序列有nls吗

r*k2014-09-24 07:09

4 楼

没有！要是有我transient express它就该入nucleus吧？我在怀疑hypoxia？或者
什么别的？？？？

【在 x********e 的大作中提到】

: hormone？
: 分析蛋白序列有nls吗

D*a2014-09-24 07:09

5 楼

染病人标本的抗体特异性差？

【在 r******k 的大作中提到】

: 没有！要是有我transient express它就该入nucleus吧？我在怀疑hypoxia？或者
: 什么别的？？？？

r*k2014-09-24 07:09

6 楼

我觉得这个还是可是排除的。。。

【在 D***a 的大作中提到】

: 染病人标本的抗体特异性差？

e*s2014-09-24 07:09

7 楼

1. overexpress 和endogenous 蛋白分布可能会有差异；
2. 很可能是你的目标蛋白或者目标蛋白的Binding partner(s)的病人细胞中产生突变
了。
我会先看看文献有没有对这个蛋白distribution有重要作用的结合蛋白；
完全没idea的话，IP然后打质谱比较吧。

【在 r******k 的大作中提到】

r*y2014-09-24 07:09

8 楼

Frist, you need to clarify if that staining in the patient samples is an
artifact. You need control human same tissue samples, or you need to look at
the staining in the normal tissues that surround that diseased tissue (if
you have it) to see if the staining is different. after you clarify this,
then you may go ahead.

x*e2014-09-24 07:09

9 楼

如果你外源表达的带tag，试着把tag放到N端和C端比较下，有时候会有区别。
如果本身没出入核信号，那肯定有binding factor，可以先读读文献看结合蛋白可能是
什么。

【在 r******k 的大作中提到】

: 没有！要是有我transient express它就该入nucleus吧？我在怀疑hypoxia？或者
: 什么别的？？？？

T*e2014-09-24 07:09

10 楼

你本身这个蛋白是个什么蛋白？它是否有入核的需要？它发挥功能是否需要留在核中/
或穿梭？是否需要别的蛋白协同？
有没有入核/出核序列？不一定是经典的入核/出核序列
你外源表达是如何表达的？
你为什么觉得生长因子刺激一定会影响它的核定位？有没有试过别的刺激手段？你是刺
激多久之后检测的？有没有可能漏掉了关键的时间点？

r*k2014-09-24 07:09

11 楼

我做growth factor的stimulation 是因为TA经常伴随EGFR 的over express。没有
NLS。请问一般除了 hypoxia 还有什么其他stimulation的手段吗？

【在 T*****e 的大作中提到】

: 你本身这个蛋白是个什么蛋白？它是否有入核的需要？它发挥功能是否需要留在核中/
: 或穿梭？是否需要别的蛋白协同？
: 有没有入核/出核序列？不一定是经典的入核/出核序列
: 你外源表达是如何表达的？
: 你为什么觉得生长因子刺激一定会影响它的核定位？有没有试过别的刺激手段？你是刺
: 激多久之后检测的？有没有可能漏掉了关键的时间点？

D*a2014-09-24 07:09

12 楼

如果你在病人标本里看到的是真的，试一试nuclear export inhibitor （leptomycin
B），看看是不是能让你的蛋白在核内聚集。

【在 r******k 的大作中提到】

: 我做growth factor的stimulation 是因为TA经常伴随EGFR 的over express。没有
: NLS。请问一般除了 hypoxia 还有什么其他stimulation的手段吗？

T*e2014-09-24 07:09

13 楼

我大概跟你做的领域不同，无法直接回答你这个问题。
既然你提到EGFR的过表达可能影响了你的目标蛋白的入核。那你是认为你的目标蛋白是
在EGFR的下游了？又或者你认为EGFR下游的某个蛋白促进了你的目标蛋白的入核？这让
我更加疑惑。因为你反复强调你的目标蛋白没有入核序列。那么，你认为它是怎么入核
的？是和别的蛋白先结合之后，再一起入核的吗？
我不清楚你做的是什么组织。但刺激条件肯定有很多种吧。随便瞎说两个。改变培养环
境的离子浓度试试呢？比如K+或者Ca++？另外，我已经提到过，你可能需要注意刺激后
的观察时间。有的刺激可以在几分钟之内让蛋白入核，我不清楚你是用什么方法观察的
，但注意不要错过了特定的观察点。
最后再补充一种可能性。如果不考虑translocation这种机制。你最初在病人样本上观
察到的蛋白核内聚集，有没有可能纯粹是因为核内蛋白的降解有问题呢？看看别的蛋白
有没有类似的情况。
以上，希望对你有帮助

【在 r******k 的大作中提到】

: 我做growth factor的stimulation 是因为TA经常伴随EGFR 的over express。没有
: NLS。请问一般除了 hypoxia 还有什么其他stimulation的手段吗？

s*g2014-09-24 07:09

14 楼

没有正常人样品的比较么？

【在 r******k 的大作中提到】

q*g2014-09-24 07:09

15 楼

我觉得你先确认在病人样品的染色不是非特异性染色。病人样品的切片可能保存了很长
时间，或者antigen retrival 条件不合适。

r*k2014-09-24 07:09

16 楼

这个问题我考虑过了应该可以排除。对的，本身没有NLS，所以我在想应该有一些
binding factor 现在也在找。这蛋白的binding partner还没人发表。。。最主要in
vitro看不到进入nucleus，只有病人的IHC可以看到。【在 xiaxianyue (下弦月) 的
大作中提到: 】

r*k2014-09-24 07:09

17 楼

【在 x********e 的大作中提到】

: 如果你外源表达的带tag，试着把tag放到N端和C端比较下，有时候会有区别。
: 如果本身没出入核信号，那肯定有binding factor，可以先读读文献看结合蛋白可能是
: 什么。

r*k2014-09-24 07:09

18 楼

有control。我们现在是很确定这个蛋白在in vivo在nucleus。但是在in vitro，
somehow 可能还需要找一些在tumor中高表达或者一起突变的蛋白？把TA带到nucleus
？？

【在 s*****g 的大作中提到】

: 没有正常人样品的比较么？

r*k2014-09-24 07:09

19 楼

对的我跟您想法一样。但是如果打质谱要用病人的sample？而且我老板说让我先找
找，如果打质谱一堆蛋白说也说不清楚。。。。太盲目了。

【在 e****s 的大作中提到】

: 1. overexpress 和endogenous 蛋白分布可能会有差异；
: 2. 很可能是你的目标蛋白或者目标蛋白的Binding partner(s)的病人细胞中产生突变
: 了。
: 我会先看看文献有没有对这个蛋白distribution有重要作用的结合蛋白；
: 完全没idea的话，IP然后打质谱比较吧。

r*k2014-09-24 07:09

20 楼

Thank you。
Yes, this is exactly what we did. =)

at

【在 r*******y 的大作中提到】

: Frist, you need to clarify if that staining in the patient samples is an
: artifact. You need control human same tissue samples, or you need to look at
: the staining in the normal tissues that surround that diseased tissue (if
: you have it) to see if the staining is different. after you clarify this,
: then you may go ahead.