求问RNA immunoprecipiation(RIP)问题# Biology - 生物学b*z2015-04-18 07:041 楼如题,各位大大们,高中老师的女儿,也就是我小师妹啦,有个到伯克利或是哥伦比亚大学交流一学期的机会,大二下学期或大三上学期,学的是金融专业,各位懂行的大大们帮忙看看应该选哪个学校比较好。从以后再回美和不回来的角度。
T*72015-04-18 07:042 楼☆─────────────────────────────────────☆luyuDDKW (鲁豫淡定魁梧-极品丑男) 于 (Sat May 2 18:04:04 2009) 提到:抱歉, 此贴是坑,是转载我诚挚道歉☆─────────────────────────────────────☆benchmark (maine) 于 (Sat May 2 18:05:04 2009) 提到:别和别人玩Y☆─────────────────────────────────────☆canterburyF (反清复明) 于 (Sat May 2 18:10:44 2009) 提到:你男朋友识大体。而且最rational的安排也是去x地,毕竟你两个地方都没去过,去任何一个地方即便委屈你也有限。一起出去玩,还是要适当迁就别人的。☆─────────────────────────────────────☆luyuDDKW (鲁豫淡定魁梧-极品丑男) 于 (Sat May 2 18:32:50 2009) 提到:谢
J*a2015-04-18 07:044 楼最近才刚开始做RIP,用抗体从cell lysate里面pull down一个mRNA binding protein以及和它有interaction的RNA,请问这样isolate出来的RNA里面一般rRNA和mRNA的ratio大概是怎样的?和cell lysate的total input RNA相比,RIP出来的RNA product里面是不是supposed应该很大幅度的enrich mRNA?版上知道的大侠帮帮忙了,谢谢!
w*52015-04-18 07:047 楼去哥伦比亚吧。其实一学期走马观花什么也学不到。就是增加点见识。去纽约还可以参观一下华尔街,NYU等,如果有认识的人可以参观一下大银行或投行。【在 b*****z 的大作中提到】: 如题,各位大大们,高中老师的女儿,也就是我小师妹啦,有个到伯克利或是哥伦比亚: 大学交流一学期的机会,大二下学期或大三上学期,学的是金融专业,各位懂行的大大: 们帮忙看看应该选哪个学校比较好。从以后再回美和不回来的角度。
s*r2015-04-18 07:048 楼得看啥protein和target mRNA用rRNA做normalize的话IP前后target mRNA/rRNA ratio差几百几千倍都有proteinproduct【在 J**a 的大作中提到】: 最近才刚开始做RIP,用抗体从cell lysate里面pull down一个mRNA binding protein: 以及和它有interaction的RNA,请问这样isolate出来的RNA里面一般rRNA和mRNA的: ratio大概是怎样的?和cell lysate的total input RNA相比,RIP出来的RNA product: 里面是不是supposed应该很大幅度的enrich mRNA?: 版上知道的大侠帮帮忙了,谢谢!
g*t2015-04-18 07:049 楼还能找强东【在 w**5 的大作中提到】: 去哥伦比亚吧。其实一学期走马观花什么也学不到。就是增加点见识。去纽约还可以参: 观一下华尔街,NYU等,如果有认识的人可以参观一下大银行或投行。
J*a2015-04-18 07:0410 楼谢谢了!我做了TapeStation RNA Tape, 所以看的不是一个target mRNA transcript,而是所有的total RNA profile。IP前后的RNA在TapeStation跑出来都是rRNA占绝大多数,18S和28S的2个peak都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样,但是我assume 18S,28S两个峰底下那些background就是mRNA,看上去这些mRNA并没有明显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么?【在 s******r 的大作中提到】: 得看啥protein和target mRNA: 用rRNA做normalize的话IP前后target mRNA/rRNA ratio差几百几千倍都有: : protein: product
b*z2015-04-18 07:0411 楼嗯,我之前给的建议也是去哥伦比亚。但是一说只有一个学期,我就不建议纽约了。一个学期我也觉得以体验为主,感觉纽约纽约乱糟糟的,加州体验会不会好一点?伯克利有方便的公共交通么?
J*a2015-04-18 07:0412 楼多谢!请问一般用什么方法比较reliable的测出rRNA/mRNA ratio? 我做了TapeStationRNA Tape, IP前后的RNA在TapeStation跑出来的trace都是rRNA占绝大多数,18S和28S的2个peak IP前后都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样,但是我assume 18S,28S两个峰底下那些看似background的就是mRNA,但是看上去这些mRNA并没有明显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么?【在 w*e 的大作中提到】: rRNA和mRNA的ratio取决于你的抗体,: RIP出来的RNA应该比input RNA 富集很多倍。
t*d2015-04-18 07:0413 楼你问的这些问题和faculty有啥关系?伯克利的体验自己找下不就行了。这种一学期的交流,你自己也知道是走马观花。 问faculty难道能得到更专业的解答吗?【在 b*****z 的大作中提到】: 嗯,我之前给的建议也是去哥伦比亚。: 但是一说只有一个学期,我就不建议纽约了。: 一个学期我也觉得以体验为主,感觉纽约纽约乱糟糟的,加州体验会不会好一点?: 伯克利有方便的公共交通么?
s*r2015-04-18 07:0414 楼光跑胶看不了enrichment,mRNA到处都是,也看不出组分,rRNA永远是大头有已知target的做qPCR,没有的做seq,array【在 J**a 的大作中提到】: 谢谢了!我做了TapeStation RNA Tape, 所以看的不是一个target mRNA transcript,: 而是所有的total RNA profile。IP前后的RNA在TapeStation跑出来都是rRNA占绝大多: 数,18S和28S的2个peak都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样,但: 是我assume 18S,28S两个峰底下那些background就是mRNA,看上去这些mRNA并没有明: 显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么?
b*z2015-04-18 07:0415 楼吗?发现整个mit就这版块有点人气,发考题的见多识广。如果占了你位置,抱歉,不好意思啦【在 t****d 的大作中提到】: 你问的这些问题和faculty有啥关系?伯克利的体验自己找下不就行了。: 这种一学期的交流,你自己也知道是走马观花。 问faculty难道能得到更专业的解答吗?
g*62015-04-18 07:0416 楼可以deplete rRNA后做NGS。不知道你用什么beads做IP,magnetic beads有很高的background binding。TapeStation28S【在 J**a 的大作中提到】: 多谢!请问一般用什么方法比较reliable的测出rRNA/mRNA ratio? 我做了TapeStation: RNA Tape, IP前后的RNA在TapeStation跑出来的trace都是rRNA占绝大多数,18S和28S: 的2个peak IP前后都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样,但是我: assume 18S,28S两个峰底下那些看似background的就是mRNA,但是看上去这些mRNA并: 没有明显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么?
J*a2015-04-18 07:0418 楼多谢建议,我是用protein G/Ab conjugated dynabeads,不过我的negative control用了一个irrelavent的抗体(不和任何已知蛋白有相互作用)。做出来的RIP结果rna浓度比真正的ip实验低很多。请问有啥降低background的方法么,或者啥beads更好?【在 g********6 的大作中提到】: 可以deplete rRNA后做NGS。不知道你用什么beads做IP,magnetic beads有很高的: background binding。: : TapeStation: 28S
T*h2015-04-18 07:0421 楼他的意思是,你为什么会有发考题见多识广的错觉。。。 这都是群没出过校门的人啊。。。【在 b*****z 的大作中提到】: : 吗?: 发现整个mit就这版块有点人气,发考题的见多识广。如果占了你位置,抱歉,不好意: 思啦
b*z2015-04-18 07:0422 楼唉,你怎么没get我的point呢,我这么说就是抬一下...另外,发考题圈子里都是搞学问的啊,应该知道得多一点吧..【在 T**********h 的大作中提到】: 他的意思是,你为什么会有发考题见多识广的错觉。。。 这都是群没出过校门的人啊: 。。。