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请教gene ontology/enrichment
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请教gene ontology/enrichment# Biology - 生物学
j*e
1
小孩子3岁了,平时上幼儿园,周末没有什么事情做,挺无聊的,
还不如上幼儿园的时候开心,不知道有什么周末也上的program,daycare吗?
大家启发启发一下
感谢~
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z*c
2
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b*a
3
享受了4天半南方的温暖宜人的天气,又回到了波士顿这冷死人的地方,桑心啊。嫉妒狮
子妈,还在享受这南方的温暖。非常嫉妒,极度嫉妒,嫉妒得要命!!!
btw,回来以后给大黄们称了体重,5天体重长了小半磅。联系了两小的寄养家长,貌似
两小在外边表现很不错,腻人的变得更腻人,不腻人的居然也开始腻人了。。。
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r*e
4
请问gene ontology/enrichment的做法
感觉各种gene ontology, pathway enrichment等等的数据库,网站非常多。
不知道最有公信力或者常用的是什么?GO term? DAVID?
如果我的gene enrich只在DAVID里是significant的,而在其他数据库不是,那我就只
show DAVID的结果?show对自己最有利的?这个算cheating吗?
另外,对于adjusted p-value,比如bonferoni,觉得这个过于保守;如果我的结果得
到了比如2*10^(-4)的p-value,但还是没达到bonferoni的水平,可以report吗?
个人感觉gene enrichment分析,太多猫腻,而且很多都是鸡肋凑个图
听听大家的看法
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j*e
5
周末全家出去玩啊
动物园 博物馆 周围有啥好玩的 都去逛逛
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B*e
6
介是跟老爸带孩子那个对应的莫?
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b*i
7
你肯定没给我带礼物回来。
发包子给我吧,我凑合收着。

妒狮

【在 b******a 的大作中提到】
: 享受了4天半南方的温暖宜人的天气,又回到了波士顿这冷死人的地方,桑心啊。嫉妒狮
: 子妈,还在享受这南方的温暖。非常嫉妒,极度嫉妒,嫉妒得要命!!!
: btw,回来以后给大黄们称了体重,5天体重长了小半磅。联系了两小的寄养家长,貌似
: 两小在外边表现很不错,腻人的变得更腻人,不腻人的居然也开始腻人了。。。

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n*7
8
哈哈哈
所以说很多实验的人不信这些鬼分析,可以play的空间太大了
不光是GE分析
基本上你用个主流的工具和做法,没人会质疑你的结果,因为本来就是computational
的东西
如果某个牛paper也是这么做的,就更没问题了
当年我就是总觉得我们做的这些分析很扯谈,想solid一些,被老板厌恶
说我做事太认真
后来发现老板对了一半
她说对的是,很多我觉得不靠谱的东西,最后还是放到paper里面发表了
毕竟是所谓的系统生物学,reviewer往往不能很肯定的说这样不行。另外还有大牛挂名
她说的错的是,一大半她让我做的东西都最后删掉了,几个杂志的reviewer都说,over
-analyzed。另外,我花了很长时间做了一个solid的方法,帮我们组拿到另一个合作的
机会,发了不错的文章。
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n*z
9
对,周末还是让孩子和父母家人一起吧,否则孩子和家人都不亲了。
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x*s
10
笑死我了
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b*a
11
你个强盗!!!

【在 b********i 的大作中提到】
: 你肯定没给我带礼物回来。
: 发包子给我吧,我凑合收着。
:
: 妒狮

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n*7
12
另外
做生物信息data analysis的基本策略就是
你有一些乱七八糟的data,做个几十上百个分析
如果其中五六个的结果converge了,就拿出来
说我们几个独立的分析,从不同侧面验证了我们的xxx假说
我们的发现如何如何牛B有意义
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j*e
13
周围早就都玩遍了。。
遇上天气不好,也就只能呆在家里了。

【在 j********e 的大作中提到】
: 周末全家出去玩啊
: 动物园 博物馆 周围有啥好玩的 都去逛逛

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V*8
14
就不能画的美一点吗
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b*i
15
唉,笨妈其实你的形势很严峻的。
抬头看我后头,要包子的,要礼物的,要照片的,乌泱乌泱的人呢。。。

【在 b******a 的大作中提到】
: 你个强盗!!!
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s*r
16
随便凑几个图吧,这玩意儿没人认真看的,又不能没有,想怎么说就怎么说,学生物的
一多半不懂啥是adjusted p-value

【在 r**********e 的大作中提到】
: 请问gene ontology/enrichment的做法
: 感觉各种gene ontology, pathway enrichment等等的数据库,网站非常多。
: 不知道最有公信力或者常用的是什么?GO term? DAVID?
: 如果我的gene enrich只在DAVID里是significant的,而在其他数据库不是,那我就只
: show DAVID的结果?show对自己最有利的?这个算cheating吗?
: 另外,对于adjusted p-value,比如bonferoni,觉得这个过于保守;如果我的结果得
: 到了比如2*10^(-4)的p-value,但还是没达到bonferoni的水平,可以report吗?
: 个人感觉gene enrichment分析,太多猫腻,而且很多都是鸡肋凑个图
: 听听大家的看法

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R*i
17
博物馆不怕反复去;可以开始playdate了
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r*e
18
最后一个肿摸了?

【在 z**c 的大作中提到】

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c*b
19
有钱人啊.冬天去florida,夏天待boston.

妒狮

【在 b******a 的大作中提到】
: 享受了4天半南方的温暖宜人的天气,又回到了波士顿这冷死人的地方,桑心啊。嫉妒狮
: 子妈,还在享受这南方的温暖。非常嫉妒,极度嫉妒,嫉妒得要命!!!
: btw,回来以后给大黄们称了体重,5天体重长了小半磅。联系了两小的寄养家长,貌似
: 两小在外边表现很不错,腻人的变得更腻人,不腻人的居然也开始腻人了。。。

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c*r
20
推荐手边看过的两篇review,有点老,但挺好:
1. Use and misuse of the gene ontology annotations
2. Ten years of pathway analysis: current approaches and outstanding
challenges
我觉得GSEA应该比gene ontology更好一些。Gene Ontology只考虑p value上有显著差
异的那些gene,丢失了表达量等信息。
下游的验证还是更重要。

【在 r**********e 的大作中提到】
: 请问gene ontology/enrichment的做法
: 感觉各种gene ontology, pathway enrichment等等的数据库,网站非常多。
: 不知道最有公信力或者常用的是什么?GO term? DAVID?
: 如果我的gene enrich只在DAVID里是significant的,而在其他数据库不是,那我就只
: show DAVID的结果?show对自己最有利的?这个算cheating吗?
: 另外,对于adjusted p-value,比如bonferoni,觉得这个过于保守;如果我的结果得
: 到了比如2*10^(-4)的p-value,但还是没达到bonferoni的水平,可以report吗?
: 个人感觉gene enrichment分析,太多猫腻,而且很多都是鸡肋凑个图
: 听听大家的看法

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l*n
21
家里玩具不够多。我家娃在家玩得舍不得出门。

【在 j********e 的大作中提到】
: 周围早就都玩遍了。。
: 遇上天气不好,也就只能呆在家里了。

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b*a
22
那更不能随便给你包子了,要给后边那乌泱乌泱的人们留着呢。

【在 b********i 的大作中提到】
: 唉,笨妈其实你的形势很严峻的。
: 抬头看我后头,要包子的,要礼物的,要照片的,乌泱乌泱的人呢。。。

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r*e
23
Thanks!

【在 c*********r 的大作中提到】
: 推荐手边看过的两篇review,有点老,但挺好:
: 1. Use and misuse of the gene ontology annotations
: 2. Ten years of pathway analysis: current approaches and outstanding
: challenges
: 我觉得GSEA应该比gene ontology更好一些。Gene Ontology只考虑p value上有显著差
: 异的那些gene,丢失了表达量等信息。
: 下游的验证还是更重要。

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c*n
24
有weekend daycare or family care,我家附近有好几个,我本来也想送周六,孩子妈
不舍得。
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b*a
25
有钱人还会在冬天只去florida 4天么。。。

【在 c**b 的大作中提到】
: 有钱人啊.冬天去florida,夏天待boston.
:
: 妒狮

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R*n
26
Mark
[在 cellcreator (cellcreator) 的大作中提到:]
:推荐手边看过的两篇review,有点老,但挺好:
:1. Use and misuse of the gene ontology annotations
:challenges
:我觉得GSEA应该比gene ontology更好一些。Gene Ontology只考虑p value上有显著差
:异的那些gene,丢失了表达量等信息。
:下游的验证还是更重要。
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w*t
27
小孩子不需要什么特别的工具吧?
后院的叶子,花,小果子,家里的一次性盘子杯子。。。。。
实在不行,跟孩子玩躲迷藏,挠胳肢窝,吃肉肉也行啊

【在 l*****n 的大作中提到】
: 家里玩具不够多。我家娃在家玩得舍不得出门。
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u*g
28
我乌泱来啦。。。。
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R*9
29
我们周末经常是三过家门而不入。
昨天周日,两岁半的娃累得5点半不到就自己爬上楼要睡觉了,一气头睡到今天早上6
点。
周六:
-早8点第一站:fitness的daycare, 我健身他在里面玩
-10点第二站: library的storytime, 我打磕睡他听故事
-12点第三站: costco的shopping, 我购物他吃sample
-下午children's museum
-然后dinner全家去吃buffet
周日:
-早9点第一站:心情好就去教堂,我唱圣歌他东张西望, 然后享用丰盛的点心。
(上午要不就去shopping)
-下午全家去游泳,泡spa.
还不算playdates,周末真累!
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b*a
30
看不到啊,看不到

【在 u********g 的大作中提到】
: 我乌泱来啦。。。。
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r*f
31
哈哈,健身的同时buffet? 好玩

【在 R****9 的大作中提到】
: 我们周末经常是三过家门而不入。
: 昨天周日,两岁半的娃累得5点半不到就自己爬上楼要睡觉了,一气头睡到今天早上6
: 点。
: 周六:
: -早8点第一站:fitness的daycare, 我健身他在里面玩
: -10点第二站: library的storytime, 我打磕睡他听故事
: -12点第三站: costco的shopping, 我购物他吃sample
: -下午children's museum
: -然后dinner全家去吃buffet
: 周日:

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u*g
32
抓住笨妈,一次乌泱个够~

【在 b******a 的大作中提到】
: 看不到啊,看不到
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R*9
33
有娃以后健身就一幌子。
不过,蹦蹦跳跳,有种refresh的感觉,否则,都不知道自己长啥样了。

【在 r*f 的大作中提到】
: 哈哈,健身的同时buffet? 好玩
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w*w
34
我要求不高,不要包子
你就奔一張你的沙灘bikini就好了

【在 b******a 的大作中提到】
: 那更不能随便给你包子了,要给后边那乌泱乌泱的人们留着呢。
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q*q
35
周末难道不是和父母一起吗?

【在 j********e 的大作中提到】
: 小孩子3岁了,平时上幼儿园,周末没有什么事情做,挺无聊的,
: 还不如上幼儿园的时候开心,不知道有什么周末也上的program,daycare吗?
: 大家启发启发一下
: 感谢~

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b*a
36
还是看不到,就是看不到

【在 u********g 的大作中提到】
: 抓住笨妈,一次乌泱个够~
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b*a
37
这要求还不高啊?我一没沙滩照,二没bikini照,更别提沙滩bikini了。。。

【在 w****w 的大作中提到】
: 我要求不高,不要包子
: 你就奔一張你的沙灘bikini就好了

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b*i
38
咦,那等我先泡壶茶,好好围观。

【在 w****w 的大作中提到】
: 我要求不高,不要包子
: 你就奔一張你的沙灘bikini就好了

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u*g
39
算了,同求bikini饱个眼福

【在 w****w 的大作中提到】
: 我要求不高,不要包子
: 你就奔一張你的沙灘bikini就好了

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C*W
40
乌泱⋯⋯乌泱⋯⋯乌泱⋯⋯
avatar
f*n
41
俺什么也不要,围观ing...
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l*d
42
波士顿这几天很暖和了。。。
天气预报说今天要下雪的都没下。。。

妒狮

【在 b******a 的大作中提到】
: 享受了4天半南方的温暖宜人的天气,又回到了波士顿这冷死人的地方,桑心啊。嫉妒狮
: 子妈,还在享受这南方的温暖。非常嫉妒,极度嫉妒,嫉妒得要命!!!
: btw,回来以后给大黄们称了体重,5天体重长了小半磅。联系了两小的寄养家长,貌似
: 两小在外边表现很不错,腻人的变得更腻人,不腻人的居然也开始腻人了。。。

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b*a
43
一个拖鞋飞出去,打跑围观的。

【在 f*********n 的大作中提到】
: 俺什么也不要,围观ing...
avatar
s*d
44
包子,bikini神马的,我都排
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w*w
45
大眾心聲啊~~~

【在 b******a 的大作中提到】
: 一个拖鞋飞出去,打跑围观的。
avatar
s*a
46
你哟没有晃晃的感觉 今天走路都象喝多了 后来坐了个太空船人家出来晕了 我终于能
走直线了 晚上奥兰多58度 我觉得好冷啊
avatar
b*a
47
心声啥啊,我上船就是吃,吃到最后带上去的最后一条裙子都穿不上了。。。还bikini
呢。现在我就一标准的黑猪形象。

【在 w****w 的大作中提到】
: 大眾心聲啊~~~
avatar
b*a
48
我完全不晕啊。。。你俩可能最后这两天太累了,又开车又玩。好好睡一觉可能会好点
吧。
你就别提冷了。我们一下飞机,那感觉,冷风飕飕的。我俩还把大衣放到托运的箱子里
了,然后我们就哆哆嗦嗦的等箱子。箱子到了,赶紧穿上大衣,再走到机场大厅外边继
续哆哆嗦嗦的等bus,一边等一边哭啊。

【在 s*******a 的大作中提到】
: 你哟没有晃晃的感觉 今天走路都象喝多了 后来坐了个太空船人家出来晕了 我终于能
: 走直线了 晚上奥兰多58度 我觉得好冷啊

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w*w
49
ok,那我們就求黑豬相... 而且要公母齊全的

bikini

【在 b******a 的大作中提到】
: 心声啥啊,我上船就是吃,吃到最后带上去的最后一条裙子都穿不上了。。。还bikini
: 呢。现在我就一标准的黑猪形象。

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s*o
50
围观,等包子吃,等礼物拿,等照片看。。。
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z*e
51
来florida都不来看我,你看怎么罚吧!
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Q*A
52
lol...
太狠了。。。

【在 w****w 的大作中提到】
: ok,那我們就求黑豬相... 而且要公母齊全的
:
: bikini

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h*o
53
乌泱乌泱地求bikini照片
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t*g
54
乌泱乌泱的要包子!

【在 b******a 的大作中提到】
: 那更不能随便给你包子了,要给后边那乌泱乌泱的人们留着呢。
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y*u
55
pai

【在 b********i 的大作中提到】
: 你肯定没给我带礼物回来。
: 发包子给我吧,我凑合收着。
:
: 妒狮

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s*y
56
你们好坏阿,总是围攻笨笨妈~~~
avatar
m*h
57
我都嫌热死了
avatar
b*a
58
就是啊,就是啊,我好可怜啊。

【在 s*******y 的大作中提到】
: 你们好坏阿,总是围攻笨笨妈~~~
avatar
b*i
59
我厚道地顶一下这个帖子。
avatar
b*a
60
pia飞!

【在 b********i 的大作中提到】
: 我厚道地顶一下这个帖子。
avatar
y*u
61
等吃,你潇洒了回来,得慰劳我们干活的

【在 b******a 的大作中提到】
: pia飞!
avatar
b*a
62
悄悄说,照片都在笨爹那里, 我就算想奔也没辙。

【在 y*********u 的大作中提到】
: 等吃,你潇洒了回来,得慰劳我们干活的
avatar
y*u
63
借口
那就发包子吧,只给我包子堵我的嘴也行

【在 b******a 的大作中提到】
: 悄悄说,照片都在笨爹那里, 我就算想奔也没辙。
avatar
b*a
64
你这个强盗!!!

【在 y*********u 的大作中提到】
: 借口
: 那就发包子吧,只给我包子堵我的嘴也行

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x*u
65
包子?照片?
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b*a
66
没有,没有,什么都没有!!!

【在 x********u 的大作中提到】
: 包子?照片?
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w*w
67
I don't care fake money, I just want photos!!!
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h*o
68
来楼里乌泱一下 乌泱~~
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b*a
69
我是没有照片的那个,跟我说啥都没用。。。

【在 w****w 的大作中提到】
: I don't care fake money, I just want photos!!!
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b*a
70
那我也无氧一下,乌泱~~~

【在 h********o 的大作中提到】
: 来楼里乌泱一下 乌泱~~
avatar
s*a
71
小声说 我有笨妈胡子照

【在 b******a 的大作中提到】
: 那我也无氧一下,乌泱~~~
avatar
b*a
72
哈哈,可以考虑把咱们两个的都奔了。

【在 s*******a 的大作中提到】
: 小声说 我有笨妈胡子照
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w*w
73
一言既出駟馬難追啊!!
歡迎你們閃亮登場,鼓掌~~~~ 喵嗚~~~~~

【在 b******a 的大作中提到】
: 哈哈,可以考虑把咱们两个的都奔了。
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b*a
74
我说了不算啊,要狮子妈吗说了才算,呵呵

【在 w****w 的大作中提到】
: 一言既出駟馬難追啊!!
: 歡迎你們閃亮登場,鼓掌~~~~ 喵嗚~~~~~

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s*a
75
我哪张 长角的吗 你的在我这里 我还没到家呢 要奔一起奔 别把我小电影奔了就好

【在 b******a 的大作中提到】
: 我说了不算啊,要狮子妈吗说了才算,呵呵
avatar
b*a
76
等你回来以后你来奔,嘿嘿。你放心,我奔不了,笨爹不给我照片。。。他知道我糊里
糊涂,疯疯癫癫的。。。

【在 s*******a 的大作中提到】
: 我哪张 长角的吗 你的在我这里 我还没到家呢 要奔一起奔 别把我小电影奔了就好
avatar
s*d
77
还有小电影?!要看
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b*i
78
re

我糊里糊涂,疯疯癫癫的。。。

【在 b******a 的大作中提到】
: 等你回来以后你来奔,嘿嘿。你放心,我奔不了,笨爹不给我照片。。。他知道我糊里
: 糊涂,疯疯癫癫的。。。

avatar
b*a
79
没有啦,就是笨爹连着给狮子妈照了几张照片,然后快速的跳来跳去的看,来产生那种
动画感。不过看起来很搞笑就是了,嘿嘿。

【在 s*****d 的大作中提到】
: 还有小电影?!要看
avatar
b*a
80
pia飞!

【在 b********i 的大作中提到】
: re
:
: 我糊里糊涂,疯疯癫癫的。。。

avatar
y*u
81
等看,最好边吃包子边看
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b*a
82
其实,我也抱着这心思来着

【在 y*********u 的大作中提到】
: 等看,最好边吃包子边看
avatar
y*u
83
要不咱们去board版要求长工资吧!

【在 b******a 的大作中提到】
: 其实,我也抱着这心思来着
avatar
b*a
84
re,强烈要求长工资,这点工资根本不够发的,边上还乌泱乌泱要包子的。

【在 y*********u 的大作中提到】
: 要不咱们去board版要求长工资吧!
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y*u
85
你说拆鱼那万五哪冒出来,我怎么就存不出来?

【在 b******a 的大作中提到】
: re,强烈要求长工资,这点工资根本不够发的,边上还乌泱乌泱要包子的。
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b*a
86
好问题,也可以顺便问问版大,她们咋能这么有钱的,我深深的感觉她们应该跟咱俩均
一下贫富。

【在 y*********u 的大作中提到】
: 你说拆鱼那万五哪冒出来,我怎么就存不出来?
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y*u
87
我也觉得是!!!!!!!
强烈要求共产!

【在 b******a 的大作中提到】
: 好问题,也可以顺便问问版大,她们咋能这么有钱的,我深深的感觉她们应该跟咱俩均
: 一下贫富。

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b*i
88
咦?是见者有份吗?

【在 y*********u 的大作中提到】
: 我也觉得是!!!!!!!
: 强烈要求共产!

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p*1
89
开排吧?

【在 b********i 的大作中提到】
: 咦?是见者有份吗?
avatar
b*a
90
对,对,共产共产!

【在 y*********u 的大作中提到】
: 我也觉得是!!!!!!!
: 强烈要求共产!

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w*w
91
同求共產

【在 b******a 的大作中提到】
: 对,对,共产共产!
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