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求助个问题：如何初步确认一个蛋白是RNA结合蛋白？

求助个问题：如何初步确认一个蛋白是RNA结合蛋白？# Biology - 生物学

s*a2016-09-13 07:09

1 楼

最终还是没有逃过layoff的劫运，昨天被HR walk out, 给了3个礼拜的severage
package。联系了Ph.D的老板，说可以暂时回去做postdoc，感谢我有这么好的老板。
现在问题是，我需要H1B transfer, 公司和学校的律师都是我已经out of status了，
应该到境外等待新的h1b批了以后再入境。主要是因为新的h1b需要先post 10天，再LCA
，再等h1receipt，这样就已经一个月过去了，这一个月里我就算黑这里了吧？除了
处境，还有什么其他的option啊？有没有类似经历说说？
而且我需要跨州搬家，我如果立刻出境，我这里的apt. 家具，车啊的什么都没法处理
啊，现在理不出头绪了。anyway，现在深刻觉得在公司里没有绿卡不好混了，而且不稳
定。

i*02016-09-13 07:09

2 楼

目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
多谢！

a*d2016-09-13 07:09

3 楼

Bless. 版上好像有人说无薪假期找新雇主，等身份达人解答。

j*g2016-09-13 07:09

4 楼

IP，加或不加RNase，RT-qPCR
RIP，WB
FISH+抗体染色。
三个实验如果能共同证明一个问题，得证。
[在 iseeyou1210 (iseeyou1210) 的大作中提到：]
:目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
:多谢！

l*a2016-09-13 07:09

5 楼

无薪假期拿不到最近的3张pay check做H1B transfer吧

【在 a********d 的大作中提到】

: Bless. 版上好像有人说无薪假期找新雇主，等身份达人解答。

l*e2016-09-13 07:09

6 楼

这些都有直接或间接的问题。最好加上RNA gel shift

: IP，加或不加RNase，RT-qPCR

: RIP，WB

: FISH 抗体染色。

: 三个实验如果能共同证明一个问题，得证。

: [在 iseeyou1210 (iseeyou1210) 的大作中提到：]

: :目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。

: :多谢！

【在 j*********g 的大作中提到】

: IP，加或不加RNase，RT-qPCR
: RIP，WB
: FISH+抗体染色。
: 三个实验如果能共同证明一个问题，得证。
: [在 iseeyou1210 (iseeyou1210) 的大作中提到：]
: :目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
: :多谢！

s*a2016-09-13 07:09

7 楼

我跟HR提了很多option，都否了，非常的strict

m*D2016-09-13 07:09

8 楼

有仪器的话，RNA用fluorecein标记，直接作旋光分析，比gelshift简单。

【在 l********e 的大作中提到】

: 这些都有直接或间接的问题。最好加上RNA gel shift
:
:
: IP，加或不加RNase，RT-qPCR
:
: RIP，WB
:
: FISH 抗体染色。
:
: 三个实验如果能共同证明一个问题，得证。
:
: [在 iseeyou1210 (iseeyou1210) 的大作中提到：]
:
: :目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
:
: :多谢！
:

a*m2016-09-13 07:09

9 楼

去移民局网站看一下转换身份的问题吧。不经历一次不知道绿卡的好处呀。。。

LCA

【在 s*****a 的大作中提到】

: 最终还是没有逃过layoff的劫运，昨天被HR walk out, 给了3个礼拜的severage
: package。联系了Ph.D的老板，说可以暂时回去做postdoc，感谢我有这么好的老板。
: 现在问题是，我需要H1B transfer, 公司和学校的律师都是我已经out of status了，
: 应该到境外等待新的h1b批了以后再入境。主要是因为新的h1b需要先post 10天，再LCA
: ，再等h1receipt，这样就已经一个月过去了，这一个月里我就算黑这里了吧？除了
: 处境，还有什么其他的option啊？有没有类似经历说说？
: 而且我需要跨州搬家，我如果立刻出境，我这里的apt. 家具，车啊的什么都没法处理
: 啊，现在理不出头绪了。anyway，现在深刻觉得在公司里没有绿卡不好混了，而且不稳
: 定。

i*02016-09-13 07:09

10 楼

多谢各位！

N*g2016-09-13 07:09

11 楼

都否了的话，最后一个option就是让HR付你的回国机票，是法律规定的。看她是不是敬
酒不吃吃罚酒。

【在 s*****a 的大作中提到】

: 我跟HR提了很多option，都否了，非常的strict

i*02016-09-13 07:09

12 楼

不知到结合哪个特异性的RNA怎么破？
这个只是共定位，无法直接证明binding吧。

【在 j*********g 的大作中提到】

x*p2016-09-13 07:09

13 楼

They will be happy to pay the ticket. This is not a good idea to threat them
.

【在 N****g 的大作中提到】

: 都否了的话，最后一个option就是让HR付你的回国机票，是法律规定的。看她是不是敬
: 酒不吃吃罚酒。

m*t2016-09-13 07:09

14 楼

NGS怎么证明啊

【在 j*********g 的大作中提到】

N*g2016-09-13 07:09

15 楼

it depends. If small company, they would choose whatever cost the least, if
an air ticket cost more than delaying H1B withdraw, they will choose the
latter.
BTW, don't threat them, but tell them the law.

them

【在 x*****p 的大作中提到】

: They will be happy to pay the ticket. This is not a good idea to threat them
: .

m*e2016-09-13 07:09

16 楼

传统方法：northwestern

【在 i*********0 的大作中提到】

: 目前猜测某蛋白是RNA结合蛋白，如何初步确定这个假设。
: 多谢！

a*m2016-09-13 07:09

17 楼

他们知道咋回事，这个没太大用处。一张机票对一个公司来说也没几个钱。100k工资的
话才税前2,3天的工资而已。给你机票就不得不回去了，自己更麻烦。

if

【在 N****g 的大作中提到】

: it depends. If small company, they would choose whatever cost the least, if
: an air ticket cost more than delaying H1B withdraw, they will choose the
: latter.
: BTW, don't threat them, but tell them the law.
:
: them

j*g2016-09-13 07:09

18 楼

背景很多吧，还是RIP-seq或者CLIP assay＋NGS seq好。

【在 m******e 的大作中提到】

: 传统方法：northwestern

N*g2016-09-13 07:09

19 楼

Better than 自掏腰包买机票。

【在 a********m 的大作中提到】

: 他们知道咋回事，这个没太大用处。一张机票对一个公司来说也没几个钱。100k工资的
: 话才税前2,3天的工资而已。给你机票就不得不回去了，自己更麻烦。
:
: if

v*a2016-09-13 07:09

20 楼

RIP/CLIP是已知该蛋白有RNA结合活性的前提下，来鉴别该蛋白的target

【在 j*********g 的大作中提到】

: 背景很多吧，还是RIP-seq或者CLIP assay＋NGS seq好。

n*z2016-09-13 07:09

21 楼

some people efile a B2 first. then cancel it later.

S*e2016-09-13 07:09

22 楼

没错，rip不知道target没法测量，clipseq步骤非常复杂（建议hcy有空挑战一下这个
实验就知道什么叫做高潮技巧），背景高。建议如下
1，gelshift，当然得知道和什么rna结合，才可以标签。
2，如果没有可以try的序列，clip做到标记那一步骤，看看有没有特异信号，必须是
rnaseh霉resistant的信号，这个基本上算金标准。
2，domainmapping，看看哪段aa去掉之后失去结合活性
3，确定之后，clip，seq做目标seq
4，把序列RNA找到，做KO，看是不是下游活性受到影响。怎么影响，RNA功能，还是稳
定性。
做到这4点，基本结果令人信服了。不造假的前提下，必需抱着中彩票的信心。

【在 v********a 的大作中提到】

:
: RIP/CLIP是已知该蛋白有RNA结合活性的前提下，来鉴别该蛋白的target

r*r2016-09-13 07:09

23 楼

我前一段时间也经历过楼主类似的不幸，当时准备办B1，后来朋友跟我说不要办B1，否
则以后B1转H1B，这个记录很不好。朋友的建议是就黑着，一般黑一两个月，移民局给
你发新H1B的时候，不会在意这个gap的，如果他们在意的话，最坏的情况是要你离境再
签进来。不过千万注意不要黑过半年，否则会很麻烦，这个是硬性规定。

LCA

【在 s*****a 的大作中提到】

m*e2016-09-13 07:09

24 楼

赞热心回复！

【在 S**********e 的大作中提到】

:
: 没错，rip不知道target没法测量，clipseq步骤非常复杂（建议hcy有空挑战一下这个
: 实验就知道什么叫做高潮技巧），背景高。建议如下
: 1，gelshift，当然得知道和什么rna结合，才可以标签。
: 2，如果没有可以try的序列，clip做到标记那一步骤，看看有没有特异信号，必须是
: rnaseh霉resistant的信号，这个基本上算金标准。
: 2，domainmapping，看看哪段aa去掉之后失去结合活性
: 3，确定之后，clip，seq做目标seq
: 4，把序列RNA找到，做KO，看是不是下游活性受到影响。怎么影响，RNA功能，还是稳
: 定性。

X*32016-09-13 07:09

25 楼

请教一下，转成B1后再转H1B的记录有什么不好？会有什么影响？有小于6个月的gap
会比转B1好吗？

【在 r****r 的大作中提到】

: 我前一段时间也经历过楼主类似的不幸，当时准备办B1，后来朋友跟我说不要办B1，否
: 则以后B1转H1B，这个记录很不好。朋友的建议是就黑着，一般黑一两个月，移民局给
: 你发新H1B的时候，不会在意这个gap的，如果他们在意的话，最坏的情况是要你离境再
: 签进来。不过千万注意不要黑过半年，否则会很麻烦，这个是硬性规定。
:
: LCA

S*e2016-09-13 07:09

26 楼

嗳，上周五码了半天字，从院士一路骂到hcy，一串妖魔鬼怪，结果第二天被班猪删帖
，都不给个理由。原本对生物科学心灰，现在对这个社会心寒，连个自由论坛都没有。
相反，一堆水军跟蛀虫似的，天天爬都没人管。好不容易看到讨论科学的人，还是另人
一丝安慰。

【在 m******e 的大作中提到】

: 赞热心回复！

r*x2016-09-13 07:09

27 楼

首先你确定公司说的是ｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ　ｄａｙ是昨天？很多公司告诉你走人
，当天就让你离开，但是手续上你在公司的最后一天是一两个月以后的某天。如果是这
样，你至少还有一小段时间。
不管怎样，你可以去你老板那里做薄厚过渡，这个非盈利组织的ｈ１ｂ跟公司不一样，
应该可以比较快批，你出钱办加急。以后找到新工作了在办新的ｈ１ｂ，那时你的新ｈ
１ｂ也不需要占用名额，你又做够时间等它披了去上班，只要你学校老板不介意。
律师总是按法规说你马上没有身份了，但是实际上一小段时间不是问题。这个多长算是
一小段当然很难说，但是你的情况是有薄厚这条立即能用的路的，应该没有问题。

LCA

【在 s*****a 的大作中提到】