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16S 序列分析

16S 序列分析# Biology - 生物学

c*t2016-10-21 07:10

1 楼

手头有些数据需要使用QIIME, Kraken。
请问谁有简单的使用步骤。
多谢

t*i2016-10-21 07:10

2 楼

kraken用法照manual就可以了吧， kraken的方便之处是直接将每条序列分类。不过
16S的常规做法一般都是先做OTU table.
主流是Qiime和Mothur，使用都很简单，都有SOP. 但如果你没安装qiime的话，安装可
能头大点,直接上虚拟机好了。
还有就是qiime的illumina SOP 初始是没有demultiplex的。
如果你的初始文件是已经demultiplex好的paired end reads, 可以看一看这个教程:
http://bioinformatics-ca.github.io/analysis_of_metagenomic_data_module2_lab_2016/
也就是说可以用 qiime, pear, usearch, 甚至mothur,先把所有的序列合并了, 再输入
qiime pipeline.

c*t2016-10-21 07:10

3 楼

多谢Tuna分享信息。对于没有code background的是否好入门。我在Mac上试了半天，自
己装不上qiime。