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怎样把WormBase ID批处理成基因名字

怎样把WormBase ID批处理成基因名字# Biology - 生物学

g*n2016-11-16 08:11

1 楼

最近做了RNA seq，然后生物信息员把表达有差异的基因发了张表格给我，但基因的名
字都是用WormBase ID来显示（比如WBGene00000665）。请问有没有什么办法把这些
WormBase ID成批的转变为基因的名字。最好是能够online直接convert的。
谢谢

U*s2016-11-16 08:11

2 楼

试试这个：
https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp

【在 g*****n 的大作中提到】

: 最近做了RNA seq，然后生物信息员把表达有差异的基因发了张表格给我，但基因的名
: 字都是用WormBase ID来显示（比如WBGene00000665）。请问有没有什么办法把这些
: WormBase ID成批的转变为基因的名字。最好是能够online直接convert的。
: 谢谢

g*n2016-11-16 08:11

3 楼

非常感谢

Y*U2016-11-16 08:11

4 楼

楼上说的方法很方便，但是我印象中可能不全，会漏掉一部分基因，我可以提供给你一
个表格，是WB name和public name以及sequence name的对应

g*n2016-11-16 08:11

5 楼

谢谢YANYOU,请问怎么能拿到你说的表格？

Y*U2016-11-16 08:11

6 楼

你给你邮箱，我发给你？

【在 g*****n 的大作中提到】

: 谢谢YANYOU,请问怎么能拿到你说的表格？

g*n2016-11-16 08:11

7 楼

[email protected]/* */
谢谢

r*42016-11-16 08:11

8 楼

For the future reference:
Wormbase下面有一个FTP site, 里面点releases/WS2xx/species/c_elegans/
annotation/geneIDs.WS2xx.gz,
下载下来用任意文本编辑器打开是长这样的：
...
WBGene00000010,aat-9,Y53H1C.1
...
如果会用python/pandas或者其它什么工具的话可以自动对应。
估计你们RNAseq分析不是用的WS database，一般都是ce10或者什么，不过map一下ID和
name还是没什么问题的。

g*n2016-11-16 08:11

9 楼

谢谢ros24 :)