e*6
2 楼
在bioinformatics里边，各种做prediction是个热门话题，但是有个问题始终搞不明白
比如看这篇文章，http://www.nature.com/articles/srep28517
他的方法以及他对比的方法，都有1%的false positive，这在同类研究中已经算是非常
好的成果了, 画个ROC算个AUC都很好看，但
是有个问题很不解，因为在整个基因组上，想要的interesting points（这里是
promoter）是非常非常稀疏的，也就几万个，人体基因组有3 billion bp，就算100个
bp一个间隔来创造备选的样品（长度200bp来算只有50% overlap了），这就有30
million个samples，就算百分之一的false positive，那就有30万个false positive，
已经是true positive的好多倍了，这种问题如何在进一步解决呢？
并且，类似这种paper，包括发在非常decent，high-impact的journal上的（包括plos
系列，BMC系列，包括这篇是nature系列的），都没提到过如何解决这个问题？
比如看这篇文章，http://www.nature.com/articles/srep28517
他的方法以及他对比的方法，都有1%的false positive，这在同类研究中已经算是非常
好的成果了, 画个ROC算个AUC都很好看，但
是有个问题很不解，因为在整个基因组上，想要的interesting points（这里是
promoter）是非常非常稀疏的，也就几万个，人体基因组有3 billion bp，就算100个
bp一个间隔来创造备选的样品（长度200bp来算只有50% overlap了），这就有30
million个samples，就算百分之一的false positive，那就有30万个false positive，
已经是true positive的好多倍了，这种问题如何在进一步解决呢？
并且，类似这种paper，包括发在非常decent，high-impact的journal上的（包括plos
系列，BMC系列，包括这篇是nature系列的），都没提到过如何解决这个问题？
f*8
3 楼
手写添上
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
I*r
4 楼
你说的是文章中的accuracy 吗？
M*n
5 楼
治标的办法是把软键盘调出来，用mouse点就可以了
治本的方法就是去网上买一个对应你笔记本的键盘，换上就可以了，简单的很，就是要折机器先。
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
治本的方法就是去网上买一个对应你笔记本的键盘，换上就可以了，简单的很，就是要折机器先。
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
e*6
6 楼
差不多吧，不过他的accuracy没细看啥意思，但是应该false positive和false
negative都是百分之一左右
【在 I**********r 的大作中提到】
: 你说的是文章中的accuracy 吗？
negative都是百分之一左右
【在 I**********r 的大作中提到】
: 你说的是文章中的accuracy 吗？
k*y
7 楼
谢了，啊，俺不懂怎样拆呀；
现在都用copy和pas e 了
这样也好，可以少灌点水了。。。赫赫。。。
要折机器先。
【在 M****n 的大作中提到】
: 治标的办法是把软键盘调出来，用mouse点就可以了
: 治本的方法就是去网上买一个对应你笔记本的键盘，换上就可以了，简单的很，就是要折机器先。
现在都用copy和pas e 了
这样也好，可以少灌点水了。。。赫赫。。。
要折机器先。
【在 M****n 的大作中提到】
: 治标的办法是把软键盘调出来，用mouse点就可以了
: 治本的方法就是去网上买一个对应你笔记本的键盘，换上就可以了，简单的很，就是要折机器先。
n*g
8 楼
decent? Scientific Report is a trash journal.
Even Nature is trash
plos
【在 e*********6 的大作中提到】
: 在bioinformatics里边，各种做prediction是个热门话题，但是有个问题始终搞不明白
: 比如看这篇文章，http://www.nature.com/articles/srep28517
: 他的方法以及他对比的方法，都有1%的false positive，这在同类研究中已经算是非常
: 好的成果了, 画个ROC算个AUC都很好看，但
: 是有个问题很不解，因为在整个基因组上，想要的interesting points（这里是
: promoter）是非常非常稀疏的，也就几万个，人体基因组有3 billion bp，就算100个
: bp一个间隔来创造备选的样品（长度200bp来算只有50% overlap了），这就有30
: million个samples，就算百分之一的false positive，那就有30万个false positive，
: 已经是true positive的好多倍了，这种问题如何在进一步解决呢？
: 并且，类似这种paper，包括发在非常decent，high-impact的journal上的（包括plos
Even Nature is trash
plos
【在 e*********6 的大作中提到】
: 在bioinformatics里边，各种做prediction是个热门话题，但是有个问题始终搞不明白
: 比如看这篇文章，http://www.nature.com/articles/srep28517
: 他的方法以及他对比的方法，都有1%的false positive，这在同类研究中已经算是非常
: 好的成果了, 画个ROC算个AUC都很好看，但
: 是有个问题很不解，因为在整个基因组上，想要的interesting points（这里是
: promoter）是非常非常稀疏的，也就几万个，人体基因组有3 billion bp，就算100个
: bp一个间隔来创造备选的样品（长度200bp来算只有50% overlap了），这就有30
: million个samples，就算百分之一的false positive，那就有30万个false positive，
: 已经是true positive的好多倍了，这种问题如何在进一步解决呢？
: 并且，类似这种paper，包括发在非常decent，high-impact的journal上的（包括plos
e*e
9 楼
可以从网上搜一个词含有这个字，每次都拷贝进去：）
s*c
10 楼
1% false negative?
On average, PEDLA achieved 95.0% accuracy, a 96.8% GM (99.0% sensitivity and
94.6% specificity) and a 78.7% F1-score (99.0% recall and 65.4% precision)
99% sensitivity or recall means FN is 1% of the TP.
65% precision means FP is 50% of TP. not 好多倍
94.6% specificity means FP is 5.7% of TN.
TP:TN ~ 1:10
plos
【在 e*********6 的大作中提到】
: 在bioinformatics里边，各种做prediction是个热门话题，但是有个问题始终搞不明白
: 比如看这篇文章，http://www.nature.com/articles/srep28517
: 他的方法以及他对比的方法，都有1%的false positive，这在同类研究中已经算是非常
: 好的成果了, 画个ROC算个AUC都很好看，但
: 是有个问题很不解，因为在整个基因组上，想要的interesting points（这里是
: promoter）是非常非常稀疏的，也就几万个，人体基因组有3 billion bp，就算100个
: bp一个间隔来创造备选的样品（长度200bp来算只有50% overlap了），这就有30
: million个samples，就算百分之一的false positive，那就有30万个false positive，
: 已经是true positive的好多倍了，这种问题如何在进一步解决呢？
: 并且，类似这种paper，包括发在非常decent，high-impact的journal上的（包括plos
d*i
11 楼
pull off the cap and put it back on first to make sure it's really broken
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
e*6
12 楼
问题就在这里，他抽样了是tp比tn一比十，从方法上说没问题，但现实应用起来，实际
是一比一百万
and
【在 s*****c 的大作中提到】
:
: 1% false negative?
: On average, PEDLA achieved 95.0% accuracy, a 96.8% GM (99.0% sensitivity and
: 94.6% specificity) and a 78.7% F1-score (99.0% recall and 65.4% precision)
: 99% sensitivity or recall means FN is 1% of the TP.
: 65% precision means FP is 50% of TP. not 好多倍
: 94.6% specificity means FP is 5.7% of TN.
: TP:TN ~ 1:10
: plos
是一比一百万
and
【在 s*****c 的大作中提到】
:
: 1% false negative?
: On average, PEDLA achieved 95.0% accuracy, a 96.8% GM (99.0% sensitivity and
: 94.6% specificity) and a 78.7% F1-score (99.0% recall and 65.4% precision)
: 99% sensitivity or recall means FN is 1% of the TP.
: 65% precision means FP is 50% of TP. not 好多倍
: 94.6% specificity means FP is 5.7% of TN.
: TP:TN ~ 1:10
: plos
M*n
13 楼
学学嘛，比折一个闹钟复杂不了多少。就是拧几个螺丝的事
去网上找找有没有相应的视频或是图文并茂的文档
按图来，很快的。
不然，你去买个USB的desktop keyboard好了，插上就能用，应急呗
【在 k********y 的大作中提到】
: 谢了，啊，俺不懂怎样拆呀；
: 现在都用copy和pas e 了
: 这样也好，可以少灌点水了。。。赫赫。。。
:
: 要折机器先。
去网上找找有没有相应的视频或是图文并茂的文档
按图来，很快的。
不然，你去买个USB的desktop keyboard好了，插上就能用，应急呗
【在 k********y 的大作中提到】
: 谢了，啊，俺不懂怎样拆呀；
: 现在都用copy和pas e 了
: 这样也好，可以少灌点水了。。。赫赫。。。
:
: 要折机器先。
r*6
14 楼
[在 nostring (尼) 的大作中提到：]
:decent? Scientific Report is a trash journal.
:Even Nature is trash
:plos
老兄火气很很大啊 哈哈哈哈哈
:decent? Scientific Report is a trash journal.
:Even Nature is trash
:plos
老兄火气很很大啊 哈哈哈哈哈
k*y
15 楼
谢谢楼上个位 让俺来试试
c*3
16 楼
Scientific reports 上面的生物信息的文章，我建议你不要看。
大部分水平都不行，但得质量可以，都会发表在，genome biology， plos CB 或者
bioinformatics上面了
问题就在这里，他抽样了是tp比tn一比十，从方法上说没问题，但现实应用起来，实际
【在 e*********6 的大作中提到】
: 问题就在这里，他抽样了是tp比tn一比十，从方法上说没问题，但现实应用起来，实际
: 是一比一百万
:
: and
大部分水平都不行，但得质量可以，都会发表在，genome biology， plos CB 或者
bioinformatics上面了
问题就在这里，他抽样了是tp比tn一比十，从方法上说没问题，但现实应用起来，实际
【在 e*********6 的大作中提到】
: 问题就在这里，他抽样了是tp比tn一比十，从方法上说没问题，但现实应用起来，实际
: 是一比一百万
:
: and
a*t
17 楼
ebay去买个同型号的键盘来 找人帮你换一下就是了
便宜得很。。。
便宜得很。。。
a*y
18 楼
白猫公主， "t" key 坏了？
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
j*n
19 楼
Here's a quick fix: find another key that you never use, and swap with the
missing key. Just bear in mind that's the new "T".
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
missing key. Just bear in mind that's the new "T".
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
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