G*G
2 楼
问个用genetic variant or mutants for biomarker的问题
假设,你发现了一个variant,它的高表达表示癌症,低表达表示正常
但是如果没有发现这个variant,则无法预测。
那么,你怎么能把这个biomarker用在blind testing set中呢?
因为testing set是blind,可能出现这个marker根本就不存在这个病人中
也就是无法预测。但是有时候,不存在和低表达之间很难区分,就是0和0.0005的关系。
而且不同的样本这个threshold很难一样。有的样本0.5才是低表达,有的样本0.00005
才是低表达。
请问这个问题如何解决?
假设,你发现了一个variant,它的高表达表示癌症,低表达表示正常
但是如果没有发现这个variant,则无法预测。
那么,你怎么能把这个biomarker用在blind testing set中呢?
因为testing set是blind,可能出现这个marker根本就不存在这个病人中
也就是无法预测。但是有时候,不存在和低表达之间很难区分,就是0和0.0005的关系。
而且不同的样本这个threshold很难一样。有的样本0.5才是低表达,有的样本0.00005
才是低表达。
请问这个问题如何解决?
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