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问一个 qPCR error bar 的问题

问一个 qPCR error bar 的问题# Biology - 生物学

M*i2018-07-30 07:07

1 楼

同一个cell line, 在3个不同的well 里 treat with 一种药物，提取RNA, 转成cDNA,
做qPCR,
如果是同一天做的可以按照 n=3 计算 error bar 吗？
还是说必须要分开在3天treat 药物才能算 n=3 计算 error bar?

S*h2018-07-30 07:07

2 楼

3个wells的处理，这个应该符合biological replicates的定义吧.

t*k2018-07-30 07:07

3 楼

这不是technical triplicates么

S*h2018-07-30 07:07

4 楼

• Biological replicates are parallel measurements of biologically
distinct samples that capture
random biological variation, which may itself be a subject of study or a
source of noise.
• Technical replicates are repeated measurements of the same sample
that represent
independent measures of the random noise associated with protocols or
equipment.2

t*k2018-07-30 07:07

5 楼

如果把药和细胞先混在一起，然后分到三个well里面长一段时间分别测，算哪种？看到
网上有说cancer cell in vitro实验，分在三个flask同时做就算biological
replicates，怎么感觉怪怪得

S*h2018-07-30 07:07

6 楼

个人认为分情况：
1. 如果原代培养，算n=1
2. cell line 的话，可以算 n=3。
不放心，至少重复一次呗，很多时候，后续实验会反复用到前面的对照，也免不了要重
复。

: 如果把药和细胞先混在一起，然后分到三个well里面长一段时间分别测，算哪种
？看到

: 网上有说cancer cell in vitro实验，分在三个flask同时做就算biological

: replicates，怎么感觉怪怪得

【在 t******k 的大作中提到】

: 如果把药和细胞先混在一起，然后分到三个well里面长一段时间分别测，算哪种？看到
: 网上有说cancer cell in vitro实验，分在三个flask同时做就算biological
: replicates，怎么感觉怪怪得

a*c2018-07-30 07:07

7 楼

这些属于实验室的做事风格，没有标准答案的。单次实验里的操作,不同的样品，不同
天做的样品，不同人做的样品，不同动物来的细胞等等都造成结果的不稳定。有些实验
结果特别稳定，有的结果不那么稳定。不稳定也许是手潮，也许是那个生物学效应本身
变化就很大。一般实验操作相关的归到technical repeat. 其他都可以算biological
repeat。你自己知道你的error bar所代表的和没有代表的内容就好了。

cDNA,

【在 M**i 的大作中提到】

: 同一个cell line, 在3个不同的well 里 treat with 一种药物，提取RNA, 转成cDNA,
: 做qPCR,
: 如果是同一天做的可以按照 n=3 计算 error bar 吗？
: 还是说必须要分开在3天treat 药物才能算 n=3 计算 error bar?

s*s2018-07-30 07:07

8 楼

second this

【在 a****c 的大作中提到】

: 这些属于实验室的做事风格，没有标准答案的。单次实验里的操作,不同的样品，不同
: 天做的样品，不同人做的样品，不同动物来的细胞等等都造成结果的不稳定。有些实验
: 结果特别稳定，有的结果不那么稳定。不稳定也许是手潮，也许是那个生物学效应本身
: 变化就很大。一般实验操作相关的归到technical repeat. 其他都可以算biological
: repeat。你自己知道你的error bar所代表的和没有代表的内容就好了。
:
: cDNA,

O*T2018-07-30 07:07

9 楼

多做几次确定结果再认真的做三次原则是这样

g*x2018-07-30 07:07

10 楼

同一个cell line，是tech rep啊亲

【在 S*****h 的大作中提到】

: 3个wells的处理，这个应该符合biological replicates的定义吧.

d*c2018-07-30 07:07

11 楼

我觉得吧，这种实验这个error bar可以算biological control，但是你需要清楚你自
己干的是什么活儿。
你用一个细胞Line,这个Line是在一个大盘子里样的，那么line 的initial cell
density, growth rate就可以能成为决定实验结果的关键，如果你用这天养的line 分
到了三个well,然后做实验。如果你的实验成功了，good job。如果你的实验失败了，
没看到你想看的结果，难道你就说实验失败了吗。当然不是。
有的实验的结果的variation 超级大，那么你这样做的biolgoical repeats会降低
variation，我绝对是正确的。
但是因为实验variation 很大，就算你这次成功了，也不能代表下次你做实验就成功，
所以你需要自己在另外的一个时间，从新重复一次实验，来验证你这次不是偶然。