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如何把１个文件分成２２个以chromosone为单位的文件

如何把１个文件分成２２个以chromosone为单位的文件# DataSciences - 数据科学

w*12014-03-31 07:03

1 楼

我想用merlin做gwas,结果说内存不够，问了作者，建议把我的ped 文件分成２２个文
件，每个chromosome一个文件。请问plink里面有命令可以把包括２２个chromosome的
ped file和map file分成以每个chromosome为单位的２２个子文件吗？
另外分成２２个后，如何产生merlin 需要的.dat file呢？谢谢！

g*l2014-03-31 07:03

2 楼

http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/dataman.shtml#extrac

g*l2014-03-31 07:03

3 楼

http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/dataman.shtml#extrac

w*12014-03-31 07:03

4 楼

我试过这个命令，这是在用plink做分析的时候用这个命令，就可以只包含一个
chromosome，问题是我现在必须先产生２２个子文件，然后用这２２个文件用merlin来
分析。我需要考虑到family因素，plink对family考虑的不够好，所以只能用merlin

g*l2014-03-31 07:03

5 楼

我不太懂，你运行22遍不是就有22个文件了吗
一行perl搞定

【在 w*****1 的大作中提到】

: 我试过这个命令，这是在用plink做分析的时候用这个命令，就可以只包含一个
: chromosome，问题是我现在必须先产生２２个子文件，然后用这２２个文件用merlin来
: 分析。我需要考虑到family因素，plink对family考虑的不够好，所以只能用merlin