小结：如何找kinase和substrate# Biology - 生物学
t*p
1 楼
由于kinase和substrate的binding是transient and weak 的，所以这一直是个难题。
1. 直接binding，yeast-two hybrid，或通过complex中找到。这些报道很少，一般
是找到后用来确证的确直接binding。
2. 根据已知的substrate中磷酸化位点序列的保守性来scan，推测，猜。
3. 猜：两个蛋白功能很接近，看是否直接binding，是否磷酸化。
4. 用peptide array：体外纯化的kinase，看对哪些peptide的磷酸化活性高，根据
peptide的序列scan，再体内验证。
5. 2-D胶。敲除某个kinase，看哪些蛋白的磷酸化发生变化。再质谱鉴定。
6. inhibitor array：现在有很多专门针对某个kinase的小分子inhibitor，把这些
inhibitor收齐全了，如果有某个substrate的磷酸化抗体，就用inhibitor筛一遍，看
哪个抑制强。
7. ……看我的第二篇文章：鼓吹phosphoproteomics的文章……
欢迎补
1. 直接binding，yeast-two hybrid，或通过complex中找到。这些报道很少，一般
是找到后用来确证的确直接binding。
2. 根据已知的substrate中磷酸化位点序列的保守性来scan，推测，猜。
3. 猜：两个蛋白功能很接近，看是否直接binding，是否磷酸化。
4. 用peptide array：体外纯化的kinase，看对哪些peptide的磷酸化活性高，根据
peptide的序列scan，再体内验证。
5. 2-D胶。敲除某个kinase，看哪些蛋白的磷酸化发生变化。再质谱鉴定。
6. inhibitor array：现在有很多专门针对某个kinase的小分子inhibitor，把这些
inhibitor收齐全了，如果有某个substrate的磷酸化抗体，就用inhibitor筛一遍，看
哪个抑制强。
7. ……看我的第二篇文章：鼓吹phosphoproteomics的文章……
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