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问一个低含量突变检测技术的问题
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问一个低含量突变检测技术的问题# Biology - 生物学
w*g
1
放在Award里吗?毕竟不是导师得的奖,能放吗?
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Y*E
2
急啊!
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Z*5
3
假设有2管质粒a和b,两管质粒的其它序列全部相同,除了某一位点在a中全部
为野生型A;在b中野生型A:突变型G大约为100000:1。
要用什么样的技术才能检测出b中的突变序列呢?最好能得到野生型和突变型的比例。
HRM(高分辨率溶解曲线)行不行?检出的灵敏度是多少?
或者有什么办法能够定量的把b中的突变富集起来?
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m*n
4
不可以放award 里,放 Student/Thesis Supervision 里,属于 Service 下面的一小
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n*y
5
排队去店里买最快
att和verizon网站都可以order no-commitment的机器,不过你得等很久
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w*n
6
PCR可以检测单碱基突变,算比例,我想可以用realtimePCR,但是可能误差很大。

【在 Z******5 的大作中提到】
: 假设有2管质粒a和b,两管质粒的其它序列全部相同,除了某一位点在a中全部
: 为野生型A;在b中野生型A:突变型G大约为100000:1。
: 要用什么样的技术才能检测出b中的突变序列呢?最好能得到野生型和突变型的比例。
: HRM(高分辨率溶解曲线)行不行?检出的灵敏度是多少?
: 或者有什么办法能够定量的把b中的突变富集起来?

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d*w
7
是co-author吗?是就算吧。发奖的奖上面所有作者的名字都有的啊一般。
如果是毕业论文的话就不好算。
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Y*E
8
大概要排多久呢,现在?

【在 n**y 的大作中提到】
: 排队去店里买最快
: att和verizon网站都可以order no-commitment的机器,不过你得等很久

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w*g
10
其实是conference paper. 导师是corresponding author. 但得奖的是学生。

【在 d******w 的大作中提到】
: 是co-author吗?是就算吧。发奖的奖上面所有作者的名字都有的啊一般。
: 如果是毕业论文的话就不好算。

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a*7
11
刚看了一下,11月16号,verizon的所有容量的

【在 Y**E 的大作中提到】
: 大概要排多久呢,现在?
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d*p
12
最简单办法,转化,稀释,挑单克隆测序,测100个, 看 比率
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s*e
13
导师如果是作者之一的话,也可以放进自己的CV。说白了,这个奖是给该文章所有作者
的。

【在 w*********g 的大作中提到】
: 其实是conference paper. 导师是corresponding author. 但得奖的是学生。
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Y*E
14
verizon的是无锁无合同裸机吗?
要是去店里排队需要等多久呢?

【在 a******7 的大作中提到】
: 刚看了一下,11月16号,verizon的所有容量的
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d*p
15
没有看清你那个 比率 这么 低,deep sequence吧,一个 样品 也就几千块
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w*g
16
如果这奖叫Best Graduation Research Award (其实是学生的),那导师CV里怎么写呢
?请指点

【在 s**********e 的大作中提到】
: 导师如果是作者之一的话,也可以放进自己的CV。说白了,这个奖是给该文章所有作者
: 的。

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a*7
17
全价机,目测要买month to month的合同,可以到手之后取消合同
店里不知道有没有无锁无合同

【在 Y**E 的大作中提到】
: verizon的是无锁无合同裸机吗?
: 要是去店里排队需要等多久呢?

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s*s
18
有一个很变态的方法,如果你一直要做这样的检测可能有用,
否则你就deep seq吧
这个方法类似的去年好像有一个检查癌症单碱基突变的nature还是
science文章有,为你的改编一下大概是这样:首先PCR把你要的这段
P出来(cycle不要太多), 然后加热退火杂交,因为你的突变型很少,
所以大多数是完美双链,小部分是有一个mismatch的dsDNA. 这个东西
克隆到特定的载体里面,转化有识别mismatch的ecoli. 有mismatch的
就切开修了,顺便把载体里面下游的一个特定结构(比如loop)的致死
或者抗药基因也修掉了;否则不开修,这个转化子活不了。这样,你
spike几个不同比例的control,用转化colony多少做标准曲线就可以估计了

【在 Z******5 的大作中提到】
: 假设有2管质粒a和b,两管质粒的其它序列全部相同,除了某一位点在a中全部
: 为野生型A;在b中野生型A:突变型G大约为100000:1。
: 要用什么样的技术才能检测出b中的突变序列呢?最好能得到野生型和突变型的比例。
: HRM(高分辨率溶解曲线)行不行?检出的灵敏度是多少?
: 或者有什么办法能够定量的把b中的突变富集起来?

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l*s
19
Advisor of Best Graduation Research Awardee

【在 w*********g 的大作中提到】
: 如果这奖叫Best Graduation Research Award (其实是学生的),那导师CV里怎么写呢
: ?请指点

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l*a
20
deep seq
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n*g
21
Agree.
见过只要学生来问问题 (学生是Dean's list student, presidential scholar,XX
honored student,etc.), 就在自己的简历上列 advisor of ....
不过人家好像也没列错。

【在 l*******s 的大作中提到】
: Advisor of Best Graduation Research Awardee
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Z*5
22
假设有2管质粒a和b,两管质粒的其它序列全部相同,除了某一位点在a中全部
为野生型A;在b中野生型A:突变型G大约为100000:1。
要用什么样的技术才能检测出b中的突变序列呢?最好能得到野生型和突变型的比例。
HRM(高分辨率溶解曲线)行不行?检出的灵敏度是多少?
或者有什么办法能够定量的把b中的突变富集起来?
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w*g
23
非常感谢!

【在 l*******s 的大作中提到】
: Advisor of Best Graduation Research Awardee
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w*n
24
PCR可以检测单碱基突变,算比例,我想可以用realtimePCR,但是可能误差很大。

【在 Z******5 的大作中提到】
: 假设有2管质粒a和b,两管质粒的其它序列全部相同,除了某一位点在a中全部
: 为野生型A;在b中野生型A:突变型G大约为100000:1。
: 要用什么样的技术才能检测出b中的突变序列呢?最好能得到野生型和突变型的比例。
: HRM(高分辨率溶解曲线)行不行?检出的灵敏度是多少?
: 或者有什么办法能够定量的把b中的突变富集起来?

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L*s
25
这难道不算是所有作者的奖?

【在 w*********g 的大作中提到】
: 放在Award里吗?毕竟不是导师得的奖,能放吗?
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m*m
27
关键是奖的名字不对
比如学生论文奖,青年学者论文奖,而你早已不是学生而且年纪很大了
和你的身份不一致,这时候就有点纠结

【在 L***s 的大作中提到】
: 这难道不算是所有作者的奖?
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d*p
28
最简单办法,转化,稀释,挑单克隆测序,测100个, 看 比率
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b*h
29
我见过有full prof还得young scientist award的,获奖者年纪可能倒也不大,40左右
?而且列出的大部分奖项都是学生得的奖,best student paper,best student
presentation
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d*p
30
没有看清你那个 比率 这么 低,deep sequence吧,一个 样品 也就几千块
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w*g
31
是他当学生时的奖呢,还是他的学生的奖?列在哪一栏里呢?

【在 b******h 的大作中提到】
: 我见过有full prof还得young scientist award的,获奖者年纪可能倒也不大,40左右
: ?而且列出的大部分奖项都是学生得的奖,best student paper,best student
: presentation

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s*s
32
有一个很变态的方法,如果你一直要做这样的检测可能有用,
否则你就deep seq吧
这个方法类似的去年好像有一个检查癌症单碱基突变的nature还是
science文章有,为你的改编一下大概是这样:首先PCR把你要的这段
P出来(cycle不要太多), 然后加热退火杂交,因为你的突变型很少,
所以大多数是完美双链,小部分是有一个mismatch的dsDNA. 这个东西
克隆到特定的载体里面,转化有识别mismatch的ecoli. 有mismatch的
就切开修了,顺便把载体里面下游的一个特定结构(比如loop)的致死
或者抗药基因也修掉了;否则不开修,这个转化子活不了。这样,你
spike几个不同比例的control,用转化colony多少做标准曲线就可以估计了

【在 Z******5 的大作中提到】
: 假设有2管质粒a和b,两管质粒的其它序列全部相同,除了某一位点在a中全部
: 为野生型A;在b中野生型A:突变型G大约为100000:1。
: 要用什么样的技术才能检测出b中的突变序列呢?最好能得到野生型和突变型的比例。
: HRM(高分辨率溶解曲线)行不行?检出的灵敏度是多少?
: 或者有什么办法能够定量的把b中的突变富集起来?

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v*l
33
专列一项trainee's honor/award。我认为这一项比自己得奖还有意义。
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l*a
34
deep seq
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s*y
35
这个是个好主意。
我也有学生和博士后得了几个奖,一直不知道该怎么列呢。

【在 v***l 的大作中提到】
: 专列一项trainee's honor/award。我认为这一项比自己得奖还有意义。
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Z*5
36
我在网上查到一些办法,比如cold PCR富集啥的。
自己试过构建野生型和突变型质粒,然后按照1:1000到1:100梯度稀释,用sybgreen扩
增检测Tm值,然后做标准曲线。 扩增片段80bp,要检测的位点在中间。 发现A到G的突
变Tm值升高了0.5度。G到T的突变Tm值没变化。 然后用梯度稀释的比例值与Tm值做回归
,能得到R方0.95的回归曲线。但是如果加上bar值,各组Tm之间其实根本没有统计差别
。同时又由于用的是ABI7500,又是不饱和染料sybgreen,分辨率也就0.5度,这个方法
也就作罢。
后来尝试在突变位点附件做定点突变PCR,制造出酶切位点(野生型能切,突变型不能
切),结果神奇的发现药物处理第二代后,细胞中积累的突变就有50%至高了,完全不
想一开始自己想象的千分之一、万分之一。
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b*h
37
学生的奖
跟其本人的奖啥的都列在一起

【在 w*********g 的大作中提到】
: 是他当学生时的奖呢,还是他的学生的奖?列在哪一栏里呢?
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l*g
38
用COLD-PCR最低监测过0.1%含量的突变,你这个估计要用deep sequencing

【在 Z******5 的大作中提到】
: 假设有2管质粒a和b,两管质粒的其它序列全部相同,除了某一位点在a中全部
: 为野生型A;在b中野生型A:突变型G大约为100000:1。
: 要用什么样的技术才能检测出b中的突变序列呢?最好能得到野生型和突变型的比例。
: HRM(高分辨率溶解曲线)行不行?检出的灵敏度是多少?
: 或者有什么办法能够定量的把b中的突变富集起来?

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w*g
39
那叫个啥名字呢?

【在 b******h 的大作中提到】
: 学生的奖
: 跟其本人的奖啥的都列在一起

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L*s
40
我学生得过一个我们全society每年一个的scholarship,$24000。给学生,但是propos
al要老板写,通知拿到与否也是直接通知老板。

【在 s******y 的大作中提到】
: 这个是个好主意。
: 我也有学生和博士后得了几个奖,一直不知道该怎么列呢。

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L*s
41
哦... 论文还是可以算的。毕竟你是联合作者。
要是最佳博士论文就不行了。

【在 m****m 的大作中提到】
: 关键是奖的名字不对
: 比如学生论文奖,青年学者论文奖,而你早已不是学生而且年纪很大了
: 和你的身份不一致,这时候就有点纠结

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