e*i
2 楼
看是否给明天A股反弹提供契机
c*r
3 楼
可以在在NIU构架基础上继续。
K*a
4 楼
【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: IingIingO (乚乚O-您好，请不要误读我的签名档), 信区: Chemistry
标 题: 我现在改学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 22 12:14:05 2010, 美东)
最近MIT有个老师可能会接受我。
要是我现在转学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大呢？
那个老板是绝顶聪明的老板，paper基本上都是jacs以上的。50％以上的是nature
science.
我之前是搞工程的，学过一些化学+物理。
我想转化学就是想为中国人拿一块诺贝尔奖。其实我要是找工作，应该可以找到挺好的
工作。但是那些没有什么意义。
我这种情况，拿诺奖的概率还有多大呢？
我已经决定去了，所以不管结果怎么样，也挡不住我拿诺奖的脚步。
我的下半身要献给化学最高研究
我不要这样平庸地活一辈子。
我出国，就一定要拿诺贝尔奖。
我不会为了金钱而折腰的。
发信人: IingIingO (乚乚O-您好，请不要误读我的签名档), 信区: Chemistry
标 题: 我现在改学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 22 12:14:05 2010, 美东)
最近MIT有个老师可能会接受我。
要是我现在转学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大呢？
那个老板是绝顶聪明的老板，paper基本上都是jacs以上的。50％以上的是nature
science.
我之前是搞工程的，学过一些化学+物理。
我想转化学就是想为中国人拿一块诺贝尔奖。其实我要是找工作，应该可以找到挺好的
工作。但是那些没有什么意义。
我这种情况，拿诺奖的概率还有多大呢？
我已经决定去了，所以不管结果怎么样，也挡不住我拿诺奖的脚步。
我的下半身要献给化学最高研究
我不要这样平庸地活一辈子。
我出国，就一定要拿诺贝尔奖。
我不会为了金钱而折腰的。
m*r
5 楼
最近看《风车》，《家常菜》有感。。。老话有道理
t*p
6 楼
如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
认为他异想天开，没有一点生物的sense。
我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
记录整理一下。
要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
候，它的荧光就同时能在DNA链上探测到。当它与DNA链形成化学键的时候，它的荧光基
团就被DNA聚合酶切除，荧光消失。这种荧光标记的脱氧核苷酸不会影响DNA聚合酶的活
性，并且在荧光被切除之后，合成的DNA链和天然的DNA链完全一样。
第二个是纳米微孔。因为在显微镜实时记录DNA
认为他异想天开，没有一点生物的sense。
我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
记录整理一下。
要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
候，它的荧光就同时能在DNA链上探测到。当它与DNA链形成化学键的时候，它的荧光基
团就被DNA聚合酶切除，荧光消失。这种荧光标记的脱氧核苷酸不会影响DNA聚合酶的活
性，并且在荧光被切除之后，合成的DNA链和天然的DNA链完全一样。
第二个是纳米微孔。因为在显微镜实时记录DNA
w*g
7 楼
这个建议非常好，NIU正在考虑。但希望听到更多细节上的经验和建议，谢谢！
【在 c****r 的大作中提到】
: 可以在在NIU构架基础上继续。
【在 c****r 的大作中提到】
: 可以在在NIU构架基础上继续。
K*a
8 楼
以前好像有个ID叫000的
【在 K***a 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
: 发信人: IingIingO (乚乚O-您好，请不要误读我的签名档), 信区: Chemistry
: 标 题: 我现在改学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 22 12:14:05 2010, 美东)
: 最近MIT有个老师可能会接受我。
: 要是我现在转学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大呢？
: 那个老板是绝顶聪明的老板，paper基本上都是jacs以上的。50％以上的是nature
: science.
: 我之前是搞工程的，学过一些化学+物理。
: 我想转化学就是想为中国人拿一块诺贝尔奖。其实我要是找工作，应该可以找到挺好的
【在 K***a 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
: 发信人: IingIingO (乚乚O-您好，请不要误读我的签名档), 信区: Chemistry
: 标 题: 我现在改学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 22 12:14:05 2010, 美东)
: 最近MIT有个老师可能会接受我。
: 要是我现在转学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大呢？
: 那个老板是绝顶聪明的老板，paper基本上都是jacs以上的。50％以上的是nature
: science.
: 我之前是搞工程的，学过一些化学+物理。
: 我想转化学就是想为中国人拿一块诺贝尔奖。其实我要是找工作，应该可以找到挺好的
i*a
9 楼
呵呵，标题好强悍~~不知道是什么典故。
我猜屠辈可能是指信陵君，类似应该还有百无一用是书生这种。古代应该是讲士，可能到了宋以后，才逐渐落败，具体不清楚。
【在 m*******r 的大作中提到】
: 最近看《风车》，《家常菜》有感。。。老话有道理
我猜屠辈可能是指信陵君，类似应该还有百无一用是书生这种。古代应该是讲士，可能到了宋以后，才逐渐落败，具体不清楚。
【在 m*******r 的大作中提到】
: 最近看《风车》，《家常菜》有感。。。老话有道理
b*n
10 楼
Pacific Biosciences的可能问题：
1）DNA polymerase有3'-5'的外切酶活性从而保证高保真性。但是机器不会识别这个保
真过程，于是仍然多读了一个不存在于模板中的碱基出来
比如新合成的链理论上应该是 5'-ATCG-3'
但是DNA Polymerase开了个小差，错误合成了5'-AT-3'，
3'-5'的外切酶活性马上切掉这个无法正确配对的G
从而保证合成的序列仍然是 5'-ATCG-3'
但是机器读出来的可能会是 5'-ATGCG-3'
2）10 base/second，会不会太快了，机器将前后的信号混淆了或者没来得及读出来
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
1）DNA polymerase有3'-5'的外切酶活性从而保证高保真性。但是机器不会识别这个保
真过程，于是仍然多读了一个不存在于模板中的碱基出来
比如新合成的链理论上应该是 5'-ATCG-3'
但是DNA Polymerase开了个小差，错误合成了5'-AT
3'-5'的外切酶活性马上切掉这个无法正确配对的G
从而保证合成的序列仍然是 5'-ATCG-3'
但是机器读出来的可能会是 5'-ATGCG-3'
2）10 base/second，会不会太快了，机器将前后的信号混淆了或者没来得及读出来
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
f*t
11 楼
支持原楼主拿诺贝尔奖～～～
【在 K***a 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
: 发信人: IingIingO (乚乚O-您好，请不要误读我的签名档), 信区: Chemistry
: 标 题: 我现在改学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 22 12:14:05 2010, 美东)
: 最近MIT有个老师可能会接受我。
: 要是我现在转学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大呢？
: 那个老板是绝顶聪明的老板，paper基本上都是jacs以上的。50％以上的是nature
: science.
: 我之前是搞工程的，学过一些化学+物理。
: 我想转化学就是想为中国人拿一块诺贝尔奖。其实我要是找工作，应该可以找到挺好的
【在 K***a 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
: 发信人: IingIingO (乚乚O-您好，请不要误读我的签名档), 信区: Chemistry
: 标 题: 我现在改学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 22 12:14:05 2010, 美东)
: 最近MIT有个老师可能会接受我。
: 要是我现在转学化学，拿诺贝尔奖的可能性还有多大呢？
: 那个老板是绝顶聪明的老板，paper基本上都是jacs以上的。50％以上的是nature
: science.
: 我之前是搞工程的，学过一些化学+物理。
: 我想转化学就是想为中国人拿一块诺贝尔奖。其实我要是找工作，应该可以找到挺好的
a*o
12 楼
Thanks for sharing.
I took a nanocourse a few weeks ago. One co-director of BROAD Institute
compared a few major deep-sequencing platforms, including PB.
Helicos claim they are the true single molecule sequencing.
Pacific claim they are the true third generation sequencing.
Helicos already published a paper for direct sequencing RNA (poly A tailed,
3' end). with some modification, it is possible to sequnce other portions of
RNA directly.
Two important hurdles for deep dequencing:
1. DNA template
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
I took a nanocourse a few weeks ago. One co-director of BROAD Institute
compared a few major deep-sequencing platforms, including PB.
Helicos claim they are the true single molecule sequencing.
Pacific claim they are the true third generation sequencing.
Helicos already published a paper for direct sequencing RNA (poly A tailed,
3' end). with some modification, it is possible to sequnce other portions of
RNA directly.
Two important hurdles for deep dequencing:
1. DNA template
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
f*t
13 楼
秀秀你也加油吧～诺贝尔奖等着你~我看好你哦!
【在 K***a 的大作中提到】
: 以前好像有个ID叫000的
【在 K***a 的大作中提到】
: 以前好像有个ID叫000的
s*e
14 楼
不可能的. AFM没这么高的精度解析sequence dependent conformation per bp. 以前
有另外一个思路, 是用外力把双链拉开. 因为sequence-dependent base pair
stability, 所以理论上拉开不通的base pair需要不同的力. sequence dependent
Unzipping force range在15-20 pN之间. 但是因为有大量的热噪音, 也作不成. 不过
我想如果能amplify sequence-dependent base pair energy, 同时在低温作unzipping
, 说不定能成.
有另外一个思路, 是用外力把双链拉开. 因为sequence-dependent base pair
stability, 所以理论上拉开不通的base pair需要不同的力. sequence dependent
Unzipping force range在15-20 pN之间. 但是因为有大量的热噪音, 也作不成. 不过
我想如果能amplify sequence-dependent base pair energy, 同时在低温作unzipping
, 说不定能成.
s*e
15 楼
前几天不是物理吗，怎么现在又跳出来一个化学的？
【在 K***a 的大作中提到】
: 以前好像有个ID叫000的
【在 K***a 的大作中提到】
: 以前好像有个ID叫000的
s*y
16 楼
因为蛋白和核酸的化学不一样。
核酸有一一配对，氨基酸没有
核酸有复制酶，氨基酸没有
而且更麻烦的是很多氨基酸都有posttranslational modification
如果氨基酸的测序有大的技术进展的话肯定又是一个诺贝尔奖
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
核酸有一一配对，氨基酸没有
核酸有复制酶，氨基酸没有
而且更麻烦的是很多氨基酸都有posttranslational modification
如果氨基酸的测序有大的技术进展的话肯定又是一个诺贝尔奖
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
d*l
17 楼
下半身。。。
b*h
18 楼
Helico是目前商业化仪器种最好的，不过估计很快就要被这些新的仪器所超过。
更远的还有nanopore sequencing。
Oxford Nanopore 正在开发一种全新的测序系统。大概原理是在一个特殊板上打满了
nano尺寸的小孔，每个孔上面有一个dna外切酶，可以把测序样品dna一个一个碱基切割
下来。切下来的碱基会通过nano孔，而孔中是有微电流的。不同碱基通过孔时对电流的
改变是不同的，通过检测电流的变化来确定dna序列。（http://www.nanoporetech.com/sequences)
更远的还有nanopore sequencing。
Oxford Nanopore 正在开发一种全新的测序系统。大概原理是在一个特殊板上打满了
nano尺寸的小孔，每个孔上面有一个dna外切酶，可以把测序样品dna一个一个碱基切割
下来。切下来的碱基会通过nano孔，而孔中是有微电流的。不同碱基通过孔时对电流的
改变是不同的，通过检测电流的变化来确定dna序列。（http://www.nanoporetech.com/sequences)
s*t
19 楼
ooo
【在 K***a 的大作中提到】
: 以前好像有个ID叫000的
【在 K***a 的大作中提到】
: 以前好像有个ID叫000的
c*6
20 楼
helicos我看不出有什么希望来。
他们仪器太贵了，价格是illumina GA，454，和solid的两倍以上 （这是08年末的数据
，肯定他们的成本降低很多了现在，但是比其余三个贵是肯定的）
价格上的劣势导致他们现在的市场占有率太低了，估计现在市场上1000台，有500台是
illumina的，250台454，250台solid，helicos只有11台。 市场占有率低导致了不能进
一步推广，而且试剂上也赚不到钱。
他们的错误率相对而言还是最高的。他们目前的解决办法是做更多轮。
技术上我觉得他们还是有优势的，比如他们是唯一一个目前能直接做rna的。但是建立
在这样的技术优势上，还没有能打开市场，今后在别的竞争对手上来以后，就更难了。
看好PB，但是他们还要很好的解决S/N的问题。
oxford就难说了，这个idea都已经存在20年了。但是一直没有解决，也不知道什么时候
能解决呵呵
【在 b*****h 的大作中提到】
: Helico是目前商业化仪器种最好的，不过估计很快就要被这些新的仪器所超过。
: 更远的还有nanopore sequencing。
: Oxford Nanopore 正在开发一种全新的测序系统。大概原理是在一个特殊板上打满了
: nano尺寸的小孔，每个孔上面有一个dna外切酶，可以把测序样品dna一个一个碱基切割
: 下来。切下来的碱基会通过nano孔，而孔中是有微电流的。不同碱基通过孔时对电流的
: 改变是不同的，通过检测电流的变化来确定dna序列。（http://www.nanoporetech.com/sequences)
他们仪器太贵了，价格是illumina GA，454，和solid的两倍以上 （这是08年末的数据
，肯定他们的成本降低很多了现在，但是比其余三个贵是肯定的）
价格上的劣势导致他们现在的市场占有率太低了，估计现在市场上1000台，有500台是
illumina的，250台454，250台solid，helicos只有11台。 市场占有率低导致了不能进
一步推广，而且试剂上也赚不到钱。
他们的错误率相对而言还是最高的。他们目前的解决办法是做更多轮。
技术上我觉得他们还是有优势的，比如他们是唯一一个目前能直接做rna的。但是建立
在这样的技术优势上，还没有能打开市场，今后在别的竞争对手上来以后，就更难了。
看好PB，但是他们还要很好的解决S/N的问题。
oxford就难说了，这个idea都已经存在20年了。但是一直没有解决，也不知道什么时候
能解决呵呵
【在 b*****h 的大作中提到】
: Helico是目前商业化仪器种最好的，不过估计很快就要被这些新的仪器所超过。
: 更远的还有nanopore sequencing。
: Oxford Nanopore 正在开发一种全新的测序系统。大概原理是在一个特殊板上打满了
: nano尺寸的小孔，每个孔上面有一个dna外切酶，可以把测序样品dna一个一个碱基切割
: 下来。切下来的碱基会通过nano孔，而孔中是有微电流的。不同碱基通过孔时对电流的
: 改变是不同的，通过检测电流的变化来确定dna序列。（http://www.nanoporetech.com/sequences)
K*a
21 楼
诺贝尔要设立萎缩奖了吗？
【在 f******t 的大作中提到】
: 秀秀你也加油吧～诺贝尔奖等着你~我看好你哦!
【在 f******t 的大作中提到】
: 秀秀你也加油吧～诺贝尔奖等着你~我看好你哦!
s*e
22 楼
这个，现在出来了商业化运营的了吗？
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
l*a
23 楼
没转joke？
【在 K***a 的大作中提到】
: 诺贝尔要设立萎缩奖了吗？
【在 K***a 的大作中提到】
: 诺贝尔要设立萎缩奖了吗？
h*e
24 楼
请问他们上市了吗？
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
s*s
25 楼
大家不要被高科技忽悠。技术上fancy不等于东西做的好，更不等于赚钱。
这玩意儿拖了一年多终于出现了, PacBIO第一季度加剧亏损
【在 h******e 的大作中提到】
: 请问他们上市了吗？
:
: SMRT
这玩意儿拖了一年多终于出现了, PacBIO第一季度加剧亏损
【在 h******e 的大作中提到】
: 请问他们上市了吗？
:
: SMRT
z*a
26 楼
toptip加油
i*g
27 楼
赞。民科飘过
c*6
28 楼
pacbio已经上市了。但是他们现在的error rate还是没有能够得到很好的解决
我个人感觉他们没有达到开始的预期
【在 h******e 的大作中提到】
: 请问他们上市了吗？
:
: SMRT
我个人感觉他们没有达到开始的预期
【在 h******e 的大作中提到】
: 请问他们上市了吗？
:
: SMRT
c*r
29 楼
不错，回头好好学习一下
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
w*y
30 楼
cool
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
f*e
31 楼
PacBio 的 error rate 比别的二代测序大么？为什么？
【在 c**********6 的大作中提到】
: pacbio已经上市了。但是他们现在的error rate还是没有能够得到很好的解决
: 我个人感觉他们没有达到开始的预期
【在 c**********6 的大作中提到】
: pacbio已经上市了。但是他们现在的error rate还是没有能够得到很好的解决
: 我个人感觉他们没有达到开始的预期
p*u
32 楼
thanks for sharing
C*e
33 楼
正想说这个呢
我想补充一下的是你说的孔不是“打”出来的
其实是一个膜蛋白六聚体
中间会形成一个孔
然后有东西从里面穿过的时候在膜上能测到不同的电流变化
他们公司上有两种构想
一种就是这个用外切酶切的
一种也是放一个DNA聚合酶在六聚体膜蛋白的顶上
DNA模板从孔中穿过
不过我没有弄明白那个是怎么来测序的
因为其实一直孔里都有东西
电流变化就没有了
（http://www.nanoporetech.com/sequences)
【在 b*****h 的大作中提到】
: Helico是目前商业化仪器种最好的，不过估计很快就要被这些新的仪器所超过。
: 更远的还有nanopore sequencing。
: Oxford Nanopore 正在开发一种全新的测序系统。大概原理是在一个特殊板上打满了
: nano尺寸的小孔，每个孔上面有一个dna外切酶，可以把测序样品dna一个一个碱基切割
: 下来。切下来的碱基会通过nano孔，而孔中是有微电流的。不同碱基通过孔时对电流的
: 改变是不同的，通过检测电流的变化来确定dna序列。（http://www.nanoporetech.com/sequences)
我想补充一下的是你说的孔不是“打”出来的
其实是一个膜蛋白六聚体
中间会形成一个孔
然后有东西从里面穿过的时候在膜上能测到不同的电流变化
他们公司上有两种构想
一种就是这个用外切酶切的
一种也是放一个DNA聚合酶在六聚体膜蛋白的顶上
DNA模板从孔中穿过
不过我没有弄明白那个是怎么来测序的
因为其实一直孔里都有东西
电流变化就没有了
（http://www.nanoporetech.com/sequences)
【在 b*****h 的大作中提到】
: Helico是目前商业化仪器种最好的，不过估计很快就要被这些新的仪器所超过。
: 更远的还有nanopore sequencing。
: Oxford Nanopore 正在开发一种全新的测序系统。大概原理是在一个特殊板上打满了
: nano尺寸的小孔，每个孔上面有一个dna外切酶，可以把测序样品dna一个一个碱基切割
: 下来。切下来的碱基会通过nano孔，而孔中是有微电流的。不同碱基通过孔时对电流的
: 改变是不同的，通过检测电流的变化来确定dna序列。（http://www.nanoporetech.com/sequences)
C*e
34 楼
上市了
隔壁就有一台PacBio的
不过一直不知道原来是这么fancy的东西
去年年底组装起来的
【在 h******e 的大作中提到】
: 请问他们上市了吗？
:
: SMRT
隔壁就有一台PacBio的
不过一直不知道原来是这么fancy的东西
去年年底组装起来的
【在 h******e 的大作中提到】
: 请问他们上市了吗？
:
: SMRT
z*t
35 楼
他家太坑爹了。。。机器总坏，加上我们这里genome center的效率，简直无敌了。。
。我们一个test sample愣是跑了1个月
【在 C*******e 的大作中提到】
: 上市了
: 隔壁就有一台PacBio的
: 不过一直不知道原来是这么fancy的东西
: 去年年底组装起来的
。我们一个test sample愣是跑了1个月
【在 C*******e 的大作中提到】
: 上市了
: 隔壁就有一台PacBio的
: 不过一直不知道原来是这么fancy的东西
: 去年年底组装起来的
z*t
36 楼
他家太坑爹了。。。机器总坏，加上我们这里genome center的效率，简直无敌了。。
。我们一个test sample愣是跑了1个月
【在 C*******e 的大作中提到】
: 上市了
: 隔壁就有一台PacBio的
: 不过一直不知道原来是这么fancy的东西
: 去年年底组装起来的
。我们一个test sample愣是跑了1个月
【在 C*******e 的大作中提到】
: 上市了
: 隔壁就有一台PacBio的
: 不过一直不知道原来是这么fancy的东西
: 去年年底组装起来的
C*e
37 楼
：）
还好我不用那个
你要操作那个东西么
【在 z*t 的大作中提到】
: 他家太坑爹了。。。机器总坏，加上我们这里genome center的效率，简直无敌了。。
: 。我们一个test sample愣是跑了1个月
还好我不用那个
你要操作那个东西么
【在 z*t 的大作中提到】
: 他家太坑爹了。。。机器总坏，加上我们这里genome center的效率，简直无敌了。。
: 。我们一个test sample愣是跑了1个月
y*m
38 楼
10 beta machine are in testing and in use
【在 h******e 的大作中提到】
: 请问他们上市了吗？
:
: SMRT
【在 h******e 的大作中提到】
: 请问他们上市了吗？
:
: SMRT
p*l
39 楼
成像上他们应该用的不是confocal。confocal对单分子探测有点够呛。我印象里就是个wide field microscope，用EMCCD成像。
所谓zero-mode waveguides，就是激发光只可能在这个纳米大小的小孔内有，漏不出去。所以只有进入了这个小孔的荧分子才可能发光，其他在溶液里的荧光分子，根本不会有信号。成像上不需要考虑背景信号问题，一般的wide field fluorescence就可以了。
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
所谓zero-mode waveguides，就是激发光只可能在这个纳米大小的小孔内有，漏不出去。所以只有进入了这个小孔的荧分子才可能发光，其他在溶液里的荧光分子，根本不会有信号。成像上不需要考虑背景信号问题，一般的wide field fluorescence就可以了。
SMRT
【在 t****p 的大作中提到】
: 如果有人告诉你用显微镜实时观测单分子DNA聚合酶复制DNA，并用它来测序，你一定会
: 认为他异想天开，没有一点生物的sense。
: 我最初就是这样认为的，然而它不仅可以实现，而且已经实现了！这个就是被称为第三
: 代的测序技术，Pacific Biosciences公司推出的“Single Molecule Real Time (SMRT
: ™) DNA Sequencing”（单分子实时DNA测序）。
: 我有幸在NIH听到了这个技术发明人Stephen Turner博士的讲座，根据自己粗浅的理解
: 记录整理一下。
: 要实现单分子实时测序，有三个关键的技术。
: 第一个是荧光标记的脱氧核苷酸。显微镜现在再厉害，也不可能真的实时看到“单分子
: ”。但是它可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷酸被掺入DNA链的时
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