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求助有关蛋白质浓度测定的方法
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求助有关蛋白质浓度测定的方法# Biology - 生物学
w*t
1
有哥的祝福果然不同
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v*a
2
嘿嘿
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w*c
3
我的一个蛋白,很多cyctein,没有aromatic amino acid,现在需要测定蛋白浓度,请
问有没有和aromatic amino acid无关的测定方法?
已经知道不行的有BCA assay, Lowry assay, Bradford assay, Biuret assay,A280换算
。amino acid analysis也试过了,不知道是不是操作的问题,也没有结果。
ps.蛋白浓度不会太小(估计在1mg/ml上下)
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b*d
4
照呢?
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x*h
5
有些人的说法是没有人家白人殖民和侵略还没有现在的生活的
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a*e
6
SDS-PAGE, plus commasia blue staining, with known amount of standard protein
.
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w*t
7


【在 w**t 的大作中提到】
: 有哥的祝福果然不同
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v*a
8
哈哈

【在 x******h 的大作中提到】
: 有些人的说法是没有人家白人殖民和侵略还没有现在的生活的
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a*a
9
不一定work啊,coomassie blue也主要是染aromatic residues的
得试silver staining,copper staining
另外,既然这两天都在说生物是否需要智商,我就不厚道一次
楼主这个问题充分说明生物不需要智商
一上来就说了自己蛋白没啥aromatic residues,然后后面绕来绕去都是基于
aromatic residues的测定(coomassie,bradford,280啥的)。。。
很好很强大

protein

【在 a***e 的大作中提到】
: SDS-PAGE, plus commasia blue staining, with known amount of standard protein
: .

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b*d
10
和16岁的一样高!
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s*l
11
没错!
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s*y
12
you need to scan the absorption curve, and choose the peak position.
For example, when I used to work with poly-proline, I used OD 230.

换算

【在 w*c 的大作中提到】
: 我的一个蛋白,很多cyctein,没有aromatic amino acid,现在需要测定蛋白浓度,请
: 问有没有和aromatic amino acid无关的测定方法?
: 已经知道不行的有BCA assay, Lowry assay, Bradford assay, Biuret assay,A280换算
: 。amino acid analysis也试过了,不知道是不是操作的问题,也没有结果。
: ps.蛋白浓度不会太小(估计在1mg/ml上下)

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K*a
13
我日,这马赛克打得
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s*l
14
http://answers.yahoo.com/question/index?qid=20091124060730AAjuL
History records that after the English torched a Pequot village and killed
men, women and children, the Protestant ultra fundamentalist, Cotton Mather,
approvingly proclaimed, "It was supposed that no less than 600 Pequot souls
were brought down to hell that day." And in his Thanksgiving sermon,
delivered in Plymouth in 1623, Mather the Elder "gave thanks for the
devastating plague of smallpox, which wiped out the majority of the
Wampanoag Indians who had been their primary benefactors." Mather praised
God for destroying "chiefly the young
men and children..." Historian V.G. Kiernan recounts that in 1648 Dutch
colonists initiated the practice of offering bounties for Delaware Indian
scalps, women included.
sounds like a wonderful thing to celebrate?
no thanks. i'll be at the day of mourning march that day.
I never celebrated Thanksgiving. That MYTH was discarded right along with
Santa Clause and the Easter Bunny.
Even as a child (in grade 2or 3) before I knew anything about the history of
colonization, I knew it was a myth (right along with the George Washington
"I can not tell a lie" myth).
It always amazes me that people make a big deal of a MYTH. (Pilgrim/ Indian
Thanksgiving).
What is even more surprising, that in 2009 some people are still so gullible.
.
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l*y
15
desalt, dry and weigh

换算

【在 w*c 的大作中提到】
: 我的一个蛋白,很多cyctein,没有aromatic amino acid,现在需要测定蛋白浓度,请
: 问有没有和aromatic amino acid无关的测定方法?
: 已经知道不行的有BCA assay, Lowry assay, Bradford assay, Biuret assay,A280换算
: 。amino acid analysis也试过了,不知道是不是操作的问题,也没有结果。
: ps.蛋白浓度不会太小(估计在1mg/ml上下)

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f*s
16
恭喜小李夺冠
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E*t
17
aglee

【在 v******a 的大作中提到】
: 嘿嘿
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w*c
18
正是因为那些都是基于aromatic aa的我才都列出来
我的蛋白pI非常低,comassie silver 都染不上
uv-vis spectrum有,但是没办法用那个测浓度啊。不知道extinction coeffecient
如果实在没办法我就TCA沉淀然后称了
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t*t
19
这直接打脸了。。。

【在 K***a 的大作中提到】
: 我日,这马赛克打得
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E*t
20
嗯,我认识的一个地富反坏后代说,要是没有土共,我就是含着金钥匙出生的。我答,
你要是有那命就生在红色贵族家了。哈哈,大家都得感恩

【在 x******h 的大作中提到】
: 有些人的说法是没有人家白人殖民和侵略还没有现在的生活的
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w*c
21
正是因为那些都是基于aromatic aa的我才都列出来
我的蛋白pI非常低,comassie silver 都染不上
uv-vis spectrum有,但是没办法用那个测浓度啊。不知道extinction coeffecient
如果实在没办法我就TCA沉淀然后称了
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s*y
22
re

【在 v******a 的大作中提到】
: 嘿嘿
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n*d
23
你这个蛋白太变态,换一个吧。
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s*y
24
哎,要是没有土共,我也是小姐的命呢

【在 E*****t 的大作中提到】
: 嗯,我认识的一个地富反坏后代说,要是没有土共,我就是含着金钥匙出生的。我答,
: 你要是有那命就生在红色贵族家了。哈哈,大家都得感恩

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C*m
25
银染都染不上?还有个办法,做Zinc-Imidazole negative staining,我记得也是可以
定量的。

【在 w*c 的大作中提到】
: 正是因为那些都是基于aromatic aa的我才都列出来
: 我的蛋白pI非常低,comassie silver 都染不上
: uv-vis spectrum有,但是没办法用那个测浓度啊。不知道extinction coeffecient
: 如果实在没办法我就TCA沉淀然后称了

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p*t
26
估计不过,但即便是老美家过,也不发包子啊,
所以还是村里过节有气氛
大家节日快乐!
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w*c
27

Negative staining太不准了.还不一定有BCA准呢

【在 C*********m 的大作中提到】
: 银染都染不上?还有个办法,做Zinc-Imidazole negative staining,我记得也是可以
: 定量的。

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v*a
28
哈哈哈哈

【在 E*****t 的大作中提到】
: 嗯,我认识的一个地富反坏后代说,要是没有土共,我就是含着金钥匙出生的。我答,
: 你要是有那命就生在红色贵族家了。哈哈,大家都得感恩

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w*c
29
我用Bca测定的至少是正确的数量级。用蛋白本身的Fe-S cluster估测的。
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v*a
30
你是女的?

【在 s*y 的大作中提到】
: 哎,要是没有土共,我也是小姐的命呢
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w*e
31
凯氏定氮法
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r*i
32
Nick-Pace equation
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s*y
33

就看你需要多精确了。如果不需要太精确的话,可以随便找个网页针对与你的序列来算
一下OD 230.
如果实在不行的话,找一些标准蛋白来测OD230曲线,一般来说,OD230是由多肽键产生
的,我记忆中对于不同的序列差的不是特别多。当然这个方法不是很精确,因为OD230
测出来的数值很小,相对误差比较大
如果你不放心的话找两个不同的标准蛋白(必须用相同的摩尔浓度!!不可以用重量浓度!!)
先测一下两条标准曲线,看看不同的蛋白间能差多远。如果相差不超过30%,那应该就足够了。(Bradford 曲线对于不同的标准蛋白也有不小差别的)
如果你需要非常精确的话,那么就只好用氮测定法了。

【在 w*c 的大作中提到】
: 正是因为那些都是基于aromatic aa的我才都列出来
: 我的蛋白pI非常低,comassie silver 都染不上
: uv-vis spectrum有,但是没办法用那个测浓度啊。不知道extinction coeffecient
: 如果实在没办法我就TCA沉淀然后称了

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a*e
34
you still remember those classes taken at more than 15 years ago. Admire
you yah.

OD230
浓度!!)
就足够了。(Bradford 曲线对于不同的标准蛋白也有不小差别的)

【在 s******y 的大作中提到】
:
: 就看你需要多精确了。如果不需要太精确的话,可以随便找个网页针对与你的序列来算
: 一下OD 230.
: 如果实在不行的话,找一些标准蛋白来测OD230曲线,一般来说,OD230是由多肽键产生
: 的,我记忆中对于不同的序列差的不是特别多。当然这个方法不是很精确,因为OD230
: 测出来的数值很小,相对误差比较大
: 如果你不放心的话找两个不同的标准蛋白(必须用相同的摩尔浓度!!不可以用重量浓度!!)
: 先测一下两条标准曲线,看看不同的蛋白间能差多远。如果相差不超过30%,那应该就足够了。(Bradford 曲线对于不同的标准蛋白也有不小差别的)
: 如果你需要非常精确的话,那么就只好用氮测定法了。

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s*y
35
什么15年!?你才15年!
我哪有这么老?气死我了。。。

【在 a***e 的大作中提到】
: you still remember those classes taken at more than 15 years ago. Admire
: you yah.
:
: OD230
: 浓度!!)
: 就足够了。(Bradford 曲线对于不同的标准蛋白也有不小差别的)

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a*a
36
应该是214nm吧

OD230
浓度!!)
就足够了。(Bradford 曲线对于不同的标准蛋白也有不小差别的)

【在 s******y 的大作中提到】
: 什么15年!?你才15年!
: 我哪有这么老?气死我了。。。

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s*n
37
如果你的cystine很多的话,虽然没有Y和W,280 nm应该可以测你的蛋白的,
E(Prot) = Numb(Tyr)*Ext(Tyr) + Numb(Trp)*Ext(Trp) + Numb(Cystine)*Ext(
Cystine)
where (for proteins in water measured at 280 nm): Ext(Tyr) = 1490, Ext(Trp)
= 5500, Ext(Cystine) = 125。
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w*c
38
Thanks a lot!
我决定用kalb et al. (1977)的方法,用A230和A260估测蛋白浓度,这种方法基本上对蛋
白本身的氨基酸组成不要求.
反正ferredoxin这个蛋白无论怎么样也测不准,估计reviewer也不会说什么.

OD230
浓度!!)
就足够了。(Bradford 曲线对于不同的标准蛋白也有不小差别的)

【在 s******y 的大作中提到】
: 什么15年!?你才15年!
: 我哪有这么老?气死我了。。。

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p*s
39
Try Invitrogen's NanoOrange or CBQCA kit.

换算

【在 w*c 的大作中提到】
: 我的一个蛋白,很多cyctein,没有aromatic amino acid,现在需要测定蛋白浓度,请
: 问有没有和aromatic amino acid无关的测定方法?
: 已经知道不行的有BCA assay, Lowry assay, Bradford assay, Biuret assay,A280换算
: 。amino acid analysis也试过了,不知道是不是操作的问题,也没有结果。
: ps.蛋白浓度不会太小(估计在1mg/ml上下)

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C*e
40
我觉得测蛋白浓度也就是一个参照
lz你真的需要非常精确的浓度么?
你也说了BCA Assay数量级是对的
那么只要你一直用BCA Assay来测你这个蛋白
以那个结果来指导后面的实验
一直用同一个参照
也就可以了吧
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o*n
41
有些要计算几个fe/s cluter per protein,如果蛋白浓度不准,后面不都错了?
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b*g
42
go to ICPMS for S or P or other elements content, you will get very accurate
concentration. But it needs a good ICP-MS.
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f*g
43
你做的是新的蛋白还是别人已经characterized的蛋白?
如果是已经做过的,最简单的就是: Fe-S都有特征吸收大概在 400nm左右,并且有特
征extinction coefficient。 你查一下文献,做个UV-Vis 算算就好了。 (前提是蛋
白是native的,而且Fe都在里面)
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f*g
44
似乎是新的protein, 那么就做一个(ICP-AE)Inductively coupled plasma atomic
emission. ICP-MS也不错,仪器也更普遍。不过有些时候Fe会在检测中掉了。
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A*d
45
syproOrange可以染色。先sds-page
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A*w
46
ICP-MS是个好方法,确定S,Fe的含量,计算摩尔吸光度~
amino acid analysis是个很原始的方法,也可以用来算。
利用很多cys的话,你可以在变性条件下作Ellman's reagent和cys反应,测定412 nm的
abs.
然后反推你的蛋白浓度。
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s*l
47
也可以换个思路,表达的时候加上1-3个HA tag,这样就有Tyr了

换算

【在 w*c 的大作中提到】
: 我的一个蛋白,很多cyctein,没有aromatic amino acid,现在需要测定蛋白浓度,请
: 问有没有和aromatic amino acid无关的测定方法?
: 已经知道不行的有BCA assay, Lowry assay, Bradford assay, Biuret assay,A280换算
: 。amino acid analysis也试过了,不知道是不是操作的问题,也没有结果。
: ps.蛋白浓度不会太小(估计在1mg/ml上下)

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w*c
48
我的蛋白是一个iron sulfur protein
需要做iron 和acid-labile sulfur 的测定,这个就需要相对精确的蛋白浓度,不然算
出来的数差一点结果就差不少了。

【在 C*******e 的大作中提到】
: 我觉得测蛋白浓度也就是一个参照
: lz你真的需要非常精确的浓度么?
: 你也说了BCA Assay数量级是对的
: 那么只要你一直用BCA Assay来测你这个蛋白
: 以那个结果来指导后面的实验
: 一直用同一个参照
: 也就可以了吧

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w*c
49
不是e.coli表达的,是从我们做的菌种里面直接提纯的。
e.coli倒是也能表达,但是iron sulfur cluster incorporation就是个问题,需要rec
onstitution。
我生平最恨的两件事情:
DTNB assay和protein reconsitution(我的另外一个蛋白里面有四个4Fe-4S和一个2Fe
-2S)

【在 s****l 的大作中提到】
: 也可以换个思路,表达的时候加上1-3个HA tag,这样就有Tyr了
:
: 换算

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w*c
50
是新蛋白,我在做活性实验的时候都是用一个Fe 3200/M*cm 算的

【在 f******g 的大作中提到】
: 你做的是新的蛋白还是别人已经characterized的蛋白?
: 如果是已经做过的,最简单的就是: Fe-S都有特征吸收大概在 400nm左右,并且有特
: 征extinction coefficient。 你查一下文献,做个UV-Vis 算算就好了。 (前提是蛋
: 白是native的,而且Fe都在里面)

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w*c
51
Ellman's assay是一个好主意。我唯一的担心是蛋白变性的过程当中cysteine会不会彻
底暴露和是不是以-SH形式存在。
我会找一些文献看看成不成

【在 A****w 的大作中提到】
: ICP-MS是个好方法,确定S,Fe的含量,计算摩尔吸光度~
: amino acid analysis是个很原始的方法,也可以用来算。
: 利用很多cys的话,你可以在变性条件下作Ellman's reagent和cys反应,测定412 nm的
: abs.
: 然后反推你的蛋白浓度。

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f*c
52

换算

【在 w*c 的大作中提到】
: 我的一个蛋白,很多cyctein,没有aromatic amino acid,现在需要测定蛋白浓度,请
: 问有没有和aromatic amino acid无关的测定方法?
: 已经知道不行的有BCA assay, Lowry assay, Bradford assay, Biuret assay,A280换算
: 。amino acid analysis也试过了,不知道是不是操作的问题,也没有结果。
: ps.蛋白浓度不会太小(估计在1mg/ml上下)

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p*n
53
有好的ligand么,作一下titration?

【在 w*c 的大作中提到】
: Ellman's assay是一个好主意。我唯一的担心是蛋白变性的过程当中cysteine会不会彻
: 底暴露和是不是以-SH形式存在。
: 我会找一些文献看看成不成

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b*g
54
then you may have to use ICP-MS
only ICPMS can give you very accurate quantification.

【在 w*c 的大作中提到】
: 我的蛋白是一个iron sulfur protein
: 需要做iron 和acid-labile sulfur 的测定,这个就需要相对精确的蛋白浓度,不然算
: 出来的数差一点结果就差不少了。

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y*n
55
ellman,DTNB! 先用过柱,去掉dethiolate,然后上dtnb,测412。。。。定量蛮准的- -
b就是实在过程让人痛苦。。。
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