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哪一种onlology analysis tool比较好？detecting GO over/under-representation

哪一种onlology analysis tool比较好？detecting GO over/under-representation# Biology - 生物学

j*b2010-07-29 07:07

1 楼

感想就是wtf.
下次文艺青年推荐电影的时候记住说清楚了，俗人免看。
其实比较文艺的电影也并非都不喜欢，但是我不会向别人热情推荐这类电影，因为我大致知道大多数人不见得喜欢。所以也全文艺青年们。要show off自己品位，说明白了这电影你能欣赏得了就行了，没有必要让愚民大众也都去欣赏，给个提示。尊重点别人时间。

a*y2010-07-29 07:07

2 楼

☆─────────────────────────────────────☆
gordonyz (Mozilla) 于 (Sat Apr 3 23:53:52 2010, 美东) 提到:
有点失望啊。实在觉得没有什么用得到的地方。
大部分productivity的事情13"的MBP都能做
不方便当MP3使
键盘实在不好用，跟MBP的天壤之别
当书看太沉，跟本1000页的精装书一样重
屏幕同样太光滑，还沾染指纹，反光kill了ips的可视角度
底下苹果标突出在桌上会磨到，套子很贵
现在的App要买，哪有钱啊
贵。540可以买个正常的电脑。
以后发财了就真买一个。
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jimmie (陈绮贞拯救世界) 于 (Sat Apr 3 23:57:31 2010, 美东) 提到:
看书最好还是有个stand

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nathonT (NathonT) 于 (Sat Apr 3 23:58:16 2010, 美东) 提到:
能退？
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ForYouForMe (4you4meforever) 于 (Sat Apr 3 23:59:16 2010, 美东) 提到:
理性了 ipad能干的notebook都能干干嘛再去买个
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laomagua (老马褂) 于 (Sun Apr 4 00:00:17 2010, 美东) 提到:
你说我要不要使劲砰一下你，哈哈
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gordonyz (Mozilla) 于 (Sun Apr 4 00:03:59 2010, 美东) 提到:
大家拍吧
我就是没有justify的理由
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pandamalone (0000~史前圣灵猫熊) 于 (Sun Apr 4 00:04:04 2010, 美东) 提到:
基本上是因为钱的原因.
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nathonT (NathonT) 于 (Sun Apr 4 00:06:24 2010, 美东) 提到:
退了买3g?
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javalife (我那没有青春的青春啊！) 于 (Sun Apr 4 00:10:32 2010, 美东) 提到:
看书很不爽，基本上违背了买它的初衷
倒是浏览感觉不错
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piglet (人不猥琐枉中年) 于 (Sun Apr 4 00:13:09 2010, 美东) 提到:
吼吼，根本上还是像我说的太贵了
我觉得这东西卖$300-350是个good toy，卖$500起对大多数人而言太贵了，
毕竟这东西不像电脑是必需品
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gordonyz (Mozilla) 于 (Sun Apr 4 00:16:32 2010, 美东) 提到:
嗯
看书那字还是看得出锯齿一类的感觉。阅读器啥时候和印刷效果一样，放大多少倍都没
有锯齿就买个。
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haier (no nickname) 于 (Sun Apr 4 00:18:43 2010, 美东) 提到:
大哥，退的时候，要不要交 re-stocking fee呀？
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piglet (人不猥琐枉中年) 于 (Sun Apr 4 00:20:40 2010, 美东) 提到:
扫描的当然有锯齿，要是矢量的当然无论放大多少都没有锯齿
又，就是扫描也可以做到放大很多倍没有锯齿，只要把分辨率尽量提高就行，但是
那样一个pdf就几百MB甚至以GB记了
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gordonyz (Mozilla) 于 (Sun Apr 4 00:22:03 2010, 美东) 提到:
BB买的你要说产品有问题就不用交。不然10％吧。
BB的return policy非常好。
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sodu (life) 于 (Sun Apr 4 00:24:50 2010, 美东) 提到:
ipad的成本250不到，还有降价的空间。
但是因为重量而导致的人体工程学问题，不好解决。
不仅仅是ipad了，hp slate, notion ink都面对同样的问题。
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rodney (||) 于 (Sun Apr 4 00:28:31 2010, 美东) 提到:
试试清晰文字版的pdf
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pandamalone (0000~史前圣灵猫熊) 于 (Sun Apr 4 00:34:04 2010, 美东) 提到:
你用什么程序看的?
我用那个goodreader效果挺好的
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story9988 (小小故事人) 于 (Sun Apr 4 00:36:28 2010, 美东) 提到:
重的确是个问题，其它我觉得很完美。
阳光下笔记本啦，普通书啦，都很刺眼。
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zli (饭众) 于 (Sun Apr 4 00:39:06 2010, 美东) 提到:
观点雷同
：）
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pandamalone (0000~史前圣灵猫熊) 于 (Sun Apr 4 00:40:26 2010, 美东) 提到:
重量我觉得刚拿到手里时觉得有点儿重,但更多是心理上的
因为看着东西比较薄,预期就比较轻,结果实际没那么轻
我用了大半天,越到后来越感觉不到重量
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pandamalone (0000~史前圣灵猫熊) 于 (Sun Apr 4 00:46:13 2010, 美东) 提到:
嗯
打字这个只能靠外接键盘了
我觉得其实随身准备个蓝牙键盘,这个倒是好解决.那个套子跟蓝牙键盘配合起来挺好的
应用上看接下来几个月appstore里能有啥好货了
原来那些iphone程序在ipad上,我买的那些都一塌糊涂.
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rodney (||) 于 (Sun Apr 4 01:59:58 2010, 美东) 提到:
陽光下iphone和ipad都看不見。
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cellneuron (cell) 于 (Sun Apr 4 02:07:11 2010, 美东) 提到:
说的真轻巧，还随身准备个蓝牙键盘？连手机大一点都不愿意带，钥匙沉了还分两
串，谁还带个键盘？
以前买PALM的时候还花了血本买了个折叠键盘，用了不到5次就扔了。
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aaaty (阿提 - Hardcore Flash Hater) 于 (Sun Apr 4 02:20:31 2010, 美东) 提到:
I can semi blind type already on iPad. you guys just need to learn to use
this type of keyboard. it wont be as fast as physical but it is already very
good!
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piglet (人不猥琐枉中年) 于 (Sun Apr 4 03:07:10 2010, 美东) 提到:
重量我觉得不是大问题，这东西不是让你一只手长时间悬空拿着用的
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Topview (坐看云起) 于 (Sun Apr 4 08:54:32 2010, 美东) 提到:
You need wait for more nice applications coming out......
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Topview (坐看云起) 于 (Sun Apr 4 08:56:06 2010, 美东) 提到:
You need wait for more nice applications coming out......
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ttd (oldcat) 于 (Sun Apr 4 09:17:22 2010, 美东) 提到:
Palm的折叠键盘可不可以用在PC或MAC上？
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youhao (maker-Leaving-88) 于 (Sun Apr 4 09:56:32 2010, 美东) 提到:
打脸党党员，你好。
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aqiu (啊~秋!) 于 (Sun Apr 4 12:17:51 2010, 美东) 提到:
就是一个玩具嘛
有闲钱败回家随便玩玩是无所谓的
我不感冒的是iPhone OS
没法直接装平时用惯的程序当工具用
还是等hp slate或者类似的东西
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lonelypotato (土豆) 于 (Sun Apr 4 12:24:13 2010, 美东) 提到:
540买的正常电脑就不会这么薄，漂亮，轻巧，省电，portable，随开随用了。
所以就是看个人需求了，ipad正好不满足你的需求，或者是ipad擅长的地方对你不重要。
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story9988 (小小故事人) 于 (Sun Apr 4 12:32:27 2010, 美东) 提到:
所以别指望阳光下了。阳光下拿个书，一样很刺眼。
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piglet (人不猥琐枉中年) 于 (Sun Apr 4 12:36:54 2010, 美东) 提到:
从小大家都知道不能在光线直射下看书，但是至少能看见东西吧
LCD那是啥都看不见，要看个地图都得跑到阴影下面
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Thoreau (welch双绿道高手) 于 (Sun Apr 4 13:13:31 2010, 美东) 提到:
没有合适的application,等application出来了
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sodu (life) 于 (Sun Apr 4 13:25:29 2010, 美东) 提到:
11到13寸的 4 lb一下的笔记本，8到12小时电池，5，600还是买的到的。
要。
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lonelypotato (土豆) 于 (Sun Apr 4 13:40:30 2010, 美东) 提到:
首先4磅以下和1.5磅的感觉可差别真的很大，厚度差别也很大。而且我孤陋寡闻，还真
不知道那个笔记本8-12小时电池呢，请给个例子吧，还有电池重吗？总重多少？
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pathdream (pathdream) 于 (Sun Apr 4 13:48:13 2010, 美东) 提到:
http://www.amazon.com/gp/product/B002P3KMVC/
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sodu (life) 于 (Sun Apr 4 13:56:03 2010, 美东) 提到:
本来用法就不一样，有键盘做底，就不用用手拿着了。
其实ipad要把键盘，套子/dock，adaptor啥都加上，重量也上去了。
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lonelypotato (土豆) 于 (Sun Apr 4 14:01:23 2010, 美东) 提到:
长见识了，谢谢，真是12小电池时间哦。
不过3.7磅（3.7磅比1.5磅可差别大去了），又丑（个人观点，相当丑），还要windows
启动时间，价钱还贵100块，对于我自己是一定一定会买ipad的。如果用这个netbook还
不如我现在的笔记本电脑呢，也不过3磅多，还比它漂亮，比它屏幕大，也6小时电池时
间(Mac Pro)。
也就是一个需求问题，我发现jobs说的话还真巧合我的想法:
netbook is better at nothing
而ipad还真是better at something （对于我来说，就是旅行，厕所文学，床上文学/
视频/游戏/新闻/股票/上网/天气），笔记本我估计以后都不会买了，因为我在家里工作的话还
是用desktop多，笔记本就是旅行用用，就是是上网，看看视频，打法时间用的。
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lonelypotato (土豆) 于 (Sun Apr 4 14:03:55 2010, 美东) 提到:
问题是我用ipad几乎不打字的。我现在有一个itouch，我确实是几乎只consume
information, not generate information on it. 买这个ipad就是取代这个itouch用
的，因为一直嫌它屏幕小，我这个itouch常驻厕所和床头柜，过分轻巧对我没有意义。
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zirtek (疹子) 于 (Sun Apr 4 14:05:12 2010, 美东) 提到:
mac pro 三磅多？
windows
工作的话还
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sodu (life) 于 (Sun Apr 4 14:11:50 2010, 美东) 提到:
mbp就没有下4.5磅的。
windows
工作的话还
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piglet (人不猥琐枉中年) 于 (Sun Apr 4 14:12:26 2010, 美东) 提到:
总有人拿启动时间来作为一大优点，其实这是优点但是也不是啥很大的优点，
laptop/desktop standby也非常省电，醒过来几秒钟的事情
netbook的优点当然有，比laptop轻，省电而且便宜就是最大的三个优点。
嚼不死的话一般当笑话和广告听就好，千万不要信以为真
windows
工作的话还
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lonelypotato (土豆) 于 (Sun Apr 4 14:13:44 2010, 美东) 提到:
我错了，查了一下，4磅多，可能我也不大用它吧，旅行时是塞箱子里。
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lonelypotato (土豆) 于 (Sun Apr 4 14:17:18 2010, 美东) 提到:
首先我是自己有这个感受（netbook better at nothing)然后碰巧发现jobs也有这个观
点，不是相信他才这么觉得。就像你也有个人感受比如觉得ipad没啥用对吧？也不见得
是相信了别人的话。
其次jobs的话都是笑话和广告么？你这话说得象笑话了吧。
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piglet (人不猥琐枉中年) 于 (Sun Apr 4 14:20:54 2010, 美东) 提到:
从水果公布iPad，我就说了这东西还是有些意思，也有一定市场。但是需要改进
的地方很多，而且价钱太贵
从这两天这个版上的人的feedback看，我更觉得我的判断没错
至于嚼不死的话可信不可信，呵呵，例子实在太多了。远的像当年水果改用intel
CPU前后对x86 CPU的态度，近的像iPad出来前后对电子出版的态度，这厮说的话
基本上都是不靠谱的
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SETI (天青如水，飞龙在天) 于 (Sun Apr 4 14:28:04 2010, 美东) 提到:
也许针对ipad的app做起来后会好一些？
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sodu (life) 于 (Sun Apr 4 14:30:10 2010, 美东) 提到:
现在美国本土的消费电子厂家，也就apple创新设计还不错了，
比dell/hp之流还是强多了。
我觉得这也是apple被追捧的原因之一，其他的lenovo/acer/asus/samsung/htc...
没一家美国的了。
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SETI (天青如水，飞龙在天) 于 (Sun Apr 4 14:31:26 2010, 美东) 提到:
这几家的创新设计也不咋地
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laomagua (老马褂) 于 (Sun Apr 4 14:32:29 2010, 美东) 提到:
sony以前还不错了，可惜日本式的思维和管理不太适应现在这个潮流
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Corinthian (Diogenes门下一走狗) 于 (Sun Apr 4 14:33:30 2010, 美东) 提到:
sony能脑残到在dc上装软驱，的确不错
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laomagua (老马褂) 于 (Sun Apr 4 14:34:46 2010, 美东) 提到:
以前不错是指sony造crt显示器， walkman的时候
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GavinZy (哥把班花带走了) 于 (Sun Apr 4 15:24:05 2010, 美东) 提到:
这东西不如iphone携带方便啊
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gordonyz (Mozilla) 于 (Sun Apr 4 15:28:24 2010, 美东) 提到:
同意。能带iPad，就能带个MBP 13。
家里有小朋友的那种买一个看故事书不错。可以不给钱限制他们打游戏，同时帮他们
买书
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yhangw (云海苍山) 于 (Sun Apr 4 15:39:34 2010, 美东) 提到:
过段该有便宜的refurb卖了
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TheMatrix (TheMatrix) 于 (Sun Apr 4 16:05:54 2010, 美东) 提到:
那个不是netbook，是full featured laptop。
关于netbook，我基本同意jobs的说法。
windows
工作的话还
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dachouchou (大脚豆) 于 (Sun Apr 4 17:14:15 2010, 美东) 提到:
要夹着腿坐着用.
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Jian10 (11.00100100001111110110101010001) 于 (Sun Apr 4 20:13:28 2010, 美东) 提到:
我对上网本的最大意见是不能竖起来看，看书不爽。
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odyssey (odyssey) 于 (Sun Apr 4 20:19:06 2010, 美东) 提到:
有人连续在 ipad 上看书两小时以上吗？可否谈谈眼睛的感觉？
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airways (Good Luck to Me) 于 (Sun Apr 4 20:39:23 2010, 美东) 提到:
re
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piglet (人不猥琐枉中年) 于 (Sun Apr 4 21:10:26 2010, 美东) 提到:
这个是真的不爽
不过netbook都是低分辨率的宽屏，看书无论横着竖着都不会爽的
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laomagua (老马褂) 于 (Sun Apr 4 21:13:10 2010, 美东) 提到:
全屏幕下看PDF还不错，就是个ctrl+l, ctrl+2么
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muddypaws (muddypaws) 于 (Sun Apr 4 21:30:55 2010, 美东) 提到:
纸的书我大概也只能看半小时就眼睛酸了
不过上网我倒是可以上几个小时
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piglet (人不猥琐枉中年) 于 (Sun Apr 4 21:31:22 2010, 美东) 提到:
不行，用来看两个column的paper，不能同屏显示一页的话，看起来非常痛苦
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laomagua (老马褂) 于 (Sun Apr 4 21:38:01 2010, 美东) 提到:
你老老实实用desktop吧
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muddypaws (muddypaws) 于 (Sun Apr 4 21:38:11 2010, 美东) 提到:
同意
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piglet (人不猥琐枉中年) 于 (Sun Apr 4 21:51:06 2010, 美东) 提到:
能打印出来的我都打印出来看
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axii (qing) 于 (Sun Apr 4 22:37:47 2010, 美东) 提到:
我现在用lenovo u110, 2.4lbs, 11寸1366*768
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Garfield2009 (Garfield) 于 (Sun Apr 4 22:44:51 2010, 美东) 提到:
赞这个。其实电脑刚刚进入我们生活里时，大家也是学习了一段时间才适应用键盘输入
的方式的。为什么现在要抱怨新的更方便的只是还不习惯的东西呢？
very
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Garfield2009 (Garfield) 于 (Sun Apr 4 22:47:19 2010, 美东) 提到:
不能转个身吗？转个身就是阴影了。
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icecool (霜晨月) 于 (Sun Apr 4 23:30:22 2010, 美东) 提到:
我有这个破烂, 用的很少, WHY? 一讨厌它发热, 二讨厌它的FAN噪音.
如果IPAD 用SSD那就值得买.
☆─────────────────────────────────────☆
icecool (霜晨月) 于 (Sun Apr 4 23:36:50 2010, 美东) 提到:
其实DESKTOP + IPHONE就够了, 出门有什么需要上网直接用IPHONE查,
开机都免辣. 不过SERVICE FEE贵就一个字, 一年下来就一个NETBOOK了.
windows
工作的话还
☆─────────────────────────────────────☆
laomagua (老马褂) 于 (Sun Apr 4 23:38:52 2010, 美东) 提到:
还不够， iphone屏幕小，看PDF不舒服，当GPS屏幕不够大，当游戏机不能冲击传统
的例如psp之类的，改成五寸iphone, 或者7寸ipad, 都是单手可以握着的
☆─────────────────────────────────────☆
icecool (霜晨月) 于 (Mon Apr 5 00:01:13 2010, 美东) 提到:
上网的时候当然越大越好, IPHONE天天带在身上, 做为手机现在的SIZE塞在屁股后面都
有点不舒服.
☆─────────────────────────────────────☆
peeler (Decepticon) 于 (Mon Apr 5 00:12:56 2010, 美东) 提到:
这个可能是有问题了，最好去检查一下。

y*e2010-07-29 07:07

3 楼

试了GOstat, GOToolBox，和Ontologizer
结果相差很大，不知道哪一种才是正确的结果
求大虾们推荐比较好的onlology analysis program
非常感谢！！！！

f*y2010-07-29 07:07

4 楼

这片子也叫文艺？

K*42010-07-29 07:07

5 楼

David and Blast2go are much better.

【在 y******e 的大作中提到】

: 试了GOstat, GOToolBox，和Ontologizer
: 结果相差很大，不知道哪一种才是正确的结果
: 求大虾们推荐比较好的onlology analysis program
: 非常感谢！！！！

s*n2010-07-29 07:07

6 楼

确实啊，这哪是文艺片，明显主流思想片，再加血腥惊悚。
怎么看怎么不文艺啊。

【在 f****y 的大作中提到】

: 这片子也叫文艺？

n*g2010-07-29 07:07

7 楼

DAVID6.7beta

f*y2010-07-29 07:07

8 楼

也就批了身芭蕾舞的皮而已

【在 s******n 的大作中提到】

: 确实啊，这哪是文艺片，明显主流思想片，再加血腥惊悚。
: 怎么看怎么不文艺啊。

g*w2010-07-29 07:07

9 楼

The best is GSEA from Broad Institute

j*b2010-07-29 07:07

10 楼

What do you mean by "主流思想片"? Do you mean that this is the kind of movie
that most people will enjoy watching or this is the movie that will be
praised by critics?

【在 s******n 的大作中提到】

: 确实啊，这哪是文艺片，明显主流思想片，再加血腥惊悚。
: 怎么看怎么不文艺啊。

y*e2010-07-29 07:07

11 楼

谢谢楼上的大牛们回复~~~
跑去仔细看了DAVID，好像不能自己upload user-specific population group?
如果说错了，烦请指点：）
Blast2GO以前用过babelomics上的server，很好用，不过好像必须先进行blast再
annotate才行？
GSEA好高级。。。>_<
我的问题很简单啦，就是两个gene lists，list1 = study group, list2 =
population group, 不是microarray，没有expression files。果蝇的基因，有现成的　GO annotation files。希望找出list1里significantly over/under-represented GO
找program找的头大，完全不清楚该用哪个，结果又没什么相同的
向大家请教！：）多谢建议！！
ps: 到底怎么发包子啊。。。木有看到可以转账啥的

j*e2010-07-29 07:07

12 楼

总体说来，没什么深度与创新的片子

l*u2010-07-29 07:07

13 楼

直接上 Ingenuity 就好了.

【在 y******e 的大作中提到】

: 试了GOstat, GOToolBox，和Ontologizer
: 结果相差很大，不知道哪一种才是正确的结果
: 求大虾们推荐比较好的onlology analysis program
: 非常感谢！！！！

s*n2010-07-29 07:07

14 楼

不就是小孩成长问题吗，这不就是主流。

movie

【在 j***b 的大作中提到】

: What do you mean by "主流思想片"? Do you mean that this is the kind of movie
: that most people will enjoy watching or this is the movie that will be
: praised by critics?

y*e2010-07-29 07:07

15 楼

谢啦！记下来~~~

【在 l******u 的大作中提到】

: 直接上 Ingenuity 就好了.

a*t2010-07-29 07:07

16 楼

Hehe, "俗人免看" applys to me.

大致知道大多数人不见得喜欢。所以也全文艺青年们。要show off自己品位，说明白了
这电影你能欣赏得了就行了，没有必要让愚民大众也都去欣赏，给个提示。尊重点别人
时间。

【在 j***b 的大作中提到】

: 感想就是wtf.
: 下次文艺青年推荐电影的时候记住说清楚了，俗人免看。
: 其实比较文艺的电影也并非都不喜欢，但是我不会向别人热情推荐这类电影，因为我大致知道大多数人不见得喜欢。所以也全文艺青年们。要show off自己品位，说明白了这电影你能欣赏得了就行了，没有必要让愚民大众也都去欣赏，给个提示。尊重点别人时间。

y*e2010-07-29 07:07

17 楼

啊，找到DAVID customize population group的地方了
再次拜谢楼上的大侠们指点~

a*t2010-07-29 07:07

18 楼

s*r2010-07-29 07:07

19 楼

果蝇自己的database里面没有带这个功能吗

的　GO annotation files。希望找出list1里significantly over/under-represented
GO

【在 y******e 的大作中提到】

: 谢谢楼上的大牛们回复~~~
: 跑去仔细看了DAVID，好像不能自己upload user-specific population group?
: 如果说错了，烦请指点：）
: Blast2GO以前用过babelomics上的server，很好用，不过好像必须先进行blast再
: annotate才行？
: GSEA好高级。。。>_<
: 我的问题很简单啦，就是两个gene lists，list1 = study group, list2 =
: population group, 不是microarray，没有expression files。果蝇的基因，有现成的　GO annotation files。希望找出list1里significantly over/under-represented GO
: 找program找的头大，完全不清楚该用哪个，结果又没什么相同的
: 向大家请教！：）多谢建议！！

j*b2010-07-29 07:07

20 楼

This movie doesn't have much of a story, and it's mostly purely artistic. If
this isn't Wen Yi, what is?

y*e2010-07-29 07:07

21 楼

啊，提醒我了
貌似FlyMine有这个功能
万分感谢！！！~
不说我都忘记了。。。。。。。。。

represented

【在 s*r 的大作中提到】

: 果蝇自己的database里面没有带这个功能吗
:
: 的　GO annotation files。希望找出list1里significantly over/under-represented
: GO

t*e2010-07-29 07:07

22 楼

终于有人说这片子烂了。
这种片子就是给平时不看片的人看的，看完了以后觉得发现了宝，顿时文青了起来。
这种烂片跟奥斯卡八竿子打不到一起。

大致知道大多数
人不见得喜欢。所以也全文艺青年们。要show off自己品位，说明白了这电影你能欣赏
得了就行了，没
有必要让愚民大众也都去欣赏，给个提示。尊重点别人时间。

【在 j***b 的大作中提到】

g*w2010-07-29 07:07

23 楼

ingenuity is the best in commercial software.
gsea is the best in free software.
david actually sucks except its simple interface. I guess most people use
david because what need to do is just clicking mouse. BUT please take
enrichment analysis really seriously. Read instructions carefully as you
read paper. Otherwise you may waste time and money in afterward exploration.

y*22010-07-29 07:07

24 楼

奥斯卡又不是没有烂片

【在 t******e 的大作中提到】

: 终于有人说这片子烂了。
: 这种片子就是给平时不看片的人看的，看完了以后觉得发现了宝，顿时文青了起来。
: 这种烂片跟奥斯卡八竿子打不到一起。
:
: 大致知道大多数
: 人不见得喜欢。所以也全文艺青年们。要show off自己品位，说明白了这电影你能欣赏
: 得了就行了，没
: 有必要让愚民大众也都去欣赏，给个提示。尊重点别人时间。

t*d2010-07-29 07:07

25 楼

这个差异到底有多大？能不能把你的结果 copy 一份给我？我自己一般用GSEA，没有想
到不同的工具会给出不同的结果。应该是一个很简单的东西，如果结果非常不同的话，
我要考虑把我的东西也重算一下了。

【在 y******e 的大作中提到】

: 试了GOstat, GOToolBox，和Ontologizer
: 结果相差很大，不知道哪一种才是正确的结果
: 求大虾们推荐比较好的onlology analysis program
: 非常感谢！！！！

l*l2010-07-29 07:07

26 楼

切，啥眼光。今天黑天鹅刚刚得个最佳女主角奖，参见：
http://www.popyard.com/cgi-mod/newspage.cgi?num=681987&r=0&v=0&

【在 t******e 的大作中提到】

e*n2010-07-29 07:07

27 楼

劝你不要重算，浪费时间，肯定结果不同。

【在 t*d 的大作中提到】

: 这个差异到底有多大？能不能把你的结果 copy 一份给我？我自己一般用GSEA，没有想
: 到不同的工具会给出不同的结果。应该是一个很简单的东西，如果结果非常不同的话，
: 我要考虑把我的东西也重算一下了。

y*22010-07-29 07:07

28 楼

汗，谁说文艺片是没有故事的?

artistic. If

【在 j***b 的大作中提到】

: This movie doesn't have much of a story, and it's mostly purely artistic. If
: this isn't Wen Yi, what is?

t*d2010-07-29 07:07

29 楼

有没有人研究这个？
不同可以，但是多大程度不同？这么多人用这个分析，而且大部分都是用 Fisher
exact test （GSEA可以不比，它用了不同的方法）。如果这么简单一个东西都做不出
一个大致 consistent 的结果，那些开发这些程序的人也太水了。

【在 e*n 的大作中提到】

: 劝你不要重算，浪费时间，肯定结果不同。

s*n2010-07-29 07:07

30 楼

在这混的有平时不看片的吗，真是奇特，比人多看个电影都能拽起来。

【在 t******e 的大作中提到】

K*42010-07-29 07:07

31 楼

GO和GSEA用不同的database,所以结果肯定不同
至于GO分析,不同的方法产生结果自然不同，肯定要自己比较一下

【在 t*d 的大作中提到】

: 有没有人研究这个？
: 不同可以，但是多大程度不同？这么多人用这个分析，而且大部分都是用 Fisher
: exact test （GSEA可以不比，它用了不同的方法）。如果这么简单一个东西都做不出
: 一个大致 consistent 的结果，那些开发这些程序的人也太水了。

s*n2010-07-29 07:07

32 楼

这片子就是冲着女主角去的，又不是冲最佳影片去的。
拍一部inception的钱能拍12部black swan, 如此小制作的片子，你还要怎么样。

【在 t******e 的大作中提到】

t*d2010-07-29 07:07

33 楼

关键是比较完了，还是不知道谁的做得最好，该用谁的。需要有人用一个标准数据集对
不同的程序做个 benchmark 测试。

【在 K**4 的大作中提到】

: GO和GSEA用不同的database,所以结果肯定不同
: 至于GO分析,不同的方法产生结果自然不同，肯定要自己比较一下

j*b2010-07-29 07:07

34 楼

别汗了。我又没说文艺片都没故事。
这个片是文艺片的定位没有任何问题。

【在 y*****2 的大作中提到】

: 汗，谁说文艺片是没有故事的?
:
: artistic. If

R*02010-07-29 07:07

35 楼

用过BiNGO感觉不错, 据说TopGO也可以

j*b2010-07-29 07:07

36 楼

看看另一个帖子里面：
“Critics Association Awards，简称“COCAA”)正式揭晓。提名阶段与文艺小品《黑
天鹅》。。。”
注意：“文艺小品”。为什么有人说这不是文艺片？

大致知道大多数人不见得喜欢。所以也全文艺青年们。要show off自己品位，说明白了
这电影你能欣赏得了就行了，没有必要让愚民大众也都去欣赏，给个提示。尊重点别人
时间。

【在 j***b 的大作中提到】