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请教如何处理novel genes的GO enrichment analysis
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请教如何处理novel genes的GO enrichment analysis# Biology - 生物学
S*u
1
由始至终,他们都没有提及找神官来治疗的事。流着神血的宗虎,身体自然恢复的速度
比接受大神官的治愈更快。而那些铁链看似普通,实际上附加了神罚之力,所造成的伤
势只能自然恢复,根本不是神官能够治疗的。
夜幕缓缓降临,笼罩在宏伟的巴洛克王城上。王城依山而建,王宫金壁辉煌,已有上千
年的历史,一代代国王不断增建,才成为今天堪比城市的规模。
一身黑袍,黑发披肩的宗虎出现在王宫门口,向守卫们亮了亮腰牌,就笔直向大门内走
去。守卫们显然已经得到了消息,都默不作声,只有一名年轻守卫看不惯,喝了一声:
“什么人?!王宫也是你能乱闯的……”
他一句话没说完,就被旁边年长的卫士队长一把捂住了嘴。
“别乱说话!你不想活了?”队长在年轻守卫的耳边低声喝道。
守卫呜呜两声,忽然停止了挣扎。队长忽然觉得手上一阵温热,低头仔细一看,竟是满
手鲜血流淌!
那名年轻守卫忽然全身上下都喷出鲜血,身体瞬间布满无数血线,然后碎成数以百计的
肉块,块块滚落在地。卫士队长呆在原地,怔怔地看着脚下一堆还在蠕动的肉块,满身
全是年轻卫士的鲜血。
没有人知道,宗虎是什么时候动的手,更不知道他是如何下的手。那个黑袍黑发,渐渐
远去的身影,此刻却显得如此庞然,他的阴影巨大到笼罩了整个王城的地步。
王宫内,一座清雅幽静的院落内,正点着温暖的灯火。一个个美丽侍女穿梭进出,在一
侧的起居室内,一个年轻的绝色佳人正坐在梳妆台前,在侍女的帮助下卸妆。
她眉宇间有着挥不去的忧愁,旁边的侍女见了,便说:“您不必担心,陛下此次出战,
一定会得胜而归的!”
“那是当然。”年轻的皇后笑笑说,只是笑容显得十分勉强。不知怎么的,看着镜中的
自己,她总觉得似乎身上笼罩了一层黑气。
就在这时,院落中忽然一声巨响,已关上的院门猛然从门框上脱离,砰砰两声,摔在院
落中央!
一个黑袍黑发,面容美丽得不似凡间颜色的宗虎走了进来。从偏殿里跑出来的侍女们立
刻惊呼尖叫起来,拼命呼叫着侍卫。可是任由她们叫破了喉咙,整个王宫内都是一片沉
静,没有任何武士现身,仿佛他们都死绝了一样。
宗虎拿出黄金腰牌,随手扔在院落中央,所有的侍女都立刻噤声。如魔鬼化身的青年直
接走进起居室,凝视着主殿台阶上脸色苍白,却高傲站立的皇后,忽然笑笑,说:“你
就是阿诺德号称最爱的女人?”
“我是皇后!你是什么人?”年轻的皇后尽量挺直身体,尽管宗虎的目光落在身上,让
她象被针刺般难受。
宗虎的手,缓缓伸向皇后的胸口,眼中跳动着诡异而阴森火焰,说:“我是谁不重要,
重要的是现在,你是我的了!”
皇后的宫殿内,忽然响起一声凄厉惨叫,在王宫的夜空中回荡着,久久不散。
另一座宫殿中,一名平素非常受阿诺德喜爱的宠妃正换上了侍女的装束,一脸惨白,匆
匆向宫外奔去。当惨叫声远远传来时,她惊得差点摔倒!她稳了稳呼吸,更加快速地向
宫外奔去。她出身古老世家,家族盘根错节深入王国血脉中,因此得到消息比皇后更早
些,也深知当年往事,已经知道最近几天会发生什么。
然而一名宫廷武士忽然从黑暗中走出,拦在她的面前。
“让开!你知道我是谁吗?”宠妃尖叫着,可就算在歇斯底里的情况下,她也拼命压低
了自己的音量,声怕被那个魔鬼听见。
宫廷武士面无表情,冷冷地说:“陛下的命令,这一周之内,后宫任何人都不能离开自
己的宫殿。”
“什么,这是……陛下的命令?”宠妃脸色瞬间灰败。她忽然努力微笑,展露出自己最
美丽的一面,并从怀中取出一串珍贵的宝石手链,向宫廷武士的手里塞去,说:“你叫
什么名字?只要你把路让开,我就绝不会忘记你的。”
“陛下的命令,这一周之内,后宫任何人都不能离开自己的宫殿。”宫廷武士又重复了
一遍命令,机械得就象魔法傀儡。
宠妃脸色渐渐暗淡,失魂落魄,转身向宫殿内走去。她知道,以自己曾经的地位,那个
魔鬼是绝不会放过自己的。而在经受蹂躏折磨之后,她就算能够活下来,阿诺德也绝不
会再要她了。所有的荣耀奢华,都会就此随风而去。
一时间,她竟然觉得,吹来的风竟也饱含着绝望!
在同一片星空下,有人绝望,有人愤怒,有人安心备战,也有人肆意放纵着。
天上诸神,与凡世众生的目光,一时间都集中在巴洛克,集中到那片即将迎来毁灭与重
生的土地。
在战火中,将有人牺牲,有人成长。总有人会绽放出璀璨光芒,但绝大多数人却会默默
无闻,以血肉和白骨,化成英雄的垫脚石。无论最终战局如何,在新史诗中,被传唱的
将只有英雄。
这就是战争。
当李察回到法罗时,森林、泉水和狩猎三女神大神官一齐来求见。
李察虽然正处于最紧急的时刻,也知道三女神的力量薄弱得微不足道,但还是在第一时
间就接见了神官们。三女神不管神力是多么的微弱,都是法罗本土最正统的真神。有她
们在身后,李察就相当于披上了一层最佳的保护色,可以安然混迹于法罗位面。
现在距离第二次纵贯线战争过去还不到一年的时间,三女神大神官的等级就各自晋升了
一级,显示神眷正隆。这是奖励她们在李察领地上推进信仰的功绩,但从另一个角度来
说,也可见三女神的窘迫,区区几百新增信徒就能让她们如此兴奋。
不过听完三女神大神官的话,李察的双眉开始是紧锁,随后舒张开来,最后虽然神态平
静并未露出太多端倪,但也明显看得出心情愉悦。
“你们是说,入侵者将会在巴洛克王国出现,时间大概在一个月之后?”
菲伦肯定地点头:“至少一个月!当诸神联合下达神谕时,他们也会设法阻挡入侵者进
入这个世界,从而给守卫者争取足够的时间。所以我们还有些时间准备。”
这对李察来说是个天大的惊喜,没想到侵入法罗位面的家伙真的会延迟一个月才到达。
看来,本位面诸神的干涉,就是导致位面传送时‘失去的时间’的重要原因之一。另外
一个惊喜,则是神谕中入侵者出现的位置。
巴洛克王国?如果李察没记错的话,那里可是战神路德瑞斯的老巢!作为一个强大神力
的神明,对出现在自己窝边的入侵者,无论如何都会准备好一场盛大的欢迎仪式的。
李察拿过地图,在桌上摊开,开始研究巴洛克王国的位置。他倒没注意到,流砂唇边一
缕带着得意和淡淡忧郁的微笑。
片刻后,李察抬起头,看着一脸期待的三名大神官,问:“三位女神的意思是……”
菲伦说:“我昨天得到了女神的神谕,我们三女神教会虽然力量微薄,但这是世界战争
,所以我们不会退缩,也不畏惧牺牲,会全力以赴的投入到这场保卫战争中去!”
李察点了点头,说:“女神的伟大令人印象深刻。”
菲伦语气一转,轻柔委婉地说:“女神的决心很大,但是我们的实力毕竟非常有限。所
以,我们想要请求您的帮助。”
“我?我能做什么呢?”李察失笑说。
“您现在是王国战神,手下又有一支令人生畏的军队。我们距离巴洛克王国不算远,如果
你肯出兵的话,是对整个世界做出了贡献,女神们一定不会忘记您的功绩的!”
李察轻抚着短须,一脸严肃地看着地图,沉吟着,说:“这件事……需要好好考虑一下
。毕竟我周围的敌人太多了。”
真神神殿联合贵族私军出兵,是法罗位面的传统,入侵者的残骸是神职者最能换取真神
宠眷的祭品,而贵族也能够得到从神眷到神器的一系列好处。不过三女神的神力和神职
都不怎么样,所以吸引力也不怎么样。历来的入侵者战争中,越是强大的神殿越是能够
联合到强大的贵族。
菲伦、费米和希优轮番劝说,但李察就是不为所动,绝口不提出兵的事。最后三位神官
互相看看,只得无奈地离去。
“为什么不答应她们?这可是很好的机会呢!”流砂问。
李察笑笑,说:“没事,她们可比我们要急得多。仅仅是靠嘴就想让我出兵,哪有那么
简单?再等等,我相信,很快她们就会来提点实质性的建议了。”
“坏人!”流砂扔下这么一句话,抱着时光之书,打着呵欠,回自己的房间补觉去了。
今天她显得格外的疲倦。
PS: 嗯,精疲力尽了。
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y*e
2
手上8000多个果蝇基因,有差不多2000个基因在official GO database http://www.geneontology.org/ 里面没有记录,没有任何相关的GO terms。
如果要做GO enrichment analysis,应该怎么处理这2000个基因呐?放着不管的话,对
最后的结果影响应该不小吧。。。 >_<
是不是应该用blast2go先annotate下?
老板不是这行的,也不清楚。跑来请教大家啦 =)
谢谢建议!!!
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a*o
3
流着神血???
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l*o
5
看来也不是国王的种?
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A*n
6
david应该也不能解决他的问题,因为 没有 注释的还是 没 有
david并 不能够预测功能 ,可 以用 blast2go试着对 果蠅的 全 基因组 作 一下
但是 我觉得不会有 什 么 变化,如果能 用 blast预测出 工能 的 说 不定
都已经有 IEA的 注释了 .

能 議議

【在 s*********x 的大作中提到】
: you can try DAVID
: http://david.abcc.ncifcrf.gov/

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m*s
7
看来神跟传奇没差几级。。。
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t*d
8
做这些 GO enrichment analysis 千万别太较真。结果都是放在文章中花瓶,没有实质
的咚咚,也没有人会和你较真。所以爱怎么做,怎么做。不用 2000 个基因也说得过去
,用 blast2go 分析了 2000 个基因也不一定就更好。

【在 y******e 的大作中提到】
: 手上8000多个果蝇基因,有差不多2000个基因在official GO database http://www.geneontology.org/ 里面没有记录,没有任何相关的GO terms。
: 如果要做GO enrichment analysis,应该怎么处理这2000个基因呐?放着不管的话,对
: 最后的结果影响应该不小吧。。。 >_<
: 是不是应该用blast2go先annotate下?
: 老板不是这行的,也不清楚。跑来请教大家啦 =)
: 谢谢建议!!!

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T*s
9
喂母巢正好
有个疑问,众神可以阻挡苏海伦却只能延后雷蒙之类的入侵者

【在 a*o 的大作中提到】
: 流着神血???
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y*i
10
的确是花瓶,不过这么做的话,只要被人看出来一定会较真。我觉得先annotate一下
更得当一点。

,对

【在 t*d 的大作中提到】
: 做这些 GO enrichment analysis 千万别太较真。结果都是放在文章中花瓶,没有实质
: 的咚咚,也没有人会和你较真。所以爱怎么做,怎么做。不用 2000 个基因也说得过去
: ,用 blast2go 分析了 2000 个基因也不一定就更好。

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c*a
11
海伦基本就是神的水平吧,能和地域和深渊一个位面的老大周旋,起码也是个中等神力
啊。
地域和深渊的位面老大应该比普通高级位面的强大神力还强些吧。

【在 m*****s 的大作中提到】
: 看来神跟传奇没差几级。。。
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y*i
12
不过8000多个基因做enrichment analysis 或者 David 真的是一点意义都没有了,
果蝇一共才多少基因啊。我觉得不该做。

实质
过去

【在 y***i 的大作中提到】
: 的确是花瓶,不过这么做的话,只要被人看出来一定会较真。我觉得先annotate一下
: 更得当一点。
:
: ,对

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a*o
13
目的不一样,大老婆就没想着钻空子进来,就是要扁他们的。
这是贼和强盗的差别,哈哈。

【在 T*********s 的大作中提到】
: 喂母巢正好
: 有个疑问,众神可以阻挡苏海伦却只能延后雷蒙之类的入侵者

avatar
t*d
14
这个是可以的。不过在做enrichment analysis的时候,需要把 population 定义为者
8000 -2000 个基因,不能定义为果蝇的所有基因。很多人做 enrichment analysis的
时候都在这里犯了错误。
GO 中也不是所有人的基因都有注释。那些有注释的基因,也大部分没有注释全。大家
都是在凑或着用。所以你在文章中说“we did GO enrichment analysis based on the
~6000 gene with GO annotation", 应该没有人会 argue 这个。

【在 y***i 的大作中提到】
: 不过8000多个基因做enrichment analysis 或者 David 真的是一点意义都没有了,
: 果蝇一共才多少基因啊。我觉得不该做。
:
: 实质
: 过去

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T*s
15
第一次是去看李察,不是为了打假

【在 a*o 的大作中提到】
: 目的不一样,大老婆就没想着钻空子进来,就是要扁他们的。
: 这是贼和强盗的差别,哈哈。

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y*e
16
非常感谢!!!
当初就是用DAVID算了一下,发现有BP annotation的只有6000个基因
所以愁啊愁~~~~
谢谢大家的建议,我就按照ttd大侠说的写了。
再次感谢!!!
avatar
w*w
17
这个是个大笔误,反正有时候烟南肯定也不记得自己说过什么了。

【在 T*********s 的大作中提到】
: 第一次是去看李察,不是为了打假
avatar
r*q
18
If you know R/Bioconductor, you may want to try GAGE. No need to remove
genes or discriminate genes with or without annotation. Different from
hypergeometric test based methods/programs like DAVID, GAGE uses all genes
and requires no pre-selection of differentially expressed (or otherwise
significant) gene list. This strategy frequently leads to more robust and
sensitive analysis results.
The gage package is available with Bioconductor at:
http://bioconductor.org/help/bioc-views/release/bioc/html/gage.html
GAGE method has been published at:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161

【在 y******e 的大作中提到】
: 非常感谢!!!
: 当初就是用DAVID算了一下,发现有BP annotation的只有6000个基因
: 所以愁啊愁~~~~
: 谢谢大家的建议,我就按照ttd大侠说的写了。
: 再次感谢!!!

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c*n
19
你也不看看人苏海伦是怎么去的
比较起来
苏海伦就是一脚踹开正门,单刀直入,整个法罗的神都瞠目结舌的看着她
雷蒙这帮人大概相当于偷偷摸摸的溜墙根,挖了个老鼠洞被发现了,
法罗的神也没啥好办法,总不能自己也去钻老鼠洞,只能等进来再消灭了

【在 T*********s 的大作中提到】
: 喂母巢正好
: 有个疑问,众神可以阻挡苏海伦却只能延后雷蒙之类的入侵者

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i*s
20
嗯, 是这么回事。

【在 c****n 的大作中提到】
: 你也不看看人苏海伦是怎么去的
: 比较起来
: 苏海伦就是一脚踹开正门,单刀直入,整个法罗的神都瞠目结舌的看着她
: 雷蒙这帮人大概相当于偷偷摸摸的溜墙根,挖了个老鼠洞被发现了,
: 法罗的神也没啥好办法,总不能自己也去钻老鼠洞,只能等进来再消灭了

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l*o
21
绝佳的大甲虫的食物啊,估计等干完活就给吃了。
avatar
T*s
22

至少堵住老鼠洞不就行了,三万人进洞要时间的

【在 c****n 的大作中提到】
: 你也不看看人苏海伦是怎么去的
: 比较起来
: 苏海伦就是一脚踹开正门,单刀直入,整个法罗的神都瞠目结舌的看着她
: 雷蒙这帮人大概相当于偷偷摸摸的溜墙根,挖了个老鼠洞被发现了,
: 法罗的神也没啥好办法,总不能自己也去钻老鼠洞,只能等进来再消灭了

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