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请问大家 RNA-Seq assembly 都用啥软件呢?
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请问大家 RNA-Seq assembly 都用啥软件呢?# Biology - 生物学
z*n
1
连续有形形色色、花样不同的人物击登闻鼓告李大人,当然是归德长公主受了李佑嘱托
做出来的。
放眼京城,在李佑熟识并可以信任的人中,也就京师坐地虎长公主具备这个能力,
可以在短时间内凑集如此多看似不相干的小人物去告御状。而且还要像模像样的,不能
太假。
靠皇家吃饭的人根本统计不清,数量至少高达几万,找点合适的人再简单不过。此
外就连那做到了阁老的卢老大人也没这么便利,他总不能派自己的家奴去搞这件事。
明眼人都看得出,从一开始李佑就是被人坑了,既然有人能做初一,那也没什么道
理怪李佑做十五。如此一来,挺严肃的事情变成了闹剧,扒下了依法办事外皮,露出了
政治斗争的本质。
在这一声又一声的登闻鼓中,李大人依旧稳坐钓鱼台,该巡视时巡视,该坐衙时坐
衙,该断案时断案。只不过他亲自断过的几个案子也不知中了什么邪,事主全都去敲登
闻鼓鸣冤,很乐此不疲的样子,如此而已。
十月十七日这天,李佑坐衙时,他的专业门官张三忽然进来禀报道:“程姨娘的父
亲,程家老丈在外面求见。”
此人怎的来了?李佑心有几许疑惑,他与这个四房老丈人接触委实不多,一共也没
说过几次话,感觉还是很陌生的。便将人传进来,笑道:“自家亲戚,大可去家中叙话
,有什么不能说的,今日却又为何到了公门中来相见?”
程老丈沉吟片刻才道:“老夫特为吕尚志而来,那日他被伱抓捕入衙,惨遭酷刑拷
打,未免有小题大做、恃强凌弱之讥,有失为人忠厚之本。时至今日,还是早早放了为
好,好歹也是微微沾亲。别叫人笑话伱刻薄无情。”
本来面带笑意的李佑闻言之后,脸色顿时冷了下来,就像外面的初冬天气一般,质
问道:“伱是来为吕家做说客的么?”
感觉出这便宜女婿的语气陡然不善,程老丈皱眉道:“什么说客,人之常情不该如
此么?”
李佑完全收起了对老丈人该有的态度,语含讥诮的问道:“若我没有坐在这个位置
上,只是小门小户良民。人微言轻。那么遭遇吕尚志的后果如何?吕家家财巨万,听说
还有什么阁老撑腰,在京师这一亩三分地虽然算不得权贵。但抢走平常百姓的小妾只怕
也是易如反掌罢,如果本官就是这个小民的话。”
程老丈开口道:“可伱并非…”
“伱闭嘴!”李佑叱责道,“若真是吕家从平常百姓手里将伱女儿抢走奉为正房。
伱心里大概也是乐见其成!好意思在这里摆出仁人君子嘴脸么!
所以,是吕尚志意欲持强凌弱在先,那就别怪本官有样学样在后!若姓吕的无恃强
凌弱之心,便也不会招来横祸上身,怪的谁来?
只不过本官并非弱者,甚至比他更强,他既然胆敢开了头,怎么收尾那就由不得他
!他自不量力找死,那不是本官不懂怜悯的责任。恃强凌弱这个词不该用在本官身上!”
程老丈被女婿小辈毫不客气的连连训斥,极其不能适应。忍不住大声道:“那吕尚
志并不知道伱身份,所谓不知者不怪!”
“不知道我的身份就可以在程家大堂上对程家女婿口出狂言?这是谁纵容的?老实
说,伱在其中有没有嫌疑,我至今还抱着怀疑的心思。”
被激的几乎说不出话,缓了缓后程老丈愤然道:“打也打过,拘也拘过。眼下伱要
如何?事已至此,伱大人有大量有何难哉!”
李佑冷笑几声,“大人大量?本官坐在这个位置上,战战兢兢不敢有丝毫疏忽,唯
恐一着不慎满盘皆输。凭着吕尚志那出人意料的言行。伱敢保证他背后没有人指使么?
伱敢保证没有阴谋内情么?伱能给出一个本官相信他、放过他的理由么?”
程老丈哪比得上李佑伶牙俐齿,被女婿逼得招架不住。下意识道:“怎么可能会那
样!”
李佑说话越发的刻薄起来,“不会那样?伱倒是挺大度,站着说话不腰疼!伱凭什
么认为不会?伱承担得起本官判断失误的后果?伱有什么身份和资格替本官承担后果?
伱算什么人物?”
程老丈气的胡须发颤,拂袖道:“不可理喻!不可理喻!”
李佑反唇嘲笑道:“本官在扬州府有一个二房老丈人,也是富户,人称金百万。如
果换做是他,他肯定不会跑到这里来说这些蠢话,伱的见识真比他差了十万八千里!
本官就是让伱知道,处在这个位置时该有的行事准则是什么样的!伱接受不了,那
也无所谓。从今以后,伱与玉姐儿断绝父女关系,各走各的阳关道,我李佑没有伱这个
亲戚便是!其实我根本不想认伱这样见识太差,遇事只会拖后腿的亲戚!”
“那是我女儿!”程老丈暴怒而起,瞪着李佑道。
李佑冷酷无情的说:“错了!那不是女儿,那是归德长公主送与我的小妾,和伱没
有任何关系!如果伱有不同意见,可以去找长公主将女儿要回,本官没有义务照顾伱的
心情。”
程老丈再无可说,只感到实在比不过女婿的行事下限,怒气冲冲的转身走人。
在旁边侍候的张三对着程老丈的背影“呸”了一声,愤愤不平的对李佑道:“此人
真是不懂感恩的白眼狼,浑然不记得当初是谁救了他一家,反倒帮着外人来说话!老爷
伱说的极是!”
李佑叹道,“随他去罢!若真糊涂到拎不清事理,随着本官做事只会死无葬身之地
,还是早走早好!对谁都好,也省得不知什么时候被连累。”
话说从登闻鼓这里,一天一件案子源源不断送到刑部,使得主张受理十月初六登闻
鼓案并奏请审理的始作俑者、刑部左侍郎常大人越发不知所措。
他上过前三次奏疏后,就再也不敢上奏了。这事说不清道不明,但已然失控。从律
法上,自然可以继续审下去,但他要知道,律法之外还有很多因素!
他自然可以不顾一切,一本正经将闹剧审理到底,但别人也可以将他当成闹剧的丑
角!更何况李佑的靠山们也不是吃素的,都察院那帮等着看笑话的御史更不是吃素的。
若都察院审理官员遇到此类状况,那也没什么可怕的,纠集几十个御史就足以操纵
公论,但刑部不是都察院,他左侍郎也不是都御史。
常侍郎眼前仿佛出现了李佑那**裸的嘲笑嘴脸,伱们就是个笑话!这几日荀尚书对
他的脸色也不是那么好看,大概同样恨他轻率衅事,给刑部带来如此大的麻烦,还不知
如何收尾。
十月十八日是经筵之日,虽然不是朝议,也有重臣赴文华殿侍讲。
在开讲之前,常侍郎硬着头皮,出列奏道:“近日又收到登闻鼓案五件,皆为状告
检校右佥都御史、提督五城兵马司李佑者…”
景和天子奇道:“先前似已有过几件,朕皆批过。为何还有如此之多?莫非日日都
有人击登闻鼓告李佑?”
天子最后的口气已有几分不悦,常侍郎无言以对,只能道:“确实如此,还请陛下
处置。”
景和天子对常侍郎的奏对极其不满,这刑部之前如此积极奏请要审理李佑,他碍于
道理都照着奏疏批了,授权给了刑部。
事到如今,刑部貌似审不下去了,常侍郎却又冒出一句“请陛下处置”,这算什么
,定要无事生非,最后却将麻烦向他身上一推了之?这是天子当成什么了?
此人做事太不负责任!天子似乎年轻藏不住话,忍不住出言讥讽道:“不知前番请
缨者是谁?既然伱处置不了,那就换个能处置的人来当刑部左侍郎!”
貌似君恩已尽,常侍郎汗如雨下,免冠顿首奏道:“臣请陛辞!乞骸骨返乡!”
建极殿大学士彭春时微微皱眉,这天子初亲政,对套路不熟悉。别又是一冲动就准
奏,那损失可就大了。常侍郎的行为,都是受了他指使,只是这李佑做事更没下限…
他正想如何说几句时,却听到圣音道:“不准!算了,伱且退下,此事付与公议!”
景和天子讥讽完后,只挥挥手,便轻轻放过了常侍郎。看在群臣眼里,天子进步堪
称明显,也不知是好事还是坏事。
那常侍郎又叩首道:“陛下仁德!”,之后垂头丧气的回到班位中。
河南道掌道御史范忠出列奏道:“其情甚为可疑,李佥宪到任甚短,焉有件件都被
告上登闻鼓之理!若皆如此例,朝廷如菜市,天下理刑官谁还可保全身名?臣以为,必
有人蓄意煽动民意,操纵公论,诽谤大臣!还请彻查!”
天子点头道:“此事看来看去,确实蹊跷,若都如此扰乱人心,谁还肯为国效力,
必须查!从第一件到最后一件,所有击鼓苦主全都追根究底!但小民想必也是被迫无辜
,不得施虐苦主。”
天子说的是从“第一件”到最后一件,彭阁老有点堵心了,不由得又骂起李佑。他
可以肯定后面七件都是李佑无耻的自导自演,比行事下限真是比不过他!
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z*n
2
顶不住LD的压力,买了个IPAD2,刚拿到,有俩问题请教。
1.除了同步以外,有什么别的办法可以比较方便地把照片传到IPAD2上吗?照片很多,
需要挑出一些传。如果用同步的话,就只能新建个文件夹,然后里面再各自建每一类照
片的文件夹,然后再把选中的照片放进各自的文件夹同步,太费劲了。 另外,好像传
到IPAD上的照片,自动给改了尺寸,有什么办法可以保留远尺寸吗?
2.用IPAD看PDF挺爽的,有没有什么办法,不把PDF传到IPAD里,让IPAD经过家里的无线
网,直接从网络存储上读PDF?
多谢多谢!
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y*e
3
手上有1000多个RNA-Seq reads,75bp,请问用啥软件把它们连起来?以前没有做过。
谢谢大家建议!=)
找到Cufflinks可以做,不过好像要Unix系统。请问有没有windows底下就能用的?多谢
啦!
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n*e
4
Dropbox for iPad?
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l*c
5
你的描述太少,
(1)1000多个RNA-Seq reads,有些难以想象,RNA-seq都是以M来计算的啊,是1000M
Reads?
(2)是测序的有参考基因组序列的,比如human还是完全新的?有很多软件完成不同的
任务,比如abyss,soapdenovo,velvet,cufflinks,scripture等等。
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p*w
6
对于问题2
good reader可以看外面的 pdf

【在 z****n 的大作中提到】
: 顶不住LD的压力,买了个IPAD2,刚拿到,有俩问题请教。
: 1.除了同步以外,有什么别的办法可以比较方便地把照片传到IPAD2上吗?照片很多,
: 需要挑出一些传。如果用同步的话,就只能新建个文件夹,然后里面再各自建每一类照
: 片的文件夹,然后再把选中的照片放进各自的文件夹同步,太费劲了。 另外,好像传
: 到IPAD上的照片,自动给改了尺寸,有什么办法可以保留远尺寸吗?
: 2.用IPAD看PDF挺爽的,有没有什么办法,不把PDF传到IPAD里,让IPAD经过家里的无线
: 网,直接从网络存储上读PDF?
: 多谢多谢!

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s*x
7
typo? 1000 reads is nothing. According to my experience, you need to have
more than 10 Million reads.
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h*h
8
good reader is not free app?

【在 p*********w 的大作中提到】
: 对于问题2
: good reader可以看外面的 pdf

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y*e
9
谢谢楼上两位大侠! =)
不好意思,顶楼没有说清楚 >_<
是有2G多的reads,75bp each。没有参考的genes,不过是和果蝇相近的
fly。之前手动检查了一些同源基因,和果蝇的蛋白序列基本一样,cDNA有很多
synonymous substitutions。
我的想法是,先把所有的reads当成新的序列做assembly,之后再用blast against果蝇的基因做annotation。因为不太清楚直接用75bp RNA-seq reads match果蝇的transcripts 成不。。。
没有经验,多谢大家帮忙啦!
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