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如何做多个DNA序列的蛋白质序列的比对?

如何做多个DNA序列的蛋白质序列的比对?# Biology - 生物学

L*t2011-01-07 08:01

1 楼

哈哈。某网的十大:写作有点像大脚的风格，不是说内容啊。
------------------------------------
长话短说，2年前，那时候和男朋友1谈了4年，很相爱，因为他母亲寻死觅活，虽然男
朋友
1坚持，但是我真的觉得他妈妈骂我的话很伤人，我主动分手了，男朋友1挽留无效，分手
。半年想忘记男朋友1交往了男朋友2，男朋友2是一直暗恋我很多年的人，后来发现2人不
合拍，忘不了男朋友1，男朋友1又很关心我，遂复合，和男朋友2天天说分手吵架，一
直分
不掉，男朋友2不答应，说死都死要在一起。
1年听闻前任男友3的妈妈讲，她儿子被我甩掉以后，6年来一直不交女朋友，不出
门工
作，不见人，他是富二代，所以不工作也可以的。她妈妈让我劝劝他，劝他他出去旅游撒
散心，看看世界，我动了恻隐之心，给他打了电话，希望他振作，想告诉他好女人多的是
，男友3问我你是不是有男友了，慌乱下撒谎了说没有，不想找，当时怕说有男友刺激
到他
了。结果男友3又开始疯狂的追我。我说要有事业才行，他又开始卖力工作，他家族企
业，
虽然没工作但是也不用面试，看到他振作很开心，他妈妈也希望我们在一起，但是我已经
有2个男朋友了！

然后到了今年年底，他们三个都求婚了！悲了个催的，更悲催的是，我3个都答应
了，
收了3个戒子。要哭了，今天男友3问我会不会又离开他，他再也承受不起我第二次离开了
，说我要是离开他，他真走不出来，会疯掉的，我不知道怎么办了！！
太惨了
我是先收了男友1的，今年5月份左右的，男友1带我旅游时求婚，暗下决心，回去
就和
男友2男友3分手
先和男友2分手，说了后，他的电话拉黑名单，短信不回，MSN不上，躲家里，躲了半
个月，以为已经分掉了，后来他发动群众的力量到处到我，我打算出面说最后一次，结果
又受不了他的眼泪，把自己说进去了
后和男友3说，我觉得我们有点不适合
他问，哪点，我改行不行，你给我点时间
我说，你没错，我喜欢别人了
他说，你不要开玩笑了
接着扑过来熊抱我，说老婆老婆我有电影票啊去看电影啊
我。。。。。

男友1一直被我保护的很好，没受什么伤害，男友2最惨，男友3我是尝试着说，不
知道
他是真不懂，还是假不懂，反正就是无论如何就不让我说得出口
男友2是圣诞节前夜求婚的，先骗我说看电影，然后在电影院门口啊，那么多人啊，跪
地不
起。求婚，他们都在说嫁给他，我匆匆的收了戒指拉着他跑了
男友3是圣诞节求婚的，我做饭，他假装拉我的手玩，然后给我套了个戒指。抱着
我蹭
了会，就算求婚了，这几天已经催我去看房子了
我的天呐
额滴神啊
额怎么办啊
我觉得男友2一直都是知道他还有几个兄弟的，但是他可以接受。
男友3是可能知道，但是他不想面对，每次我要说什么，他就亲我，疯狂的KISS打
断，
就不让说

o*e2011-01-07 08:01

2 楼

I have been using an android phone a lot. So on Sunday, my nephew wanted my
ipod so i gave it to him. He wanted more games, so I downloaded a free
tradenation game (it requires itunes store password even though it's free,
this is different from android market policy where store password is not
required downloading free app). Anyway, after a while (5-20 minutes), i
gave the ipod to the kid and forgot about it.
Till today I got a $99.99 bill from Itune store, saying someone purchased
$99.99 worth of magic beans on my account. LOL! I'm glad my nephew didn't
buy 10x more...
Please help advise on how to revert the charge. I want to sell my ipods.
They suck anyway.
I found this link to prevent accidental purchases:
http://www.ikidapps.com/2010/12/parents-avoid-accidental-app-pu
turn-off-in-app-purchasing.html?cid=6a00e5536443eb88330148c7419b03970c

c*y2011-01-07 08:01

3 楼

我目前得到大量微生物同一基因的的DNA序列,可以直接对DNA序列进行比对,得到进化关
系,我发现DNA序列存在着差异,同时我想进一步利用DNA序列进行相关蛋白质的序列比对
. 因为考虑到DNA序列虽然有差异,但是在蛋白质水平上也许未必有差异.请问如何利用
DNA序列进行蛋白质的比对呢?不想一个一个的翻译,觉得太麻烦了,有每没有专用的软件
呢?可以直接把大量的DNA序列转为蛋白质序列进行比对?请了解朋友解释一下,多谢了.

f*t2011-01-07 08:01

4 楼

小看我了吧，我一向心狠地说。

s*o2011-01-07 08:01

5 楼

买了不想付钱？

T*t2011-01-07 08:01

6 楼

Jalview可以把cDNA alignment直接translate成protein sequence alignment。

b*k2011-01-07 08:01

7 楼

orz～～～

分手
人不

【在 L******t 的大作中提到】

: 哈哈。某网的十大:写作有点像大脚的风格，不是说内容啊。
: ------------------------------------
: 长话短说，2年前，那时候和男朋友1谈了4年，很相爱，因为他母亲寻死觅活，虽然男
: 朋友
: 1坚持，但是我真的觉得他妈妈骂我的话很伤人，我主动分手了，男朋友1挽留无效，分手
: 。半年想忘记男朋友1交往了男朋友2，男朋友2是一直暗恋我很多年的人，后来发现2人不
: 合拍，忘不了男朋友1，男朋友1又很关心我，遂复合，和男朋友2天天说分手吵架，一
: 直分
: 不掉，男朋友2不答应，说死都死要在一起。
: 1年听闻前任男友3的妈妈讲，她儿子被我甩掉以后，6年来一直不交女朋友，不出

L*y2011-01-07 08:01

8 楼

apple版有例子. 找apple客服就能退了

I have been using an android phone a lot. So on Sunday, my nephew wanted my
ipod so i gave it to him. He wanted more games, so I downloaded a free
tradenation game (it requires itunes store password even though it's free,
this is different from android market policy where store password is not
required downloading free app). Anyway, after a while (5-20 minutes), i
gave the ipod to the kid and forgot about it.
Till today I got a $99.99 bill from Itune store, saying someone purchased
$99.99 worth of magic beans on my account. LOL! I'm glad my nephew didn't
buy 10x more...
Please help advise on how to revert the charge. I want to sell my ipods.
They suck anyway.

【在 o**********e 的大作中提到】

: I have been using an android phone a lot. So on Sunday, my nephew wanted my
: ipod so i gave it to him. He wanted more games, so I downloaded a free
: tradenation game (it requires itunes store password even though it's free,
: this is different from android market policy where store password is not
: required downloading free app). Anyway, after a while (5-20 minutes), i
: gave the ipod to the kid and forgot about it.
: Till today I got a $99.99 bill from Itune store, saying someone purchased
: $99.99 worth of magic beans on my account. LOL! I'm glad my nephew didn't
: buy 10x more...
: Please help advise on how to revert the charge. I want to sell my ipods.

c*y2011-01-07 08:01

9 楼

Jalview是否可以把大量的cDNA alignment直接translate成protein sequence
alignment呢?我有一百多个序列需要转为蛋白质进行比对,不想一个一个的翻译,可否同
时翻译进行比对呢?多谢了!

【在 T**********t 的大作中提到】

: Jalview可以把cDNA alignment直接translate成protein sequence alignment。

c*r2011-01-07 08:01

10 楼

patpat
小萝莉表羡慕嫉妒恨
等你长大了就有了。

【在 b*********k 的大作中提到】

: orz～～～
:
: 分手
: 人不

T*t2011-01-07 08:01

11 楼

批量translate是可以的。但是我没特别用过这个功能，不知道会不会有frame shift或
者别的问题。你先试试看好了，100多个序列align一下也不用太久。

【在 c*******y 的大作中提到】

: Jalview是否可以把大量的cDNA alignment直接translate成protein sequence
: alignment呢?我有一百多个序列需要转为蛋白质进行比对,不想一个一个的翻译,可否同
: 时翻译进行比对呢?多谢了!

w*r2011-01-07 08:01

12 楼

那我也小看了一把，咔咔
感觉那风格是挺像你的

【在 f******t 的大作中提到】

: 小看我了吧，我一向心狠地说。

c*y2011-01-07 08:01

13 楼

在那里可以下载这个软件呢?可否麻烦你发到我的邮箱里呢?我的邮箱[email protected]
gmail.com
多谢了!

【在 T**********t 的大作中提到】

: 批量translate是可以的。但是我没特别用过这个功能，不知道会不会有frame shift或
: 者别的问题。你先试试看好了，100多个序列align一下也不用太久。

L*t2011-01-07 08:01

14 楼

9494。明明是大脚的风格。

【在 w****r 的大作中提到】

: 那我也小看了一把，咔咔
: 感觉那风格是挺像你的

T*t2011-01-07 08:01

15 楼

http://www.jalview.org/download.html

f*t2011-01-07 08:01

16 楼

擦，至今为止我还木有同时应付2个及以上过的经验。唯一一次，就是上次，我甩了前
男友回国去和前前男友复合结婚，结果还落水了洒。回去才发现我真心爱着地原来是前
男友。只是一直在一起的时候没发生过刻骨铭心的事情，好像很平淡很没有意思。现在
想来，很多平常事慢慢渗入到每个细胞中，只是因为习惯就忽略了，失去后就变得跟毒
素一样，无时无刻不提醒着自己曾经的幸福。
反正我是没有天赋同时进行了，真是冤死我了。
我倒希望我有那风格那情商呢。不过就我的经验，一般在网络上写的这么惊耸地，长的
都挺惊耸地。否则也不至于取得这点成就就非要让大家围观呀。又不是什么光彩地事。
美女吧，要不就是你这样的，要不就是敢大奔特奔脸的。谁有耐心写那么长的私事求关
注啊。
PS：文艺女青年除外哈。

【在 w****r 的大作中提到】

: 那我也小看了一把，咔咔
: 感觉那风格是挺像你的

y*e2011-01-07 08:01

17 楼

用MEGA打开DNA序列
可以直接转成protein序列
不过只能in frame的转
不能检测stop codon或者frame shift
因为转换的时候都是从site 0开始翻译
自己写个小程序最方便啦
2 directions, translate from site 0 1 2
看哪一个in frame

d*g2011-01-07 08:01

18 楼

大脚的ex太多，我都弄混了
run

擦，至今为止我还木有同时应付2个及以上过的经验。唯一一次，就是上次，我甩了前
男友回国去和前前男友复合结婚，结果还落水了洒。回去才发现我真心爱着地原来是前
男友。只是一直在一起的时候没发生过刻骨铭心的事情，好像很平淡很没有意思。现在
想来，很多平常事慢慢渗入到每个细胞中，只是因为习惯就忽略了，失去后就变得跟毒
素一样，无时无刻不提醒着自己曾经的幸福。
反正我是没有天赋同时进行了，真是冤死我了。
我倒希望我有那风格那情商呢。不过就我的经验，一般在网络上写的这么惊耸地，长的
都挺惊耸地。否则也不至于取得这点成就就非要让大家围观呀。又不是什么光彩地事。
美女吧，要不就是你这样的，要不就是敢大奔特奔脸的。谁有耐心写那么长的私事求关
注啊。
PS：文艺女青年除外哈。

【在 f******t 的大作中提到】

: 擦，至今为止我还木有同时应付2个及以上过的经验。唯一一次，就是上次，我甩了前
: 男友回国去和前前男友复合结婚，结果还落水了洒。回去才发现我真心爱着地原来是前
: 男友。只是一直在一起的时候没发生过刻骨铭心的事情，好像很平淡很没有意思。现在
: 想来，很多平常事慢慢渗入到每个细胞中，只是因为习惯就忽略了，失去后就变得跟毒
: 素一样，无时无刻不提醒着自己曾经的幸福。
: 反正我是没有天赋同时进行了，真是冤死我了。
: 我倒希望我有那风格那情商呢。不过就我的经验，一般在网络上写的这么惊耸地，长的
: 都挺惊耸地。否则也不至于取得这点成就就非要让大家围观呀。又不是什么光彩地事。
: 美女吧，要不就是你这样的，要不就是敢大奔特奔脸的。谁有耐心写那么长的私事求关
: 注啊。

c*y2011-01-07 08:01

19 楼

非常感谢!我是得到的两个相连基因的部分序列,并不是完整的基因的全部序列,这样的
话,由于转换的时候都是从site 0开始翻译,是不是翻译出来的序列都打乱了呢?有没有
办法进行比较呢?我不会编程.希望能有个好点的解决办法. 多谢了!

【在 y******e 的大作中提到】

: 用MEGA打开DNA序列
: 可以直接转成protein序列
: 不过只能in frame的转
: 不能检测stop codon或者frame shift
: 因为转换的时候都是从site 0开始翻译
: 自己写个小程序最方便啦
: 2 directions, translate from site 0 1 2
: 看哪一个in frame