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怎样检测肿瘤样本里单个基因的LOH(loss of heterozygosity)?
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怎样检测肿瘤样本里单个基因的LOH(loss of heterozygosity)?# Biology - 生物学
s*k
1
打算检测某特定基因在几百例肿瘤样本中的LOH,不想用CHIP,花费太大,可以设计几
个SNP
ASSAY做pyrosequence么?怎么设计?因为不是学遗传的,上来请教
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M*n
2
找几个informative (最好是minor allele frequency 在40-50%)的 SNP 作genotyping, 又便宜又快,cheaper than Sanger sequencing.
如果你们有sequencing core, 他们应该知道怎么做的。

【在 s***k 的大作中提到】
: 打算检测某特定基因在几百例肿瘤样本中的LOH,不想用CHIP,花费太大,可以设计几
: 个SNP
: ASSAY做pyrosequence么?怎么设计?因为不是学遗传的,上来请教

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s*k
3
谢谢啊,如果选frequency是50%的,那得找几个SNP才能把所有样品都COVER呢?如果是
mutated allele loss了,只检测到wild type的,那还是不能判定它是LOH吧。
我们这儿的sequencing core是饭桶,除了做sanger sequence,其他的啥也不懂。。。

genotyping, 又便宜又快,cheaper than Sanger sequencing.

【在 M*****n 的大作中提到】
: 找几个informative (最好是minor allele frequency 在40-50%)的 SNP 作genotyping, 又便宜又快,cheaper than Sanger sequencing.
: 如果你们有sequencing core, 他们应该知道怎么做的。

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M*n
4
不如先找你的基因区域有没有micro-satalite marker吧。这些marker比SNP
informative,通常有好几个allele,
只要找三四个就可以大致确定那个区域是不是homo了。跑capillary 电泳确定长度就可
以了。sequencing core 可以做,一板96样品可能就一百块钱吧。

【在 s***k 的大作中提到】
: 谢谢啊,如果选frequency是50%的,那得找几个SNP才能把所有样品都COVER呢?如果是
: mutated allele loss了,只检测到wild type的,那还是不能判定它是LOH吧。
: 我们这儿的sequencing core是饭桶,除了做sanger sequence,其他的啥也不懂。。。
:
: genotyping, 又便宜又快,cheaper than Sanger sequencing.

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s*k
5
多谢指导,我先试试这个方法

【在 M*****n 的大作中提到】
: 不如先找你的基因区域有没有micro-satalite marker吧。这些marker比SNP
: informative,通常有好几个allele,
: 只要找三四个就可以大致确定那个区域是不是homo了。跑capillary 电泳确定长度就可
: 以了。sequencing core 可以做,一板96样品可能就一百块钱吧。

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b*r
6
我觉得也是,找SNP,成本太高,无论是测序还是array。STR informative 多了,找到一个很可
能就是多态的。
但STR也不是那么容易做的,主要是数量太少,定位精度不够高啊,看楼主要求的精度了
。如果有core帮忙会好点,但是结果恐怕也是要有点经验才能看的。STR最多的是CA二核苷酸重
复,我们以前用ABI推荐专门扩STR的gold taq,PCR扩起来“滑动”很多,一堆的峰,没经验的不
知道哪个峰是真的,呵呵

【在 M*****n 的大作中提到】
: 不如先找你的基因区域有没有micro-satalite marker吧。这些marker比SNP
: informative,通常有好几个allele,
: 只要找三四个就可以大致确定那个区域是不是homo了。跑capillary 电泳确定长度就可
: 以了。sequencing core 可以做,一板96样品可能就一百块钱吧。

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s*k
7
其实是我先找了个做pyrosequence的公司,他们设计了三个ASSAY,直接就把150个样本
给测了,
结果其中两个ASSAY不WORK,因为他们说选的是frequency0.4-0.5的,可测出来的基本
是wild
type的,钱也付了。我不知道还要多少个SNP才能把这150个样本都给COVER了,所以现
在只能试下
STR了,谢谢回复哈

【在 b****r 的大作中提到】
: 我觉得也是,找SNP,成本太高,无论是测序还是array。STR informative 多了,找到一个很可
: 能就是多态的。
: 但STR也不是那么容易做的,主要是数量太少,定位精度不够高啊,看楼主要求的精度了
: 。如果有core帮忙会好点,但是结果恐怕也是要有点经验才能看的。STR最多的是CA二核苷酸重
: 复,我们以前用ABI推荐专门扩STR的gold taq,PCR扩起来“滑动”很多,一堆的峰,没经验的不
: 知道哪个峰是真的,呵呵

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g*d
8
ILMN SNP chip has LOH design
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