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关于mRNA翻译的问题

关于mRNA翻译的问题# Biology - 生物学

z*22011-02-04 08:02

1 楼

看上去差不多啊。
我的感觉是chase freedom其他的都1%，freedom好像只有0.25%。
而且chase是visa，应该收的地方多一些吧。。。
所以应该freedom好一些吧。
不知道他们的5%有什么差别吗？请有经验的人介绍一下吧。。。

b*e2011-02-04 08:02

2 楼

估计是月经贴了，不过我看了许多帖子，还是不很确定，所以上来请教一下大家，先谢
啦！
1. Sprint，ATT和Verizon unlocked的都可以带回国使用，是吗？都可以用移动的卡，
是吗？
2. sealed，unopen的是不是就没有activate过，带回国就可以插移动卡用？
3. 据说如果不使用carrier的sim卡，carrier可以通过iTunes锁机，是这样吗？那带回
国以后不是悲剧？
4. S A和V的都有些什么区别？到底买哪家的好？
请大家指点！！！

E*A2011-02-04 08:02

3 楼

如果一条mRNA在第一个和第二个exon上分别有一个AUG，并且有完整的ORF，只是ORF1比
ORF2多出几十个氨基酸，剩余的氨基酸序列完全相同。请问，这条mRNA在细胞里被翻译
时会从哪个AUG上开始翻译？会同时被翻译成两条多肽链吗？
看一些文章说upstream ORF会影响翻译。到底怎么一个影响法呢？
多谢讨论！

C*n2011-02-04 08:02

4 楼

自己上网看。别感觉了。chase都快哭了。

W*C2011-02-04 08:02

5 楼

当然有可能， RTPCR测一下不就确认啦？

z*22011-02-04 08:02

6 楼

chase为啥要哭啊？什么意思啊？

【在 C******n 的大作中提到】

: 自己上网看。别感觉了。chase都快哭了。

E*A2011-02-04 08:02

7 楼

我不是要检测RNA有没有表达啊，是想知道有没有两条蛋白表达。如果有表达的话，为
什么需要表达两条蛋白？怎么分析多出来的那几十个氨基酸的作用呢？

【在 W****C 的大作中提到】

: 当然有可能， RTPCR测一下不就确认啦？

s*g2011-02-04 08:02

8 楼

一般来说 chase的cashback看上去要好一点，而且上限也比discover高
不过discover的shopdiscover能好好用的话似乎还是不错的

【在 z********2 的大作中提到】

: 看上去差不多啊。
: 我的感觉是chase freedom其他的都1%，freedom好像只有0.25%。
: 而且chase是visa，应该收的地方多一些吧。。。
: 所以应该freedom好一些吧。
: 不知道他们的5%有什么差别吗？请有经验的人介绍一下吧。。。

n*w2011-02-04 08:02

9 楼

where does the polymerase bind? If it binds in the promoter region in front
of the first ORF, then it should translate the full-length protein. Don't
worry about the second one.
You may need to look up "internal ribosome entry site (IRES)" to answer your
second question.
Above is my opinion.

f*q2011-02-04 08:02

10 楼

一楼正文的第二个自由应该改成发现。。。

【在 z********2 的大作中提到】

: chase为啥要哭啊？什么意思啊？

j*x2011-02-04 08:02

11 楼

和原核mRNA不一样，真核mRNA的翻译并不遵守“第一AUG”原则，所以同一条mRNA翻译
出不同的产物很常见（即使不存在IRES的情况下），尤其在病毒编码的mRNA中更是普遍。
首先检查一下，你这2个AUG，是否都符合Kozak consensus规则，简言之如果-3位为A且
/或+4位为G的话，那么该AUG可用为翻译起始的可能性很大，这样的AUG如果在5'UTR 区
域中存在甚至还不止一个的话，那么自然对正常的ORF翻译有竞争性（核糖体）的副作
用了。这就是所谓upstream ORF的负效应。

【在 E****A 的大作中提到】

: 如果一条mRNA在第一个和第二个exon上分别有一个AUG，并且有完整的ORF，只是ORF1比
: ORF2多出几十个氨基酸，剩余的氨基酸序列完全相同。请问，这条mRNA在细胞里被翻译
: 时会从哪个AUG上开始翻译？会同时被翻译成两条多肽链吗？
: 看一些文章说upstream ORF会影响翻译。到底怎么一个影响法呢？
: 多谢讨论！

z*22011-02-04 08:02

12 楼

已经改了，多谢。

【在 f**q 的大作中提到】

: 一楼正文的第二个自由应该改成发现。。。

W*C2011-02-04 08:02

13 楼

没有rna，就不会有蛋白啊，
要直接测比较麻烦。如果有识别C端的单抗的话WB也可以看到两条带啊, 或者你把整个
promoter+gene克隆， C端再加tag，看看有没有两条带啊。这种variant很多，可能
会有稳定性/分部/功能的差别。

【在 E****A 的大作中提到】

: 我不是要检测RNA有没有表达啊，是想知道有没有两条蛋白表达。如果有表达的话，为
: 什么需要表达两条蛋白？怎么分析多出来的那几十个氨基酸的作用呢？

l*e2011-02-04 08:02

14 楼

freedom好

V*n2011-02-04 08:02

15 楼

个人建议：
１）搞个蛋白电泳看是否有两种肽，没有抗体就加Tag。先搞清楚是否有问题存在。
２）如果确实有两种肽，分析未表达的序列里面的氨基酸组成。重点是磷酸化位点，疏
水氨基酸等，找线索分析功能差异。
３）造成上游AUG不能１００％利用的原因很多。比如不在最佳Kozak consensus里，
IRES，上游AUG所在位置有特殊高级结构等等。
总之，先要确定问题是否存在。

C*h2011-02-04 08:02

16 楼

如果是真核生物，应该从第一个AUG翻译，第二个AUG基本上不会翻译。

【在 E****A 的大作中提到】

b*r2011-02-04 08:02

17 楼

second this

遍。

【在 j****x 的大作中提到】

: 和原核mRNA不一样，真核mRNA的翻译并不遵守“第一AUG”原则，所以同一条mRNA翻译
: 出不同的产物很常见（即使不存在IRES的情况下），尤其在病毒编码的mRNA中更是普遍。
: 首先检查一下，你这2个AUG，是否都符合Kozak consensus规则，简言之如果-3位为A且
: /或+4位为G的话，那么该AUG可用为翻译起始的可能性很大，这样的AUG如果在5'UTR 区
: 域中存在甚至还不止一个的话，那么自然对正常的ORF翻译有竞争性（核糖体）的副作
: 用了。这就是所谓upstream ORF的负效应。

E*A2011-02-04 08:02

18 楼

thx for yr opinion. but why do u think that translation doesn't start from
the AUG in the sencond exon? is there any proof?

front
your

【在 n***w 的大作中提到】

: where does the polymerase bind? If it binds in the promoter region in front
: of the first ORF, then it should translate the full-length protein. Don't
: worry about the second one.
: You may need to look up "internal ribosome entry site (IRES)" to answer your
: second question.
: Above is my opinion.

E*A2011-02-04 08:02

19 楼

多谢你的见解。
刚才在wiki里看到你说的Kozak consensus是(gcc)gccRccAUGG，R可以是A也可以是G。
查了下两个AUG都符合。你说对正常的ORF有竞争性是指下游的ORF不会被翻译还是翻译
会变弱？
其实我刚开始的帖子里没有完全说出来，在1st exon和2nd exon中间有个alternative
first exon。这个alternative first exon所属的mRNA只有在2nd exon上有AUG，这个
2nd exon和上面那条mRNA的2nd exon是一样的。这么说，1st exon上的AUG会对这条
alternative 1st exon所属的mRNA的翻译产生抑制作用？有文章说明这种抑制作用的强
弱吗？
多谢。

遍。

【在 j****x 的大作中提到】

E*A2011-02-04 08:02

20 楼

嗯，明白，多谢！

【在 W****C 的大作中提到】

: 没有rna，就不会有蛋白啊，
: 要直接测比较麻烦。如果有识别C端的单抗的话WB也可以看到两条带啊, 或者你把整个
: promoter+gene克隆， C端再加tag，看看有没有两条带啊。这种variant很多，可能
: 会有稳定性/分部/功能的差别。

E*A2011-02-04 08:02

21 楼

多谢指导！
那怎么分析磷酸化位点，疏水氨基酸等功能差异呢？

【在 V********n 的大作中提到】

: 个人建议：
: １）搞个蛋白电泳看是否有两种肽，没有抗体就加Tag。先搞清楚是否有问题存在。
: ２）如果确实有两种肽，分析未表达的序列里面的氨基酸组成。重点是磷酸化位点，疏
: 水氨基酸等，找线索分析功能差异。
: ３）造成上游AUG不能１００％利用的原因很多。比如不在最佳Kozak consensus里，
: IRES，上游AUG所在位置有特殊高级结构等等。
: 总之，先要确定问题是否存在。

w*d2011-02-04 08:02

22 楼

分别把这两个AUG突变了看看。

E*A2011-02-04 08:02

23 楼

嗯，多谢讨论

【在 w*******d 的大作中提到】

: 分别把这两个AUG突变了看看。

f*72011-02-04 08:02

24 楼

http://www.pnas.org/content/106/18/7507.full

Z*g2011-02-04 08:02

25 楼

既然有alternative first exon,那就是可能有两条mRNA存在了.先RT-PCR一下,确定是
哪条mRNA(first exon or alternative first exon),如果只存在alternative first
exon的transcript,哪还有什么问题吗?如果只存在first exon的transcript,那就的检
测蛋白水平了,看哪个AUG起始翻译的.

alternative

【在 E****A 的大作中提到】

: 多谢你的见解。
: 刚才在wiki里看到你说的Kozak consensus是(gcc)gccRccAUGG，R可以是A也可以是G。
: 查了下两个AUG都符合。你说对正常的ORF有竞争性是指下游的ORF不会被翻译还是翻译
: 会变弱？
: 其实我刚开始的帖子里没有完全说出来，在1st exon和2nd exon中间有个alternative
: first exon。这个alternative first exon所属的mRNA只有在2nd exon上有AUG，这个
: 2nd exon和上面那条mRNA的2nd exon是一样的。这么说，1st exon上的AUG会对这条
: alternative 1st exon所属的mRNA的翻译产生抑制作用？有文章说明这种抑制作用的强
: 弱吗？
: 多谢。

E*A2011-02-04 08:02

26 楼

thx a lot!

【在 f*******7 的大作中提到】

: http://www.pnas.org/content/106/18/7507.full

E*A2011-02-04 08:02

27 楼

多谢！
RT-PCR和Northern blot验证了两条mRNA的存在。
看了楼上的PNAS文章，说uORFs correlate with significantly
reduced protein expression of the downstream ORF.
不知first exon的uORF会不会对alternative first exon的ORF产生啥影响或抑制作用
呢？

【在 Z**********g 的大作中提到】

: 既然有alternative first exon,那就是可能有两条mRNA存在了.先RT-PCR一下,确定是
: 哪条mRNA(first exon or alternative first exon),如果只存在alternative first
: exon的transcript,哪还有什么问题吗?如果只存在first exon的transcript,那就的检
: 测蛋白水平了,看哪个AUG起始翻译的.
:
: alternative

Z*g2011-02-04 08:02

28 楼

1. first exon和alternative first exon是两条独立的mRNA（非alternate splicing
，而是由不同的promoter产生的transcript）,彼此的ORF应该不会影响吧.你的point应
该就是你刚开始说的,在first exon的mRNA上的前后两AUG会不会彼此影响。
2. 你怎么知道first exon AUG是uORF？uORF的确定是居于功能实验的（如果你确定了
细胞中该蛋白是由第二个AUG起始的翻译产物，你才可以称first exon AUG是uORF）。
事实上，我们知道AUG编码methionine，一个蛋白中前前后后methionine多的是，绝大
部分不能起始翻译嘛！

【在 E****A 的大作中提到】

: 多谢！
: RT-PCR和Northern blot验证了两条mRNA的存在。
: 看了楼上的PNAS文章，说uORFs correlate with significantly
: reduced protein expression of the downstream ORF.
: 不知first exon的uORF会不会对alternative first exon的ORF产生啥影响或抑制作用
: 呢？

E*A2011-02-04 08:02

29 楼

多谢你的讨论！
1.我明白first exon和alternative first exon是由不同promoter产生的两条独立mRNA
，不过也
想知道彼此的orf会不会有影响。
2.我确实不确定first exon aug是uorf，不过只是第二个aug起始的orf是最早被克隆出
来当做
coding sequence的(跟human中的一样)，后来通过找est才发现的first exon和
alternative
first exon。mrna里确实有很多aug，不过只有这两个aug能被翻译啊。。
期待更多讨论和见解。

splicing

【在 Z**********g 的大作中提到】

: 1. first exon和alternative first exon是两条独立的mRNA（非alternate splicing
: ，而是由不同的promoter产生的transcript）,彼此的ORF应该不会影响吧.你的point应
: 该就是你刚开始说的,在first exon的mRNA上的前后两AUG会不会彼此影响。
: 2. 你怎么知道first exon AUG是uORF？uORF的确定是居于功能实验的（如果你确定了
: 细胞中该蛋白是由第二个AUG起始的翻译产物，你才可以称first exon AUG是uORF）。
: 事实上，我们知道AUG编码methionine，一个蛋白中前前后后methionine多的是，绝大
: 部分不能起始翻译嘛！