j*o
2 楼
试着找找看，不知道能不能找到。。。站内联系。谢谢啦！
x*d
3 楼
4个礼拜前离开了前公司，加入了新公司。当时提交了辞职信，manager cc 给了HR,也
口头告诉我everything is all set.
最近查账，发现前公司还在付我钱。半月前查账，在猜是我有vacation balance.但是
今天又收到一笔， 这肯定不对了。
这事该怎么处理？有人有过这种经历吗？我肯定要通知他们：
1.直接联系payroll dept
2.联系我以前的manager
3.联系处理我离职的HR contact.
要退也是税后的，他们还能从IRS把钱要回来？
口头告诉我everything is all set.
最近查账，发现前公司还在付我钱。半月前查账，在猜是我有vacation balance.但是
今天又收到一笔， 这肯定不对了。
这事该怎么处理？有人有过这种经历吗？我肯定要通知他们：
1.直接联系payroll dept
2.联系我以前的manager
3.联系处理我离职的HR contact.
要退也是税后的，他们还能从IRS把钱要回来？
n*g
4 楼
先从GEO下载数据？
然后怎么办呢？
O(∩_∩)O谢谢
然后怎么办呢？
O(∩_∩)O谢谢
x*s
5 楼
恭喜了，发包子。
应该是这样的吧
【在 v*********n 的大作中提到】
: 是不是只要签一份寄回去就可以了，一份自己留着，谢谢！
应该是这样的吧
【在 v*********n 的大作中提到】
: 是不是只要签一份寄回去就可以了，一份自己留着，谢谢！
M*s
6 楼
3
l*u
7 楼
you should have a very strong background in statistic and know how to use
some special softwares like "SAM" or "R".
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
some special softwares like "SAM" or "R".
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
c*e
8 楼
请问你拿到口头offer多久后才拿到正式offer的啊？他们邮寄之前有没有通知过你啊？
f*p
9 楼
你肯定没他们明白。人家肯定不会有错！给你钱，就拿着，不想要，就扔马桶里，别冲！
【在 x****d 的大作中提到】
: 4个礼拜前离开了前公司，加入了新公司。当时提交了辞职信，manager cc 给了HR,也
: 口头告诉我everything is all set.
: 最近查账，发现前公司还在付我钱。半月前查账，在猜是我有vacation balance.但是
: 今天又收到一笔， 这肯定不对了。
: 这事该怎么处理？有人有过这种经历吗？我肯定要通知他们：
: 1.直接联系payroll dept
: 2.联系我以前的manager
: 3.联系处理我离职的HR contact.
: 要退也是税后的，他们还能从IRS把钱要回来？
【在 x****d 的大作中提到】
: 4个礼拜前离开了前公司，加入了新公司。当时提交了辞职信，manager cc 给了HR,也
: 口头告诉我everything is all set.
: 最近查账，发现前公司还在付我钱。半月前查账，在猜是我有vacation balance.但是
: 今天又收到一笔， 这肯定不对了。
: 这事该怎么处理？有人有过这种经历吗？我肯定要通知他们：
: 1.直接联系payroll dept
: 2.联系我以前的manager
: 3.联系处理我离职的HR contact.
: 要退也是税后的，他们还能从IRS把钱要回来？
n*g
10 楼
啊？
很难学啊
【在 l******u 的大作中提到】
: you should have a very strong background in statistic and know how to use
: some special softwares like "SAM" or "R".
很难学啊
【在 l******u 的大作中提到】
: you should have a very strong background in statistic and know how to use
: some special softwares like "SAM" or "R".
v*n
11 楼
两个礼拜的时候去问了一下，然后告诉第二天寄出，又过了一天就收到了
【在 c********e 的大作中提到】
: 请问你拿到口头offer多久后才拿到正式offer的啊？他们邮寄之前有没有通知过你啊？
【在 c********e 的大作中提到】
: 请问你拿到口头offer多久后才拿到正式offer的啊？他们邮寄之前有没有通知过你啊？
x*d
12 楼
第一做人要诚实；第二事情没你想的那么简单。
冲！
【在 f****p 的大作中提到】
: 你肯定没他们明白。人家肯定不会有错！给你钱，就拿着，不想要，就扔马桶里，别冲！
冲！
【在 f****p 的大作中提到】
: 你肯定没他们明白。人家肯定不会有错！给你钱，就拿着，不想要，就扔马桶里，别冲！
d*e
13 楼
不要听人瞎扯。现在microarry的初步分析已经基本上傻瓜化了，只要你会用几个软件
，大部分platform的data都可以处理。不需要任何统计和R的知识。
当然你最好找周围会这个的人问，完全靠自己还是要走一些弯路。
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
，大部分platform的data都可以处理。不需要任何统计和R的知识。
当然你最好找周围会这个的人问，完全靠自己还是要走一些弯路。
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
I*c
14 楼
cong
发包子吧
【在 v*********n 的大作中提到】
: 是不是只要签一份寄回去就可以了，一份自己留着，谢谢！
发包子吧
【在 v*********n 的大作中提到】
: 是不是只要签一份寄回去就可以了，一份自己留着，谢谢！
f*p
15 楼
说你唧唧歪歪的。这根本不是神马诚实问题，人家肯定不会出错，那些管钱的还有HR都
猴精猴精的，人家都是按规定办事。只能说你知道个P！
【在 x****d 的大作中提到】
: 第一做人要诚实；第二事情没你想的那么简单。
:
: 冲！
猴精猴精的，人家都是按规定办事。只能说你知道个P！
【在 x****d 的大作中提到】
: 第一做人要诚实；第二事情没你想的那么简单。
:
: 冲！
m*b
16 楼
try Genepattern at Broad Institute: www.genepattern.org
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
p*e
17 楼
Cong!
看看有没有说明怎么弄，实在不清楚，发信问问
看看有没有说明怎么弄，实在不清楚，发信问问
b*c
18 楼
想搞清楚还不容易，问前公司就好了。我离职以后还收过好几笔钱，工资，奖金，PTO
变现的钱，ESPP退款，等等。陆陆续续也是我走以后好几周才拿全。
【在 x****d 的大作中提到】
: 第一做人要诚实；第二事情没你想的那么简单。
:
: 冲！
变现的钱，ESPP退款，等等。陆陆续续也是我走以后好几周才拿全。
【在 x****d 的大作中提到】
: 第一做人要诚实；第二事情没你想的那么简单。
:
: 冲！
n*w
19 楼
the person in our lab uses genespring and IPA to organize and analyze data.
She also uses many free online tools to help her establish pathways.
She also uses many free online tools to help her establish pathways.
d*e
20 楼
恭喜啊！
【在 v*********n 的大作中提到】
: 是不是只要签一份寄回去就可以了，一份自己留着，谢谢！
【在 v*********n 的大作中提到】
: 是不是只要签一份寄回去就可以了，一份自己留着，谢谢！
x*d
21 楼
真是屁事不懂，还瞎咧咧。
【在 f****p 的大作中提到】
: 说你唧唧歪歪的。这根本不是神马诚实问题，人家肯定不会出错，那些管钱的还有HR都
: 猴精猴精的，人家都是按规定办事。只能说你知道个P！
【在 f****p 的大作中提到】
: 说你唧唧歪歪的。这根本不是神马诚实问题，人家肯定不会出错，那些管钱的还有HR都
: 猴精猴精的，人家都是按规定办事。只能说你知道个P！
n*g
22 楼
这个跟treeview/cluster 比咋样？
那两个似乎很流行啊
【在 m**b 的大作中提到】
: try Genepattern at Broad Institute: www.genepattern.org
那两个似乎很流行啊
【在 m**b 的大作中提到】
: try Genepattern at Broad Institute: www.genepattern.org
s*e
23 楼
支票存根上应该写是什么钱吧，就算弄错了还给你工资，上面也有时间的，再好好看看
n*g
24 楼
厉害
真想好好跟她学学
.
【在 n***w 的大作中提到】
: the person in our lab uses genespring and IPA to organize and analyze data.
: She also uses many free online tools to help her establish pathways.
真想好好跟她学学
.
【在 n***w 的大作中提到】
: the person in our lab uses genespring and IPA to organize and analyze data.
: She also uses many free online tools to help her establish pathways.
x*d
25 楼
你收到的每一笔钱是跟走之前一模一样，扣的insurance, 401k, tax 跟regular pay
完全一样?
我的跟你的肯定不一样。十有八九是HR的incompetence.
这种事，越拖越麻烦。跟前公司肯定是要通知的，只是方法不确定而已。
PTO
【在 b*******c 的大作中提到】
: 想搞清楚还不容易，问前公司就好了。我离职以后还收过好几笔钱，工资，奖金，PTO
: 变现的钱，ESPP退款，等等。陆陆续续也是我走以后好几周才拿全。
完全一样?
我的跟你的肯定不一样。十有八九是HR的incompetence.
这种事，越拖越麻烦。跟前公司肯定是要通知的，只是方法不确定而已。
PTO
【在 b*******c 的大作中提到】
: 想搞清楚还不容易，问前公司就好了。我离职以后还收过好几笔钱，工资，奖金，PTO
: 变现的钱，ESPP退款，等等。陆陆续续也是我走以后好几周才拿全。
m*b
26 楼
Genepattern has the clustering module in it.
【在 n***g 的大作中提到】
: 这个跟treeview/cluster 比咋样？
: 那两个似乎很流行啊
【在 n***g 的大作中提到】
: 这个跟treeview/cluster 比咋样？
: 那两个似乎很流行啊
x*d
27 楼
收到的每一笔钱是跟走之前一模一样，扣的insurance, 401k, tax 跟regular pay
完全一样.
【在 s****e 的大作中提到】
: 支票存根上应该写是什么钱吧，就算弄错了还给你工资，上面也有时间的，再好好看看
完全一样.
【在 s****e 的大作中提到】
: 支票存根上应该写是什么钱吧，就算弄错了还给你工资，上面也有时间的，再好好看看
g*y
28 楼
principle component analysis. R program can do it for you.
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
f*t
29 楼
恭喜老中，这叫吃空饷，这一般是CEO小舅子才有的待遇。
【在 x****d 的大作中提到】
: 收到的每一笔钱是跟走之前一模一样，扣的insurance, 401k, tax 跟regular pay
: 完全一样.
【在 x****d 的大作中提到】
: 收到的每一笔钱是跟走之前一模一样，扣的insurance, 401k, tax 跟regular pay
: 完全一样.
b*e
30 楼
至于用什么工具，
一看目的，
如果将来打算投各种biology方面的刊物，那只要选几个基因，搞个hypothesis，之后
的重点在拿出关键的生化、遗传方面的证据来。
如果是投各类omics方面的，那就得考虑一些大的范围、统计学、分子进化方面的结果。
如果投bioinformats方面的，得考虑算法以及可靠性的评估。
如果投system biology方面的，还得多方面构建Topology，最好能看见dynamic。
二看行业，
R在一些行业是基本工具。
如果将来打算专业做bioinformatcs的人不会用R，那不跟做生化的不会用centrifuger
一个道理嘛。
一看目的，
如果将来打算投各种biology方面的刊物，那只要选几个基因，搞个hypothesis，之后
的重点在拿出关键的生化、遗传方面的证据来。
如果是投各类omics方面的，那就得考虑一些大的范围、统计学、分子进化方面的结果。
如果投bioinformats方面的，得考虑算法以及可靠性的评估。
如果投system biology方面的，还得多方面构建Topology，最好能看见dynamic。
二看行业，
R在一些行业是基本工具。
如果将来打算专业做bioinformatcs的人不会用R，那不跟做生化的不会用centrifuger
一个道理嘛。
b*n
31 楼
1,3 都可以。看来像是payroll出错，他们迟早是会发现的。我们公司有个员工从full
time转part time，payroll出错一直付full time 的钱，两年后查出，本来是payroll
的错误就变成他的不诚实，后来钱都追回来了，公司legal都介入了，很难看。
time转part time，payroll出错一直付full time 的钱，两年后查出，本来是payroll
的错误就变成他的不诚实，后来钱都追回来了，公司legal都介入了，很难看。
n*g
32 楼
我就是查查资料，看看表达情况就可以了，并不想转行做生物信息了啊，呵呵
果。
centrifuger
【在 b*****e 的大作中提到】
: 至于用什么工具，
: 一看目的，
: 如果将来打算投各种biology方面的刊物，那只要选几个基因，搞个hypothesis，之后
: 的重点在拿出关键的生化、遗传方面的证据来。
: 如果是投各类omics方面的，那就得考虑一些大的范围、统计学、分子进化方面的结果。
: 如果投bioinformats方面的，得考虑算法以及可靠性的评估。
: 如果投system biology方面的，还得多方面构建Topology，最好能看见dynamic。
: 二看行业，
: R在一些行业是基本工具。
: 如果将来打算专业做bioinformatcs的人不会用R，那不跟做生化的不会用centrifuger
果。
centrifuger
【在 b*****e 的大作中提到】
: 至于用什么工具，
: 一看目的，
: 如果将来打算投各种biology方面的刊物，那只要选几个基因，搞个hypothesis，之后
: 的重点在拿出关键的生化、遗传方面的证据来。
: 如果是投各类omics方面的，那就得考虑一些大的范围、统计学、分子进化方面的结果。
: 如果投bioinformats方面的，得考虑算法以及可靠性的评估。
: 如果投system biology方面的，还得多方面构建Topology，最好能看见dynamic。
: 二看行业，
: R在一些行业是基本工具。
: 如果将来打算专业做bioinformatcs的人不会用R，那不跟做生化的不会用centrifuger
b*n
33 楼
你就找payroll，说收到钱，不sure 是干嘛的。你就等着他们说sorry，然后让你把
payroll net 还回去。然后年底收到w2的时候，看下他有没把这钱算进去。如果他忘了
void你的pay，你明年初还得找他改w2.
payroll net 还回去。然后年底收到w2的时候，看下他有没把这钱算进去。如果他忘了
void你的pay，你明年初还得找他改w2.
n*g
34 楼
~~~~~~~~~~~这是一个软件么？
【在 g*****y 的大作中提到】
: principle component analysis. R program can do it for you.
f*p
35 楼
你丫充大尾巴蝇，跑这现什么眼？，
【在 x****d 的大作中提到】
: 真是屁事不懂，还瞎咧咧。
【在 x****d 的大作中提到】
: 真是屁事不懂，还瞎咧咧。
n*g
36 楼
这个是免费的是吧？
也能图形化吧？
O(∩_∩)O谢谢
【在 m**b 的大作中提到】
: Genepattern has the clustering module in it.
也能图形化吧？
O(∩_∩)O谢谢
【在 m**b 的大作中提到】
: Genepattern has the clustering module in it.
l*w
37 楼
不懂千万别瞎说！工资发错很正常，尤其在变动期。
我学校RA的工资就发错过，第一次我主动提出的，找老板还有payroll改了。
第二次由于换工作原因工资单很乱，我没看出来。结果几周之后收到学校的信，说限令
一周联系payroll，不然后果自负。然后费了好大劲改过来（主要是牵扯到SS等税收）
。最后我好像还被多扣了十块钱的样子。
【在 f****p 的大作中提到】
: 说你唧唧歪歪的。这根本不是神马诚实问题，人家肯定不会出错，那些管钱的还有HR都
: 猴精猴精的，人家都是按规定办事。只能说你知道个P！
我学校RA的工资就发错过，第一次我主动提出的，找老板还有payroll改了。
第二次由于换工作原因工资单很乱，我没看出来。结果几周之后收到学校的信，说限令
一周联系payroll，不然后果自负。然后费了好大劲改过来（主要是牵扯到SS等税收）
。最后我好像还被多扣了十块钱的样子。
【在 f****p 的大作中提到】
: 说你唧唧歪歪的。这根本不是神马诚实问题，人家肯定不会出错，那些管钱的还有HR都
: 猴精猴精的，人家都是按规定办事。只能说你知道个P！
m*b
38 楼
yes and yes.
【在 n***g 的大作中提到】
: 这个是免费的是吧？
: 也能图形化吧？
: O(∩_∩)O谢谢
【在 n***g 的大作中提到】
: 这个是免费的是吧？
: 也能图形化吧？
: O(∩_∩)O谢谢
h*y
39 楼
老美普通办事的都傻的个要死，真是猴精的会去HR做payroll?
【在 f****p 的大作中提到】
: 说你唧唧歪歪的。这根本不是神马诚实问题，人家肯定不会出错，那些管钱的还有HR都
: 猴精猴精的，人家都是按规定办事。只能说你知道个P！
【在 f****p 的大作中提到】
: 说你唧唧歪歪的。这根本不是神马诚实问题，人家肯定不会出错，那些管钱的还有HR都
: 猴精猴精的，人家都是按规定办事。只能说你知道个P！
n*g
40 楼
芯片数据里面用的都是位置编码，怎么跟基因对上号啊？
都是这种编码，没有基因名称，该怎么办？
1415670_at
1415671_at
1415672_at
1415673_at
1415674_a_at
O(∩_∩)O谢谢
【在 m**b 的大作中提到】
: yes and yes.
都是这种编码，没有基因名称，该怎么办？
1415670_at
1415671_at
1415672_at
1415673_at
1415674_a_at
O(∩_∩)O谢谢
【在 m**b 的大作中提到】
: yes and yes.
m*b
41 楼
That's Affymetrix ID. You can load the data into Genepattern. It will
annotate for you. Seems like you have 0 experience with microarray data. I
suggest you try to go through the tutorial in Genepattern first.
【在 n***g 的大作中提到】
: 芯片数据里面用的都是位置编码，怎么跟基因对上号啊？
: 都是这种编码，没有基因名称，该怎么办？
: 1415670_at
: 1415671_at
: 1415672_at
: 1415673_at
: 1415674_a_at
: O(∩_∩)O谢谢
annotate for you. Seems like you have 0 experience with microarray data. I
suggest you try to go through the tutorial in Genepattern first.
【在 n***g 的大作中提到】
: 芯片数据里面用的都是位置编码，怎么跟基因对上号啊？
: 都是这种编码，没有基因名称，该怎么办？
: 1415670_at
: 1415671_at
: 1415672_at
: 1415673_at
: 1415674_a_at
: O(∩_∩)O谢谢
n*g
42 楼
呵呵，
You are right I have no any experience.
Thanks a lot
I
【在 m**b 的大作中提到】
: That's Affymetrix ID. You can load the data into Genepattern. It will
: annotate for you. Seems like you have 0 experience with microarray data. I
: suggest you try to go through the tutorial in Genepattern first.
You are right I have no any experience.
Thanks a lot
I
【在 m**b 的大作中提到】
: That's Affymetrix ID. You can load the data into Genepattern. It will
: annotate for you. Seems like you have 0 experience with microarray data. I
: suggest you try to go through the tutorial in Genepattern first.
n*g
43 楼
这个相对好上手么？
我可是一点经验都没有啊，
O(∩_∩)O谢谢
I
【在 m**b 的大作中提到】
: That's Affymetrix ID. You can load the data into Genepattern. It will
: annotate for you. Seems like you have 0 experience with microarray data. I
: suggest you try to go through the tutorial in Genepattern first.
我可是一点经验都没有啊，
O(∩_∩)O谢谢
I
【在 m**b 的大作中提到】
: That's Affymetrix ID. You can load the data into Genepattern. It will
: annotate for you. Seems like you have 0 experience with microarray data. I
: suggest you try to go through the tutorial in Genepattern first.
s*f
44 楼
why don't u just read any tutorial first
【在 n***g 的大作中提到】
: 这个相对好上手么？
: 我可是一点经验都没有啊，
: O(∩_∩)O谢谢
:
: I
【在 n***g 的大作中提到】
: 这个相对好上手么？
: 我可是一点经验都没有啊，
: O(∩_∩)O谢谢
:
: I
T*n
45 楼
我用的是Affymatrix 的chip, 所以用Affymatrix GeneChip Command Consol and
Expression Consol software.
Expression Consol software.
T*n
46 楼
另外，一般的microarray facility 一般都有一帮搞bioinformatics的，可以咨询他们。
y*e
47 楼
如果时间紧的话
lz找个有经验的人带下吧
0经验自学起步很慢的，而且容易出错
过几个月等自己是老手了
看最初的分析，不能忍
还是要重新搞一遍
浪费时间
切身体会……
lz找个有经验的人带下吧
0经验自学起步很慢的，而且容易出错
过几个月等自己是老手了
看最初的分析，不能忍
还是要重新搞一遍
浪费时间
切身体会……
b*l
48 楼
要是以前没做过，第一次搞，建议还是不要全靠自己做。找 bioinformatics 的人合作
吧。
不吃透细节的话，所谓那些傻瓜软件，最坑人了。比如一个基本问题：用 RMA 时，如
何决定哪些 samples 可以在一个 batch 处理，哪些不可以？没有任何傻瓜软件会跟你
解释这个问题，而你要是不熟悉其背后的统计模型和你要回答的问题，做出来的结果可
想而知啊。再比如说用 limma 时，设计 contrast group 时要考虑到其对应的
empirical Bayessian model。再比如说用 RVM 时，要评估拟合 inverse gamma
distribution 的好坏。这些关键细节，直接决定分析结果是不是有严重偏差甚至错误。
真正做 bioinformatics 的人，其实也经常用傻瓜软件，但那是建立在对背后的统计模
型相当熟悉，对 microarray 从设计到实验到分析都很清晰的基础上，而且对常见的容
易出问题的地方也很清楚。用同样的工具，跟初学者还是大不一样的。
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
吧。
不吃透细节的话，所谓那些傻瓜软件，最坑人了。比如一个基本问题：用 RMA 时，如
何决定哪些 samples 可以在一个 batch 处理，哪些不可以？没有任何傻瓜软件会跟你
解释这个问题，而你要是不熟悉其背后的统计模型和你要回答的问题，做出来的结果可
想而知啊。再比如说用 limma 时，设计 contrast group 时要考虑到其对应的
empirical Bayessian model。再比如说用 RVM 时，要评估拟合 inverse gamma
distribution 的好坏。这些关键细节，直接决定分析结果是不是有严重偏差甚至错误。
真正做 bioinformatics 的人，其实也经常用傻瓜软件，但那是建立在对背后的统计模
型相当熟悉，对 microarray 从设计到实验到分析都很清晰的基础上，而且对常见的容
易出问题的地方也很清楚。用同样的工具，跟初学者还是大不一样的。
【在 n***g 的大作中提到】
: 先从GEO下载数据？
: 然后怎么办呢？
: O(∩_∩)O谢谢
l*u
49 楼
make sense.
误。
【在 b*****l 的大作中提到】
: 要是以前没做过，第一次搞，建议还是不要全靠自己做。找 bioinformatics 的人合作
: 吧。
: 不吃透细节的话，所谓那些傻瓜软件，最坑人了。比如一个基本问题：用 RMA 时，如
: 何决定哪些 samples 可以在一个 batch 处理，哪些不可以？没有任何傻瓜软件会跟你
: 解释这个问题，而你要是不熟悉其背后的统计模型和你要回答的问题，做出来的结果可
: 想而知啊。再比如说用 limma 时，设计 contrast group 时要考虑到其对应的
: empirical Bayessian model。再比如说用 RVM 时，要评估拟合 inverse gamma
: distribution 的好坏。这些关键细节，直接决定分析结果是不是有严重偏差甚至错误。
: 真正做 bioinformatics 的人，其实也经常用傻瓜软件，但那是建立在对背后的统计模
: 型相当熟悉，对 microarray 从设计到实验到分析都很清晰的基础上，而且对常见的容
误。
【在 b*****l 的大作中提到】
: 要是以前没做过，第一次搞，建议还是不要全靠自己做。找 bioinformatics 的人合作
: 吧。
: 不吃透细节的话，所谓那些傻瓜软件，最坑人了。比如一个基本问题：用 RMA 时，如
: 何决定哪些 samples 可以在一个 batch 处理，哪些不可以？没有任何傻瓜软件会跟你
: 解释这个问题，而你要是不熟悉其背后的统计模型和你要回答的问题，做出来的结果可
: 想而知啊。再比如说用 limma 时，设计 contrast group 时要考虑到其对应的
: empirical Bayessian model。再比如说用 RVM 时，要评估拟合 inverse gamma
: distribution 的好坏。这些关键细节，直接决定分析结果是不是有严重偏差甚至错误。
: 真正做 bioinformatics 的人，其实也经常用傻瓜软件，但那是建立在对背后的统计模
: 型相当熟悉，对 microarray 从设计到实验到分析都很清晰的基础上，而且对常见的容
n*g
50 楼
这个是免费的么？
【在 T*****n 的大作中提到】
: 我用的是Affymatrix 的chip, 所以用Affymatrix GeneChip Command Consol and
: Expression Consol software.
【在 T*****n 的大作中提到】
: 我用的是Affymatrix 的chip, 所以用Affymatrix GeneChip Command Consol and
: Expression Consol software.
d*u
51 楼
天呀...我都看迷糊了。
我一直用BRB ArrayTools，一个基于R的在EXCEL里面运行的免费软件。当初开始分析
microarray数据就是这么train的，所以也没仔细试过别的软件。不过想得到的分析这
个软件基本上都能做，或者能输出高水平的分析结果再用别的软件深度分析。也试过D-
CHIP，不过后来还是放弃了。GenePattern应该很牛，但还没动力整个去熟悉用法。就
跟相机一样，入了C家的门，要突然换到N家是不容易的。
扯远了。还有个比较牛的功能是，ArrayTools能直接从GEO里面下载数据并生成分析套
装，只需要输入ACCESSION NUMBER几可以了。
我一直用BRB ArrayTools，一个基于R的在EXCEL里面运行的免费软件。当初开始分析
microarray数据就是这么train的，所以也没仔细试过别的软件。不过想得到的分析这
个软件基本上都能做，或者能输出高水平的分析结果再用别的软件深度分析。也试过D-
CHIP，不过后来还是放弃了。GenePattern应该很牛，但还没动力整个去熟悉用法。就
跟相机一样，入了C家的门，要突然换到N家是不容易的。
扯远了。还有个比较牛的功能是，ArrayTools能直接从GEO里面下载数据并生成分析套
装，只需要输入ACCESSION NUMBER几可以了。
g*y
52 楼
用 RMA 时，如何决定哪些 samples 可以在一个 batch 处理，哪些不可以？
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这个怎么解决啊？？
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这个怎么解决啊？？
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