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请教一下微量RNA用什么方法测定比较好
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请教一下微量RNA用什么方法测定比较好# Biology - 生物学
d*o
1
有这样的板子或app不?
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U*O
2
不知道sequence所以不能用qpcr
请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好?
实验室里有人推荐bioanalyzer,但是怎么知道不是DNA contamination呢?
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p*c
3
可以,有免费,付费的app
有个叫X2什么的,是免费的
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U*O
4
有人知道吗,自己顶一下

【在 U*O 的大作中提到】
: 不知道sequence所以不能用qpcr
: 请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好?
: 实验室里有人推荐bioanalyzer,但是怎么知道不是DNA contamination呢?

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w*n
5
当然能

【在 d*******o 的大作中提到】
: 有这样的板子或app不?
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W*a
6
do DNase treatment control

【在 U*O 的大作中提到】
: 不知道sequence所以不能用qpcr
: 请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好?
: 实验室里有人推荐bioanalyzer,但是怎么知道不是DNA contamination呢?

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d*e
7
Citrix有给iPad2的app,前几天还在电台里听到他们的广告,让去The App Store找。

【在 d*******o 的大作中提到】
: 有这样的板子或app不?
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s*y
8
我记得好像有一种机器叫做nanodrop 可以测微量的RNA

【在 U*O 的大作中提到】
: 不知道sequence所以不能用qpcr
: 请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好?
: 实验室里有人推荐bioanalyzer,但是怎么知道不是DNA contamination呢?

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A*1
9
splashtop remote
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U*O
10
好像测不到10ng/ul以下的,有没有更加敏感的方法

【在 s******y 的大作中提到】
: 我记得好像有一种机器叫做nanodrop 可以测微量的RNA
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m*T
11
VNC viewer, team viewer, logmein都可以。
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s*t
12
nanodrop不能测那么微量的吧
bioanalyzer可以,有个kit能测量几十pg以上的

【在 s******y 的大作中提到】
: 我记得好像有一种机器叫做nanodrop 可以测微量的RNA
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s*u
13
asus transformer has mycloud to do that
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s*s
14
nanodrop 10ng/ul以下就不准了,bioanalyzer大概能有pg的芯片能用。
我最近一个sample, nanodrop给的是负值,bioanalyzer大概50pg/ul

【在 U*O 的大作中提到】
: 好像测不到10ng/ul以下的,有没有更加敏感的方法
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D*y
15
这个浓度啥都不准的

【在 s******y 的大作中提到】
: 我记得好像有一种机器叫做nanodrop 可以测微量的RNA
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O*e
16
nanodrop非常好用,就是贵

【在 s******y 的大作中提到】
: 我记得好像有一种机器叫做nanodrop 可以测微量的RNA
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D*y
17
做mol biol的还是最好弄一个

【在 O******e 的大作中提到】
: nanodrop非常好用,就是贵
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W*a
18
不到1万美元,几个lab share一下很便宜了。话说这个bioanalyzer一台大概要
多少钱,我们可能预计要买一个

【在 O******e 的大作中提到】
: nanodrop非常好用,就是贵
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k*o
19
如果是mRNA,digital PCR应该可以。
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C*e
20
顶这个
用bioanalyzer的pico chip
然后同时跑RNase-free DNase treated样品做对照
nanodrop低于10ng/ul就不太准了
不过在测核酸方面省样品,实在是个好东西
这年头我以为已经是标配了呢

【在 s*********t 的大作中提到】
: nanodrop不能测那么微量的吧
: bioanalyzer可以,有个kit能测量几十pg以上的

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c*r
21
The price for the instrument in around $17,000 and that includes
installation and training. The chips are roughly $500 a kit and can run
anywhere from 250 to 300 samples pet kit depending on which kit you are
using.
From a sale representative.

【在 W*******a 的大作中提到】
: 不到1万美元,几个lab share一下很便宜了。话说这个bioanalyzer一台大概要
: 多少钱,我们可能预计要买一个

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W*a
22
谢谢,比我预计的便宜多了,好,回头就买一台。

【在 c*********r 的大作中提到】
: The price for the instrument in around $17,000 and that includes
: installation and training. The chips are roughly $500 a kit and can run
: anywhere from 250 to 300 samples pet kit depending on which kit you are
: using.
: From a sale representative.

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f*e
23
不知道你要“测”什么,是你的 RNA 的长度加量的组成,还是 sequence, 还是什么别
的。你的微量 RNA 如果是个混合物,用 bioanalyzer 出来是 smear,基本上看不出什
么来,更别说定量。如果是单一成分,用 bioanalyzer 才有可能。而且好像最好别太
小,低于 bioanalyzer 的最低 marker,就不行了。我用过的好像是 50 bases?
如果就是想知道一个总的量 (pg/uL),可以用染色的 dye, 然后用可以测荧光的
nanodrop 来定量。

【在 U*O 的大作中提到】
: 不知道sequence所以不能用qpcr
: 请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好?
: 实验室里有人推荐bioanalyzer,但是怎么知道不是DNA contamination呢?

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c*r
24
有米的人啊。。。
好像kit比较贵,有好多种。

【在 W*******a 的大作中提到】
: 谢谢,比我预计的便宜多了,好,回头就买一台。
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f*e
25
bioanalyzer 主要是 kit 很费钱。如果 lab 用得不多,其实没有必要买。
用过的 chip 一次能跑 10 个样品,一个 kit 里面有好几个 chip,然后一套 reagents。

【在 c*********r 的大作中提到】
: The price for the instrument in around $17,000 and that includes
: installation and training. The chips are roughly $500 a kit and can run
: anywhere from 250 to 300 samples pet kit depending on which kit you are
: using.
: From a sale representative.

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T*t
26
bioanalyzer比nanodrop贵多了啊,何况还得买chips,耗材更不得了。
当然用途也不一样就是了。
我同意13楼的,nanodrop这年头应该属于标配,测样品太方便了,目前为止还没用过比
它更方便的。
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W*a
27
kit确实很贵,折合下来20多美元一片吧,不管是1个还是11个sample,一次就得用掉。
最划算的当然是学校有个Center提供服务,把各家的sample凑起来在一个chip上run,
每家的费用就少多了

【在 c*********r 的大作中提到】
: 有米的人啊。。。
: 好像kit比较贵,有好多种。

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W*a
28
做high throughput seq的,bioanalyzer还是必须的

reagents。

【在 f*******e 的大作中提到】
: bioanalyzer 主要是 kit 很费钱。如果 lab 用得不多,其实没有必要买。
: 用过的 chip 一次能跑 10 个样品,一个 kit 里面有好几个 chip,然后一套 reagents。

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s*s
29
我们学校$8一个样品,很便宜,基本上都是当天能做出来,估计
六七个样品一凑就run了

掉。

【在 W*******a 的大作中提到】
: 做high throughput seq的,bioanalyzer还是必须的
:
: reagents。

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T*t
30
嗯,而且bioanalyzer最好是有专人操作,这玩意儿一个弄不好一块chip就废掉了,新
手很容易出状况。所以有专门的facility提供服务是最理想的。

掉。

【在 W*******a 的大作中提到】
: 做high throughput seq的,bioanalyzer还是必须的
:
: reagents。

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l*u
31
nano kit 还算准, pico kit 非常不准,不建议用agilent bioanalyzer 测浓度。
老款的nano drop能测的精度到20ng/微升, 最新款的没用过,可能更好些。

【在 s*********t 的大作中提到】
: nanodrop不能测那么微量的吧
: bioanalyzer可以,有个kit能测量几十pg以上的

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l*u
32
Agilent bioanalyzer所有分析RNA的kit我都用过,还好吧,
这个比做microarry简单多了。
不过如果不是一些omics的lab,一般不会买这个东西。

【在 T**********t 的大作中提到】
: 嗯,而且bioanalyzer最好是有专人操作,这玩意儿一个弄不好一块chip就废掉了,新
: 手很容易出状况。所以有专门的facility提供服务是最理想的。
:
: 掉。

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T*t
33
我好久没用这个了。
我记得prep那些chip的时候,不是要用个注射器压还是抽什么的么,好像很有讲究的,
时间,还有位置,一个弄不对chip就跑不出来。而且chip弄好了5分钟之内要load上,
否则也跑不好,反正挺麻烦的就是。当然手熟了就好了,不过后来我就不做了。

【在 l******u 的大作中提到】
: Agilent bioanalyzer所有分析RNA的kit我都用过,还好吧,
: 这个比做microarry简单多了。
: 不过如果不是一些omics的lab,一般不会买这个东西。

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s*y
34
nanodrop 是哪个公司的最好?

【在 C*******e 的大作中提到】
: 顶这个
: 用bioanalyzer的pico chip
: 然后同时跑RNase-free DNase treated样品做对照
: nanodrop低于10ng/ul就不太准了
: 不过在测核酸方面省样品,实在是个好东西
: 这年头我以为已经是标配了呢

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l*u
35
Thermo Scientific

【在 s******y 的大作中提到】
: nanodrop 是哪个公司的最好?
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T*t
36
nanodrop是注册商标,那个公司被thermo scientific买了。别家就算有类似的仪器应
该也不能叫nanodrop。不过我没看过有类似的仪器,估计他们设计也有专利的。

【在 s******y 的大作中提到】
: nanodrop 是哪个公司的最好?
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s*y
37
哦。这样的啊

【在 T**********t 的大作中提到】
: nanodrop是注册商标,那个公司被thermo scientific买了。别家就算有类似的仪器应
: 该也不能叫nanodrop。不过我没看过有类似的仪器,估计他们设计也有专利的。

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C*e
38
Nanodrop这个公司是最先出的
但他们被Thermo吞下了
所以现在的是Thermo的
有单孔的,8孔的,读荧光的,不读荧光的
不过说实话我觉得单孔的就差不多了
而且用nanodrop做protein assay(BCA,Bradford之类)的话就比较不方便了
因为一样的做标准曲线,一样准备样品
然后还要一个一个点上样测
比较累
虽然用的样品少
nanodrop最方便的就是用于核酸测量
像Agarose Gel回收产物,就上1 ul就可以
简单的蛋白UV reading也可以
但如果做protein assay
最方便还是大的那种spectrophotometer
一排六个holder,自动的那种
还有一些用比色法测酶活性的assay也是
还是大的好用
不过两者不可互相取代

【在 s******y 的大作中提到】
: nanodrop 是哪个公司的最好?
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T*t
39
这个可以用biotek的microplate reader,上样量也很小,还可以多个样品同时测,很
方便。

但如果做protein assay
最方便还是大的那种spectrophotometer
一排六个holder,自动的那种
还有一些用比色法测酶活性的assay也是
还是大的好用
不过两者不可互相取代

【在 C*******e 的大作中提到】
: Nanodrop这个公司是最先出的
: 但他们被Thermo吞下了
: 所以现在的是Thermo的
: 有单孔的,8孔的,读荧光的,不读荧光的
: 不过说实话我觉得单孔的就差不多了
: 而且用nanodrop做protein assay(BCA,Bradford之类)的话就比较不方便了
: 因为一样的做标准曲线,一样准备样品
: 然后还要一个一个点上样测
: 比较累
: 虽然用的样品少

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C*e
40
有microplate reader那是可以咯
不过我觉得microplate reader不如nanodrop普遍
如果不是实验需要用microplate
如果我是老板
我肯定优先买nanodrop

【在 T**********t 的大作中提到】
: 这个可以用biotek的microplate reader,上样量也很小,还可以多个样品同时测,很
: 方便。
:
: 但如果做protein assay
: 最方便还是大的那种spectrophotometer
: 一排六个holder,自动的那种
: 还有一些用比色法测酶活性的assay也是
: 还是大的好用
: 不过两者不可互相取代

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T*t
41
嗯,同意。我提microplate reader是说它可以替代你说的大的那种spectrophotometer
,一排六个holder那种。

【在 C*******e 的大作中提到】
: 有microplate reader那是可以咯
: 不过我觉得microplate reader不如nanodrop普遍
: 如果不是实验需要用microplate
: 如果我是老板
: 我肯定优先买nanodrop

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s*y
42
这个仪器贵么?不贵的话我也买一个

【在 C*******e 的大作中提到】
: 有microplate reader那是可以咯
: 不过我觉得microplate reader不如nanodrop普遍
: 如果不是实验需要用microplate
: 如果我是老板
: 我肯定优先买nanodrop

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W*a
43
5年前隔壁lab买过一个,那时候刚出来,要1万块左右,不知道现在降价了没有

【在 s******y 的大作中提到】
: 这个仪器贵么?不贵的话我也买一个
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T*t
44
单孔的nanodrop大概8000左右吧,biotek的synergy microplate reader要贵很多,不
确定多少钱,估计以万为单位。回头我问问我们那台是多少钱买的。我依稀记得一个数
忘了是2万还是5万。。。

【在 s******y 的大作中提到】
: 这个仪器贵么?不贵的话我也买一个
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m*n
45
Nanodrop有不同型号的,有的可以测极低的浓度。
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C*e
46
前辈,做新发考题不能这么烧钱吧
我觉得最好跟系里的老师搞好关系
有些又贵又用的不多的仪器
一开始先借一借用
比较划算
:)

【在 s******y 的大作中提到】
: 这个仪器贵么?不贵的话我也买一个
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O*e
47
常用的东西,还是买来自己用方便。你老是去借,人家就烦了。

【在 C*******e 的大作中提到】
: 前辈,做新发考题不能这么烧钱吧
: 我觉得最好跟系里的老师搞好关系
: 有些又贵又用的不多的仪器
: 一开始先借一借用
: 比较划算
: :)

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C*e
48
关键字“又贵又用的不多”
:)

【在 O******e 的大作中提到】
: 常用的东西,还是买来自己用方便。你老是去借,人家就烦了。
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c*g
49
I think what you need is a single strand RNA specific dye such as RiboGreen,
and read on a fluorometer.

【在 U*O 的大作中提到】
: 不知道sequence所以不能用qpcr
: 请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好?
: 实验室里有人推荐bioanalyzer,但是怎么知道不是DNA contamination呢?

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