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问个深度测序的问题

问个深度测序的问题# Biology - 生物学

C*g2011-06-15 07:06

1 楼

【以下文字转载自 FleaMarket 讨论区】
发信人: KennyD (|-==-|), 信区: FleaMarket
标题: Re: “虎年虎语” 春节包子活动
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 11 20:08:14 2010, 美东)
护士猛如虎
医生如武松

m*m2011-06-15 07:06

2 楼

把那个Kingston V+ SSD装x61s
发现读写也就和我7200rpm的HDD差不多水平
后来才想起来有那个SATA的限制

h*g2011-06-15 07:06

3 楼

用kibana 制作两级的 dashboard，如果想点击第一级的dashboard 中的某一天，弹出
第二级的 dashboard，并且只显示这一天的结果。怎么实现呢？就是说怎么把day作为
参数传给第二级的 dashboard？

w*i2011-06-15 07:06

4 楼

50×测序深度
是啥意思啊？是不是数字越大代表获得的信息越多？
还有，经常说到44M，这个是测序结果的信息量44mega 吗？
求解

L*y2011-06-15 07:06

5 楼

刷sata2

把那个Kingston V+ SSD装x61s
发现读写也就和我7200rpm的HDD差不多水平
后来才想起来有那个SATA的限制

【在 m****m 的大作中提到】

: 把那个Kingston V+ SSD装x61s
: 发现读写也就和我7200rpm的HDD差不多水平
: 后来才想起来有那个SATA的限制

s*y2011-06-15 07:06

6 楼

你只要加一个时间的filter 把时间作为一个query传给搜索对象就可以了

b*r2011-06-15 07:06

7 楼

就是平均或者最低一个序列被测了50次。nextgen seq是有错误率的，一段序列被测的
次数越多，潜在的错误就越容易被修正
50x基本上已经是天文数字了

A*s2011-06-15 07:06

8 楼

貌似4k的水平就是机械硬盘的2倍而已。。。彻底服了。。。
都不知道这个主控是怎么实现的，莫非做了内部限速？ lol

【在 m****m 的大作中提到】

: 把那个Kingston V+ SSD装x61s
: 发现读写也就和我7200rpm的HDD差不多水平
: 后来才想起来有那个SATA的限制

j*x2011-06-15 07:06

9 楼

对于In-deep sequencing而言, 50X的coverage只能算是入门级

【在 b****r 的大作中提到】

: 就是平均或者最低一个序列被测了50次。nextgen seq是有错误率的，一段序列被测的
: 次数越多，潜在的错误就越容易被修正
: 50x基本上已经是天文数字了

m*m2011-06-15 07:06

10 楼

有带slic2.1的么？

【在 L*****y 的大作中提到】

: 刷sata2
:
: 把那个Kingston V+ SSD装x61s
: 发现读写也就和我7200rpm的HDD差不多水平
: 后来才想起来有那个SATA的限制

m*r2011-06-15 07:06

11 楼

Agree!~

【在 j****x 的大作中提到】

: 对于In-deep sequencing而言, 50X的coverage只能算是入门级

A*s2011-06-15 07:06

12 楼

俄国人做的那个就是带SLIC，带白名单的

【在 m****m 的大作中提到】

: 有带slic2.1的么？

d*p2011-06-15 07:06

13 楼

For my understanding, 44M equals to 44 million reads or sequences per lane.

m*m2011-06-15 07:06

14 楼

回家Google
单位里好多都给Block了

【在 A*****s 的大作中提到】

: 俄国人做的那个就是带SLIC，带白名单的

s*s2011-06-15 07:06

15 楼

测序都是鸟枪法，也就是黑布袋里随便抓一段DNA测，测完再去抓。
1x意思就是100m的genome，你测序总量也到了100m, 但是实际上必然
很多序列测了多次，很多序列没测到。一般看genome 30x是至少，
做到50x甚至100x都可能。

【在 w*****i 的大作中提到】

: 50×测序深度
: 是啥意思啊？是不是数字越大代表获得的信息越多？
: 还有，经常说到44M，这个是测序结果的信息量44mega 吗？
: 求解

A*s2011-06-15 07:06

16 楼

就算你是正版OEM机，也会被随机的block
只要重新激活一边就可以了

【在 m****m 的大作中提到】

: 回家Google
: 单位里好多都给Block了

D*92011-06-15 07:06

17 楼

50x可能还不够

m*m2011-06-15 07:06

18 楼

我的意思是网站给Block了

【在 A*****s 的大作中提到】

: 就算你是正版OEM机，也会被随机的block
: 只要重新激活一边就可以了

w*i2011-06-15 07:06

19 楼

谢谢大家~50x 的意思明了了。
这个44M 还没懂。看agilent的测序，human exome 有三种：38M, 44M, 50M，
这三个数字（38,44,50）有啥意义吗为啥没有40M，45M ?

A*s2011-06-15 07:06

20 楼

right here:
http://forum.notebookreview.com/lenovo-ibm/459591-t61-x61-sata-

【在 m****m 的大作中提到】

: 我的意思是网站给Block了

c*62011-06-15 07:06

21 楼

这个是做target enrichment的时候你要富集的exome的size
就是三个不同的design

【在 w*****i 的大作中提到】

: 谢谢大家~50x 的意思明了了。
: 这个44M 还没懂。看agilent的测序，human exome 有三种：38M, 44M, 50M，
: 这三个数字（38,44,50）有啥意义吗为啥没有40M，45M ?

m*m2011-06-15 07:06

22 楼

thanks a lot!

【在 A*****s 的大作中提到】

: right here:
: http://forum.notebookreview.com/lenovo-ibm/459591-t61-x61-sata-

s*x2011-06-15 07:06

23 楼

补充一点，在这个例子中，如果你用solexa，每个read是36bp的话，100m/36 = 2.7
million monoclonal reads, 就可以claim 1X coverage了

【在 s******s 的大作中提到】

: 测序都是鸟枪法，也就是黑布袋里随便抓一段DNA测，测完再去抓。
: 1x意思就是100m的genome，你测序总量也到了100m, 但是实际上必然
: 很多序列测了多次，很多序列没测到。一般看genome 30x是至少，
: 做到50x甚至100x都可能。

A*s2011-06-15 07:06

24 楼

sure

【在 m****m 的大作中提到】

: thanks a lot!

w*i2011-06-15 07:06

25 楼

不好意思，三个不同的design
是啥意思
我知道capture的时候，有的用 oligos, 有的用chip
你的意思是设计oligo/chip时候就限制了exome的size 是38M,44M,50M?

【在 c**********6 的大作中提到】

: 这个是做target enrichment的时候你要富集的exome的size
: 就是三个不同的design

m*m2011-06-15 07:06

26 楼

x64的Win7下还不能直接刷
索性在SSD上装32位的Win7后刷
刷过后SSD到180M/s
原有的Seagate 7200.3只有85M/s
这下纠结了

【在 A*****s 的大作中提到】

: sure

c*62011-06-15 07:06

27 楼

就是三个不同的exome capture的design
最早的design是38M，然后出了v2是44M，加了一些新的或者以前没有包括的exon，然后
又出了50M的design

【在 w*****i 的大作中提到】

: 不好意思，三个不同的design
: 是啥意思
: 我知道capture的时候，有的用 oligos, 有的用chip
: 你的意思是设计oligo/chip时候就限制了exome的size 是38M,44M,50M?

A*s2011-06-15 07:06

28 楼

64位是没法刷，我也是装了个32位系统刷的
我的intel连续读写能跑到250以上，不过都是浮云，4K才是要命的
你注意分区对齐什么的问题了么？

【在 m****m 的大作中提到】

: x64的Win7下还不能直接刷
: 索性在SSD上装32位的Win7后刷
: 刷过后SSD到180M/s
: 原有的Seagate 7200.3只有85M/s
: 这下纠结了

w*i2011-06-15 07:06

29 楼

不好意思啊各位，跟进再问一声，
50M 是不是差不多cover了所有exome啦
人的exome不是说是基因组的1%，那大小最多也就几十M吧

m*m2011-06-15 07:06

30 楼

啥是分区对齐？
HDtune的CPU占有率很有趣
SSD是11%
320G HD是 -1%
这个320G分过区，不知是不是对速度有影响

【在 A*****s 的大作中提到】

: 64位是没法刷，我也是装了个32位系统刷的
: 我的intel连续读写能跑到250以上，不过都是浮云，4K才是要命的
: 你注意分区对齐什么的问题了么？

A*s2011-06-15 07:06

31 楼

我的CPU占用也是10.2%。。。
分区对齐的话，看看科普文即可：
http://bbs.pceva.com.cn/thread-9271-1-1.html，搜索Q5

【在 m****m 的大作中提到】

: 啥是分区对齐？
: HDtune的CPU占有率很有趣
: SSD是11%
: 320G HD是 -1%
: 这个320G分过区，不知是不是对速度有影响