质谱数据怎么分析？ - 未名空间MITBBS历史存档

s*j2014-10-21 07:10

1 楼

想请问大家，make offer的时候，写个价格就行吗，还是需要与卖方的agent面对面谈
。看上一个房子准备先make a offer，我们的buyer agent已经把合同给了我们，说再
和卖方约个时间见面是递交写好价格的合同。觉得有些奇怪，感觉是应该双方对价格都
认可的情况下才正式见面签合同和谈一些细节的东西。
谢谢大家了。

c*72014-10-21 07:10

2 楼

哦也

m*u2014-10-21 07:10

3 楼

对照和处理样品，直接送整个管子去做质谱了，没跑胶。数据很大，怎么分析？

m*O2014-10-21 07:10

4 楼

我们agent不是这样的
也许地方不同规矩也不一样

【在 s******j 的大作中提到】

: 想请问大家，make offer的时候，写个价格就行吗，还是需要与卖方的agent面对面谈
: 。看上一个房子准备先make a offer，我们的buyer agent已经把合同给了我们，说再
: 和卖方约个时间见面是递交写好价格的合同。觉得有些奇怪，感觉是应该双方对价格都
: 认可的情况下才正式见面签合同和谈一些细节的东西。
: 谢谢大家了。

b*a2014-10-21 07:10

5 楼

马俊仁？

h*s2014-10-21 07:10

6 楼

对比amount还是找新蛋白？label free一般都是要不比较MS1 intensity,要不MS2
spectral counts。
还有，你前期不simplify样品，很多peptide会测不出来吧，全都ion suppression了，
还是，你用了很多salt cycle？

w*72014-10-21 07:10

7 楼

你觉得的对，他让你签的是指定他为agent的合同，我猜。

【在 s******j 的大作中提到】

: 想请问大家，make offer的时候，写个价格就行吗，还是需要与卖方的agent面对面谈
: 。看上一个房子准备先make a offer，我们的buyer agent已经把合同给了我们，说再
: 和卖方约个时间见面是递交写好价格的合同。觉得有些奇怪，感觉是应该双方对价格都
: 认可的情况下才正式见面签合同和谈一些细节的东西。
: 谢谢大家了。

z*n2014-10-21 07:10

8 楼

头巾男还真像

【在 c*******7 的大作中提到】

: 哦也

s*s2014-10-21 07:10

9 楼

是WholeCellLysate吗，看TIC可是比较Loading的多少，其他你想看什么呢？ Down/Up
Regulation? 问问帮你Run样品的人啊最好多做几个Replicate 我每次做3个
BiologicalReplicate结果差别都很大呢

s*j2014-10-21 07:10

10 楼

不是，我们已经跟buyer agent签过让她作为我们agent的合同了，她给我们的合同是买
房子的合同。

B*e2014-10-21 07:10

11 楼

那眼神。。。那气场。。。
帽子男跟头巾男比差太远了。。。

e*s2014-10-21 07:10

12 楼

搭车问专家个问题：
我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides，直接跑MS，还是最好走LC-
MS/MS?
大概有40左右的片断，肽段大小都在200-4000 D。
刚做了一次试验，拿到些数据，正在琢磨怎么分析。

【在 h*****s 的大作中提到】

: 对比amount还是找新蛋白？label free一般都是要不比较MS1 intensity,要不MS2
: spectral counts。
: 还有，你前期不simplify样品，很多peptide会测不出来吧，全都ion suppression了，
: 还是，你用了很多salt cycle？

b*a2014-10-21 07:10

13 楼

买房子不是买菜或摊上买衣服

【在 s******j 的大作中提到】

: 想请问大家，make offer的时候，写个价格就行吗，还是需要与卖方的agent面对面谈
: 。看上一个房子准备先make a offer，我们的buyer agent已经把合同给了我们，说再
: 和卖方约个时间见面是递交写好价格的合同。觉得有些奇怪，感觉是应该双方对价格都
: 认可的情况下才正式见面签合同和谈一些细节的东西。
: 谢谢大家了。

o*12014-10-21 07:10

14 楼

haha. 2 ~~

【在 c*******7 的大作中提到】

: 哦也

h*s2014-10-21 07:10

15 楼

全部检测到是不可能的，你可以先用IEF分多几个fractions，然后跑LC－MS／MS。
analytical column可以选用mixed－beded IEX。我们组都是这么弄得，当然分离方法
很多，进LC－MS／MS前样品越简单，测得越好。

p*n2014-10-21 07:10

16 楼

一般做法应该是先写一个合同，递交后商量价格，然后再修改合同，敲定后attorney
review, if applicable。

【在 s******j 的大作中提到】

: 想请问大家，make offer的时候，写个价格就行吗，还是需要与卖方的agent面对面谈
: 。看上一个房子准备先make a offer，我们的buyer agent已经把合同给了我们，说再
: 和卖方约个时间见面是递交写好价格的合同。觉得有些奇怪，感觉是应该双方对价格都
: 认可的情况下才正式见面签合同和谈一些细节的东西。
: 谢谢大家了。

L*r2014-10-21 07:10

17 楼

如果你想知道这些碎片是什么（通常我们说的定性），你得用UPLC/HPLC-TOFMS或者
UPLC/HPLC-Orbitrap，如果有FTICR更好，这样你就能得到他们的isotopic mass （通
常我们称作精确分子量）, 注意，离子峰里面有很多是multiple-charge,你得去分析他
们，为什么用柱子，前面的已经提到过，防止离子抑制，就是说，很多不同种类的中
性分子一道出来，在离子化的时候，有些离子被抑制掉了，这样你就得不到他们的峰，
用HPLC，他们就会一个一个地离子化，大大降低他们被抑制的可能。
然后定量，使用UPLC/HPLC-TRIPLEQUAD MS，使用MRM，即用他们的碎片定量，一旦确
定是什么PEPTIDE，碎片就很容易得出，即使两个PEPTIDES有相同的分子量，不同结构
和相同的RETENTION TIME，该仪器也能准确地定量他们。

s*j2014-10-21 07:10

18 楼

thank you so much!

K*S2014-10-21 07:10

19 楼

you will need to provide much more details in order for others to answer
this question.

【在 m******u 的大作中提到】

: 对照和处理样品，直接送整个管子去做质谱了，没跑胶。数据很大，怎么分析？

K*S2014-10-21 07:10

20 楼

why do you need to detect all peptides?

LC-

【在 e****s 的大作中提到】

: 搭车问专家个问题：
: 我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides，直接跑MS，还是最好走LC-
: MS/MS?
: 大概有40左右的片断，肽段大小都在200-4000 D。
: 刚做了一次试验，拿到些数据，正在琢磨怎么分析。

w*32014-10-21 07:10

21 楼

你这个是很typical 的peptide mapping. 你去找个facility 都可以给你做，用
multiple enzyme digest,光用trypsin是不够的，还要Glu-c, Asp-N啥的。然后基本能
做到99-100%的recovery.当然你得有纯化的蛋白，大概需要10ug.还有质谱得是lc
coupled with orbitrap 或者qtof. FT-ICR应该不行，扫描速度太慢。

LC-

【在 e****s 的大作中提到】

: 搭车问专家个问题：
: 我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides，直接跑MS，还是最好走LC-
: MS/MS?
: 大概有40左右的片断，肽段大小都在200-4000 D。
: 刚做了一次试验，拿到些数据，正在琢磨怎么分析。

l*y2014-10-21 07:10

22 楼

有个免费的软件maxquant, 基本的分析都可以做。

【在 m******u 的大作中提到】

: 对照和处理样品，直接送整个管子去做质谱了，没跑胶。数据很大，怎么分析？

l*y2014-10-21 07:10

23 楼

有个软件叫pepfinder,可以免费用两个月。适合你的情况。

LC-

【在 e****s 的大作中提到】

: 搭车问专家个问题：
: 我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides，直接跑MS，还是最好走LC-
: MS/MS?
: 大概有40左右的片断，肽段大小都在200-4000 D。
: 刚做了一次试验，拿到些数据，正在琢磨怎么分析。