可否/如何推测一个基因的表达受microRNA调控？ - 未名空间MITBBS历史存档

可否/如何推测一个基因的表达受microRNA调控？# Biology - 生物学

w*n2011-06-22 07:06

1 楼

8月毕业，应该是Fall开始上班，但是现在状态还完全没有。。。不知道前辈们第一个
学生都是怎么招的，什么时候开始招的。如果想自己招，就得明年FALL入学了，对方学
校告诉我说有一些TA要找导师的，但是好几个professor都跟我说招TA转RA的话要小心
。。。没有学生的话第一年我就只能啥事都自己干了，好头疼。能不能介绍一点经验啊
！谢啦

l*e2011-06-22 07:06

2 楼

说道女强人可能很多人闪过脑海的词语，就是刻板、严厉、强势、不近人情，可又有
几个人能读懂她们的内心呢？
楼主的妈妈是一个不折不扣的女强人。在我的印象中她一直都很要强，做过很多的事
情。小时候的家里似乎就是一个动物园什么都有，也做过养殖，一直都没有成功过。她
的心里一直都不太服气，明明付出过那么多的努力可还是失败了。她一直都说自己那时
候的年代不好，没有上过高中，汉语拼音到现在也只是会读但不会拼写，她现在用手机
都是手写。我一直都很佩服我妈妈，很多事情失败了再重新开始其他的工作，总能找到
一个适合自己的。女强人在我看来都很要强，想要做到的事情换种方式也要做到，不一
定要像电视上大家熟知的格力空调董事长、美国前国务卿希拉里那样。
说楼主的妈妈是女强人，也有很多的原因。家里面都是她主外，虽经历过很多次失败
，但还是坚强的挺了过来。她的辛苦很好和我们说，但我知道她付出的辛苦都是为了我
们能有一个幸福的家庭。她很强势，对于她的话我们都会言听计从，爸爸也是。我经常
和妈妈说，就是一个操心的命啊，家里什么事情都要想着，年纪现在不小了，还依旧奔
波在路上。楼主的妈妈已经做了很久销售了，可想而知嘴皮子是很利索的，可惜的是我
没有继承到她的这个优点。她做的工作太多了，就是想让我能上一个好的学校，等我告
诉她自己有出国打算的时候，她是完全赞成的。拼命工作就是为了能让我好好出国，等
楼主终于出来了，她还是在做自己喜欢的事情。
女强人是很强势，可背后的那些不甘都不敢和其他人说。楼主曾经看到过妈妈一个人
在哭泣，那是一种无助，爸爸对于妈妈的事情也帮不上忙，所以说是妈妈在支撑这一个
家。我知道在这些女强人的心中是那么渴望有一个坚实的臂膀能帮她们撑住那片天空，
好让她们有喘息的机会。不是她们刻意强势，只是她们的一个保护层，女人在社会上的
地位还是被歧视。我们应该要对那些女强人好好的关爱。

w*62011-06-22 07:06

3 楼

刚动了买房子的心思，发现啥都不懂。
看资料说要去银行搞个PRE-APPROVAL才能开始看房子，
请问这个一定要到自己存钱的银行吗？是不是如果如果银行没多少存款人家就不给开啊？
一点概念都没有，所以可能问题比较白痴
谢谢了

S*22011-06-22 07:06

4 楼

想要个轻薄点的本本
su7300的cpu
lenovo outlet Edge 13 refurbished
dell有vostro 13 new
哪个好呢？听说后者RAM只有单槽，而且电池很难换，不知道难道什么程度？要大卸八
块？还是新电池很难买到？还是both？前者没这个问题吧？而且RAM好像是双槽
vostro 13的razor style倒是比edge要做得好

T*n2011-06-22 07:06

5 楼

本人是microRNA的门外汉，以下想法纯属非常immature。
我的gene of interest在RNA水平受到调控，如果可以排除transcription
的因素（by promoter activity, polII recruitment, ect..)，
是否可以猜测有microRNA在起作用？可以的话，是否有in silico的方法
去推测哪种microRNA可能involved，还是只能用candidate approach
的实验方法一一检验？简言之，是否可以由target gene去寻找对应的microRNA?
欢迎讨论，谢谢指教！

j*l2011-06-22 07:06

6 楼

帮顶。为啥TA 转RA要小心?

★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器

【在 w******n 的大作中提到】

: 8月毕业，应该是Fall开始上班，但是现在状态还完全没有。。。不知道前辈们第一个
: 学生都是怎么招的，什么时候开始招的。如果想自己招，就得明年FALL入学了，对方学
: 校告诉我说有一些TA要找导师的，但是好几个professor都跟我说招TA转RA的话要小心
: 。。。没有学生的话第一年我就只能啥事都自己干了，好头疼。能不能介绍一点经验啊
: ！谢啦

e*o2011-06-22 07:06

7 楼

我在BOA做的不需要。
我就给银行的人打了一个电话，告诉他SSN，薪水，要多少贷款，都少DP，她就email给
我了。

啊？

【在 w**********6 的大作中提到】

: 刚动了买房子的心思，发现啥都不懂。
: 看资料说要去银行搞个PRE-APPROVAL才能开始看房子，
: 请问这个一定要到自己存钱的银行吗？是不是如果如果银行没多少存款人家就不给开啊？
: 一点概念都没有，所以可能问题比较白痴
: 谢谢了

s*n2011-06-22 07:06

8 楼

前几天也在看。
用了edge 13感觉一点也不轻薄。而且这个16：9的屏幕上下黑边太粗，影响外观。后来
lenovo
outlet的deal买了个t410s不错。
要是找便宜点的话，x120e感觉不错。

【在 S****2 的大作中提到】

: 想要个轻薄点的本本
: su7300的cpu
: lenovo outlet Edge 13 refurbished
: dell有vostro 13 new
: 哪个好呢？听说后者RAM只有单槽，而且电池很难换，不知道难道什么程度？要大卸八
: 块？还是新电池很难买到？还是both？前者没这个问题吧？而且RAM好像是双槽
: vostro 13的razor style倒是比edge要做得好

D*g2011-06-22 07:06

9 楼

I have the same question, too. Any suggestion?

w*n2011-06-22 07:06

10 楼

他们都没有说得很清楚，但是我感觉到他们的意思可能是觉得有些TA比较一般吧，所以
才不是直接RA，就是有导师要了才来的。。。

【在 j***l 的大作中提到】

: 帮顶。为啥TA 转RA要小心?
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器

t*s2011-06-22 07:06

11 楼

I found an agent and she gave me the pre-approval:
she just asked me some basic questions

h*n2011-06-22 07:06

12 楼

是否可以由target gene去寻找对应的microRNA?----可以, 不过会找出很多miRNA

p*g2011-06-22 07:06

13 楼

到原来国内的学校托人发广告？

【在 w******n 的大作中提到】

: 8月毕业，应该是Fall开始上班，但是现在状态还完全没有。。。不知道前辈们第一个
: 学生都是怎么招的，什么时候开始招的。如果想自己招，就得明年FALL入学了，对方学
: 校告诉我说有一些TA要找导师的，但是好几个professor都跟我说招TA转RA的话要小心
: 。。。没有学生的话第一年我就只能啥事都自己干了，好头疼。能不能介绍一点经验啊
: ！谢啦

T*n2011-06-22 07:06

14 楼

可否展开说说？
其实这个问题有两层意思：
其一，是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调控；
其二才是操作的层面，如何去找相应的microRNA。是否就是用target gene
mRNA去blast microRNA database? 就算会找到很多miRNA，只要能缩小
candidate pool, 也算是有效的strategy。

【在 h********n 的大作中提到】

: 是否可以由target gene去寻找对应的microRNA?----可以, 不过会找出很多miRNA

p*g2011-06-22 07:06

15 楼

可以先让继续干半年ta 考察1下
没问题就ra。。。

【在 w******n 的大作中提到】

: 8月毕业，应该是Fall开始上班，但是现在状态还完全没有。。。不知道前辈们第一个
: 学生都是怎么招的，什么时候开始招的。如果想自己招，就得明年FALL入学了，对方学
: 校告诉我说有一些TA要找导师的，但是好几个professor都跟我说招TA转RA的话要小心
: 。。。没有学生的话第一年我就只能啥事都自己干了，好头疼。能不能介绍一点经验啊
: ！谢啦

c*r2011-06-22 07:06

16 楼

上次跟oliver hobert聊天，（做线虫的，发现了线虫里面几个比较重要的microrna 调
控神经元的不对称发育）。
他自己认为，软件算法预测microrna基本是扯淡的，难度太大，太不准确。
在线虫里面最早的microrna发现是靠正向遗传筛选发现的，在高等动物／细胞里实现有
点困难。。。
至于从某个基因出发找可能调控的microrna。
（1）生物信息预测：当然可能都是错的，需要实验验证。
（2）有商业化的micro-array，你可以ko/kd你那个基因然然后比较跟野生型哪些
microrna上调下调了。。。虽然我觉得也很不靠谱，但是有一些大文章就是这么干的。

w*u2011-06-22 07:06

17 楼

看学校了
好学校（RPI一类）的不愁招人的哈哈

s*s2011-06-22 07:06

18 楼

用LNA pull down target mRNA然后size select miRNA测序？

【在 h********n 的大作中提到】

: 是否可以由target gene去寻找对应的microRNA?----可以, 不过会找出很多miRNA

a*92011-06-22 07:06

19 楼

RPI在美国的名声是挺不错的,老牌理工学校，但好象在国内的名气要弱一些，不知道招
中国学生的情况如何.

【在 w****u 的大作中提到】

: 看学校了
: 好学校（RPI一类）的不愁招人的哈哈

T*n2011-06-22 07:06

20 楼

谢谢。不过您说的第二点似乎是用来找microRNA的调节基因才对啊。
逻辑上不是反过来了么？难道target gene也会反作用于miRNA？

【在 c********r 的大作中提到】

: 上次跟oliver hobert聊天，（做线虫的，发现了线虫里面几个比较重要的microrna 调
: 控神经元的不对称发育）。
: 他自己认为，软件算法预测microrna基本是扯淡的，难度太大，太不准确。
: 在线虫里面最早的microrna发现是靠正向遗传筛选发现的，在高等动物／细胞里实现有
: 点困难。。。
: 至于从某个基因出发找可能调控的microrna。
: （1）生物信息预测：当然可能都是错的，需要实验验证。
: （2）有商业化的micro-array，你可以ko/kd你那个基因然然后比较跟野生型哪些
: microrna上调下调了。。。虽然我觉得也很不靠谱，但是有一些大文章就是这么干的。

L*s2011-06-22 07:06

21 楼

这种小地方小学校以后前景堪忧。

【在 a***9 的大作中提到】

: RPI在美国的名声是挺不错的,老牌理工学校，但好象在国内的名气要弱一些，不知道招
: 中国学生的情况如何.

h*n2011-06-22 07:06

22 楼

做个几年miRNA的工作, 现在不做, 说说我的看法吧.
你的第一个问题,"是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调
控", 我觉得这个问题一一不大. 多数基因都会或多或少的受到miRNA的调控, 但是这
一个调控不是universal的, 而是tissue specific, 或者说跟某个生理/病理过程相关.
比如某个基因在肺上皮细胞受miR-X调节, 而在大肠上皮里主要受miR-Y调节.
另一个问题是尺度的问题. 对某个基因来说, 如果确定在某种细胞里受miR-X调节, 这
个量有多大, 是微调还是大尺度调节. 这个问题可能是现在miRNA领域很多人都认识到
却不愿意面对的.
你的第二个问题, 用那些网上软件去预测, 比如TargetScan, 可以得到一大堆
candidate. 同时再看看这些miRNA在这个组织或者疾病的profile, 挑出一些candidate
做functional assay. 不要被别人的发现所限制.
比如当时我们投文章(miR-xxx is an oncomiR in lung cancer)的时候发现一个大牛刚
刚发了一篇同样miR-xxx suppress breast cancer metastasis的文章. 跟我们有啥关
系? 没啥关系. Simply stick to your data.

【在 T*****n 的大作中提到】

: 可否展开说说？
: 其实这个问题有两层意思：
: 其一，是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调控；
: 其二才是操作的层面，如何去找相应的microRNA。是否就是用target gene
: mRNA去blast microRNA database? 就算会找到很多miRNA，只要能缩小
: candidate pool, 也算是有效的strategy。

q*g2011-06-22 07:06

23 楼

你那地方不错，大城市，好学校，学生/房子便宜，但是工资不低，简直是perfect的地
方。

【在 L***s 的大作中提到】

: 这种小地方小学校以后前景堪忧。

s*s2011-06-22 07:06

24 楼

没做过miRNA，瞎说两句。
感觉其实这玩意儿就是一大堆mRNA和一大堆miRNA混在一起，除了少部分（也许我错了）
mRNA被target去某些特别的地方，其他的就是random混杂。考虑到miRNA允许错配，这种
调节过程其实是一个基因被N个miRNA调控，N个基因被同一miRNA调控的复杂网络，很多
调控并不一定有生物学的意义，只是off target, 再说还有epigenetics的effect

关.
candidate

【在 h********n 的大作中提到】

: 做个几年miRNA的工作, 现在不做, 说说我的看法吧.
: 你的第一个问题,"是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调
: 控", 我觉得这个问题一一不大. 多数基因都会或多或少的受到miRNA的调控, 但是这
: 一个调控不是universal的, 而是tissue specific, 或者说跟某个生理/病理过程相关.
: 比如某个基因在肺上皮细胞受miR-X调节, 而在大肠上皮里主要受miR-Y调节.
: 另一个问题是尺度的问题. 对某个基因来说, 如果确定在某种细胞里受miR-X调节, 这
: 个量有多大, 是微调还是大尺度调节. 这个问题可能是现在miRNA领域很多人都认识到
: 却不愿意面对的.
: 你的第二个问题, 用那些网上软件去预测, 比如TargetScan, 可以得到一大堆
: candidate. 同时再看看这些miRNA在这个组织或者疾病的profile, 挑出一些candidate

L*s2011-06-22 07:06

25 楼

RPI比我们排名高多了。

【在 q******g 的大作中提到】

: 你那地方不错，大城市，好学校，学生/房子便宜，但是工资不低，简直是perfect的地
: 方。

s*n2011-06-22 07:06

26 楼

First question is relatively easy. You can knock down Dicer to see it has
any effect on your genes. For 2nd question, you can look at which part of 3'
utr is conserved, and use target-scan to narrow down and test one by one.
another way i'm thinking of, but haven't seen anybody done it.Darnell a few
years ago had a nature paper using an IP method to pull down the Ago/mRNA/
miRNA complex. In theory, one can adopt this method and to determine which
miRNA associate with the target mRNA. Just my 2 cents.

q*g2011-06-22 07:06

27 楼

排名就是浮云，自己爽才是真的爽。

【在 L***s 的大作中提到】

: RPI比我们排名高多了。

B*w2011-06-22 07:06

28 楼

SPT!!

关.
candidate

【在 h********n 的大作中提到】

: 做个几年miRNA的工作, 现在不做, 说说我的看法吧.
: 你的第一个问题,"是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调
: 控", 我觉得这个问题一一不大. 多数基因都会或多或少的受到miRNA的调控, 但是这
: 一个调控不是universal的, 而是tissue specific, 或者说跟某个生理/病理过程相关.
: 比如某个基因在肺上皮细胞受miR-X调节, 而在大肠上皮里主要受miR-Y调节.
: 另一个问题是尺度的问题. 对某个基因来说, 如果确定在某种细胞里受miR-X调节, 这
: 个量有多大, 是微调还是大尺度调节. 这个问题可能是现在miRNA领域很多人都认识到
: 却不愿意面对的.
: 你的第二个问题, 用那些网上软件去预测, 比如TargetScan, 可以得到一大堆
: candidate. 同时再看看这些miRNA在这个组织或者疾病的profile, 挑出一些candidate

c*r2011-06-22 07:06

29 楼

地方还好，学校那真是小。。。

【在 L***s 的大作中提到】

: 这种小地方小学校以后前景堪忧。

h*n2011-06-22 07:06

30 楼

我跟你的"感觉"正好相反. 我觉得细胞里一切过程都是highly regulated, 很少有
random的过程, 错误的过程也会被纠正/删除.
到mRNA--miRNA里, 我觉得也是highly regulated, 只不过我们不了解罢了.
纯粹是感觉.

了）
这种

【在 s******s 的大作中提到】

: 没做过miRNA，瞎说两句。
: 感觉其实这玩意儿就是一大堆mRNA和一大堆miRNA混在一起，除了少部分（也许我错了）
: mRNA被target去某些特别的地方，其他的就是random混杂。考虑到miRNA允许错配，这种
: 调节过程其实是一个基因被N个miRNA调控，N个基因被同一miRNA调控的复杂网络，很多
: 调控并不一定有生物学的意义，只是off target, 再说还有epigenetics的effect
:
: 关.
: candidate

c*r2011-06-22 07:06

31 楼

听说清华EE和中科大物理的学生还会申请
清华cs可能过去10年里都没申过

【在 a***9 的大作中提到】

: RPI在美国的名声是挺不错的,老牌理工学校，但好象在国内的名气要弱一些，不知道招
: 中国学生的情况如何.

s*r2011-06-22 07:06

32 楼

我也有些不同的感觉，
生命都是well buffered，能够tolerate很多不同的内外条件，
所以调控是存在的，但是不是非常精确可控的。

我跟你的"感觉"正好相反. 我觉得细胞里一切过程都是highly regulated, 很少有
random的过程, 错误的过程也会被纠正/删除.
到mRNA--miRNA里, 我觉得也是highly regulated, 只不过我们不了解罢了.
纯粹是感觉.
了）
这种

【在 h********n 的大作中提到】

: 我跟你的"感觉"正好相反. 我觉得细胞里一切过程都是highly regulated, 很少有
: random的过程, 错误的过程也会被纠正/删除.
: 到mRNA--miRNA里, 我觉得也是highly regulated, 只不过我们不了解罢了.
: 纯粹是感觉.
:
: 了）
: 这种

T*n2011-06-22 07:06

33 楼

谢谢，大受教宜。我的目标基因正是非常specific的表达在一个特定lineage
的特定发育阶段，其表达在RNA水平上受到调控，这也正是我猜测可能有microRNA
参与其中的原因。接下来准备去找找这个组织的miRNA profiling数据，还有
用你给的网站predict几个miRNA试试看。

关.
candidate

【在 h********n 的大作中提到】

: 做个几年miRNA的工作, 现在不做, 说说我的看法吧.
: 你的第一个问题,"是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调
: 控", 我觉得这个问题一一不大. 多数基因都会或多或少的受到miRNA的调控, 但是这
: 一个调控不是universal的, 而是tissue specific, 或者说跟某个生理/病理过程相关.
: 比如某个基因在肺上皮细胞受miR-X调节, 而在大肠上皮里主要受miR-Y调节.
: 另一个问题是尺度的问题. 对某个基因来说, 如果确定在某种细胞里受miR-X调节, 这
: 个量有多大, 是微调还是大尺度调节. 这个问题可能是现在miRNA领域很多人都认识到
: 却不愿意面对的.
: 你的第二个问题, 用那些网上软件去预测, 比如TargetScan, 可以得到一大堆
: candidate. 同时再看看这些miRNA在这个组织或者疾病的profile, 挑出一些candidate

T*n2011-06-22 07:06

34 楼

good idea. 不过在primary cell里面做knock down有点难度，tissue-specific
的Dicer KO细胞系已经有人做了，或许我可以找他们要点细胞试试看。

3'
few

【在 s*******n 的大作中提到】

: First question is relatively easy. You can knock down Dicer to see it has
: any effect on your genes. For 2nd question, you can look at which part of 3'
: utr is conserved, and use target-scan to narrow down and test one by one.
: another way i'm thinking of, but haven't seen anybody done it.Darnell a few
: years ago had a nature paper using an IP method to pull down the Ago/mRNA/
: miRNA complex. In theory, one can adopt this method and to determine which
: miRNA associate with the target mRNA. Just my 2 cents.

h*n2011-06-22 07:06

35 楼

过去觉得miRNA以translational suppression为主, 现在觉得miRNA induced mRNA
degradation也很重要.

【在 T*****n 的大作中提到】

: 谢谢，大受教宜。我的目标基因正是非常specific的表达在一个特定lineage
: 的特定发育阶段，其表达在RNA水平上受到调控，这也正是我猜测可能有microRNA
: 参与其中的原因。接下来准备去找找这个组织的miRNA profiling数据，还有
: 用你给的网站predict几个miRNA试试看。
:
: 关.
: candidate

n*72011-06-22 07:06

36 楼

3utr软件预测+negative correlation 可以大致筛选出可能作用的miRNA

j*x2011-06-22 07:06

37 楼

不仅仅是“也很重要”，实际上是主要的作用方式，translational suppression反而
是次要的方式

【在 h********n 的大作中提到】

: 过去觉得miRNA以translational suppression为主, 现在觉得miRNA induced mRNA
: degradation也很重要.

h*n2011-06-22 07:06

38 楼

我也觉得是主要的方式, 但还有很多人不同意. 所以我的statement比较保守.
当时我们的miRNA文章里面关于target gene部分基本都是realtime PCR解决问题.

【在 j****x 的大作中提到】

: 不仅仅是“也很重要”，实际上是主要的作用方式，translational suppression反而
: 是次要的方式

j*x2011-06-22 07:06

39 楼

一开始是有很多人不认同，可能还是受最初miRNA发现时的第一印象的影响比较深吧。
后来几组genome wide analysis出来之后，现在基本都认同了。对做实验的人而言，绝
对是好事情，qPCR省多少事情啊，呵呵

【在 h********n 的大作中提到】

: 我也觉得是主要的方式, 但还有很多人不同意. 所以我的statement比较保守.
: 当时我们的miRNA文章里面关于target gene部分基本都是realtime PCR解决问题.

C*S2011-06-22 07:06

40 楼

为什么miRNA没有siRNA那样基因特异？

关.
candidate

【在 h********n 的大作中提到】

: 做个几年miRNA的工作, 现在不做, 说说我的看法吧.
: 你的第一个问题,"是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调
: 控", 我觉得这个问题一一不大. 多数基因都会或多或少的受到miRNA的调控, 但是这
: 一个调控不是universal的, 而是tissue specific, 或者说跟某个生理/病理过程相关.
: 比如某个基因在肺上皮细胞受miR-X调节, 而在大肠上皮里主要受miR-Y调节.
: 另一个问题是尺度的问题. 对某个基因来说, 如果确定在某种细胞里受miR-X调节, 这
: 个量有多大, 是微调还是大尺度调节. 这个问题可能是现在miRNA领域很多人都认识到
: 却不愿意面对的.
: 你的第二个问题, 用那些网上软件去预测, 比如TargetScan, 可以得到一大堆
: candidate. 同时再看看这些miRNA在这个组织或者疾病的profile, 挑出一些candidate

h*n2011-06-22 07:06

41 楼

可以这样考虑, 如果想siRNA那样, 那可能需要几千或者上万个miRNA.
每个miRNA都可以有多个target, 在不同的时候不同细胞选一些调节, 挺有效率的系统.

【在 C**S 的大作中提到】

: 为什么miRNA没有siRNA那样基因特异？
:
: 关.
: candidate