管窥国内的基因组学研究能力 (ZT) - 未名空间MITBBS历史存档

管窥国内的基因组学研究能力 (ZT)# Biology - 生物学

z*32010-12-10 08:12

1 楼

转帖还是做bioinformatics比较爽啊！
我只是技术人员，科学创新思想什么的不咋地。不过好歹算是搞这行的，而且做数据分
析的，什么都得了解一点。
感觉生命科学可能是国内与国外差距最小的基础科学研究领域。在我们实验室，从来都
是看人家最前沿的东西，然后想我们在往前走一步可以做些什么。我们所的水平在中科
院大概只算中流而已，我相信中科院其它生物口的研究所的众实验室，水平不大可能低
于我们，很有可能比我们强。也就是说，大家都在国际前沿里面泡着。
华大基因是非常有趣的地方，他们有128台solid，测序通量世界第一。上半年和欧洲合
作测人的肠道微生物元基因组（欧洲人出钱，华大干活），一个人的样品的数据总量就
几乎超过以前世界上元基因组的数据总量之和。一共128个人的样品。
啊，对了，再加上七十多个中国人样品，他们后来自己搞的。
当然，华大也有些问题，比如据说留不住人，有些本事的就都又跑了。再比如分析力量
似乎不足，数据出来了，分析不能完全搞定（他们自己说的，不过我看不出来。他们反
正比我们所强。他们招了差不多一千人做生物信息，它喵的太壮观了）。
不过我感觉他们的人事机制很灵活，人员招进来之后，在里面可以各部门任意转：你能
搞研发就搞研发，能跑流程就跑流程，能干行政就干行政。
现在华大好像在搞XXXX种细菌的全基因组，xxx个人的全基因组。世界上现有的数据？
细菌全基因组一千多株，人的几个来着？我忘了……
最后，与其担心美国在转基因食品里塞几根阴毛，不如担心F22猎杀我们的预警机、登
陆场，战斧俄亥俄切我们的港口。比起基因武器，这些常规的看起来比较现实，易于操
作，可控，而且挺难对付。

K*e2010-12-10 08:12

2 楼

版上有一种不好的倾向，一提华大就吐槽。说人家的工作简单，就是机器。喵了个咪的。华大其实还是可以的。华大不只是
机器这么简单的，还有管理合作研究方向的选择，还有很多很多方面。眼高手低是wsn和千老的一个特征。
连我老板这样的大牛都知道华大。一次meeting，他问我知道jun wang不，我没听懂他错误的发音，说不知道，他说啊，
你是中国来的，连jun wang都不知道？他在BGI，做测序。我说，哦，知道。老板说BGI是中国本土的一流研究机构，他听
过jun wang的报告，非常“impressive”。

z*32010-12-10 08:12

3 楼

科普一下，华大做了些啥impressive的东西吧

K*e2010-12-10 08:12

4 楼

我老板是大牛，他的评价总比版上吐槽的wsn和千老可信吧

【在 z******3 的大作中提到】

: 科普一下，华大做了些啥impressive的东西吧

y*i2010-12-10 08:12

5 楼

I did a Google about Jun Wang
Jun Wang is the Executive Director of the BGI (previously known as the
Beijing Genomics Institute). He was instrumental in the 1999 founding and
the growth of the BGI Bioinformatics Department, which is now widely
recognized as one of world’s premier research facilities committed to
excellence in genome sciences.
Dr. Wang also holds a position as an Ole Rmer professor at the University of
Copenhagen. He has authored 100+ peer-reviewed original papers – of which
26 are published in Nature (including Nature series), and Science. Among
those 26, WJ is the first author or corresponding author for 19 of them. He
has been recognized with an award from His Royal Highness Prince Foundation
in Denmark, an Outstanding Science and Technology Achievement from the
Chinese Academy of Sciences, Top 10 Scientific Achievements in China, and
the prize for Important Innovation and Contribution from the Chinese Academy
of Sciences. His research focuses on genomics and related bioinformatics
analysis of common diseases and agricultural crops, with the goal of
developing applications using this genomic information.

【在 z******3 的大作中提到】

: 科普一下，华大做了些啥impressive的东西吧

c*r2010-12-10 08:12

6 楼

我听过jun wang的报告，确实不错，英语也非常流利。
1000人做生物信息？？？

a*e2010-12-10 08:12

7 楼

BGI 有 3500 人， 1500 人做 bioinfo. 每年工资上亿。
生物学的未来在中国，弟兄们，给我上。：）

p*n2010-12-10 08:12

8 楼

一个人的样品的数据总量就几乎超过以前世界上元基因组的数据总量之和
Are you kidding me? Even for human genome, at the end of last year, we have
at least dozen of. With all other species considered, it's just plain
false.
Running those 128 machine is not cheap. running those analysis is not cheap
either.

b*r2010-12-10 08:12

9 楼

我也觉得中国的情况体挺适合做基因组的
当然，我没觉得华大有那么牛，关键是他在国内把钱给垄断了一大块
要是美国哪个institute有华大那个经济实力，我觉得多半产量质量恐怕会更高
毕竟全基因组测序方法还是非常成熟的，而且基本上是hypothesis free的project，无
非就是把没有测过的基因组拿来一测，软件一拼，就看谁快。我认为基本上属于工程，跟高铁有点像，非常适合山寨国大搞。
王俊本人还是很牛的，今年才34，很佩服

O*e2010-12-10 08:12

10 楼

你啊你啊，我尚方宝剑都发给你一年多了，你还是怕狼怕虎地不敢去。

【在 a***e 的大作中提到】

: BGI 有 3500 人， 1500 人做 bioinfo. 每年工资上亿。
: 生物学的未来在中国，弟兄们，给我上。：）

j*i2010-12-10 08:12

11 楼

上过王俊的课，第一课就跟我们讲笑傲江湖和独孤九剑，说连练剑的最高境界就是最后
什么招式都不记得了，上他的课也一样，最后要什么都不记得。他的考试很简单，开放
式的问题，不为难学生，考试前还叮嘱：你们千万不要空着题目，不然想给你加分都加
不了。他很年轻就当上了研究员，土博。没有听过他的英文报告，如果他说的很流利的
话，那真是不简单。
BGI是少数国外同行都都知道的中国研究所之一。我所在丹麦的系，几乎没有人不知到
BGI和深圳的。

e*t2010-12-10 08:12

12 楼

俺们这里，老美都很疑惑，他们觉得中国的生物科技研究已经很nb了，为什么还是有那
么多学生想过来，在自己国家工作不是很好吗？
我告诉他，GBI有1000个做bioinfo的，我的编程能力比其中一半人要好是非常非常难的
。。。。

【在 j******i 的大作中提到】

: 上过王俊的课，第一课就跟我们讲笑傲江湖和独孤九剑，说连练剑的最高境界就是最后
: 什么招式都不记得了，上他的课也一样，最后要什么都不记得。他的考试很简单，开放
: 式的问题，不为难学生，考试前还叮嘱：你们千万不要空着题目，不然想给你加分都加
: 不了。他很年轻就当上了研究员，土博。没有听过他的英文报告，如果他说的很流利的
: 话，那真是不简单。
: BGI是少数国外同行都都知道的中国研究所之一。我所在丹麦的系，几乎没有人不知到
: BGI和深圳的。

b*l2010-12-10 08:12

13 楼

bioinfo 与编程能力关系不大。。。跟数学思想以及生物/临床背景关系最大。
要是以后能开个摊子搞 bioinfo，一定要求学生 wet/dry lab 都必须做，自己分析自己
的数据，做完 model 后自己 validate。现在挺大的一个问题是，做 modeling 的人，
脑子中没有 bio question；做实验的，又常缺乏数学思想。

最后
开放
都加
利的
知到

【在 e*****t 的大作中提到】

: 俺们这里，老美都很疑惑，他们觉得中国的生物科技研究已经很nb了，为什么还是有那
: 么多学生想过来，在自己国家工作不是很好吗？
: 我告诉他，GBI有1000个做bioinfo的，我的编程能力比其中一半人要好是非常非常难的
: 。。。。

o*r2010-12-10 08:12

14 楼

这么搞会死人的，现在绝大多数生物model还在自娱自乐阶段，如果要validate才行，
估计学生十年都难毕业

自己

【在 b*****l 的大作中提到】

: bioinfo 与编程能力关系不大。。。跟数学思想以及生物/临床背景关系最大。
: 要是以后能开个摊子搞 bioinfo，一定要求学生 wet/dry lab 都必须做，自己分析自己
: 的数据，做完 model 后自己 validate。现在挺大的一个问题是，做 modeling 的人，
: 脑子中没有 bio question；做实验的，又常缺乏数学思想。
:
: 最后
: 开放
: 都加
: 利的
: 知到

l*m2010-12-10 08:12

15 楼

bioinformatics 难道值得就是测序？？恐怕是国外人聪明吧。中国你拿大把的钱去测
吧，国外的就说数据库公开吧，他们就开始数据挖掘了。国内数据挖掘能力弱吧，不清
楚~~。
真要看bioinformatics的水平还是要看谁从中发现有用的东西，而不是xxx基因组被测
完了，然后公开。这是浪费纳税人的钱。

c*r2010-12-10 08:12

16 楼

一直想把Modelling和发育联系起来，比如说morphogen和胚胎发育的关系。好像也有很
多这方面的文章，可惜没多看过。。。什么时候能不但能通过实验来验证模型，还能通
过模型来推测、预测生物过程就好了。

自己

【在 b*****l 的大作中提到】

: bioinfo 与编程能力关系不大。。。跟数学思想以及生物/临床背景关系最大。
: 要是以后能开个摊子搞 bioinfo，一定要求学生 wet/dry lab 都必须做，自己分析自己
: 的数据，做完 model 后自己 validate。现在挺大的一个问题是，做 modeling 的人，
: 脑子中没有 bio question；做实验的，又常缺乏数学思想。
:
: 最后
: 开放
: 都加
: 利的
: 知到

n*72010-12-10 08:12

17 楼

似乎不是土博？
上次我们这里开会，他坐我前面，英语超流利，可以跟华莱士谈笑风生的那种

【在 j******i 的大作中提到】

: 上过王俊的课，第一课就跟我们讲笑傲江湖和独孤九剑，说连练剑的最高境界就是最后
: 什么招式都不记得了，上他的课也一样，最后要什么都不记得。他的考试很简单，开放
: 式的问题，不为难学生，考试前还叮嘱：你们千万不要空着题目，不然想给你加分都加
: 不了。他很年轻就当上了研究员，土博。没有听过他的英文报告，如果他说的很流利的
: 话，那真是不简单。
: BGI是少数国外同行都都知道的中国研究所之一。我所在丹麦的系，几乎没有人不知到
: BGI和深圳的。

n*72010-12-10 08:12

18 楼

除了几个当家的，其他一众小喽罗就几k的工资（master 4k好像），能不跑路吗？

【在 e*****t 的大作中提到】

: 俺们这里，老美都很疑惑，他们觉得中国的生物科技研究已经很nb了，为什么还是有那
: 么多学生想过来，在自己国家工作不是很好吗？
: 我告诉他，GBI有1000个做bioinfo的，我的编程能力比其中一半人要好是非常非常难的
: 。。。。

n*72010-12-10 08:12

19 楼

你以为自己是george church阿？
开个玩笑
我以前也想，我要是既能做实验，又能坐分析，就牛大了。但是后来还是放弃了。毕竟
精力有限，要专精一个方面。现在都
是team work了，全部一个人搞很可能啥都搞不好

自己

【在 b*****l 的大作中提到】

: bioinfo 与编程能力关系不大。。。跟数学思想以及生物/临床背景关系最大。
: 要是以后能开个摊子搞 bioinfo，一定要求学生 wet/dry lab 都必须做，自己分析自己
: 的数据，做完 model 后自己 validate。现在挺大的一个问题是，做 modeling 的人，
: 脑子中没有 bio question；做实验的，又常缺乏数学思想。
:
: 最后
: 开放
: 都加
: 利的
: 知到

M*92010-12-10 08:12

20 楼

搞笑吧。。。

自己

【在 b*****l 的大作中提到】

: bioinfo 与编程能力关系不大。。。跟数学思想以及生物/临床背景关系最大。
: 要是以后能开个摊子搞 bioinfo，一定要求学生 wet/dry lab 都必须做，自己分析自己
: 的数据，做完 model 后自己 validate。现在挺大的一个问题是，做 modeling 的人，
: 脑子中没有 bio question；做实验的，又常缺乏数学思想。
:
: 最后
: 开放
: 都加
: 利的
: 知到

O*e2010-12-10 08:12

21 楼

我觉得bioinfo应该成为大家日常研究的工具之一，就象是分子生物学。单独的分生是
没搞头了，但没有它，很多研究都玩不转。

自己

【在 b*****l 的大作中提到】

: bioinfo 与编程能力关系不大。。。跟数学思想以及生物/临床背景关系最大。
: 要是以后能开个摊子搞 bioinfo，一定要求学生 wet/dry lab 都必须做，自己分析自己
: 的数据，做完 model 后自己 validate。现在挺大的一个问题是，做 modeling 的人，
: 脑子中没有 bio question；做实验的，又常缺乏数学思想。
:
: 最后
: 开放
: 都加
: 利的
: 知到

L*a2010-12-10 08:12

22 楼

是土博。北大本科及phd。没有postdoc过。
英语的确非常好。比很多有海外经历的人都要好很多。

【在 n******7 的大作中提到】

: 似乎不是土博？
: 上次我们这里开会，他坐我前面，英语超流利，可以跟华莱士谈笑风生的那种

L*a2010-12-10 08:12

23 楼

对的。而且这个东西上手并不难，很多时候只是一种畏惧心理或者害怕learning curve
。因为这个学科涉及面比较杂，有些
算法／工具初看又很花哨，如果完全没有基础的新入行，最开始缺乏足够的判断力和抽
丝剥茧的能力，容易被吓到。
有个人带一下或者take一个短期课程会更容易起步些，少走些弯路。

【在 O******e 的大作中提到】

: 我觉得bioinfo应该成为大家日常研究的工具之一，就象是分子生物学。单独的分生是
: 没搞头了，但没有它，很多研究都玩不转。
:
: 自己

z*t2010-12-10 08:12

24 楼

俺也是这么想的，现在这么多genomic的data和tool，不会去用是很大的损失。而且找
bioinfo的人时，经常是很费事才能把事情讲明白，拿到的结果还不一定是按你的思路
分析的。。。不过还是有一个方面的侧重比较好，我rotation的老板就说你掌握基本的
programing就可以了，这样你就能省很多时间，至于再复杂的programing就交给
bioinfo专业的人做就好了

自己

【在 b*****l 的大作中提到】

: bioinfo 与编程能力关系不大。。。跟数学思想以及生物/临床背景关系最大。
: 要是以后能开个摊子搞 bioinfo，一定要求学生 wet/dry lab 都必须做，自己分析自己
: 的数据，做完 model 后自己 validate。现在挺大的一个问题是，做 modeling 的人，
: 脑子中没有 bio question；做实验的，又常缺乏数学思想。
:
: 最后
: 开放
: 都加
: 利的
: 知到

T*i2010-12-10 08:12

25 楼

wsn包括千老：D
No offense, 本人也是。不是说他们做的简单，只是觉得华大更象工厂，能产生很多
data, 不象能产生原创性成果的样子。

的。华大其实还是可以的。华大不只
是
wsn和千老的一个特征。
他错误的发音，说不知道，他说啊，
BGI是中国本土的一流研究机构，他
听

【在 K**********e 的大作中提到】

: 版上有一种不好的倾向，一提华大就吐槽。说人家的工作简单，就是机器。喵了个咪的。华大其实还是可以的。华大不只是
: 机器这么简单的，还有管理合作研究方向的选择，还有很多很多方面。眼高手低是wsn和千老的一个特征。
: 连我老板这样的大牛都知道华大。一次meeting，他问我知道jun wang不，我没听懂他错误的发音，说不知道，他说啊，
: 你是中国来的，连jun wang都不知道？他在BGI，做测序。我说，哦，知道。老板说BGI是中国本土的一流研究机构，他听
: 过jun wang的报告，非常“impressive”。

l*n2010-12-10 08:12

26 楼

中国特色。什么都喜欢搞大。搞成世界第一。

【在 T****i 的大作中提到】

: wsn包括千老：D
: No offense, 本人也是。不是说他们做的简单，只是觉得华大更象工厂，能产生很多
: data, 不象能产生原创性成果的样子。
:
: 的。华大其实还是可以的。华大不只
: 是
: wsn和千老的一个特征。
: 他错误的发音，说不知道，他说啊，
: BGI是中国本土的一流研究机构，他
: 听

y*p2010-12-10 08:12

27 楼

你从王研究员那儿学到了很多吧？

【在 j******i 的大作中提到】

: 上过王俊的课，第一课就跟我们讲笑傲江湖和独孤九剑，说连练剑的最高境界就是最后
: 什么招式都不记得了，上他的课也一样，最后要什么都不记得。他的考试很简单，开放
: 式的问题，不为难学生，考试前还叮嘱：你们千万不要空着题目，不然想给你加分都加
: 不了。他很年轻就当上了研究员，土博。没有听过他的英文报告，如果他说的很流利的
: 话，那真是不简单。
: BGI是少数国外同行都都知道的中国研究所之一。我所在丹麦的系，几乎没有人不知到
: BGI和深圳的。

h*a2010-12-10 08:12

28 楼

科学上要创造业绩，关键是创造知识和解决问题，和世界第一没什么关系吧。不过科
学界好大喜功的人还是不少，不光是国内，国际上，老美这里，都有

【在 l**********n 的大作中提到】

: 中国特色。什么都喜欢搞大。搞成世界第一。

z*32010-12-10 08:12

29 楼

高通量测序对生物学的影响不可限量。怎么能说是面子工程。

【在 h*****a 的大作中提到】

: 科学上要创造业绩，关键是创造知识和解决问题，和世界第一没什么关系吧。不过科
: 学界好大喜功的人还是不少，不光是国内，国际上，老美这里，都有

h*a2010-12-10 08:12

30 楼

搞高通量测序，和争世界第一，完全可以是两个不同的事情，没必要混为一谈吧。

【在 z******3 的大作中提到】

: 高通量测序对生物学的影响不可限量。怎么能说是面子工程。