knockout 老鼠里完全没有targeted gene表达吗？# Biology - 生物学
s*y
1 楼
准备去chase开个户，谁能给个有用的coupon code?
给个能用的，网上的那些code都不能用了。mail到家的才能用。
请发站内，送包子。
给个能用的，网上的那些code都不能用了。mail到家的才能用。
请发站内，送包子。
t*u
2 楼
【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
发信人: tingtingliu (Grand Cherokee Overland), 信区: JobHunting
标 题: 老板要换组，估计还有几个星期，突然跟我谈涨base，什么意思？
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 11 20:24:40 2016, 美东)
从部门a跳到部门b
现在正在干的活是老板揽的 介于a b之间的活
几个星期前暗示要跳了，我没说什么 按部就班的干活
今天突然meeting说要涨base 奇了怪了
理论上base review都是和performance review一块的
发信人: tingtingliu (Grand Cherokee Overland), 信区: JobHunting
标 题: 老板要换组，估计还有几个星期，突然跟我谈涨base，什么意思？
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 11 20:24:40 2016, 美东)
从部门a跳到部门b
现在正在干的活是老板揽的 介于a b之间的活
几个星期前暗示要跳了，我没说什么 按部就班的干活
今天突然meeting说要涨base 奇了怪了
理论上base review都是和performance review一块的
B*g
3 楼
屠夫和八胖
t*a
4 楼
最近问其他实验时要了一个knockout 老鼠（null mouse）. 用real time PCR 检测了
一下targeted gene mRNA level, 发现还有大约20% 的wildtype水平。 请问这正常么
？有其他已发表的例子吗？
一下targeted gene mRNA level, 发现还有大约20% 的wildtype水平。 请问这正常么
？有其他已发表的例子吗？
C*U
5 楼
https://www.chase.com/ccp/index.jsp?pg_name=ccpmapp/shared/marketing/page/
154477_get_totalchecking&ID=0000012128&MSC=IQ30312111
154477_get_totalchecking&ID=0000012128&MSC=IQ30312111
M*s
6 楼
唉，一辈子当兵拉车的料
【在 t*********u 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
: 发信人: tingtingliu (Grand Cherokee Overland), 信区: JobHunting
: 标 题: 老板要换组，估计还有几个星期，突然跟我谈涨base，什么意思？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 11 20:24:40 2016, 美东)
: 从部门a跳到部门b
: 现在正在干的活是老板揽的 介于a b之间的活
: 几个星期前暗示要跳了，我没说什么 按部就班的干活
: 今天突然meeting说要涨base 奇了怪了
: 理论上base review都是和performance review一块的
【在 t*********u 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 JobHunting 讨论区 】
: 发信人: tingtingliu (Grand Cherokee Overland), 信区: JobHunting
: 标 题: 老板要换组，估计还有几个星期，突然跟我谈涨base，什么意思？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 11 20:24:40 2016, 美东)
: 从部门a跳到部门b
: 现在正在干的活是老板揽的 介于a b之间的活
: 几个星期前暗示要跳了，我没说什么 按部就班的干活
: 今天突然meeting说要涨base 奇了怪了
: 理论上base review都是和performance review一块的
p*e
7 楼
发生啥事情？现在经常用马甲登录，miss 了很多东西嘛
s*s
8 楼
没做过老鼠。是不是只knockout了function，比如一个exon啥的，你测了其他的了
【在 t**a 的大作中提到】
: 最近问其他实验时要了一个knockout 老鼠（null mouse）. 用real time PCR 检测了
: 一下targeted gene mRNA level, 发现还有大约20% 的wildtype水平。 请问这正常么
: ？有其他已发表的例子吗？
【在 t**a 的大作中提到】
: 最近问其他实验时要了一个knockout 老鼠（null mouse）. 用real time PCR 检测了
: 一下targeted gene mRNA level, 发现还有大约20% 的wildtype水平。 请问这正常么
: ？有其他已发表的例子吗？
s*y
9 楼
说code暂时不能用。有人能用吗？
【在 C*****U 的大作中提到】
: https://www.chase.com/ccp/index.jsp?pg_name=ccpmapp/shared/marketing/page/
: 154477_get_totalchecking&ID=0000012128&MSC=IQ30312111
【在 C*****U 的大作中提到】
: https://www.chase.com/ccp/index.jsp?pg_name=ccpmapp/shared/marketing/page/
: 154477_get_totalchecking&ID=0000012128&MSC=IQ30312111
t*u
10 楼
不好意思
老板走人跟我干他也是有一定关系的
比键盘侠强多了
当然你在这也是激昂文字
【在 M********s 的大作中提到】
: 唉，一辈子当兵拉车的料
老板走人跟我干他也是有一定关系的
比键盘侠强多了
当然你在这也是激昂文字
【在 M********s 的大作中提到】
: 唉，一辈子当兵拉车的料
B*g
11 楼
传说中的咸带鱼
【在 p***e 的大作中提到】
: 发生啥事情？现在经常用马甲登录，miss 了很多东西嘛
【在 p***e 的大作中提到】
: 发生啥事情？现在经常用马甲登录，miss 了很多东西嘛
D*a
12 楼
ko完全不影响mRna表达 只是造成rna不能翻译成需要的蛋白 有时候既然没有蛋白反而
有可能promoter被上调
做wb吧 或者IHC 或者跟reporter mice杂交来证明是你们需要的ko
有可能promoter被上调
做wb吧 或者IHC 或者跟reporter mice杂交来证明是你们需要的ko
l*0
13 楼
我有一个，你还需要吗？
可以站内发信。
【在 s***y 的大作中提到】
: 准备去chase开个户，谁能给个有用的coupon code?
: 给个能用的，网上的那些code都不能用了。mail到家的才能用。
: 请发站内，送包子。
可以站内发信。
【在 s***y 的大作中提到】
: 准备去chase开个户，谁能给个有用的coupon code?
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M*s
14 楼
你没有认识到你的“价值”，有点良心的给你涨工资让你好好儿干，没点良心的让你干
再派个亲信跟你学，注意：“价值”是有有效期的，在保值期中你应该要涨名份涨工资
。。。这是最基本的，不然你就是傻子，这年头儿。。。
【在 t*********u 的大作中提到】
: 不好意思
: 老板走人跟我干他也是有一定关系的
: 比键盘侠强多了
: 当然你在这也是激昂文字
再派个亲信跟你学，注意：“价值”是有有效期的，在保值期中你应该要涨名份涨工资
。。。这是最基本的，不然你就是傻子，这年头儿。。。
【在 t*********u 的大作中提到】
: 不好意思
: 老板走人跟我干他也是有一定关系的
: 比键盘侠强多了
: 当然你在这也是激昂文字
m*t
15 楼
re
f*n
16 楼
KNOCKOUT老鼠有几种类型阿？
都是可以表达ＲＮＡ，不能翻译蛋白吗？
【在 D*a 的大作中提到】
: ko完全不影响mRna表达 只是造成rna不能翻译成需要的蛋白 有时候既然没有蛋白反而
: 有可能promoter被上调
: 做wb吧 或者IHC 或者跟reporter mice杂交来证明是你们需要的ko
都是可以表达ＲＮＡ，不能翻译蛋白吗？
【在 D*a 的大作中提到】
: ko完全不影响mRna表达 只是造成rna不能翻译成需要的蛋白 有时候既然没有蛋白反而
: 有可能promoter被上调
: 做wb吧 或者IHC 或者跟reporter mice杂交来证明是你们需要的ko
t*u
17 楼
暂时所谓的亲信还没有能力学 这也是我能干老板的基础
现在这个涨工资还没有拿到手 我不知道是不是迷魂药
但是这个老板要走的时机谈涨工资不是有点蹊跷么？
【在 M********s 的大作中提到】
: 你没有认识到你的“价值”，有点良心的给你涨工资让你好好儿干，没点良心的让你干
: 再派个亲信跟你学，注意：“价值”是有有效期的，在保值期中你应该要涨名份涨工资
: 。。。这是最基本的，不然你就是傻子，这年头儿。。。
现在这个涨工资还没有拿到手 我不知道是不是迷魂药
但是这个老板要走的时机谈涨工资不是有点蹊跷么？
【在 M********s 的大作中提到】
: 你没有认识到你的“价值”，有点良心的给你涨工资让你好好儿干，没点良心的让你干
: 再派个亲信跟你学，注意：“价值”是有有效期的，在保值期中你应该要涨名份涨工资
: 。。。这是最基本的，不然你就是傻子，这年头儿。。。
z*o
18 楼
总是碰上此贴不可回复，是什么意思？
D*a
19 楼
如果没有ko promoter就不会影响rna阿
【在 f********n 的大作中提到】
: KNOCKOUT老鼠有几种类型阿？
: 都是可以表达ＲＮＡ，不能翻译蛋白吗？
【在 f********n 的大作中提到】
: KNOCKOUT老鼠有几种类型阿？
: 都是可以表达ＲＮＡ，不能翻译蛋白吗？
M*s
20 楼
总原则：多留点儿心眼，什么都可以讨价还价，把该干的活儿干好喽，玩儿的就是心跳
。。。再加一点，有机会拉咱中国人的势力，虽然老中普遍缺眼力价儿，但绝比其他种
族人士靠谱儿
【在 t*********u 的大作中提到】
: 暂时所谓的亲信还没有能力学 这也是我能干老板的基础
: 现在这个涨工资还没有拿到手 我不知道是不是迷魂药
: 但是这个老板要走的时机谈涨工资不是有点蹊跷么？
。。。再加一点，有机会拉咱中国人的势力，虽然老中普遍缺眼力价儿，但绝比其他种
族人士靠谱儿
【在 t*********u 的大作中提到】
: 暂时所谓的亲信还没有能力学 这也是我能干老板的基础
: 现在这个涨工资还没有拿到手 我不知道是不是迷魂药
: 但是这个老板要走的时机谈涨工资不是有点蹊跷么？
B*g
21 楼
下次请早
【在 z********o 的大作中提到】
: 总是碰上此贴不可回复，是什么意思？
【在 z********o 的大作中提到】
: 总是碰上此贴不可回复，是什么意思？
T*n
22 楼
1. 确定是Δ/Δ而非fl/fl?
2. Target gene只有某个exon/UTR被deleted, 而你的real time PCR引物pick up了没有
被敲掉的genomic DNA contaminant。检查引物看它们的genome locus是否隔得够远?
【在 t**a 的大作中提到】
: 最近问其他实验时要了一个knockout 老鼠（null mouse）. 用real time PCR 检测了
: 一下targeted gene mRNA level, 发现还有大约20% 的wildtype水平。 请问这正常么
: ？有其他已发表的例子吗？
2. Target gene只有某个exon/UTR被deleted, 而你的real time PCR引物pick up了没有
被敲掉的genomic DNA contaminant。检查引物看它们的genome locus是否隔得够远?
【在 t**a 的大作中提到】
: 最近问其他实验时要了一个knockout 老鼠（null mouse）. 用real time PCR 检测了
: 一下targeted gene mRNA level, 发现还有大约20% 的wildtype水平。 请问这正常么
: ？有其他已发表的例子吗？
t*u
23 楼
我这有利一个心理wf的
我是不准备拉的
【在 M********s 的大作中提到】
: 总原则：多留点儿心眼，什么都可以讨价还价，把该干的活儿干好喽，玩儿的就是心跳
: 。。。再加一点，有机会拉咱中国人的势力，虽然老中普遍缺眼力价儿，但绝比其他种
: 族人士靠谱儿
我是不准备拉的
【在 M********s 的大作中提到】
: 总原则：多留点儿心眼，什么都可以讨价还价，把该干的活儿干好喽，玩儿的就是心跳
: 。。。再加一点，有机会拉咱中国人的势力，虽然老中普遍缺眼力价儿，但绝比其他种
: 族人士靠谱儿
p*e
24 楼
en,我也觉得版大不厚道呵呵
我也经常RE不了，你知道多郁闷嘛。。。。。。。
【在 B*****g 的大作中提到】
: 下次请早
我也经常RE不了，你知道多郁闷嘛。。。。。。。
【在 B*****g 的大作中提到】
: 下次请早
T*n
25 楼
非也。mRNA有稳定性的问题，只敲一个exon或者UTR也可能导致无mRNA转录。
【在 D*a 的大作中提到】
: 如果没有ko promoter就不会影响rna阿
【在 D*a 的大作中提到】
: 如果没有ko promoter就不会影响rna阿
M*s
26 楼
再最后一句：学习倾听，随时吸收，多多感恩
【在 t*********u 的大作中提到】
: 我这有利一个心理wf的
: 我是不准备拉的
【在 t*********u 的大作中提到】
: 我这有利一个心理wf的
: 我是不准备拉的
m*t
27 楼
心情大变啊 。。。
【在 B*****g 的大作中提到】
: 下次请早
【在 B*****g 的大作中提到】
: 下次请早
O*e
28 楼
你是说不影响转录吧。不过后期的剪切及degradation变化的可能性很大。
【在 D*a 的大作中提到】
: ko完全不影响mRna表达 只是造成rna不能翻译成需要的蛋白 有时候既然没有蛋白反而
: 有可能promoter被上调
: 做wb吧 或者IHC 或者跟reporter mice杂交来证明是你们需要的ko
【在 D*a 的大作中提到】
: ko完全不影响mRna表达 只是造成rna不能翻译成需要的蛋白 有时候既然没有蛋白反而
: 有可能promoter被上调
: 做wb吧 或者IHC 或者跟reporter mice杂交来证明是你们需要的ko
a*a
29 楼
板斧发安慰ead
【在 p***e 的大作中提到】
: en,我也觉得版大不厚道呵呵
: 我也经常RE不了，你知道多郁闷嘛。。。。。。。
【在 p***e 的大作中提到】
: en,我也觉得版大不厚道呵呵
: 我也经常RE不了，你知道多郁闷嘛。。。。。。。
D*a
30 楼
嗯，我的意思是不影响转录
【在 O******e 的大作中提到】
: 你是说不影响转录吧。不过后期的剪切及degradation变化的可能性很大。
【在 O******e 的大作中提到】
: 你是说不影响转录吧。不过后期的剪切及degradation变化的可能性很大。
a*x
31 楼
关俺屁事！
【在 B*****g 的大作中提到】
: 屠夫和八胖
【在 B*****g 的大作中提到】
: 屠夫和八胖
D*a
32 楼
转录出来不稳定也可以转录的吧？
【在 T*****n 的大作中提到】
: 非也。mRNA有稳定性的问题，只敲一个exon或者UTR也可能导致无mRNA转录。
【在 T*****n 的大作中提到】
: 非也。mRNA有稳定性的问题，只敲一个exon或者UTR也可能导致无mRNA转录。
D*D
33 楼
????
Z*g
34 楼
至少一条RT-PCR引物必须设计在被敲掉的区域内.否则能检测到mRNA很正常啊.
m*n
35 楼
re这位童鞋。
你的primer要在敲掉区域。。。而且PROTEIN LEVEL要做个western啊。。。
【在 Z**********g 的大作中提到】
: 至少一条RT-PCR引物必须设计在被敲掉的区域内.否则能检测到mRNA很正常啊.
你的primer要在敲掉区域。。。而且PROTEIN LEVEL要做个western啊。。。
【在 Z**********g 的大作中提到】
: 至少一条RT-PCR引物必须设计在被敲掉的区域内.否则能检测到mRNA很正常啊.
T*n
36 楼
其实也要视实际情况。比如knock out target gene的一个exon by introducing
frameshift and stop codon (对于很多很大的基因来说，这样做很常见），如果
RT－PCR的一条引物在敲掉区域，肯定是检测不到mRNA的；但实际上target
gene有可能表达为truncated/mutated form，这样子的话RT-PCR就会出错。
这种情况下，RT-PCR引物扩增没有delete的片段更加可靠,它可以明确告诉你target
gene是否有表达为任何形式。
当然，最可靠的手段还是southern和western。
【在 m*********n 的大作中提到】
: re这位童鞋。
: 你的primer要在敲掉区域。。。而且PROTEIN LEVEL要做个western啊。。。
frameshift and stop codon (对于很多很大的基因来说，这样做很常见），如果
RT－PCR的一条引物在敲掉区域，肯定是检测不到mRNA的；但实际上target
gene有可能表达为truncated/mutated form，这样子的话RT-PCR就会出错。
这种情况下，RT-PCR引物扩增没有delete的片段更加可靠,它可以明确告诉你target
gene是否有表达为任何形式。
当然，最可靠的手段还是southern和western。
【在 m*********n 的大作中提到】
: re这位童鞋。
: 你的primer要在敲掉区域。。。而且PROTEIN LEVEL要做个western啊。。。
t*a
37 楼
多谢大家指教！做的western 显示没有蛋白，mRNA也没有genomic DNA contamination.
这样的话是不是就是primer有问题? 那我要多设计几对了。
有没有发表的文章上显示蛋白没有了，但还有少量的RNA?
【在 T*****n 的大作中提到】
: 其实也要视实际情况。比如knock out target gene的一个exon by introducing
: frameshift and stop codon (对于很多很大的基因来说，这样做很常见），如果
: RT－PCR的一条引物在敲掉区域，肯定是检测不到mRNA的；但实际上target
: gene有可能表达为truncated/mutated form，这样子的话RT-PCR就会出错。
: 这种情况下，RT-PCR引物扩增没有delete的片段更加可靠,它可以明确告诉你target
: gene是否有表达为任何形式。
: 当然，最可靠的手段还是southern和western。
这样的话是不是就是primer有问题? 那我要多设计几对了。
有没有发表的文章上显示蛋白没有了，但还有少量的RNA?
【在 T*****n 的大作中提到】
: 其实也要视实际情况。比如knock out target gene的一个exon by introducing
: frameshift and stop codon (对于很多很大的基因来说，这样做很常见），如果
: RT－PCR的一条引物在敲掉区域，肯定是检测不到mRNA的；但实际上target
: gene有可能表达为truncated/mutated form，这样子的话RT-PCR就会出错。
: 这种情况下，RT-PCR引物扩增没有delete的片段更加可靠,它可以明确告诉你target
: gene是否有表达为任何形式。
: 当然，最可靠的手段还是southern和western。
D*a
38 楼
你为啥要执着于rna？genomic dna pcr和western就够了呗，再引用一下那个实验室的
文章。
contamination.
【在 t**a 的大作中提到】
: 多谢大家指教！做的western 显示没有蛋白，mRNA也没有genomic DNA contamination.
: 这样的话是不是就是primer有问题? 那我要多设计几对了。
: 有没有发表的文章上显示蛋白没有了，但还有少量的RNA?
文章。
contamination.
【在 t**a 的大作中提到】
: 多谢大家指教！做的western 显示没有蛋白，mRNA也没有genomic DNA contamination.
: 这样的话是不是就是primer有问题? 那我要多设计几对了。
: 有没有发表的文章上显示蛋白没有了，但还有少量的RNA?
d*i
39 楼
我们KO做出来也是WT的大概20%。WB的结果。
我一开始一直以为KO就是全部没有了。
我一开始一直以为KO就是全部没有了。
t*a
40 楼
不是我执著于RNA，而是reviewer非说有RNA就不算完全knockout。我该如何反驳？有其
它已发表的例子么？
【在 D*a 的大作中提到】
: 你为啥要执着于rna？genomic dna pcr和western就够了呗，再引用一下那个实验室的
: 文章。
:
: contamination.
它已发表的例子么？
【在 D*a 的大作中提到】
: 你为啥要执着于rna？genomic dna pcr和western就够了呗，再引用一下那个实验室的
: 文章。
:
: contamination.
q*g
41 楼
要看你的基因是如何敲掉了。如果gene trap vector, 应该还有mRNA的表达，但无法翻
译整个蛋白。可能你对于基因敲除小鼠的表述不太清楚，reviewer误解了。
译整个蛋白。可能你对于基因敲除小鼠的表述不太清楚，reviewer误解了。
D*a
42 楼
这是他不懂，你就给他解释清楚就好了
【在 t**a 的大作中提到】
: 不是我执著于RNA，而是reviewer非说有RNA就不算完全knockout。我该如何反驳？有其
: 它已发表的例子么？
【在 t**a 的大作中提到】
: 不是我执著于RNA，而是reviewer非说有RNA就不算完全knockout。我该如何反驳？有其
: 它已发表的例子么？
m*5
43 楼
你给个western的图就行了
【在 t**a 的大作中提到】
: 不是我执著于RNA，而是reviewer非说有RNA就不算完全knockout。我该如何反驳？有其
: 它已发表的例子么？
【在 t**a 的大作中提到】
: 不是我执著于RNA，而是reviewer非说有RNA就不算完全knockout。我该如何反驳？有其
: 它已发表的例子么？
C*u
44 楼
这reviewer挺逗的
KO mice可以检测出一定的mRNA level是很有可能的，特别是你设计的primers没有在被
knock out的region。protein level才是最重要的！
如果我是reviewer，只有mRNA的data没有protein的data，我才会提出异议。
【在 t**a 的大作中提到】
: 不是我执著于RNA，而是reviewer非说有RNA就不算完全knockout。我该如何反驳？有其
: 它已发表的例子么？
KO mice可以检测出一定的mRNA level是很有可能的，特别是你设计的primers没有在被
knock out的region。protein level才是最重要的！
如果我是reviewer，只有mRNA的data没有protein的data，我才会提出异议。
【在 t**a 的大作中提到】
: 不是我执著于RNA，而是reviewer非说有RNA就不算完全knockout。我该如何反驳？有其
: 它已发表的例子么？
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