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问个两蛋白相互作用的问题

问个两蛋白相互作用的问题# Biology - 生物学

v*e2011-06-29 07:06

1 楼

父母第二次签证，因为过期不到4年，中信代签。
7月10号，南京的朋友帮忙缴费，用到cgi号码和父母护照扫描件。
7月12号，父母去南京交材料，他们交的材料有护照，照片，DS160确认，和
dropboxconfirmation。此外南京这个点接收所有辅助材料，给签证官的信，和我在这
边的身份证明银行都收了，但不是必需。
7月18号，网上状态显示administrative processing。
7月19号，网上状态显示issued。
7月25号，护照回到南京。
刚刚取到护照，显示签证截止日期是14年7月17号。
感谢版面上网友的信息，帮助很大，尤其是lucan，ying2012，LGZQ。
基本上实际操作阶段完全follow这三个帖子的细节在按部就班地做。
http://www.mitbbs.com/article_t/Reunion/31519421.html
http://www.mitbbs.com/article_t1/Reunion/31520187_0_1.html
http://www.mitbbs.com/article_t/Reunion/31521759.html
整体说来，代签还算方便，唯一就是对小城市来说，来回往省会跑去中信至少两趟似乎
没有特别的必要。签证回来完全可以快递回家的，就像以前那样。
祝各位早早全家团聚。

S*e2011-06-29 07:06

2 楼

假如蛋白A(400kD)和蛋白B(40kD)有binding,
那么在做pulldown时，是否会大蛋白拉小蛋白容易，而小蛋白拉大蛋白难些呢？
还是根本没区别,不受大小影响呢？
THX!

v*e2011-06-29 07:06

3 楼

哦！还有非常建议大家存好以前DS160那个文件，上载之后稍微改改就好。
否则填过去履历那些项目，还挺费事的。

【在 v******e 的大作中提到】

: 父母第二次签证，因为过期不到4年，中信代签。
: 7月10号，南京的朋友帮忙缴费，用到cgi号码和父母护照扫描件。
: 7月12号，父母去南京交材料，他们交的材料有护照，照片，DS160确认，和
: dropboxconfirmation。此外南京这个点接收所有辅助材料，给签证官的信，和我在这
: 边的身份证明银行都收了，但不是必需。
: 7月18号，网上状态显示administrative processing。
: 7月19号，网上状态显示issued。
: 7月25号，护照回到南京。
: 刚刚取到护照，显示签证截止日期是14年7月17号。
: 感谢版面上网友的信息，帮助很大，尤其是lucan，ying2012，LGZQ。

D*a2011-06-29 07:06

4 楼

我也借机问个问题：假设说蛋白A的C末端10aa与蛋白B结合，我用的IP抗体也是识别A蛋
白C末端10aa的，那我用这个抗体能拉下来AB复合物吗？

T*n2011-06-29 07:06

5 楼

多谢多谢。

【在 v******e 的大作中提到】

m*52011-06-29 07:06

6 楼

我遇到过这个问题
AB已知有相互作用，我第一次用GST fusion A N terminal 拉B，怎么拉也拉不下来，
strigency多低也不行
后来用N-terminal fusion B拉A，相互作用非常强，结果用靠马斯亮蓝就能做得很
convincing
所以我觉得不管是什么情况，如何才能做出来都是不一定的
你的case我觉得拉不下来，这几乎是很reasonable的-_-

【在 D***a 的大作中提到】

: 我也借机问个问题：假设说蛋白A的C末端10aa与蛋白B结合，我用的IP抗体也是识别A蛋
: 白C末端10aa的，那我用这个抗体能拉下来AB复合物吗？

D*y2011-06-29 07:06

7 楼

我家材料都交了快十天了！还没有消息，lz一般几天？是你的特别快吗？成都中信

S*e2011-06-29 07:06

8 楼

你的结果不是说明了binding site 在B的N-terminal，A的C-terminal吗？
你觉得二楼的case拉不下来是因为竞争？
请指教.

【在 m******5 的大作中提到】

: 我遇到过这个问题
: AB已知有相互作用，我第一次用GST fusion A N terminal 拉B，怎么拉也拉不下来，
: strigency多低也不行
: 后来用N-terminal fusion B拉A，相互作用非常强，结果用靠马斯亮蓝就能做得很
: convincing
: 所以我觉得不管是什么情况，如何才能做出来都是不一定的
: 你的case我觉得拉不下来，这几乎是很reasonable的-_-

t*52011-06-29 07:06

9 楼

谢谢，总算看见个timeline

m*52011-06-29 07:06

10 楼

不能说明这个问题
实际上，binding domain在这两个蛋白的中部
是的，我觉得是竞争，实际上很多文章哟国内已知识别某个特殊binding位点的抗体转
入细胞disrupt特定相互作用

【在 S******e 的大作中提到】

: 你的结果不是说明了binding site 在B的N-terminal，A的C-terminal吗？
: 你觉得二楼的case拉不下来是因为竞争？
: 请指教.

S*e2011-06-29 07:06

11 楼

你的case: 用GST-A 拉不下来B，反过来可以，你觉得是什么原因？
又不能说是抗体的原因，用的都是GST。
我的情况： IP A 可以检测到B(信号还算强)； IP B 检测不到A(或非常弱)，
因为用的抗体不同，所以暂不能排除抗体因素，需要重复。

【在 m******5 的大作中提到】

: 不能说明这个问题
: 实际上，binding domain在这两个蛋白的中部
: 是的，我觉得是竞争，实际上很多文章哟国内已知识别某个特殊binding位点的抗体转
: 入细胞disrupt特定相互作用

m*52011-06-29 07:06

12 楼

我怀疑是GST fusion引起的artificial作用
nobody knows
事后看别的文献发现也无一例外follow 另一种拉法，看来是个unwritten rule for
this context

【在 S******e 的大作中提到】

: 你的case: 用GST-A 拉不下来B，反过来可以，你觉得是什么原因？
: 又不能说是抗体的原因，用的都是GST。
: 我的情况： IP A 可以检测到B(信号还算强)； IP B 检测不到A(或非常弱)，
: 因为用的抗体不同，所以暂不能排除抗体因素，需要重复。

m*52011-06-29 07:06

13 楼

我觉得你的case 最重要的是map出相互作用位点
用缺失相互作用位点的蛋白作阴性对照
反拉本来就是不一定能拉出来的，原因太多了

【在 S******e 的大作中提到】

S*e2011-06-29 07:06

14 楼

多谢，还在做，已经mapping到了某一区段，
但是不知如何在100多个氨基酸里找critical residues, 你有什么建议么？
下面也准备重复reverse IP, 希望做出来。

【在 m******5 的大作中提到】

: 我觉得你的case 最重要的是map出相互作用位点
: 用缺失相互作用位点的蛋白作阴性对照
: 反拉本来就是不一定能拉出来的，原因太多了