Short sequence match in a long sequence - 未名空间MITBBS历史存档

Short sequence match in a long sequence# Biology - 生物学

R*s2011-07-13 07:07

1 楼

昨天无意中去星星班逛了逛，发现她们评选星星的方案很有意思，
是自己或者别人开楼，然后支持的顶帖子就好，发现这个方法
用在我们班比较好，既能鼓励大厨发菜，也能提高灌水量。
【活动办法】
大厨其实不用做什么，开楼发菜就好了，喜欢该大厨的同学呢，
就尽量顶帖子。每个月结束的时候，班务会选出盖楼群最高的某
位大厨（我的想法是每位大厨盖得最高的5栋楼的总和）当选每月
厨星，第二三名分别获得亚军，季军。
【活动奖励】
每月厨星奖励伪币500，可以挑选一个作品作为版标
亚军奖励伪币300
季军奖励伪币200
活动从二月份开始吧，大家的意见如何？
Rodimus

m*62011-07-13 07:07

2 楼

电面了两周了
第一周收到一封信，说是 I wanted to let you know that you are one of our top
candidates for our internship. We are still in the process of evaluating
other candidates. This may still take a week or so. Please let us know if
you need us to make a decision sooner than that.
第二周现在又收到一封信：you are still one of our top candidates; this has not
changed. But we need a bit more time on our side，because it is taking us longer
than expected to go through our selection process for the internship.
请问这是什么意思啊
如果我要他

m*62011-07-13 07:07

3 楼

最近在看房子，有一套挺好的，但是是74年的老房子，用井水的。
不大清楚用井水有什么特别要注意的，一般想想是省水费吧，浇菜浇草尽着来。
除了喝水要煮开之外，还有什么不好的地方？

e*a2011-07-13 07:07

4 楼

【以下文字转载自 Stock 讨论区】
发信人: ilyqy81 (California), 信区: Stock
标题: HTC将召开新品发布会全面转向Windows Phone
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Aug 23 00:09:28 2011, 美东)
新浪科技讯北京时间8月23日上午消息，据消息人士透露，HTC将在9月1日的媒体发布
会上推出多款采用Windows Phone芒果系统的手机，而不会发布新款Android手机。
据悉，HTC将推出一款名为HTC Eternity的Windows Phone手机，搭配3.7英寸屏幕
，并将通过AT&T出售。另外一款名为HTC Omega的手机则搭配4.5英寸屏幕，并将通过T-
Mobile美国销售。
HTC拒绝对此置评。
另有传言称，HTC年内将推出一款名为Puccini的平板电脑，并将兼容AT&T的LTE网
络。HTC还将针对女性用户推出一款名为Bliss的手机。
业内人士预计，HTC有可能会在9月1日的发布会上推出一款整合Beats音频技术的手
机。虽然HTC是最近刚刚收购Beats的，但双方的合作从今年初就已经开始。

l*g2011-07-13 07:07

5 楼

Could you please recommend a program for below purpose? Thanks.
I have a short (20-30 residues) protein sequence and I would like to find
the best matches on a long protein sequence (2000 residues). Can anyone
recommend a good program to handle this? It will be better if I can have a
list of matches on the long sequence with scores.
Now a bit difficult, I have a pattern, say DdGLLeqHLGGrgG (where capital
letters mean more conserved). I need to find the best match for this pattern
. Could someone recommend some program to do this as well?
Thanks a lot.

F*t2011-07-13 07:07

6 楼

支持\^o^/
大厨们，加紧上菜哟！

m*62011-07-13 07:07

7 楼

up
有人有类似经历么

top

【在 m***6 的大作中提到】

: 电面了两周了
: 第一周收到一封信，说是 I wanted to let you know that you are one of our top
: candidates for our internship. We are still in the process of evaluating
: other candidates. This may still take a week or so. Please let us know if
: you need us to make a decision sooner than that.
: 第二周现在又收到一封信：you are still one of our top candidates; this has not
: changed. But we need a bit more time on our side，because it is taking us longer
: than expected to go through our selection process for the internship.
: 请问这是什么意思啊
: 如果我要他

l*u2011-07-13 07:07

8 楼

没事可以呼喊一下贞子。

【在 m**6 的大作中提到】

: 最近在看房子，有一套挺好的，但是是74年的老房子，用井水的。
: 不大清楚用井水有什么特别要注意的，一般想想是省水费吧，浇菜浇草尽着来。
: 除了喝水要煮开之外，还有什么不好的地方？

i*i2011-07-13 07:07

9 楼

protein BLAST of NCBI
there is an option "Align two or more sequences"
it will use BLAST algorithm to search the similarity region between two
sequences instead of the protein database.
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&BLAST_PR

k*u2011-07-13 07:07

10 楼

支持。。。哈哈

a*92011-07-13 07:07

11 楼

估计是BACKUP，但应该是 1st in waitinglist, 希望还是很大的。发封THANK U
LETTER表明
诚意好了

【在 m***6 的大作中提到】

: up
: 有人有类似经历么
:
: top
:

x*n2011-07-13 07:07

12 楼

检查一下水质，再决定吧

l*g2011-07-13 07:07

13 楼

Thanks a lot.
How about the pattern search as I mentioned in the second paragraph?
BLAST does allow wild cards, but can't allow people to put weight on
individual search.

【在 i*****i 的大作中提到】

: protein BLAST of NCBI
: there is an option "Align two or more sequences"
: it will use BLAST algorithm to search the similarity region between two
: sequences instead of the protein database.
: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&BLAST_PR

R*s2011-07-13 07:07

14 楼

规则有什么需要修改的地方么。。
这个奖励还没被站务批准，俺需要去游说一下：）

【在 F*******t 的大作中提到】

: 支持\^o^/
: 大厨们，加紧上菜哟！

b*u2011-07-13 07:07

15 楼

我觉得不一定。我们公司也是一个一个电话面试单子上的名字。但上周有个candidate
跟我们说他有别
的offer马上到答复的截止日期了，我们就先面他了。我觉得LZ这个听起来像是同样的
意思

top
if
not
longer

【在 m***6 的大作中提到】

: 电面了两周了
: 第一周收到一封信，说是 I wanted to let you know that you are one of our top
: candidates for our internship. We are still in the process of evaluating
: other candidates. This may still take a week or so. Please let us know if
: you need us to make a decision sooner than that.
: 第二周现在又收到一封信：you are still one of our top candidates; this has not
: changed. But we need a bit more time on our side，because it is taking us longer
: than expected to go through our selection process for the internship.
: 请问这是什么意思啊
: 如果我要他

R*C2011-07-13 07:07

16 楼

74年的不算老房子吧

c*b2011-07-13 07:07

17 楼

You may try FUGUE and get some leads if you are lucky.
Here is the link to explanation:
http://computing.bio.cam.ac.uk/local/doc/fugue-long.html

pattern

【在 l*****g 的大作中提到】

: Could you please recommend a program for below purpose? Thanks.
: I have a short (20-30 residues) protein sequence and I would like to find
: the best matches on a long protein sequence (2000 residues). Can anyone
: recommend a good program to handle this? It will be better if I can have a
: list of matches on the long sequence with scores.
: Now a bit difficult, I have a pattern, say DdGLLeqHLGGrgG (where capital
: letters mean more conserved). I need to find the best match for this pattern
: . Could someone recommend some program to do this as well?
: Thanks a lot.

y*32011-07-13 07:07

18 楼

很好，我们就看小米的了
有时间我会进来狂灌水滴

m*62011-07-13 07:07

19 楼

可是我都已经面完了啊

candidate

【在 b*****u 的大作中提到】

: 我觉得不一定。我们公司也是一个一个电话面试单子上的名字。但上周有个candidate
: 跟我们说他有别
: 的offer马上到答复的截止日期了，我们就先面他了。我觉得LZ这个听起来像是同样的
: 意思
:
: top
: if
: not
: longer

l*g2011-07-13 07:07

20 楼

74年在弯曲都算年轻的了。。。
井水很好阿，我小时后喝的就是很大井里出来的水。
不过你的井要是不够深恐怕会有很多地上的东西渗下去。
浇菜肯定是没问题的。

【在 m**6 的大作中提到】

: 最近在看房子，有一套挺好的，但是是74年的老房子，用井水的。
: 不大清楚用井水有什么特别要注意的，一般想想是省水费吧，浇菜浇草尽着来。
: 除了喝水要煮开之外，还有什么不好的地方？

g*t2011-07-13 07:07

21 楼

你的第二个问题可以用HMMER来做，行业标准。不过只有你的"pattern"是不够的，因为
你的"pattern"并没有精确给出"weights"。如果你的"pattern"是从一堆reference
sequences里面总结出来的，你可以直接把reference sequences的alignment喂给HMMER
，HMMER会生成一个customized hidden Markov model用来寻找匹配的序列。
http://hmmer.janelia.org/

s*i2011-07-13 07:07

22 楼

有
我最喜欢提意见了，哈哈

【在 R*****s 的大作中提到】

: 规则有什么需要修改的地方么。。
: 这个奖励还没被站务批准，俺需要去游说一下：）

b*u2011-07-13 07:07

23 楼

那就不知道了...我们公司那个是电面完了一轮后，电面第二轮和onsite面之前的事情

【在 m***6 的大作中提到】

: 可是我都已经面完了啊
:
: candidate

l*y2011-07-13 07:07

24 楼

要考虑井水的水质能否长期有保障

l*g2011-07-13 07:07

25 楼

checking on this now ...

【在 c********b 的大作中提到】

: You may try FUGUE and get some leads if you are lucky.
: Here is the link to explanation:
: http://computing.bio.cam.ac.uk/local/doc/fugue-long.html
:
: pattern

k*u2011-07-13 07:07

26 楼

I was just going to say I feel big pressure that way ~~~hahah

【在 y****3 的大作中提到】

: 很好，我们就看小米的了
: 有时间我会进来狂灌水滴

l*c2011-07-13 07:07

27 楼

发封感谢信，然后move on。
不要在这里瞎想瞎猜了，帮不了你还让你一天到晚心神不定的。

top
not
longer

【在 m***6 的大作中提到】

: 电面了两周了
: 第一周收到一封信，说是 I wanted to let you know that you are one of our top
: candidates for our internship. We are still in the process of evaluating
: other candidates. This may still take a week or so. Please let us know if
: you need us to make a decision sooner than that.
: 第二周现在又收到一封信：you are still one of our top candidates; this has not
: changed. But we need a bit more time on our side，because it is taking us longer
: than expected to go through our selection process for the internship.
: 请问这是什么意思啊
: 如果我要他

i*t2011-07-13 07:07

28 楼

娃哈哈

【在 l*****u 的大作中提到】

: 没事可以呼喊一下贞子。

l*g2011-07-13 07:07

29 楼

em. I feel this may be a better way to go.
Current question is: we know a binding pattern, and we wanted to know the
potential binding sites on a long sequence. Very traditional question.
Thanks and I will try it as well.

HMMER

【在 g**********t 的大作中提到】

: 你的第二个问题可以用HMMER来做，行业标准。不过只有你的"pattern"是不够的，因为
: 你的"pattern"并没有精确给出"weights"。如果你的"pattern"是从一堆reference
: sequences里面总结出来的，你可以直接把reference sequences的alignment喂给HMMER
: ，HMMER会生成一个customized hidden Markov model用来寻找匹配的序列。
: http://hmmer.janelia.org/

p*e2011-07-13 07:07

30 楼

感觉操作起来很复杂:S

【在 R*****s 的大作中提到】

: 昨天无意中去星星班逛了逛，发现她们评选星星的方案很有意思，
: 是自己或者别人开楼，然后支持的顶帖子就好，发现这个方法
: 用在我们班比较好，既能鼓励大厨发菜，也能提高灌水量。
: 【活动办法】
: 大厨其实不用做什么，开楼发菜就好了，喜欢该大厨的同学呢，
: 就尽量顶帖子。每个月结束的时候，班务会选出盖楼群最高的某
: 位大厨（我的想法是每位大厨盖得最高的5栋楼的总和）当选每月
: 厨星，第二三名分别获得亚军，季军。
: 【活动奖励】
: 每月厨星奖励伪币500，可以挑选一个作品作为版标

c*s2011-07-13 07:07

31 楼

FL很多房子用井水的，我自己的不是。

z*82011-07-13 07:07

32 楼

HMMER
这个hhpred 是不是跟你说的一样啊？？http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred

【在 g**********t 的大作中提到】

: 你的第二个问题可以用HMMER来做，行业标准。不过只有你的"pattern"是不够的，因为
: 你的"pattern"并没有精确给出"weights"。如果你的"pattern"是从一堆reference
: sequences里面总结出来的，你可以直接把reference sequences的alignment喂给HMMER
: ，HMMER会生成一个customized hidden Markov model用来寻找匹配的序列。
: http://hmmer.janelia.org/

m*h2011-07-13 07:07

33 楼

我也看好小蜜~

T*m2011-07-13 07:07

34 楼

要定期检查水里的硝酸根离子含量。

【在 m**6 的大作中提到】

: 最近在看房子，有一套挺好的，但是是74年的老房子，用井水的。
: 不大清楚用井水有什么特别要注意的，一般想想是省水费吧，浇菜浇草尽着来。
: 除了喝水要煮开之外，还有什么不好的地方？

A*n2011-07-13 07:07

35 楼

你这种情况用prosite最合适了
http://prosite.expasy.org/scanprosite/

pattern

【在 l*****g 的大作中提到】

: Could you please recommend a program for below purpose? Thanks.
: I have a short (20-30 residues) protein sequence and I would like to find
: the best matches on a long protein sequence (2000 residues). Can anyone
: recommend a good program to handle this? It will be better if I can have a
: list of matches on the long sequence with scores.
: Now a bit difficult, I have a pattern, say DdGLLeqHLGGrgG (where capital
: letters mean more conserved). I need to find the best match for this pattern
: . Could someone recommend some program to do this as well?
: Thanks a lot.

d*e2011-07-13 07:07

36 楼

###此帖已应当事人要求删除###

【在 R*****s 的大作中提到】

: 规则有什么需要修改的地方么。。
: 这个奖励还没被站务批准，俺需要去游说一下：）

t*g2011-07-13 07:07

37 楼

是七十四年房龄还是1974年建的？
自己院子里有口井可是我的梦想之一，原因是我危机感很强，万一有什么大的灾难自来
水系统瘫痪了自己有井至少不会渴死，估计是灾难片看多了。
小时候是喝井水长大的，从井里打出了的水直接喝，卫生肯定不达标，但从小喝惯了，
也没喝出事。

f*e2011-07-13 07:07

38 楼

Ctrl + F
在长序列里面 “查找”

pattern

【在 l*****g 的大作中提到】

: Could you please recommend a program for below purpose? Thanks.
: I have a short (20-30 residues) protein sequence and I would like to find
: the best matches on a long protein sequence (2000 residues). Can anyone
: recommend a good program to handle this? It will be better if I can have a
: list of matches on the long sequence with scores.
: Now a bit difficult, I have a pattern, say DdGLLeqHLGGrgG (where capital
: letters mean more conserved). I need to find the best match for this pattern
: . Could someone recommend some program to do this as well?
: Thanks a lot.

o*12011-07-13 07:07

39 楼

这个班班们是不是做算术会太辛苦啊?
我觉着要是鼓励更多厨子发菜的话，不如就是一个帖子啦。回帖最多的三个菜就是前三
名。绝大多数人一个月都发不了5个菜的。一帖排名或许可以让不少有一两个拿手菜的
版友显显身手哦。
如果前三贴里有同一个人的，就递补好了。

【在 R*****s 的大作中提到】

: 昨天无意中去星星班逛了逛，发现她们评选星星的方案很有意思，
: 是自己或者别人开楼，然后支持的顶帖子就好，发现这个方法
: 用在我们班比较好，既能鼓励大厨发菜，也能提高灌水量。
: 【活动办法】
: 大厨其实不用做什么，开楼发菜就好了，喜欢该大厨的同学呢，
: 就尽量顶帖子。每个月结束的时候，班务会选出盖楼群最高的某
: 位大厨（我的想法是每位大厨盖得最高的5栋楼的总和）当选每月
: 厨星，第二三名分别获得亚军，季军。
: 【活动奖励】
: 每月厨星奖励伪币500，可以挑选一个作品作为版标

y*82011-07-13 07:07

40 楼

知道fl州很多房子都用井水给草坪浇水的，但人还是吃自来水。
6妹这是买投资房？74年听着有点老啊，看点新一点房子才好。

【在 m**6 的大作中提到】

: 最近在看房子，有一套挺好的，但是是74年的老房子，用井水的。
: 不大清楚用井水有什么特别要注意的，一般想想是省水费吧，浇菜浇草尽着来。
: 除了喝水要煮开之外，还有什么不好的地方？

s*n2011-07-13 07:07

41 楼

这个好！

【在 o*******1 的大作中提到】

: 这个班班们是不是做算术会太辛苦啊?
: 我觉着要是鼓励更多厨子发菜的话，不如就是一个帖子啦。回帖最多的三个菜就是前三
: 名。绝大多数人一个月都发不了5个菜的。一帖排名或许可以让不少有一两个拿手菜的
: 版友显显身手哦。
: 如果前三贴里有同一个人的，就递补好了。

m*62011-07-13 07:07

42 楼

是，是投资房，收租用的。自己住的倒简单了，可以使劲浇菜地不担心水费了。
租给房客，就担心他们不会用，停电没水了，半夜鸡叫把我叫醒。
八妹说得对，我们这里74年的房子算老房子了，一样花钱，买个新点好打理的。。。

【在 y*****8 的大作中提到】

: 知道fl州很多房子都用井水给草坪浇水的，但人还是吃自来水。
: 6妹这是买投资房？74年听着有点老啊，看点新一点房子才好。

R*s2011-07-13 07:07

43 楼

俺这不是鼓励大家多发菜嘛。。。一个月2到3个菜如何？

【在 o*******1 的大作中提到】

: 这个班班们是不是做算术会太辛苦啊?
: 我觉着要是鼓励更多厨子发菜的话，不如就是一个帖子啦。回帖最多的三个菜就是前三
: 名。绝大多数人一个月都发不了5个菜的。一帖排名或许可以让不少有一两个拿手菜的
: 版友显显身手哦。
: 如果前三贴里有同一个人的，就递补好了。

B*a2011-07-13 07:07

44 楼

买！做真正的农民！

【在 m**6 的大作中提到】

: 最近在看房子，有一套挺好的，但是是74年的老房子，用井水的。
: 不大清楚用井水有什么特别要注意的，一般想想是省水费吧，浇菜浇草尽着来。
: 除了喝水要煮开之外，还有什么不好的地方？

h*m2011-07-13 07:07

45 楼

无条件支持版面活动！！！！！！

【在 R*****s 的大作中提到】

: 昨天无意中去星星班逛了逛，发现她们评选星星的方案很有意思，
: 是自己或者别人开楼，然后支持的顶帖子就好，发现这个方法
: 用在我们班比较好，既能鼓励大厨发菜，也能提高灌水量。
: 【活动办法】
: 大厨其实不用做什么，开楼发菜就好了，喜欢该大厨的同学呢，
: 就尽量顶帖子。每个月结束的时候，班务会选出盖楼群最高的某
: 位大厨（我的想法是每位大厨盖得最高的5栋楼的总和）当选每月
: 厨星，第二三名分别获得亚军，季军。
: 【活动奖励】
: 每月厨星奖励伪币500，可以挑选一个作品作为版标