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怎样用infusion kit克隆多个PCR 片段??
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怎样用infusion kit克隆多个PCR 片段??# Biology - 生物学
v*r
1
一般什么时候结束?
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a*a
2
《Mac OS X背后的故事》系列文章将为大家介绍Mac OS X的发行版本、技术历史、相关
人物等内容。本文是系列连载的第四篇。
2000年,美国总统大选,由于选票设计问题,时任美国副总统的 Al Gore 败北。2000
年12月13日,在一番重新计票的大折腾不起作用后,曾经意气风发的 Al Gore 拖着疲
惫的身子,走上讲台,发表了认输讲话(参见Al Gore《2000 Presidential
Concession Speech》),从此退出政坛。一般国家领导人的退政生活其往往松愉快,
出出日记,学用哲学,或者像多才多艺的李岚清不但去各地推广古典音乐,更是玩起了
篆刻(参见《南方周末》2006年05月11日《老常委的卸任生活》),克林顿先生都成立
个基金会来帮助社会预防和治疗爱滋。 Al Gore也没闲着,他找到了让他感兴趣的去处
——Apple总部,并成为董事之一。
Mac OS X和Al Gore的双赢
2003年5月19日,Apple的启示中罕见性地登出了《前总统Al Gore加入 Apple 董事会》
的快讯。文中提到,Al Gore总统是一个正宗果粉,他一直用Mac计算机,而且还会用
Final Cut Pro来编辑他的视频。Al Gore也不掩饰他对Apple技术的热爱,他表示对Mac
OS X的开发极感兴趣,并且也对Apple在开放源代码运动中的贡献喜闻乐见。他虚心地
说,想在这个让Apple起死回生的董事会好好观摩并学习。
Al Gore的加盟让Apple一跃成为电子产品产品的代言人
苹果公司的CEO Steve Jobs表示Al Gore曾经管理过世界最大的组织——美国政府,期
间显示出的经验和智慧对苹果公司是笔巨大的财富。Al Gore将成为出色的董事会主席
,苹果将以他把苹果公司作为职业生涯的开始为荣。
这之后,Al Gore在Apple内部的决策究竟起了什么作用,和Mac OS X的开发有何关联,
在正式的渠道很少有史料,但是他后来的各种公开活动,却给Mac OS X的技术做足了广
告, 而且很多证据表明,他正是使Apple从被绿色人士攻击的众矢之的的状态,成为业
界注重电子产品环保领头羊的主要推手。
Al Gore重新进入普通人的视野是在2006年,他推出了自己参与制作和演出的纪录片《
An Inconvenient Truth》(《难以忽视的真相》)和同名书籍。这部长达94分钟的影
片,在西方国家引起了广大的回响,以Al Gore的一场演讲和人生的回忆作为两条主线
,详细、科普地向民众介绍了全球变暖问题的科学证据及美国政府掩盖问题的真相。该
片以发人深省的立意、详尽的科学数据、平实的讲演风格,加上苹果高超的技术,而获
得了广泛的好评并一举获得年度奥斯卡最佳纪录片奖,使得这位美国前副总统摇身一变
,成为好莱坞明星。
为什么单单一场简单的讲话,就能做出一部电影,还能得到奥斯卡这样学院艺术奖的亲
睐?是因为讲话内容无懈可击么?事后有很多科学家站出来表示,虽然影片内容有积极
的意义,但其实也有很多被夸大的科学数据、假设和结论。试思索,该片之所以成功,
甚至成为诸多演讲培训机构的重要分析案例,除了数据、观点、论述外,还有以下几个
原因。
首先,这场演讲由苹果主导的技术和艺术的设计。Al Gore向来以说不清想表达的内容
而著称。他经常因为讲得过于专业或者缺乏好的表述方法以致于民众完全不懂他在讲些
什么。他的早期讲话用现在的眼光看就是个少将体,比如“互联网…网…我…这个…那
个…那个…怎么说呢…我想这个…这…这…这…我啊…我啊…就是说…互联网是我发明
的!”因此作为苹果展现公司软实力的重要机会,苹果非常重视这场讲话,请公司的图
形设计小组带领完成各种所需设计,苹果甚至特地请来了专业的设计公司Duarte来进行
讲稿和讲话内容的安排。因此,不管是内容安排、图形设计还是技术支持,Al Gore都
有强有力的后盾,他们能够帮助Al Gore完成任何想达到的目标。不论是FinalCut还是
Keynote,一旦缺少任何Al Gore想要的功能,Apple都可以给他开小灶实现。在片末的
走马灯字幕中,有大量Apple的 Keynote组、Final Cut组和图形设计组的员工名字,以
示鸣谢。
其次,上面这些资源的相互合作,也使得Al Gore的这场讲话的讲稿被精心制作,体现
了精心设计的电子稿演讲所能达到的最高成就。苹果公司向来重视演讲,也是各大企业
中最会通过演讲来营销产品的公司。每年的MacWorld和WWDC的 Steve Jobs 讲话都会吸
引百万人在计算机前观看。每场讲话都好戏连连,台下的观众的欢呼和掌声不亚于著名
歌星的演唱会。这种风格显然给Al Gore的讲话风格带来很大的影响。在影片中,观众
看不到一个传统的bulletpoint(PowerPoint用户常爱使用的表示讲话结构的方法),
取而代之的是高清的照片、视频,来展现环境的严峻性。观众不再会为枯燥无味的技术
词语而搞得昏昏欲睡,因为屏幕上的一切都是如此真实,各种科学现象由动画效果配合
,使其浅显易懂。另外,所有的数据、图表都精心使用软件制作,使其一目了然,表现
准确而美观大方,而且Al Gore时而还会玩些小噱头,比如讲到现在的温室气体浓度是
多么高时,他甚至爬上工作人员为他准备的升降机,升到舞台顶端,来告诉观众,数据
已经突破图表的顶端了。现在距笔者观赏完这部影片,已经五年过去了,但影片中的灾
难场景、冰川融化的影片段落、海平面上升的计算机模拟、二氧化碳浓度的数据图表,
至今都记得一清二楚,足以见得其表现力是何等深入人心。甚至有人在调侃他在2000年
的竞选演说是怎么回事?难道就是缺少了这些科技元素?
最后,Mac OS X的各项技术也是这部片子的重要保证。Duarte 公司的 Ted Boda表示(
该幻灯片的设计师之一),Mac OS X系统本身的反锯齿功能把文字、图片、矢量图标表
现得栩栩如生,使得幻灯片充满美感。QuickTime技术作为Mac OS X的一块重要基石,
又使得Keynote不需任何插件就能引入任何图片和影像,所以类似使用Illustrator、
Photoshop、AfterEffects等软件做出的图片、影像或动昼,不需要任何转换过程就能
直接拖到Keynote中。哪怕1920×1080的高清视频,都可以轻松插入,流畅播放。他们
组根本想象不出在Windows上使用PowerPoint会成什么样子。
可以说,没有Mac OS X,就没有这部电影。而实际上这部电影的作用远胜过任何一部
Apple公司的广告。片中Al Gore时时拿着PowerBook的笔记本,在办公室用Safari查网
页,字体渲染真实而美观,甚至在车上都不忘打开笔记本用Keynote做几张幻灯片,就
更不用说电影中Keynote幻灯片曾经迷倒多少Windows用户了。向笔者推荐这部电影的好
朋友了解到这些全是Apple技术的功劳时,拥有一台Mac就成为其人生梦想。
环保卫士的Apple之路
作为环保人士,Al Gore对Apple的策略的影响也不容忽视。Apple向来被各环保组织长
期批评,即使Apple长年不断地改进这方面问题,但绿色人士依然不买帐。哪怕在稍后
的2007年,也仍有包括GreenPeace在内的七十多个组织联名写信给Al Gore,敦促Apple
更重视环境问题,信中指责Apple仍在大量使用PVC和BFRs等对环境有害的材料,也不注
重对自家产品的回收。由于Al Gore是Apple董事会成员,使得这个问题受到了Apple的
广泛关注。Apple在07年后史无前例地迈开大步,大力推广环保计划(要求全世界的IT
制造商们逐步弃用PVC等有毒的化学用品进行生产),让Apple一跃成为注重电子产品环
境保护问题的领头羊。
从制造材料上,2007年8月发布的iMac成为分水岭。这款产品的设计主要使用可完全被
回收的玻璃屏和铝外框,减小了塑料等不环保物质的使用,此后苹果一发不可收拾,把
这项革命进行到底,从手机到笔记本,都全番设计。2008年的MacBook Air引出的
Unibody技术是这场革命的代表产品,不但在外观上还是工程上做到极致,在环保上更
是让各绿色组织无可挑剔。
在造势上,Apple现在每项主要产品的都有“环境”的标签页,从制造、运输、耗电、
回收等性能情况分产品详细列出。Apple甚至在包装上都动足脑筋,尽量减少每个产品
的包装,使得同一架飞机可以运输更多的产品,从而在运输相同数量产品的情况下减少
飞机温室气体的总排放量。
Mac OS X的各项节电功能的开发更是不用说了。休眠、调整空闲时的屏幕亮度、硬盘转
速等常规功能自然越做越好。而系统的多项技术能使程序更优地分配使用中央处理器和
显示卡。甚至系统还能在用户打字时,每两键之间的空隙减少处理器的占用从而节省击
键之间的功耗,这使得 Mac OS X不但更节约能源,笔记本的电池使用时间也不断提高
。而这一切的变化,和Al Gore似乎都有着千丝万缕的联系。
由于《An Inconvenient Truth》中的讲话让Al Gore的观点深入人心,同时也对美国政
府在京都议定的决策产生重大的压力,挪威诺贝尔委员会决定把2007年的诺贝尔和平奖
颁给了Al Gore,以表彰其在全球环境问题方面的努力,同时苹果的主页上全版刊发新
闻,以示祝贺。贺词如下:
Al has put his heart and soul, and much of his life during the past several
years, into alerting and educating us all on the climate crisis. We are
bursting with pride for Al and this historic recognition of his global
contributions. (Al Gore在过去几年殚心积虑,全身心地投入对公众关于气候危机的
警示和教育中。我们为他这次所得的荣誉和他全球性贡献的历史性承认感到无比自豪。)
或许,由于Al Gore在计算机领域的一贯低调(他也是Google的高级顾问),他在这些
企业的工作很少被报道出来,但是他在政界的跨界身份是显而易见的。Al Gore在他的
人生道路将何去何从,我们不得而知,但是从各种媒体信息的披露可以看出,Al Gore
对计算机事业的热衷,对环保问题的投入,可能是美国历任领导人中最突出的。
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z*8
3
用过的达人请指点,我需要把3段DNA按照一定顺序克隆到plasmid上面,但是好用的
resctriciton enzyme在3段DNA里都有,所以ligation based cloning不太能用。然后
别人就介绍了这个infusion kit,发现克隆1个基因好用,克隆3个基因总是中间的那个
基因在,旁边的都不在,不知道有没有什么trick好克隆?谢谢大家!
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z*8
4
以前用的都是overlap pcr,都还不错,3段一般还可以接起来。做fusion protein,
protein tag,mutagenesis之类的还不错。最近做的这个比较棘手,PCR不出来了,只
有依靠infusion了。问题是,我按照clonetech人家网站上的一步步做下来,也用了他
家的primer design tool了,还是不行,只有中间一段DNA在上面,2端的DNA没有。大
家快快出招!谢谢!
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N2
5
It should work. This kind of method is very efficient. Here are some points
maybe be useful.
1) Gel purify you PCR product.
2)use Nanodrop to estimate the concentration of your PCR products
3) add all fragment 1:1 ratio to vector. Add 100-200ng vector part. It also
depends your fragment size. you may add up to 500ug total DNA per reaction I
guess.
4) you can put 20-40nt overlap between joint points.
How do you screen you positive colonies? Use cloning PCR to check the joints
? you can just screen more colonies.
5)check you DNA sequence carefully to see if there structure weird. Or some
sequence can cause toxicity.
Good luck!
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z*8
6
我别的都跟你说的那样做的,只有pcr我跑胶看到都是单条带,所以就只有 column
purification。你觉得是我没有割胶纯化的问题么??
发信人: N2 (Huahua), 信区: Biology
标 题: Re: 怎样用infusion kit克隆多个PCR 片段??
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jul 26 17:52:12 2011, 美东)
It should work. This kind of method is very efficient. Here are some points
maybe be useful.
1) Gel purify you PCR product.
2)use Nanodrop to estimate the concentration of your PCR products
3) add all fragment 1:1 ratio to vector. Add 100-200ng vector part. It also
depends your fragment size. you may add up to 500ug total DNA per reaction I
guess.
4) you can put 20-40nt overlap between joint points.
How do you screen you positive colonies? Use cloning PCR to check the joints
? you can just screen more colonies.
5)check you DNA sequence carefully to see if there structure weird. Or some
sequence can cause toxicity.
Good luck!
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N2
7
It is really hard to say yes or no.
Most of time, if you do just column purification, you got low ligation
efficiency because the primers in it.
it always depends specific case. For some hard ligation, you need to be
careful for every steps.
There are many reasons to fail a ligation. you may just meet a hard bone.
You can drop me a mail with the vector and inserts sequences, your primers.
I can help to have a look.

points
also

【在 z*********8 的大作中提到】
: 我别的都跟你说的那样做的,只有pcr我跑胶看到都是单条带,所以就只有 column
: purification。你觉得是我没有割胶纯化的问题么??
: 发信人: N2 (Huahua), 信区: Biology
: 标 题: Re: 怎样用infusion kit克隆多个PCR 片段??
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jul 26 17:52:12 2011, 美东)
: It should work. This kind of method is very efficient. Here are some points
: maybe be useful.
: 1) Gel purify you PCR product.
: 2)use Nanodrop to estimate the concentration of your PCR products
: 3) add all fragment 1:1 ratio to vector. Add 100-200ng vector part. It also

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z*8
8
谢谢建议,通过割胶纯化又做了一次,成功了!
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c*g
9

points
also
column purification会把几十bp的primers一起纯化出来,尽管有时候gel上就只看到
一条带,所以我一般都是gel purification。

【在 z*********8 的大作中提到】
: 我别的都跟你说的那样做的,只有pcr我跑胶看到都是单条带,所以就只有 column
: purification。你觉得是我没有割胶纯化的问题么??
: 发信人: N2 (Huahua), 信区: Biology
: 标 题: Re: 怎样用infusion kit克隆多个PCR 片段??
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jul 26 17:52:12 2011, 美东)
: It should work. This kind of method is very efficient. Here are some points
: maybe be useful.
: 1) Gel purify you PCR product.
: 2)use Nanodrop to estimate the concentration of your PCR products
: 3) add all fragment 1:1 ratio to vector. Add 100-200ng vector part. It also

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N2
10
Cong!

【在 z*********8 的大作中提到】
: 谢谢建议,通过割胶纯化又做了一次,成功了!
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z*8
11
版上牛人真多,谢谢大家指导!
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