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natural selection on epigenetics
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natural selection on epigenetics# Biology - 生物学
b*f
1
种的菜被几只鸟搞得一塌糊涂。
有什么办法赶跑他们让他们不再来?
有没有什么毒药可以消灭他们?
谢谢!
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a*a
2
经过6年时间,4个发行版,苹果终于完成了向64位的迁移,并随着Snow Leopard的发布
推出了解决并行编程问题的Grand Central Dispatch(简称GCD)技术,释放了多核系
统的潜力。
和10.5一样,在10.6 Snow Leopard中,苹果继续利用64位的迁移砍掉了诸多老技术,
很多新技术仅以64位的模式被支持。例如重写的QuickTime X框架,虽然QuickTime X应
用程序以32位和64位的模式发布,但其API仅暴露给64位。另一个例子是Objective-C 2
.1的运行库,快速Vtable调度,新的和C++统一的异常处理模型,以及彻底解决对象的
FBI问题等,都仅限64位程序使用。
内核的64位化
读者应该发现,经过这4个发行版,Mac OS X自下而上地对整个系统向64位迁移。10.3
内核空间提供了64位整数运算的支持。10.4允许程序以64位模式运行在用户空间,并且
提供了64位的libSystem使得开发者可以开发64位的Unix程序,而10.5中系统所有未废
弃的函数库、框架都提供64位版本,到了10.6,所有用户空间的程序,包括Unix层和图
型界面层,基本都更新到64位。细心的读者不禁会问—那内核是64位的吗?是的,自下
而上支持64位后,10.6又从上往下,迁移了整个系统中最后一个也是最重要的部分—内
核。
内核64位化的意义
对于Windows、Linux,以及FreeBSD等操作系统,64位实现的第一步是实现64位的内核
。然而Mac OS X却反其道而行。主要原因是,反正32位的内核也能以非模拟、非兼容的
方式原生地运行64位用户空间程序,而内核和与内核动态链接的驱动,很少需要用到64
位的寻址空间(你什么时候见过内核本身使用4GB内存?),所以该问题可以暂缓。
但要记住,用户空间的内存是由内核管理的,虚拟内存、内存分页等机制,都是由内核
一一实现的。一旦在不久的将来,随着用户空间的内存占用越来越多,虚拟内存的分页
比也会不断膨胀。比方说,一个用户程序使用4GB的空间,每个分页包含4KB的页面,那
么总共有1M个页面。因此,假设一个页面需要64B的PTE来记录该页的位置,那总共也就
需要64MB的内核空间来记录这个用户空间程序的虚拟内存,不算太多。而在不久的将来
,如果一个64位用户程序使用128GB的空间,则需要32M个页面,每个页面64B的PTE会导
致2GB的内核地址空间来寻址(暂不考虑大分页)。32位的内核就显得非常紧张。
另外,上一期我们也提到64位的Intel架构提供了比32位多一倍的寄存器,因此,用户
空间程序对64位内核的系统调用也会更快。根据苹果的数据,系统调用的响应速度比原
先快了250%,而用户空间和内核空间的数据交换也快了70%,因此,64位内核要比32位
内核更快。
内核完成64位迁移
虽然在Mac OS X 10.6中,苹果提供了64位模式运行的内核,但在大部分苹果计算机上
,这个特性并不默认启用。其原因是,虽然64位程序和32位程序可以在计算机上同时运
行,但64位的程序只可以加载64位的库或插件,32位程序只能加载32位的库或插件。因
此,如果默认使用64位模式启动,则诸多第三方的32位驱动或内核模块将无法使用。当
然,用户可以通过修改com.apple.Boot.plist、nvram,或开机按住6和4强制加载64位
内核,不过苹果并不推荐这样的方式。直到Mac OS X 10.7时,第三方内核扩展已趋完
善,大部分的Mac才默认使用64位内核模式启动。
苹果用了整整6年的时间完成64位的迁移,在2009年WWDC的一个讲座上,Bertrand
Serlet告诉开发者,我们这个64位技术的讲座,只针对Mac OS X,而iPhone、iPad等
iOS设备,由于使用ARM平台,在可预见的未来可能并不会支持64位技术。
不过两年之后的2011年10月27日,ARMv8发布,ARM正式宣布支持64位。未来会不会出现
基于ARM的Mac,或是64位的iPad,除了苹果,谁知道呢?
Bertrand Serlet在WWDC 2009上介绍Snow Leopard的64位和Grand Central Dispatch技术
GCD来临
很长一段时间以来,处理器靠更快的运行时钟来获得更高的效率。软件开发者无需改动
或重新编译他们的代码,就能得到摩尔定律许诺他们的好处,因为处理器顺序地执行计
算机指令,新一代的处理器就自动会跑得比原先更快。后来每每达到一个技术极限时,
总有一些聪明的方法绕过这些极限,比如超纯量、指令管线化、快取等,不是悄无声息
地把多条互相独立的指令同时运行,就是隐藏掉数据读写的延时。
GCD出现的缘由
到了21世纪,能想的办法基本都想尽了—现代处理器已经足够并行了,也采取了各项优
化来不断提升各种预测器的准确率,而时钟频率却是不能无限提高的—提高时钟频率会
极大地增加处理器的产热,使得服务器机房或笔记本的散热成为一个头痛的问题。同时
对于便携设备而言,高频也意味着短得多的电池时间,因此摩尔定律正在经受重大的考
验。
因此大约在21世纪头十年过掉一半时,“多核”处理器,终于开始跃入普通消费者的视
线。“多核”顾名思义,就是把原先单核的半导体线路复制多份排于同一裸片上,每个
核相互独立,又能彼此通信。多核处理器的出现,有效缓解了计算机处理器生产商的设
计和制造压力,从而达到忽悠消费者买更新款产品这一不可告人的目的。
但这一次技术革新,并不如之前那么顺利,因为程序并不会自动在多核系统上跑得更快
,甚至有很多程序每一步都有前后依赖,不能高效地并行运行。即使能够高效并行的程
序,也需要大规模改写才能充分利用多核所带来的优势。
传统的并发编程模式,就是学习使用线程和锁。这听起来很简单,几句话能说明白:
把每个任务独立成一个线程;
不允许两个线程同时改动某个变量,因此得把变量“锁”起来;
手动管理线程的先后并发顺序和并发数量,让它们均匀地占满系统资源;
最好系统中只有这个程序在运行,否则你精心设计好的线程管理算法往往不能达到原来
该有的效果;
最后祈祷程序在用户那儿不出问题。
但是实际操作起来,多线程程序的编写要比单线程难上不止一个数量级。一方面,调用
大量内存和数据反复的加解锁本身效率就非常低下;另一个重要原因在于,由于多线程
程序可能以任意的次序交错执行,程序再也无法像顺序执行时那样产生确定的结果。多
线程程序看似容易编写,但难分析、难调试,更容易出错。即使是最熟练的开发者,在
茫茫线程和锁之间,也会迷失方向。且程序的错误在很多时候甚至是不可重现的。所以
,程序员使用线程和锁机制编写并行程序的代价是很高的。
GCD就是在这种背景下被苹果提出来的。2008年最初提出但未公布细节时,很多人怀疑
它是FreeBSD的ULE调度器在Mac OS X上的实现。ULE是FreeBSD当时最新的内核调度器,
用来替换掉老一代的4BSD调度器,当时使FreeBSD上跑多线程程序的效率获得了重大的
性能提高,远高于同期Linux和Solaris的算法效率。但当时我就认为GCD依赖FreeBSD这
项技术的可能性不大,因为Mac OS X中管理进程和线程主要用的是Mach而不是BSD。不
过后来证实我只猜对了一半,GCD的实现,实际上是依赖于FreeBSD的另一项技术kqueue
。kqueue是一个由FreeBSD 4时代引入的新功能,内核级别地支持消息通信管理。GCD的
队列,其实就是用kqueue实现的。
GCD出现的意义
在GCD中,开发者不再管理和创建线程,而是将要实现的运算抽象成一个个任务,一起
扔给操作系统,转而让操作系统管理,这在计算机科学中,被称为线程池管理模式。
在GCD中,开发者使用很简单的方式就能描述清应用程序所需执行的任务,以及任务之
间的相互关联。每一个任务在代码中被描述成块(block),然后开发者把一个一个块
显式地按顺序扔到队列(queue)中。使用块和队列两个抽象的表述,开发者无须创建
线程,也无须管理线程,更无须考虑数据的加解锁。换之而来的,是更简短可读的代码
。剩下的事,全都扔给操作系统去完成。
在操作系统那边,GCD在程序运行时,管理着一定数量的线程,线程的数量是自动分配
的,取决于用户计算机的配置和用户程序运行时的负载。多核工作站每个程序配到的线
程,自然就会比单核手机或双核笔记本来得多。而且这个线程的数量是会动态变化的。
当程序非常忙时,线程数会相应增多,而当程序闲置时,系统会自动减少其线程数量。
然后,GCD会一一从队列中读入需要执行的块,然后扔到线程上并发执行。
相信读者已经看出GCD和传统线程—锁机制的区别来了。传统的方式按劳分配,强调程
序自由独立地管理,妄想通过“无形的手”把系统资源平均分配,走的是资本主义市场
经济的道路。而GCD按需分配,真正实现了社会主义计划经济管理模式。因此在政治上
GCD就是一个代表先进生产力的计算机技术(我被自己雷了,但事实就是这样)。
GCD是一个自底向上的技术,它实际上由以下6个部分组成。
编译器层面,LLVM为C、Objective-C和C++提供了块语法,这个内容等下会介绍。
运行库方面,有一个高效分配管理线程的运行库libdispatch。
内核方面,主要基于XNU内核Mach部分提供的Mach semaphores和BSD部分提供的kqueue(
)机制。关于XNU内核的更多细节,请参考即将发行的四月刊《半导体的丰收(下)》。
dispatch/dispatch.h提供了丰富的底层编程接口。
在Cocoa层面,NSOperation被重写,因为使用libdispatch,所以先前使用NSOperation
的程序不需改动,就自动享受Grand Central Dispatch的最新特性。
Instruments和GDB提供了非常完整的分析和调试工具。
GCD还有一些工程上的优势。首先,程序的响应速度会更快。GCD让程序员更方便地写多
线程程序,因此写一个多线程程序来实现前后台简单多了,极大改善了Mac OS X上应用
程序的生态环境。而且GCD的代码块队列开销很小,比传统线程轻量得多。统计表明,
传统的Mac OS X上使用的POSIX线程需要数百个计算机汇编指令,占用512KB的内存,而
一个代码块队列才用256字节的长度,把块加入队列,只需要15个计算机汇编指令,因
此开成百上千个也不费什么事。
其次,线程模式是一种静态的模式,一旦程序被执行,其运行模式就被固定下来了。但
用户的计算机配置各不相同,运行时别的程序有可能耗用大量的计算资源。这些都会影
响该程序的运行效率。而动态分配系统资源则能很好地解决这个问题。苹果自然也是不
遗余力地忽悠开发者使用GCD,因为各个软件共享多核运算的资源,如果GCD被更多的开
发者采用,整个苹果平台的生态也就更健康。
而最重要的,还是GCD采用的线程池模式极大简化了多线程编程,也降低了出错的可能
性。著名FreeBSD开发者Robert Watson还发布了一个他修改过的Apache,并释出了补丁
,声称只需原先1/3至1/2的代码量,就实现了原先的多线程模块,并比原先的效率更好。
如何应用GCD
当然,老王卖瓜,自卖自夸,没有实际的例子,是不能让读者信服的。下面我们就来简
单讲解GCD的技术。
首先是块状语法,是一个对C、C++和Objective-C语言的扩展。用来描述一个任务,用^
引导的大括号括起来。比如最简单的:
x = ^{ printf(“hello world\n”);}
则 x 就变成了一个块。如果执行:
x();
那么程序会打印hello world出来。当然,blcok像函数一样,可以跟参数,比如:
int spec = 4;
int (^MyBlock)(int) = ^(int aNum){
return aNum * spec;
};
spec = 0;
printf(“Block value is%d”,
MyBlock(4));
这里MyBlock是一个带参数的代码块。
读者看到这里不禁要问,块到底有什么好处?它和C的函数指针有什么不同?我们依然
用上面的例子来说明问题,虽然后面我们把spec变量改为0,但事实上在MyBlock创立时
,已经生成了一个闭包,因此它最后输出的结果,仍是16,不受spec值改动的影响。这
对于搞函数式编程的人来说再熟悉不过了,因此很多开发者亲切地称呼块语法的C扩展
为“带lambda的C”。
有了闭包功能的C顿时牛起来—你可以把函数和数据包装在一起—这就是块的真正功能
。因为只要一个闭包包含了代码和数据,它的数据就不会被别的闭包轻易改动,所以在
它执行时,你根本不用为数据上锁解锁。
有了一系列的代码块后,接下来的事是把代码块扔到队列里。比如最简单的:
dispatch_queue_t queue = dispatch_get_global_queue(0,0);
来创建一个轻量级的队列,然后
dispatch_async(queue,
^{printf(“hello world\n”);});
那这个代码块就被扔进queue这个队列中了。你可以手动依次添加任意多个项目,比如
“带着老婆”、“出了城”、“吃着火锅”、“唱着歌”、“突然就被麻匪劫了”等。
当然在更多的场合,你会更倾向于使用自动事件源,每当一个事件触发时(比如定时器
到点、网络传来包裹,或者用户点击了按钮),相应的代码块被自动添加到队列中。
一旦队列不是空的,GCD就开始分配任务到线程中。拿上面的例子来说,“老婆”、“
城”等变量可是封在闭包里的,所以在运行时,不用考虑它们被某个别的闭包改掉(当
然也有方法来实现这个功能)。总体而言,这个模式比线程—锁模型简单太多—它的执
行是并行的,但思维却是传统的异步思维,对没有学习过系统多线程编程的开发者来说
,依然能很容易地掌握。
读者可能要问,如果闭包之间有复杂的依赖关系,需要申明某两个操作必须同步或异步
怎么办?比如“出了城”必须在“吃着火锅”之前。在GCD中,可以使用dispatch_
async和dispatch_sync来描述这样的依赖关系,而在Cocoa层面,NSOperation中的队列
依赖关系甚至可以被描述成有向图。
GCD得到广泛应用
GCD一经推出就得到了广泛的应用。苹果自家的软件Final Cut Pro X、Mail等软件,都
采用GCD来实现任务并发和调度,因此Mac OS X 10.6成为了有史以来最快的发行版。从
iOS 4开始,iPhone和iPad也加入了GCD的支持。更别提原来使用Cocoa的NSOperation相
关接口的程序,无需改动即享受GCD的优惠。
GCD在Mac OS X 10.6发布后,又以libdispatch为名,作为一个独立的开源项目发布。
所需的外围代码,如编译器的块支持、运行库的块支持、内核的支持,也都能在LLVM和
XNU等开源项目代码中找到,所以很快被别的操作系统采用。作为Mac OS X的近亲,
FreeBSD在一个月后即完整移植了整套GCD技术,并最终在FreeBSD 9.0和8.1中出现。诸
多Linux发行版也提供libdispatch的包,使用Linux内核的epoll来模拟FreeBSD的
kqueue。2011年5月5日, Windows的移植工作也宣告完成。
另外,GCD也成为拯救动态语言的重要法宝。由于受GIL(全局解释锁)的限制,动态语
言虽然有操作系统原生线程,但不能在多核处理器上并行执行。而GCD成功绕开了这个
限制,如加入GCD支持的Ruby 实现MacRuby就能在多核处理器上高效执行。 因此,在苹
果生态圈以外,GCD也会得到越来越多的应用。读者马上还会看到,苹果同时推出的另
一项主推技术中也使用了GCD,详细内容请关注四月刊《半导体的丰收(下)》。
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R*d
3
有没有可能自然选择作用到epigenetics上来?
epigenetics本是可遗传的意思,那么有理由假设对这个特性可能有自然选择。
但是,epigenetics的信息在传代中会被抹去,并在zygote中重新建立。那么直接对
epigenetics的选择似乎不会存在?
有没有可能是因为mutation的差异,所以有epigenetics的差异。对epigenetics的选择
其实是对mutation的选择?
多谢了。
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C*d
4
There are nets to protect your vegetables. Or you can try 稻草人, You should
not try to kill them because of so many reasons.
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n*k
5
of course possible and although it is not proven but many are studying along
the line...

【在 R******d 的大作中提到】
: 有没有可能自然选择作用到epigenetics上来?
: epigenetics本是可遗传的意思,那么有理由假设对这个特性可能有自然选择。
: 但是,epigenetics的信息在传代中会被抹去,并在zygote中重新建立。那么直接对
: epigenetics的选择似乎不会存在?
: 有没有可能是因为mutation的差异,所以有epigenetics的差异。对epigenetics的选择
: 其实是对mutation的选择?
: 多谢了。

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c*o
6
俺小时候是用弹弓解决的
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n*k
7
Indeed, in a way, it is likely how the acquired inheritance works...after
all, Lamarck was not completely wrong...

【在 R******d 的大作中提到】
: 有没有可能自然选择作用到epigenetics上来?
: epigenetics本是可遗传的意思,那么有理由假设对这个特性可能有自然选择。
: 但是,epigenetics的信息在传代中会被抹去,并在zygote中重新建立。那么直接对
: epigenetics的选择似乎不会存在?
: 有没有可能是因为mutation的差异,所以有epigenetics的差异。对epigenetics的选择
: 其实是对mutation的选择?
: 多谢了。

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b*f
8
用网子会把院子弄得不好看,
我想鸟个数应该不多,
杀一儆百可能有效果,
我在院子里杀鸟,会有法律上的麻烦么?

should

【在 C*******d 的大作中提到】
: There are nets to protect your vegetables. Or you can try 稻草人, You should
: not try to kill them because of so many reasons.

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R*d
9
给点参考文献吧,多谢了

【在 n********k 的大作中提到】
: Indeed, in a way, it is likely how the acquired inheritance works...after
: all, Lamarck was not completely wrong...

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c*o
10
俺觉得会有麻烦,想想看后院挂了一串剥了皮的鸟.......

【在 b*f 的大作中提到】
: 用网子会把院子弄得不好看,
: 我想鸟个数应该不多,
: 杀一儆百可能有效果,
: 我在院子里杀鸟,会有法律上的麻烦么?
:
: should

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t*o
12
有朋友说:
洗碗液用水稀释以后, 喷到菜上, 鸟/虫就不愿意吃了.
另外你要先搞清楚鸟是不是冲着地里或者菜里的虫来的.
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n*w
13
I think last time Dua brought up this interesting question.
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b*f
14
把白菜叶子都啄光了,
不是什么好鸟。
杀了鸟肯定把它埋了,
不屑于吃它。

【在 t*o 的大作中提到】
: 有朋友说:
: 洗碗液用水稀释以后, 喷到菜上, 鸟/虫就不愿意吃了.
: 另外你要先搞清楚鸟是不是冲着地里或者菜里的虫来的.

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C*d
15
Different places have different laws. But if you are not sure whether the
birds are protected by law, it is better for you not to harm them to avoid
trouble. Who knows, maybe your neighbor sees you killing them and calls
police for animal cruelty. I have the same problem as you. The flowers in my
front yard have been eaten by wild deers all the time, and all that I have
got so far for the past year are roots bared above ground. Should I kill the
deers? Definitely no. I am planting something diff

【在 b*f 的大作中提到】
: 用网子会把院子弄得不好看,
: 我想鸟个数应该不多,
: 杀一儆百可能有效果,
: 我在院子里杀鸟,会有法律上的麻烦么?
:
: should

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C*K
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錢太多嗎?
有人在院子用球棒打一隻貓頭鷹(因為那隻貓頭鷹吵到他看football), 被罰了美金兩萬
.
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d*g
17
net.
your dog or cat may go hunting in all seasons without a license.

【在 b*f 的大作中提到】
: 种的菜被几只鸟搞得一塌糊涂。
: 有什么办法赶跑他们让他们不再来?
: 有没有什么毒药可以消灭他们?
: 谢谢!

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m*d
18
鸟怕蛇,四处摆几条假蛇
养猫
或者投资几百元搞个驱鸟装置

【在 b*f 的大作中提到】
: 种的菜被几只鸟搞得一塌糊涂。
: 有什么办法赶跑他们让他们不再来?
: 有没有什么毒药可以消灭他们?
: 谢谢!

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