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怎么从芯片数据中挑出我要的200个gene的数据进行分析？

怎么从芯片数据中挑出我要的200个gene的数据进行分析？# Biology - 生物学

w*12011-07-29 07:07

1 楼

看了一下各个学校申请h1b和绿卡的比例，发现多是5：1，甚至10：1.那那些不给办绿
卡的人怎么办？这么多的人只办h1b，工作满六年以后怎么办？我自己就是硕士，学校
不给办绿卡，h1b快到期了。以为换个学校会给办绿卡，结果发现大多数学校只给一小
部分人绿卡。难道非要读个博士不可?

a*s2011-07-29 07:07

2 楼

想给父母申请延期，可是ELIS在maintenence, 请问有谁遇到过类似情况吗？

t*y2011-07-29 07:07

3 楼

译者：然之
来自：susanmiller小组（http://www.douban.com/group/susanmiller/）
有时生活像是优美的诗歌，这将会在4月的下旬得到见证。当四月来临，你也许会认为
提升的期望并没有得到实现，但这只是暂时的。因为，必须承认，4月伊始，金牛的日
子并没有那么美好。但是当我们经历了两方面的困难后，生活就会有戏剧化的提升！
金牛座将会有两大问题点。第一次在4月6号，满月在天秤座17度，点亮金牛工作和健康
的第六宫。一个工作项目将在限期结束（在6号前后四天内），使得你身边的所有人都
处于紧张中。有许多事情要处理，时间却不足。在这次满月中，冥王星将处在困难的角
度。法律事务将变得棘手，或者在海外或者远距离的某人将会开始苛求你，要求需要耗
费时间的海关或者其他政府文书工作。公民身份问题进展不易。如果你是记者或者制片
人，在媒体工作。可以预计你的项目需要更多的信息，更多的挖掘以及许多最后需要注
意的事情。照顾好健康，因为这次满月看起来令人心力交瘁。之后，一旦太阳落在金牛
座，你将感到你的健康状况立刻的提升。
因为水星的逆行过去的一个月是困难的，但是从4月4日开始水星开始直行。水星是管理
思考，计划，感知，言语，写作和所有有关交流的行星，所以当它逆行，我们都要受到
感染，所有交流有关的事情都会变得乱七八糟。人们会变得犹豫不决，健忘，难以接触
。我们会听到关于延期，取消，遗失或是需要修理的东西。我们不能感知的是在水星逆
行的这个期间也预示着以后生活道路中的一个变化，以前固定不变的，现在开始不确定
。如果在3月12号之后的3周内你做了一项决定，很有可能，你还需要改变你的决定。水
星4月4日开始直行，你仍然需要在4号之后留一点空间，因为没有行星能够立刻改变轨
道。还有另外一个原因-你需要等待火星也处于有利的位置。
在4月13日，火星也会从逆行转为直行。火星的顺利运行可能等同于甚至超越水星对于
你的事业成功的影响。火星是你所有一切的助推器，如果火星不工作，所有事情都会匍
匐前进。新的项目看似缺乏成功所需要的激情和吸引力。
从2月23日火星逆行开始你会开始感受到进度的困难。火星现在运行到你的爱情宫，在
结束3个月的休眠后，火星重新上路是很有利的消息。从现在起火星会帮助你找到对的
那个人，或是让你爱的人更关注你。
你仍然不要急于做任何重要的事情，至少等到4月13日。因为我们仍然需要经历今年最
困难的一天-4月15号，周日，当土星对立太阳（加上在15号的前后2天）。太阳带来温
暖，成长和热情，但是土星则是寒冷，冰冻的行星，带来一个需要小心和压迫的困境。
如果在15号的前后两天，你刚开始一项重要的工作或是感情，收益将会很低或者带来损
失（对于金牛座，不要试图在经济上劝说一个懂行的人）。我也发现这将会带来难以入
耳的批评。令人高兴地是， 4月17日以后，你的生活将回归正常。利用你得到的任何回
馈来提升自己的表现，但是不要让任何人的言语带走你的信心。
坚持下去！现在，我有很多不可思议的好消息给你！
一旦，新月出现在4月21日的金牛座2度，你会感受到你的光辉。这个月基调将会改变，
并且你会立刻感受到电力和空气里快乐的味道。新月创造了一个极好的展示和谐的机会
，链接在处女座的火星，摩羯座的冥王星和双鱼座的海王星。火星将会极大的增加你的
创造性，冥王星将会在你之前在满月之日（4月6日）出现问题的事情上带来好消息-也
就是，法律事宜，出版，广播项目，和学术有关的事情以及有关升学，国际关系和公民
工作事务，进出口和海外旅行。（这些都会是令人兴奋的领域！）
如果你的生日是在4月21日的新月或者在这一天的5天内，这次新月对于你的效果将加倍
。你将会获得宇宙头奖！但是即使你的生日是在4月，如果你有行星是落在或是靠近2度
金牛座，处女座，摩羯座，双鱼座，巨蟹座或是天蝎座，你荏苒会受益。
新月带来的美妙也就是我要你等到4月21日再签订合同和开始合作的原因-你将会获得事
业所需要的所有来保证事业的成功。这次新月是你长久以来见过的最甜蜜的之一，如果
你能，请利用它来展开新的事业，感情，或是任何对你重要的梦想。
关于你的财务状况，你将会受益于处于双子座的金星。金星管理你的金钱，同样也是你
的管理者，所有你有2个乐观的理由来见证你财富的增加。在4月3日8月7日的区间，金
星将会很长时间处在双子座。依然，请在4月下旬或5月初处理你所有重要的财务事务，
因为从5月15日到6月27日，金星将会逆行。这是很少见的，因为金星不常出状况，但是
这次逆行确实存在，逆行会滞后你的付款或是投资，在你的道路上放置障碍。这次逆行
仅持续6周，但是因为你的完美新月是在4月21日，为什么不利用新月来避免金星在5月
15日到6月27日的逆行呢？
木星划过金牛座，从13度到29度。这就意味着，如果你的生日是在5月2日到10日的任何
一天，4月份的你将会无比的幸运。这是稀有的影响力，而且不会再次出现直到2023年
！木星将会大量给予你礼物！你能够享受很好的健康，感到积极乐观，享受国际旅行以
及1到2个大的工作订单。如果你有任何需要见的重要人物能够让你梦想成真，你必须从
4月21到30日就开始规划来获得这次好运。
关于爱情，所有一切状况都很完美，你能够遇到你的真命天子。木星在你的太阳宫附近
运行，保护你的兴趣，并且会扮演小媒人的角色来帮你找到值得你爱的那个人。古代占
星家认为，当木星在你的星座是最好的，比其他任何行星更能给你带来结识真爱的好运
。紧接着，火星在你的爱情宫（不再逆行），水星-所有交流相关的的掌管者开始强势
改变沟通问题，同样也会增加你成功的可能。亲爱的牛牛们，所有的行星现在都在向你
清楚的表明-你能够找到真爱！好运的木星会一直停留在金牛座直到6月11日，尽可能的
利用它。如果你已经有了另一半，你也会感到关系良好。你会找到能够更贴近另一半的
方法，你们甚至有可能一起出国旅游。你是否想过在生日时渡个假？单身或有伴，都是
不错的主意！在四月下旬行动吧！
谈到爱情和愉悦，在4月21-22的周末将会充满浪漫，在双鱼座的海王星，现在正以完美
的角度对着太阳和月亮，给你带来朋友和值得期待的迷人活动。木星会欢迎4月22日，
周日在金牛座的月亮，增加奢侈和纵容。
周末的愉悦将会持续到4月23日，周一，当太阳和火星在浪漫的高位，将会产生魔幻般
的能量。这一天将会点燃你的浪漫之火，同样有能力点燃你从未有过的想象力。你能够
用这天来进行创意，艺术的表达，或者爱情，两者同时进行也可。实话说，这将会是这
些日子你获得双重快乐的一天。
这个月早些的一天将给你带来丘比特之剑-就在你认为它不可能发生的时候-4月8日，当
金星和天王星交换快乐的信号。你最早会在周六早上就感到这种光芒，这回使得这个月
的第一个周末与众不同，特别是如果你单身并且期待真爱。金星在双子座，天王星则在
背后默默出力，预示着一个短暂的旅途-或是在附近的旅途-能够召唤你的真爱。也有可
能，你的相亲对象意外的正中下怀。金星是你的守护星座，当它以这么完美的角度对着
天王星-惊喜的行星时，一切皆有可能！
亲爱的牛牛们，你们现在兴奋么？你应该如此！我何时又听说过关于浪漫，旅行，健康
，事业和财务如此令人兴奋的消息？勇敢的踏入世界，发掘所有等待你的美好！
________________________________________
总结：
牛牛们的时刻到来啦！亲爱的牛牛，你没有看到马上你将是多么不可思议的幸运-在4月
的最后10天。4月开始时很安静。在4月初的两周，火星将持续逆行，持续从1月底就开
始的状况。因为火星是所有重要事业和感情的助推器，这就意味着，4月初你能感受到1
月底以来同样的低潮。
有效利用月初火星依然逆行时期的方法是，深入思考2012年初，当你拥有木星-礼物和
好运赠有者在金牛座的庇护时，你想要在想要达成的目标。木星正以良好的姿态运转，
准备好在所有的方面帮助你。木星帮助你进入更高的工作职位，在过去木星尚未敞开大
门时，这似乎是不能的。尝试达成，你会发现和过去相比，现在它对于你是多么的容易。
木星将会在6月11日离开金牛座，所以从4月13日火星开始快速直行开始，你需要准备在
一周后做出重要的举动。有影响力的重要人物很快会询问如何帮你。
恋爱方面，你有很好的前景，但是你需要做你需要做的-向别人展示你愿意结识他人的
兴趣。
直到4月13日的火星直行，请继续等待-你需要火星的助力来给你的项目以推力，甚至你
最亲近的人这个月末也会变得更好。在4月13日后，给火星一些时间。4月15日注定会是
今年最困难的一天，因为土星会正对太阳。你的健康会衰退，或者有家庭事务困然你。
工作上，项目可能遇到困难，你也会突然感到无法承担。这些乌云会迅速离开你，所以
用最大努力去应对4月15号前后的几天。
你的大时刻将在4月21日到来，当新月在金牛座时，你将如身置天堂，呼唤你去触摸繁
星。你会发现自己处于强势时期，非常适合起航实现梦想的第一步，不管是哪个领域。
你的生日越靠近4月21日，你越能获得更多的帮助。更多的好运将在下个月的月初到达
，请保持乐观。你的大时刻到来啦。这意味着在生活的所有方面你都将获得帮助。可能
帮助很小，但也是非常有益，这将会从4月21日持续到6月11日，当木星离开金牛座。之
后，你会从之前的工作中获得丰富的财务报偿。保持乐观！这是金牛座的美好时刻！
________________________________________
金牛座的大日子:
最浪漫的夜晚: April 3-4, 7, 8-9, 11-12, 16-17, 21-22, 23, 26, and 29.
4月3日到8月7日，你的管理者，金星将会进入双子座，管理你财务的第二宫，给你的财
务状况带来提升。
水星从4月4日起直行，在没有延迟！你也可以购物。
火星在4月13日开始直行，所以火星将会在爱情方面给与你极大的帮助
4月6日的新月在天秤座，意味着得到新客户或者派遣的机会。同样，也是开始新的健康
生活方式的好时候。然而土星在附近，所以一些工作会有些费力。
4月21日的新月将会在金牛座。在接下来的两周，你将会有与梦想更靠近的机会。
感谢海王星与太阳的交流，4月21-22日的社交活动将会充满魔力。
与VIP的机密谈话将会在4月27日顺利进行
签订合同的最佳时机是4月21日。
原文链接：
http://www.astrologyzone.com/forecasts/monthly/taurus_full.php

A*s2011-07-29 07:07

4 楼

也不记得设置过什么了，但是现在看youtube那个进度条没有超过播放标了，也就是不
buffer了。。。在chrome和IE下都正常。。。有达人知道哪里改么？谢谢！

T*i2011-07-29 07:07

5 楼

Crypto生成的密钥竟然是错的！
浪费了我2个小时！
https://github.com/golang/go/issues/30095

o*42011-07-29 07:07

6 楼

我手头的芯片数据有几万个基因的，
我现在想挑出200个gene的数据进行分析，
一个个挑太费时间了，有没有快速的办法？
O(∩_∩)O谢谢

d*02011-07-29 07:07

7 楼

EB2办了也得排很多年吧

s*d2011-07-29 07:07

8 楼

用ie试试

★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.2.2

【在 a**s 的大作中提到】

: 想给父母申请延期，可是ELIS在maintenence, 请问有谁遇到过类似情况吗？

w*u2011-07-29 07:07

9 楼

清除cookies？

c*o2011-07-29 07:07

10 楼

靠， go有4282个issue，Scala才 1837个就被骂的不行了。。

j*x2011-07-29 07:07

11 楼

问题问得太外行了。。。

【在 o**4 的大作中提到】

: 我手头的芯片数据有几万个基因的，
: 我现在想挑出200个gene的数据进行分析，
: 一个个挑太费时间了，有没有快速的办法？
: O(∩_∩)O谢谢

A*s2011-07-29 07:07

12 楼

我艹果然行了。。。高人啊
这是咋回事？

【在 w**********u 的大作中提到】

: 清除cookies？

p*u2011-07-29 07:07

13 楼

golang有大厂撑腰，用的人也多。

【在 c******o 的大作中提到】

: 靠， go有4282个issue，Scala才 1837个就被骂的不行了。。

d*y2011-07-29 07:07

14 楼

你凭什么挑出200个？还是随机挑出200个？ array的数据，有时候很难看出好结果来
的。大规模的分析反而有些用处。

w*u2011-07-29 07:07

15 楼

谬赞了，上次实验室的电脑一样的问题也是这么解决的，不知道啥原理。。。

d*e2011-07-29 07:07

16 楼

当然是挑出部分基因看了，几万个基因一起看只能看一团麻点。“大规模的分析”最后
还是着落在一小撮基因上。

【在 d***y 的大作中提到】

: 你凭什么挑出200个？还是随机挑出200个？ array的数据，有时候很难看出好结果来
: 的。大规模的分析反而有些用处。

A*s2011-07-29 07:07

17 楼

给你发包子

【在 w**********u 的大作中提到】

: 谬赞了，上次实验室的电脑一样的问题也是这么解决的，不知道啥原理。。。

o*42011-07-29 07:07

18 楼

我是想看某一部分基因的表达情况，
怎么样抽出这一部分基因再做分析呢？

【在 d***y 的大作中提到】

: 你凭什么挑出200个？还是随机挑出200个？ array的数据，有时候很难看出好结果来
: 的。大规模的分析反而有些用处。

w*u2011-07-29 07:07

19 楼

哈，你太客气了

o*42011-07-29 07:07

20 楼

我主要是看特定的200个基因的表达情况

【在 d*******e 的大作中提到】

: 当然是挑出部分基因看了，几万个基因一起看只能看一团麻点。“大规模的分析”最后
: 还是着落在一小撮基因上。

A*n2011-07-29 07:07

21 楼

现在的数据是什么格式的？
你已经装了什么软件？
你有没有编程的基础？
这都决定了该用什么方法．比如有GeneSpring的话就很简单了。

【在 o**4 的大作中提到】

: 我手头的芯片数据有几万个基因的，
: 我现在想挑出200个gene的数据进行分析，
: 一个个挑太费时间了，有没有快速的办法？
: O(∩_∩)O谢谢

l*y2011-07-29 07:07

22 楼

从你问问题的方式看，最快速的办法就是找个 bioinformatics 的组合做。

【在 o**4 的大作中提到】

: 我手头的芯片数据有几万个基因的，
: 我现在想挑出200个gene的数据进行分析，
: 一个个挑太费时间了，有没有快速的办法？
: O(∩_∩)O谢谢

U*S2011-07-29 07:07

23 楼

Bonferroni p adjust, rank... DEG多的话要减少数量是很容易的，相应的假阴性也增
加。

U*S2011-07-29 07:07

24 楼

如果已经有要观察的基因, 直接把这些基因的数据调出来不就行了? 这样的话还不如用
pcr base的方法比如TLDA，pcrarray，敏感性比array要高得多。

【在 o**4 的大作中提到】

: 我是想看某一部分基因的表达情况，
: 怎么样抽出这一部分基因再做分析呢？

o*42011-07-29 07:07

25 楼

我就是用下载的芯片数据分析我的200个基因的表达，
我毫无编程基础，只好用excel一个个来弄，太费时间了

【在 U********S 的大作中提到】

:
: 如果已经有要观察的基因, 直接把这些基因的数据调出来不就行了? 这样的话还不如用
: pcr base的方法比如TLDA，pcrarray，敏感性比array要高得多。

y*e2011-07-29 07:07

26 楼

外行同问：GESA 是不是可以做这个

U*S2011-07-29 07:07

27 楼

学点R/bioconduct。光是调数据的话用access也行，不过做不了normalization，数据是affymetrix芯片的话现要做probe level的summarization，这个excel和access都做不了，只有用R。或者下载个Partek/genespring，可以全功能试用2周。

【在 o**4 的大作中提到】

: 我就是用下载的芯片数据分析我的200个基因的表达，
: 我毫无编程基础，只好用excel一个个来弄，太费时间了

m*i2011-07-29 07:07

28 楼

Use vlookup function in excel.

t*d2011-07-29 07:07

29 楼

USE the "Advanced Filter" function. You can find it at menu "Data" -> "
Filter".
It is not easy to me to tell how to use the function here. Ask someone
knowing it around you.

d*e2011-07-29 07:07

30 楼

我假定你下载的是pre-processed data，而不是原始数据。这样excel可以直接打开。
在excel里面有批量查找的命令，你可以自己去google。
但是找出来200个以后怎么办，简单的统计excel也可以做，取决于你的需要。

【在 o**4 的大作中提到】

: 我就是用下载的芯片数据分析我的200个基因的表达，
: 我毫无编程基础，只好用excel一个个来弄，太费时间了

s*y2011-07-29 07:07

31 楼

外行的问一下：这个用 python 能算吗？还是非得用R？

据是affymetrix芯片的话现要做probe level的summarization，这个excel和access都
做不了，只有用R。或者下载个Partek/genespring，可以全功能试用2周。

【在 U********S 的大作中提到】

: 学点R/bioconduct。光是调数据的话用access也行，不过做不了normalization，数据是affymetrix芯片的话现要做probe level的summarization，这个excel和access都做不了，只有用R。或者下载个Partek/genespring，可以全功能试用2周。

U*S2011-07-29 07:07

32 楼

python不熟悉。
R的好处在于本身就是一个统计软件包，bionconduct收集了大量基于R用于
bioinfomatics的scripts, 使用的人可以注重于解决生物学问题而不是编程。如果常用
的统计都要自己写code的话恐怕不太实用。

【在 s*********y 的大作中提到】

: 外行的问一下：这个用 python 能算吗？还是非得用R？
:
: 据是affymetrix芯片的话现要做probe level的summarization，这个excel和access都
: 做不了，只有用R。或者下载个Partek/genespring，可以全功能试用2周。

o*42011-07-29 07:07

33 楼

GEO里下载的已经normalized的data，
我试试excel的批量找的功能吧，
谢谢

据是affymetrix芯片的话现要做probe level的summarization，这个excel和access都
做不了，只有用R。或者下载个Partek/genespring，可以全功能试用2周。

【在 U********S 的大作中提到】