chip-seq, single-read or paired-end?# Biology - 生物学
w*5
1 楼
已经交了费用，B2预约目前只能到18号，等了好些天了，是后面的还没有放出来，还是
满了啊。交费后，有效期是多久？
满了啊。交费后，有效期是多久？
C*e
2 楼
这个有什么说法么？他们的一颗大松树掉下来一段碗口粗树支，我可以要求他们收回去
么？
么？
w*s
3 楼
amazon发了信
白高兴了一场，sigh
白高兴了一场，sigh
j*o
4 楼
本人新手，刚开始做chip-seq，不知道应该用single-read 还是 paired-end，好像说
paired-end做出来的peak比较准确，但是容易有primer dimer的污染，恳请有经验的大
侠指教！
paired-end做出来的peak比较准确，但是容易有primer dimer的污染，恳请有经验的大
侠指教！
m*s
5 楼
这个你可以去试，人家nice就来收了。不过以后邻居关系就紧张了。就一点树枝，至于
吗？你跟邻居处的好的话，那点事根本不算事。
俺那天在家，听到外面blower过分的响，比较纳闷，邻居离我没那么近呀。从窗户一看
，邻居把我家临他们的所有树叶都收拾了（那边的几颗树都是俺家的）。人家可没说叶
子是你家树掉的，你来我家收拾吧。
俺个人认为，不会去说，自己收拾一下就好了。邻里关系比那点活重要
【在 C******e 的大作中提到】
: 这个有什么说法么？他们的一颗大松树掉下来一段碗口粗树支，我可以要求他们收回去
: 么？
吗？你跟邻居处的好的话，那点事根本不算事。
俺那天在家，听到外面blower过分的响，比较纳闷，邻居离我没那么近呀。从窗户一看
，邻居把我家临他们的所有树叶都收拾了（那边的几颗树都是俺家的）。人家可没说叶
子是你家树掉的，你来我家收拾吧。
俺个人认为，不会去说，自己收拾一下就好了。邻里关系比那点活重要
【在 C******e 的大作中提到】
: 这个有什么说法么？他们的一颗大松树掉下来一段碗口粗树支，我可以要求他们收回去
: 么？
S*d
6 楼
me too
d*y
7 楼
是测未知的genome，还是已知序列的genome？ 未知的话用paired-end,已知的话，两个
都能用，paired-end要贵不少。
都能用，paired-end要贵不少。
f*l
8 楼
正好捡回家烧了它。好几块钱呢
j*o
9 楼
测小鼠的，在自己研究所的facility做，价格不是问题，主要想知道哪个更好一些，对
了，我做的蛋白不是转录因子，预计peak不会很sharp，这种情况2中方法有区别吗？多
谢！
了，我做的蛋白不是转录因子，预计peak不会很sharp，这种情况2中方法有区别吗？多
谢！
t*s
10 楼
据我所知，好像不行，除非树枝全部在邻居家的“领空”。
通常是这样的：尽管树根在邻居家的地皮里，但是这棵树的树枝伸到你家领空的部
份是由你负责的，你可以去修剪 --- 当然，最好和邻居协商打个招呼。
通常是这样的：尽管树根在邻居家的地皮里，但是这棵树的树枝伸到你家领空的部
份是由你负责的，你可以去修剪 --- 当然，最好和邻居协商打个招呼。
m*T
11 楼
哪个平台？
w*g
12 楼
agreed. It is easy to ruin neighbor relation than to build one.
【在 m***s 的大作中提到】
: 这个你可以去试，人家nice就来收了。不过以后邻居关系就紧张了。就一点树枝，至于
: 吗？你跟邻居处的好的话，那点事根本不算事。
: 俺那天在家，听到外面blower过分的响，比较纳闷，邻居离我没那么近呀。从窗户一看
: ，邻居把我家临他们的所有树叶都收拾了（那边的几颗树都是俺家的）。人家可没说叶
: 子是你家树掉的，你来我家收拾吧。
: 俺个人认为，不会去说，自己收拾一下就好了。邻里关系比那点活重要
【在 m***s 的大作中提到】
: 这个你可以去试，人家nice就来收了。不过以后邻居关系就紧张了。就一点树枝，至于
: 吗？你跟邻居处的好的话，那点事根本不算事。
: 俺那天在家，听到外面blower过分的响，比较纳闷，邻居离我没那么近呀。从窗户一看
: ，邻居把我家临他们的所有树叶都收拾了（那边的几颗树都是俺家的）。人家可没说叶
: 子是你家树掉的，你来我家收拾吧。
: 俺个人认为，不会去说，自己收拾一下就好了。邻里关系比那点活重要
j*o
13 楼
Illumina
C*e
14 楼
thanks a lot for everyone's information and advice. happy new year!
s*s
15 楼
PE基本没有必要，现在一头普通的就是50bp
【在 j*********o 的大作中提到】
: 测小鼠的，在自己研究所的facility做，价格不是问题，主要想知道哪个更好一些，对
: 了，我做的蛋白不是转录因子，预计peak不会很sharp，这种情况2中方法有区别吗？多
: 谢！
【在 j*********o 的大作中提到】
: 测小鼠的，在自己研究所的facility做，价格不是问题，主要想知道哪个更好一些，对
: 了，我做的蛋白不是转录因子，预计peak不会很sharp，这种情况2中方法有区别吗？多
: 谢！
L*a
16 楼
如果不在乎钱，建议你做一个lane的PE先。
按你的说法似乎是个broad peak。
目前大多数软件对建库时候的gel selection size这个参数比较敏感，用PE的话能有个
比较准的估计。
如果一个lane的saturation不够，接下来可以再做个SE的。
供参考。
【在 j*********o 的大作中提到】
: 本人新手，刚开始做chip-seq，不知道应该用single-read 还是 paired-end，好像说
: paired-end做出来的peak比较准确，但是容易有primer dimer的污染，恳请有经验的大
: 侠指教！
按你的说法似乎是个broad peak。
目前大多数软件对建库时候的gel selection size这个参数比较敏感，用PE的话能有个
比较准的估计。
如果一个lane的saturation不够，接下来可以再做个SE的。
供参考。
【在 j*********o 的大作中提到】
: 本人新手，刚开始做chip-seq，不知道应该用single-read 还是 paired-end，好像说
: paired-end做出来的peak比较准确，但是容易有primer dimer的污染，恳请有经验的大
: 侠指教！
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