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求助--基因之间表达量回归分析软件
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求助--基因之间表达量回归分析软件# Biology - 生物学
V*e
1
还没做过,这次父母来想给订一下。
它的飞行时间好像比AA和UA长一些。
有坐过的请给介绍一下。谢谢。
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i*n
2
自从TP推出以后,发生了几件大事,百年不遇的美东地震,Jobs卸任,然后又余震,这
个周末东岸即将遭遇飓风,我们这里刚发警报小心断水断电。难道,这世界已经阻止不
了TP了?
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h*e
3
第一名是还在复旦读书的中国人,现在的年轻人不得了。
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T*X
4
我有n个样本某个miRNA的表达值,以及一大堆其他基因的表达值,要找出之间的相关性
。我想到的是简简单单用prism或者excel找出r,r2然后列个表,我们老板非要我用LOD
值做一个类似曼哈顿plot的一个图,并且为我看了别人的图旦是没告诉我怎末做(明天
我给传上来样本),这种图我以前只在qtl分析的时候看到过,x轴是染色体,他要的图
x轴是"一大堆其他基因",y轴就是LOD,还有p005p001横线。请知道的同学不吝赐教,谢
谢了,我们老板脾气不好不敢多问,又逼着我赶快下周分析出这个图。叩首!
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V*e
5
Re.

【在 V****e 的大作中提到】
: 还没做过,这次父母来想给订一下。
: 它的飞行时间好像比AA和UA长一些。
: 有坐过的请给介绍一下。谢谢。

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N*m
6
TP前得大事是狗狗买骡骡

【在 i*******n 的大作中提到】
: 自从TP推出以后,发生了几件大事,百年不遇的美东地震,Jobs卸任,然后又余震,这
: 个周末东岸即将遭遇飓风,我们这里刚发警报小心断水断电。难道,这世界已经阻止不
: 了TP了?

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R*e
7
这个应该是运气。

【在 h****e 的大作中提到】
: 第一名是还在复旦读书的中国人,现在的年轻人不得了。
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e*t
8
我印象中R/qtl可以做这种图,要看你对R了解多少。
不过你这个expression level和lod之间什么关系?
LOD score一般在qtl mapping中才用得到,你是不是指的是eQTL?
你要是你们实验室专门做bioinformatics,你们老板要求还不算过分。否则。。。
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h*n
9
座位拥挤, 国人比较多, 可以相互帮忙.空姐态度 很好
吃得还行 (不挑剔哈)
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b*2
10


【在 i*******n 的大作中提到】
: 自从TP推出以后,发生了几件大事,百年不遇的美东地震,Jobs卸任,然后又余震,这
: 个周末东岸即将遭遇飓风,我们这里刚发警报小心断水断电。难道,这世界已经阻止不
: 了TP了?

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h*e
11
人家的东东run了好几个月了,得分高居第一,怎么能说是运气呢?

【在 R******e 的大作中提到】
: 这个应该是运气。
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T*X
12
谢谢,我今天下载了一个R+qtl,不懂他们的语言,还不会用。我现在觉得lod是我们老
板的口误,可能他GWAS看得太多了。我就是想找一个方便的傻瓜软件或者容易的需要语
句的软件,能够自动曼哈顿plot m个regulator和n个基因之间的相关性p值的负对数。
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V*e
13
那你的意思是说座位有点小?谢谢。

【在 h*******n 的大作中提到】
: 座位拥挤, 国人比较多, 可以相互帮忙.空姐态度 很好
: 吃得还行 (不挑剔哈)

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Y*e
14
对HP无限崇拜。

【在 i*******n 的大作中提到】
: 自从TP推出以后,发生了几件大事,百年不遇的美东地震,Jobs卸任,然后又余震,这
: 个周末东岸即将遭遇飓风,我们这里刚发警报小心断水断电。难道,这世界已经阻止不
: 了TP了?

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R*e
15
好好,你厉害

【在 h****e 的大作中提到】
: 人家的东东run了好几个月了,得分高居第一,怎么能说是运气呢?
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T*X
16
另外,我们实验室不是bioinfo实验室,但是我们这些钱老经常被要求做一些力所不能
及的事情。很刺激,好痛苦。
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c*n
17
不知你的落脚城市.我们这儿,海航的起飞和达到时间都很好,两边都是下午.
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i*n
18
标题应该改成TP全面超越发改委?
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h*e
19
不服你也去参赛啊。这个的submission是早就结束了,你可以找别的challenge做。

【在 R******e 的大作中提到】
: 好好,你厉害
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o*r
20
LOD应该是linkage analysis的东西吧。。。

【在 T**X 的大作中提到】
: 谢谢,我今天下载了一个R+qtl,不懂他们的语言,还不会用。我现在觉得lod是我们老
: 板的口误,可能他GWAS看得太多了。我就是想找一个方便的傻瓜软件或者容易的需要语
: 句的软件,能够自动曼哈顿plot m个regulator和n个基因之间的相关性p值的负对数。

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V*e
21
你说的是从北京到芝加哥的吧?

【在 c******n 的大作中提到】
: 不知你的落脚城市.我们这儿,海航的起飞和达到时间都很好,两边都是下午.
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N*m
22
我该相信谁?

【在 b*****2 的大作中提到】

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m*r
23
能搞竞赛的, 我看都得有两把刷子。
好比搞体育参加校队的, 离业余水平都差了十万八千里, 但比普通人还是强了很多。
有时我就想, 如果让小孩从小专门就练习一样东西, 从5岁练到高中, 是不是能练
出个名堂 ?
比如邓亚萍从小就练乒乓, 她爸是乒乓教练; 迈克尔杰克逊从小练唱歌, 他爸是唱
歌的;那英的小孩,也是从小练冰球,练了十几年,进了国家队。 当然练篮球排球肯
定不行 ,身高摆着呢。
还有最近弹钢琴的朗朗, 都是从小练。如果十几年只练一门功夫, 甭管是什么,哪怕
是背字典, 是不是一定能练出个名堂?
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A*n
24
你可以对于每个基因算其和miRNA的相关系数,或者相关性的p-value,然后把-log10(
pvalue)画在坐标轴上,用R可以考定的,不过你还要知道每个基因的染色体坐标。

LOD

【在 T**X 的大作中提到】
: 我有n个样本某个miRNA的表达值,以及一大堆其他基因的表达值,要找出之间的相关性
: 。我想到的是简简单单用prism或者excel找出r,r2然后列个表,我们老板非要我用LOD
: 值做一个类似曼哈顿plot的一个图,并且为我看了别人的图旦是没告诉我怎末做(明天
: 我给传上来样本),这种图我以前只在qtl分析的时候看到过,x轴是染色体,他要的图
: x轴是"一大堆其他基因",y轴就是LOD,还有p005p001横线。请知道的同学不吝赐教,谢
: 谢了,我们老板脾气不好不敢多问,又逼着我赶快下周分析出这个图。叩首!

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m*d
25
呵呵,这个好

【在 b*****2 的大作中提到】

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f*t
26
一万小时定律

【在 m******r 的大作中提到】
: 能搞竞赛的, 我看都得有两把刷子。
: 好比搞体育参加校队的, 离业余水平都差了十万八千里, 但比普通人还是强了很多。
: 有时我就想, 如果让小孩从小专门就练习一样东西, 从5岁练到高中, 是不是能练
: 出个名堂 ?
: 比如邓亚萍从小就练乒乓, 她爸是乒乓教练; 迈克尔杰克逊从小练唱歌, 他爸是唱
: 歌的;那英的小孩,也是从小练冰球,练了十几年,进了国家队。 当然练篮球排球肯
: 定不行 ,身高摆着呢。
: 还有最近弹钢琴的朗朗, 都是从小练。如果十几年只练一门功夫, 甭管是什么,哪怕
: 是背字典, 是不是一定能练出个名堂?

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i*n
27
TP是三体入侵的前兆,还是智子的潜伏。。。。?
感觉原来越有文学创作的价值了。。

【在 b*****2 的大作中提到】

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g*t
28
結束了我記得也可以自己做,出分數的。


: 不服你也去参赛啊。这个的submission是早就结束了,你可以找别的challenge
做。



【在 h****e 的大作中提到】
: 不服你也去参赛啊。这个的submission是早就结束了,你可以找别的challenge做。
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y*n
29
感觉有必要周末去排队抢一个了。搞不好tp是上帝爷提前派发的护身符。明年他老人家
开始重构,不管平时礼拜日去不去荣耀他老人家,没有TP就直接灭了。有TP就算他老人家的选民,得永生。

【在 i*******n 的大作中提到】
: 自从TP推出以后,发生了几件大事,百年不遇的美东地震,Jobs卸任,然后又余震,这
: 个周末东岸即将遭遇飓风,我们这里刚发警报小心断水断电。难道,这世界已经阻止不
: 了TP了?

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g*t
30
沒錯。起碼各種算法是頂級熟練的,解決問題的能力也是很強大的。寫代碼一定是過硬
的。缺點是,做题不容
易建立自己的IP。kaggle時間比較緊,多數來不及自己設計算法。


: 能搞竞赛的, 我看都得有两把刷子。

: 好比搞体育参加校队的, 离业余水平都差了十万八千里, 但比普通人还
是强了
很多。

: 有时我就想, 如果让小孩从小专门就练习一样东西, 从5岁练到高中,
是不
是能练

: 出个名堂 ?

: 比如邓亚萍从小就练乒乓, 她爸是乒乓教练; 迈克尔杰克逊从小练唱歌
, 他
爸是唱

: 歌的;那英的小孩,也是从小练冰球,练了十几年,进了国家队。 当然
练篮球
排球肯

: 定不行 ,身高摆着呢。

: 还有最近弹钢琴的朗朗, 都是从小练。如果十几年只练一门功夫, 甭管
是什么
,哪怕

: 是背字典, 是不是一定能练出个名堂?



【在 m******r 的大作中提到】
: 能搞竞赛的, 我看都得有两把刷子。
: 好比搞体育参加校队的, 离业余水平都差了十万八千里, 但比普通人还是强了很多。
: 有时我就想, 如果让小孩从小专门就练习一样东西, 从5岁练到高中, 是不是能练
: 出个名堂 ?
: 比如邓亚萍从小就练乒乓, 她爸是乒乓教练; 迈克尔杰克逊从小练唱歌, 他爸是唱
: 歌的;那英的小孩,也是从小练冰球,练了十几年,进了国家队。 当然练篮球排球肯
: 定不行 ,身高摆着呢。
: 还有最近弹钢琴的朗朗, 都是从小练。如果十几年只练一门功夫, 甭管是什么,哪怕
: 是背字典, 是不是一定能练出个名堂?

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C*l
31
不奇怪,国内搞深学比这里更狂热,学校的小年轻更有时间折腾。

【在 h****e 的大作中提到】
: 第一名是还在复旦读书的中国人,现在的年轻人不得了。
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R*e
32
瞎折腾,DL能预测股市?走运就是走运
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w*g
33
走运也是一种本事。发财的,多少都有走运的成分。

【在 R******e 的大作中提到】
: 瞎折腾,DL能预测股市?走运就是走运
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W*o
34
需要天赋的
我小学体育老师都是是省队的,羽毛球,乒乓球,田径,etc, 小学时候乒乓球俱乐部
里就有七八岁小孩跟着那些人算是semi-professional的训练,当然不是脱产的,据他
们说从小专业训练能让你到省队这个级别,在往上比如打进国家队,甚至代表国家参加
比赛,就是天赋了
但是,就乒乓球来说省队这个级别不值钱,ROI太低太低了,艺术也一样,我小学班里
学小提琴的十几个,现在没一个人会弹梁祝。

【在 m******r 的大作中提到】
: 能搞竞赛的, 我看都得有两把刷子。
: 好比搞体育参加校队的, 离业余水平都差了十万八千里, 但比普通人还是强了很多。
: 有时我就想, 如果让小孩从小专门就练习一样东西, 从5岁练到高中, 是不是能练
: 出个名堂 ?
: 比如邓亚萍从小就练乒乓, 她爸是乒乓教练; 迈克尔杰克逊从小练唱歌, 他爸是唱
: 歌的;那英的小孩,也是从小练冰球,练了十几年,进了国家队。 当然练篮球排球肯
: 定不行 ,身高摆着呢。
: 还有最近弹钢琴的朗朗, 都是从小练。如果十几年只练一门功夫, 甭管是什么,哪怕
: 是背字典, 是不是一定能练出个名堂?

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n*t
35
這本事能學嗎?否則說他的本事的point是?

【在 w***g 的大作中提到】
: 走运也是一种本事。发财的,多少都有走运的成分。
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h*e
36
还是送你那句国内最流行的话:越努力越幸运!

【在 n******t 的大作中提到】
: 這本事能學嗎?否則說他的本事的point是?
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g*t
37
兑现自己的运气,或者说talent,是可以学的本事?
或者说不浪费自己的talent,是可以学的本事?
这应该跟兑现自己的时间,多有些产出是类似的?

【在 n******t 的大作中提到】
: 這本事能學嗎?否則說他的本事的point是?
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g*t
38
方向错了,瞎忙很多年也是可以的。


: 还是送你那句国内最流行的话:越努力越幸运!



【在 h****e 的大作中提到】
: 还是送你那句国内最流行的话:越努力越幸运!
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h*e
39
努力当然也在包括人生方向,事业方向的选择上面。努力认识自己努力了解世界,才能
做出更加正确的人生选择。

【在 g****t 的大作中提到】
: 方向错了,瞎忙很多年也是可以的。
:
:
: 还是送你那句国内最流行的话:越努力越幸运!
:

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l*n
40
这个真的需要大量时间投入和坚持

【在 h****e 的大作中提到】
: 第一名是还在复旦读书的中国人,现在的年轻人不得了。
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g*t
41
人多的竞赛要拿第一都很难。都需要天分的。所以没那个天分的就别参加,不然就是类
似于没本钱还要和巴菲特赌博。


: 这个真的需要大量时间投入和坚持



【在 l******n 的大作中提到】
: 这个真的需要大量时间投入和坚持
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R*e
42
可不试,咋知道有无那天分呢?
另外,走运不是天分。

【在 g****t 的大作中提到】
: 人多的竞赛要拿第一都很难。都需要天分的。所以没那个天分的就别参加,不然就是类
: 似于没本钱还要和巴菲特赌博。
:
:
: 这个真的需要大量时间投入和坚持
:

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g*t
43
理论上最安全的策略是:
Create a game that fits your talent and invite others to
play.


: 可不试,咋知道有无那天分呢?

: 另外,走运不是天分。



【在 R******e 的大作中提到】
: 可不试,咋知道有无那天分呢?
: 另外,走运不是天分。

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R*e
44
金融市场价格变化,如果是理论意义上的随机过程,即是一个鞅(martingale),那么
拿第一名纯粹是巧合,即理论意义上的走运。
如果不是,那么就是本事。
你选择吧,到底金融市场价格变化是否随机。

【在 w***g 的大作中提到】
: 走运也是一种本事。发财的,多少都有走运的成分。
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p*9
45
其实理论上如何都无所谓,关键是这个结果出来后很多基金会邀请复旦小伙参加项目。
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l*n
46
拿第一不是目的,更多的是一个学习的过程,重在参与和过程。
无论多牛的人,在某个竞赛上都不能说肯定能拿第一。你这么说就没有人参加了

【在 g****t 的大作中提到】
: 人多的竞赛要拿第一都很难。都需要天分的。所以没那个天分的就别参加,不然就是类
: 似于没本钱还要和巴菲特赌博。
:
:
: 这个真的需要大量时间投入和坚持
:

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g*t
47
真钱炒股,更能学习,全方位的。


: 拿第一不是目的,更多的是一个学习的过程,重在参与和过程。

: 无论多牛的人,在某个竞赛上都不能说肯定能拿第一。你这么说就没有人参加了



【在 l******n 的大作中提到】
: 拿第一不是目的,更多的是一个学习的过程,重在参与和过程。
: 无论多牛的人,在某个竞赛上都不能说肯定能拿第一。你这么说就没有人参加了

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g*t
48
金融游戏比你想象的复杂的多。好多功夫都在戏外。
例如你算一下,假如我有10万的本钱,你有5元,咱们扔理想的硬币,那么99.99%以上
的概率下,你多少轮输光?
假如是3个人玩,两个互相可以借钱.你就自己一个人。你又多少轮输光?


: 金融市场价格变化,如果是理论意义上的随机过程,即是一个鞅(
martingale)
,那么

: 拿第一名纯粹是巧合,即理论意义上的走运。

: 如果不是,那么就是本事。

: 你选择吧,到底金融市场价格变化是否随机。



【在 R******e 的大作中提到】
: 金融市场价格变化,如果是理论意义上的随机过程,即是一个鞅(martingale),那么
: 拿第一名纯粹是巧合,即理论意义上的走运。
: 如果不是,那么就是本事。
: 你选择吧,到底金融市场价格变化是否随机。

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R*e
49
不空对空了,找一个标的,比如es或者其他的,先人工比比谁预判的准确率更高如何?

【在 g****t 的大作中提到】
: 金融游戏比你想象的复杂的多。好多功夫都在戏外。
: 例如你算一下,假如我有10万的本钱,你有5元,咱们扔理想的硬币,那么99.99%以上
: 的概率下,你多少轮输光?
: 假如是3个人玩,两个互相可以借钱.你就自己一个人。你又多少轮输光?
:
:
: 金融市场价格变化,如果是理论意义上的随机过程,即是一个鞅(
: martingale)
: ,那么
:
: 拿第一名纯粹是巧合,即理论意义上的走运。
:
: 如果不是,那么就是本事。

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R*e
50
找一个标的,比如es或者其他的,先人工比比谁预判的准确率更高如何?
或者大家编写程序实现算法比一比?

【在 w***g 的大作中提到】
: 走运也是一种本事。发财的,多少都有走运的成分。
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