用RNAseq比较转录组找基因，还有必要做qPCR吗？# Biology - 生物学
x*u
1 楼
今天刚查了状态，是Request for Evidence。请问这个通常是什么问题？会耽误很久吗
？谢谢！
？谢谢！
n*n
2 楼
以前microarray时代是一定要做qPCR来确认up/down regulation.不知道在RNAseq的时
代还有没有必要做？ 哪位高人有经验？ 我在literature里面没看到这方面的信息。
代还有没有必要做？ 哪位高人有经验？ 我在literature里面没看到这方面的信息。
s*t
3 楼
我的也是这种状态，马上就2周了。但是还没有受到任何信件。打电话问他们，他们只
是说让等。这帮人真是官僚的很。
我想在等2天，不行就要办加急了。
【在 x********u 的大作中提到】
: 今天刚查了状态，是Request for Evidence。请问这个通常是什么问题？会耽误很久吗
: ？谢谢！
是说让等。这帮人真是官僚的很。
我想在等2天，不行就要办加急了。
【在 x********u 的大作中提到】
: 今天刚查了状态，是Request for Evidence。请问这个通常是什么问题？会耽误很久吗
: ？谢谢！
t*d
4 楼
参考一下这个：
A major problem with validating RNA-Seq expression estimates is that there
is no clear 'gold standard' for expression estimation. Comparison of RNA-Seq
to microarrays has suggested that the former technology is more accurate
than the latter. We examined the recently published NanoString nCounter gene
expression system, but noticed many unexplainable outliers and high
variance between technical replicates (see Figure S4 of Additional file 1
and data in Additional file 2). Quantitative reverse transcription PCR (qRT-
PCR) has served as a benchmark in numerous studies but it is not a perfect
expression measurement assay, and it is therefore a priori unclear which
technology currently produces the most accurate expression estimates.
Nevertheless, at present we believe it to be the best measure of expression
aside from, perhaps, RNA-Seq itself. Due to the previously demonstrated
superiority of RNA-Seq over microarrays, and the problems with NanoString,
we performed all our benchmarking with respect to qRT-PCR.
PMID: 21410973
【在 n****n 的大作中提到】
: 以前microarray时代是一定要做qPCR来确认up/down regulation.不知道在RNAseq的时
: 代还有没有必要做？ 哪位高人有经验？ 我在literature里面没看到这方面的信息。
A major problem with validating RNA-Seq expression estimates is that there
is no clear 'gold standard' for expression estimation. Comparison of RNA-Seq
to microarrays has suggested that the former technology is more accurate
than the latter. We examined the recently published NanoString nCounter gene
expression system, but noticed many unexplainable outliers and high
variance between technical replicates (see Figure S4 of Additional file 1
and data in Additional file 2). Quantitative reverse transcription PCR (qRT-
PCR) has served as a benchmark in numerous studies but it is not a perfect
expression measurement assay, and it is therefore a priori unclear which
technology currently produces the most accurate expression estimates.
Nevertheless, at present we believe it to be the best measure of expression
aside from, perhaps, RNA-Seq itself. Due to the previously demonstrated
superiority of RNA-Seq over microarrays, and the problems with NanoString,
we performed all our benchmarking with respect to qRT-PCR.
PMID: 21410973
【在 n****n 的大作中提到】
: 以前microarray时代是一定要做qPCR来确认up/down regulation.不知道在RNAseq的时
: 代还有没有必要做？ 哪位高人有经验？ 我在literature里面没看到这方面的信息。
j*6
5 楼
你以前是不是用过CPT但是I-20表上没有反映出来?
j*3
6 楼
唉，其实很多人没做也投了，文章也收了
有钱的老板砸钱灌水而已
有钱的老板砸钱灌水而已
x*u
7 楼
从来没有办过啊。
【在 j******6 的大作中提到】
: 你以前是不是用过CPT但是I-20表上没有反映出来?
【在 j******6 的大作中提到】
: 你以前是不是用过CPT但是I-20表上没有反映出来?
S*l
8 楼
我觉得那是必须的。我们刚做了一个，也就80%是真的。。。。
【在 n****n 的大作中提到】
: 以前microarray时代是一定要做qPCR来确认up/down regulation.不知道在RNAseq的时
: 代还有没有必要做？ 哪位高人有经验？ 我在literature里面没看到这方面的信息。
【在 n****n 的大作中提到】
: 以前microarray时代是一定要做qPCR来确认up/down regulation.不知道在RNAseq的时
: 代还有没有必要做？ 哪位高人有经验？ 我在literature里面没看到这方面的信息。
c*a
9 楼
没办法跟他们急！！！：（
俺们打了电话加急，写了两封信加急，都被据了。我们能接触到的只是接线员，他们什
么都做不了，唉。
【在 s******t 的大作中提到】
: 我的也是这种状态，马上就2周了。但是还没有受到任何信件。打电话问他们，他们只
: 是说让等。这帮人真是官僚的很。
: 我想在等2天，不行就要办加急了。
俺们打了电话加急，写了两封信加急，都被据了。我们能接触到的只是接线员，他们什
么都做不了，唉。
【在 s******t 的大作中提到】
: 我的也是这种状态，马上就2周了。但是还没有受到任何信件。打电话问他们，他们只
: 是说让等。这帮人真是官僚的很。
: 我想在等2天，不行就要办加急了。
j*x
10 楼
参考这篇：
Griffith et al. Nature Methods. 2010 Oct;7(10):843-847
http://www.nature.com/nmeth/journal/v7/n10/full/nmeth.1503.html
Griffith et al. Nature Methods. 2010 Oct;7(10):843-847
http://www.nature.com/nmeth/journal/v7/n10/full/nmeth.1503.html
d*a
11 楼
我在申请Extension的时候遇到这种情况，两天后就收到了信件，是E Verify number填
错了。普通的OPT就不知道了。
【在 x********u 的大作中提到】
: 今天刚查了状态，是Request for Evidence。请问这个通常是什么问题？会耽误很久吗
: ？谢谢！
错了。普通的OPT就不知道了。
【在 x********u 的大作中提到】
: 今天刚查了状态，是Request for Evidence。请问这个通常是什么问题？会耽误很久吗
: ？谢谢！
C*h
12 楼
做了，更加增加数据的可靠性，可以发到更好的杂志。
数据越多越好。越有说服力。
【在 n****n 的大作中提到】
: 以前microarray时代是一定要做qPCR来确认up/down regulation.不知道在RNAseq的时
: 代还有没有必要做？ 哪位高人有经验？ 我在literature里面没看到这方面的信息。
数据越多越好。越有说服力。
【在 n****n 的大作中提到】
: 以前microarray时代是一定要做qPCR来确认up/down regulation.不知道在RNAseq的时
: 代还有没有必要做？ 哪位高人有经验？ 我在literature里面没看到这方面的信息。
j*6
13 楼
能不能上门去催....texas center就在我住的附近.我真想跑到门口去催...
M*k
14 楼
我实验室没做，也发了。
s*t
15 楼
是呀。更恼火的是，我打了3个电话，接线员说话都不清楚，而且很快。不知道是哪国
的人。按说应该是美国人呢，大白天的。
那你现在还在等， 还是批下来？
另外，多谢你的包子。
【在 c*******a 的大作中提到】
: 没办法跟他们急！！！：（
: 俺们打了电话加急，写了两封信加急，都被据了。我们能接触到的只是接线员，他们什
: 么都做不了，唉。
的人。按说应该是美国人呢，大白天的。
那你现在还在等， 还是批下来？
另外，多谢你的包子。
【在 c*******a 的大作中提到】
: 没办法跟他们急！！！：（
: 俺们打了电话加急，写了两封信加急，都被据了。我们能接触到的只是接线员，他们什
: 么都做不了，唉。
x*u
16 楼
你改好后，花多长时间被批的？谢谢！
【在 d*******a 的大作中提到】
: 我在申请Extension的时候遇到这种情况，两天后就收到了信件，是E Verify number填
: 错了。普通的OPT就不知道了。
【在 d*******a 的大作中提到】
: 我在申请Extension的时候遇到这种情况，两天后就收到了信件，是E Verify number填
: 错了。普通的OPT就不知道了。
s*k
17 楼
完了，我就是这样，i-20没显示我用过cpt。材料已经寄出去了，会有影响吗
【在 j******6 的大作中提到】
: 你以前是不是用过CPT但是I-20表上没有反映出来?
【在 j******6 的大作中提到】
: 你以前是不是用过CPT但是I-20表上没有反映出来?
v*5
18 楼
我今天去网上查也是这个状态，是今天刚转成的。。。真杯具，不知道要等多久！
【在 x********u 的大作中提到】
: 今天刚查了状态，是Request for Evidence。请问这个通常是什么问题？会耽误很久吗
: ？谢谢！
【在 x********u 的大作中提到】
: 今天刚查了状态，是Request for Evidence。请问这个通常是什么问题？会耽误很久吗
: ？谢谢！
c*a
19 楼
嗯，是我lg，他的今天批了，整整等了2个多月！！
这种自己什么都做不了只能等待的感觉真是种torture啊！！太绝望了。
祝你好运！！
【在 s******t 的大作中提到】
: 是呀。更恼火的是，我打了3个电话，接线员说话都不清楚，而且很快。不知道是哪国
: 的人。按说应该是美国人呢，大白天的。
: 那你现在还在等， 还是批下来？
: 另外，多谢你的包子。
这种自己什么都做不了只能等待的感觉真是种torture啊！！太绝望了。
祝你好运！！
【在 s******t 的大作中提到】
: 是呀。更恼火的是，我打了3个电话，接线员说话都不清楚，而且很快。不知道是哪国
: 的人。按说应该是美国人呢，大白天的。
: 那你现在还在等， 还是批下来？
: 另外，多谢你的包子。
j*6
20 楼
谢谢楼上的包子哈~~~~
d*a
21 楼
补交材料后过了差不多一个月批下来的。
【在 x********u 的大作中提到】
: 你改好后，花多长时间被批的？谢谢！
【在 x********u 的大作中提到】
: 你改好后，花多长时间被批的？谢谢！
o*e
22 楼
TNND，工作连个影子都没有， OPT倒是批的贼快，一个月不到学校国际学生办就通知去
领EAD卡。去网上一查状态还是INITIAL，开始还以为可能搞错了，结果却是真的。
领EAD卡。去网上一查状态还是INITIAL，开始还以为可能搞错了，结果却是真的。
j*6
23 楼
请问你是什么时候递交的申请?
【在 o*****e 的大作中提到】
: TNND，工作连个影子都没有， OPT倒是批的贼快，一个月不到学校国际学生办就通知去
: 领EAD卡。去网上一查状态还是INITIAL，开始还以为可能搞错了，结果却是真的。
【在 o*****e 的大作中提到】
: TNND，工作连个影子都没有， OPT倒是批的贼快，一个月不到学校国际学生办就通知去
: 领EAD卡。去网上一查状态还是INITIAL，开始还以为可能搞错了，结果却是真的。
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