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[求助]如何拟合NMR titration的数据？

[求助]如何拟合NMR titration的数据？# Biology - 生物学

z*u2011-12-14 08:12

1 楼

我一直是跟着老板做项目的，也没有机会接触其他的教授。Committee里连老板有3个教
授，另外2个教授都上过课，但是其实对我的research了解的不是很多，交流也不是太
多呀。
TA过一门课，但是授课的是lecturer不是professor，估计找他写推荐信分量不够吧..
请问大家有没有什么好的交易呢？
太谢谢了！

p*02011-12-14 08:12

2 楼

当时是50000的AE点数转到Delta账户，然后返回40%也就是20000点，到现在也没有受到
，当时是七月二十几号转的，
有收到的吗？
我发邮件都没有人回，是不是得打电话问？

w*62011-12-14 08:12

3 楼

Asus RT-N16 原先用番茄的Teddy Bear一个beta版本，USB啥都有，用的好好的。
我今天神经病发作，看见一个更新的版本：
tomato-K26USB-1.28.RT5x-MIPSR2-083V-BT-VPN
我就下载更新了。Speed Test 没问题，但是明显看所以的网站都特别慢，请问这是啥
问题呢？

a*v2011-12-14 08:12

4 楼

大家都是如何拟合滴定的数据呢？
在蛋白质浓度不足的情况下，只能滴加ligand的方式进行，这个时候蛋白质的浓度在不
断稀释，
因此不能用简单的y=B*x/(x+kd) 来拟合
大家是用什么软件，如何做的呢？

z*u2011-12-14 08:12

5 楼

p*02011-12-14 08:12

6 楼

有收到的吗？

c*g2011-12-14 08:12

7 楼

QOS?

C*m2011-12-14 08:12

8 楼

http://freedom7.swmed.edu/NMRView.htm
NMRView titration script

【在 a*****v 的大作中提到】

: 大家都是如何拟合滴定的数据呢？
: 在蛋白质浓度不足的情况下，只能滴加ligand的方式进行，这个时候蛋白质的浓度在不
: 断稀释，
: 因此不能用简单的y=B*x/(x+kd) 来拟合
: 大家是用什么软件，如何做的呢？

a*e2011-12-14 08:12

9 楼

如果你博士老板对你不管不问，你却依然想找发考题工作，那你真是全靠撞大运了。。。

【在 z**u 的大作中提到】

: 我一直是跟着老板做项目的，也没有机会接触其他的教授。Committee里连老板有3个教
: 授，另外2个教授都上过课，但是其实对我的research了解的不是很多，交流也不是太
: 多呀。
: TA过一门课，但是授课的是lecturer不是professor，估计找他写推荐信分量不够吧..
: 请问大家有没有什么好的交易呢？
: 太谢谢了！

f*o2011-12-14 08:12

10 楼

I am still waiting...

【在 p*****0 的大作中提到】

: 有收到的吗？

w*62011-12-14 08:12

11 楼

刚 enable 了 QOS，虽然不懂啥意思：）

【在 c*******g 的大作中提到】

: QOS?

a*v2011-12-14 08:12

12 楼

用ccpn做的数据，全转到NMRview里面貌似还挺麻烦的。
但是不管怎么样，要弄明白的问题，他们拟合的公式是什么？
是用protein和ligand加上化学位移的三数组拟合
还是把protein作为一个参数，用ligand浓度和化学位移进行拟合？

z*u2011-12-14 08:12

13 楼

不好意思，我没有太看明白。
所以，这个是建议我直接和老板商量是吗？

。。

【在 a****e 的大作中提到】

: 如果你博士老板对你不管不问，你却依然想找发考题工作，那你真是全靠撞大运了。。。

f*g2011-12-14 08:12

14 楼

me too

【在 f********o 的大作中提到】

: I am still waiting...

a*v2011-12-14 08:12

15 楼

用ccpn做的数据，全转到NMRview里面貌似还挺麻烦的。
但是不管怎么样，要弄明白的问题，他们拟合的公式是什么？
是用protein和ligand加上化学位移的三数组拟合
还是把protein作为一个参数，用ligand浓度和化学位移进行拟合？

【在 C*********m 的大作中提到】

: http://freedom7.swmed.edu/NMRView.htm
: NMRView titration script

a*e2011-12-14 08:12

16 楼

找发考题工作，博士老板的信是必须的。需要哪些人的推荐信，看你跟老板的关系来定
吧。大致有几类关系：
１）　跟博士老板不分彼此的，老板信箱都有你来打理的／做回复的。这种关系不用你
说，老板都会留你在身边，如果老板是大牛，帮你搞房顶／文章／谈牛毫无问题。
２）虽然跟老板没有（１）那么亲密，但很会迎合老板，工作也卖力，　彼此工作合作
还行。　那么可以跟老板商量找工作的事，听取他／她的建议。一般老板会写不错的信。
３）跟老板关系狠平淡，互相没啥交集。这种关系老板的推荐信也会很平淡。发考题希
望渺茫，全凭撞大运。
４）自以为是，跟老板及他喜欢的学生不对付，甚至彻底翻脸。这种关系是彻底没戏，
根本无法呆在学术界了。

【在 z**u 的大作中提到】

: 不好意思，我没有太看明白。
: 所以，这个是建议我直接和老板商量是吗？
:
: 。。

c*a2011-12-14 08:12

17 楼

我也还没有啊
等着转到CO去呢

【在 p*****0 的大作中提到】

: 当时是50000的AE点数转到Delta账户，然后返回40%也就是20000点，到现在也没有受到
: ，当时是七月二十几号转的，
: 有收到的吗？
: 我发邮件都没有人回，是不是得打电话问？

g*n2011-12-14 08:12

18 楼

NMRView，
Please also check this webpage.
http://www.chinanmr.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=11198

h*g2011-12-14 08:12

19 楼

你这“交易”是什么意思？

【在 z**u 的大作中提到】

f*o2011-12-14 08:12

20 楼

delta想赖帐
打电话过去说我晚了一天transfer point
跟他们搞了半天
然后给了25000sky mile
被用了50% bonus的promotion

【在 p*****0 的大作中提到】

C*m2011-12-14 08:12

21 楼

把peak intensity or peak volume 读出来，把浓度换算出来，自己用数学软件拟合就
是了。他们的公式不是写在script里面就是另外有manual，自己找一下。每个体系不一
样，他们的公式也未必适用你的

【在 a*****v 的大作中提到】

: 用ccpn做的数据，全转到NMRview里面貌似还挺麻烦的。
: 但是不管怎么样，要弄明白的问题，他们拟合的公式是什么？
: 是用protein和ligand加上化学位移的三数组拟合
: 还是把protein作为一个参数，用ligand浓度和化学位移进行拟合？

z*u2011-12-14 08:12

22 楼

十分感谢！！
不过我不是在担心老板本人的推荐信呀~ 推荐人不是一般有3-4个人？我是问其他的推
荐信怎么办...

信。

【在 a****e 的大作中提到】

: 找发考题工作，博士老板的信是必须的。需要哪些人的推荐信，看你跟老板的关系来定
: 吧。大致有几类关系：
: １）　跟博士老板不分彼此的，老板信箱都有你来打理的／做回复的。这种关系不用你
: 说，老板都会留你在身边，如果老板是大牛，帮你搞房顶／文章／谈牛毫无问题。
: ２）虽然跟老板没有（１）那么亲密，但很会迎合老板，工作也卖力，　彼此工作合作
: 还行。　那么可以跟老板商量找工作的事，听取他／她的建议。一般老板会写不错的信。
: ３）跟老板关系狠平淡，互相没啥交集。这种关系老板的推荐信也会很平淡。发考题希
: 望渺茫，全凭撞大运。
: ４）自以为是，跟老板及他喜欢的学生不对付，甚至彻底翻脸。这种关系是彻底没戏，
: 根本无法呆在学术界了。

c*a2011-12-14 08:12

23 楼

你什么时候转的？

【在 f********o 的大作中提到】

: delta想赖帐
: 打电话过去说我晚了一天transfer point
: 跟他们搞了半天
: 然后给了25000sky mile
: 被用了50% bonus的promotion

b*y2011-12-14 08:12

24 楼

When I did mine, my protein concentration change is less than 10% at the end
of titration vs the beginning. So I just ignore the change and assume it is
constant. Then I output chemical shift vs total ligand concentration and
did the curve fitting using nlinfit command in Matlab. In this case, the
equation is the one you described.
If the concentration of you protein changes much more than 10% at the end of
the titration, you certainly should use [protein], [ligand], and CS to fit
Kd. You can derive the equation yourself.

z*u2011-12-14 08:12

25 楼

【在 h**********g 的大作中提到】

: 你这“交易”是什么意思？

f*o2011-12-14 08:12

26 楼

7/27
register promotion 以后马上转的
他们说我是7/26转的
tnnd

【在 c*****a 的大作中提到】

: 你什么时候转的？

h*g2011-12-14 08:12

27 楼

如果想找发考题工作，推荐人基本上都是导师一手安排的。
如果他（她）没有计划，你成功的可能性就很小了。
如果你想和导师做交易，还是不要瞎折腾了。
如果你有才能，又有好的人品，导师自然会帮助你，除非
你遇到了极品导师。一般的导师都会努力帮助你。有没有
好的工作，要看你的命运，你的成就，和导师牛的程度了。
其实师生关系非常简单。大家都是人。将心比心。不要把
师生关系看成是雇佣关系，而是看成一种双赢的关系。一
切事情都会很简单。

【在 z**u 的大作中提到】

: 十分感谢！！
: 不过我不是在担心老板本人的推荐信呀~ 推荐人不是一般有3-4个人？我是问其他的推
: 荐信怎么办...
:
: 信。

i*n2011-12-14 08:12

28 楼

今天打点好说要再等一到两周

【在 p*****0 的大作中提到】

a*e2011-12-14 08:12

29 楼

"如果想找发考题工作，推荐人基本上都是导师一手安排的"。---- 精辟!
"如果你有才能，又有好的人品，导师自然会帮助你，"---- Not at all, don't be
too naive. 从人性角度说，没有几个教授真心喜欢学生超过自己的，除非他／她快翘
翘了。。。
"一般的导师都会努力帮助你 ...师生关系非常简单。"--- 完全不同意。跟老板的关系
其实非常复杂，因为他的每个学生都想出头做人上人，那么学生之间的倾轧直接影响到
的师生关系；　再者，师生之间的缘分也很影响，比如无论你如何做，老板都看你不顺
眼，这就是缘分。　世界上没有永远的好人，也没有永远的魔鬼。对Ａ来说是大恩人的
老板，可能对Ｂ就是毁掉人家一生的极品魔鬼。。。呵呵

【在 h**********g 的大作中提到】

: 如果想找发考题工作，推荐人基本上都是导师一手安排的。
: 如果他（她）没有计划，你成功的可能性就很小了。
: 如果你想和导师做交易，还是不要瞎折腾了。
: 如果你有才能，又有好的人品，导师自然会帮助你，除非
: 你遇到了极品导师。一般的导师都会努力帮助你。有没有
: 好的工作，要看你的命运，你的成就，和导师牛的程度了。
: 其实师生关系非常简单。大家都是人。将心比心。不要把
: 师生关系看成是雇佣关系，而是看成一种双赢的关系。一
: 切事情都会很简单。

p*02011-12-14 08:12

30 楼

电话号码是多少啊，难道我的也得黄了？

c*a2011-12-14 08:12

31 楼

希望赶得上9/30

【在 i****n 的大作中提到】

:
: 今天打点好说要再等一到两周

i*n2011-12-14 08:12

32 楼

就是skymiled的页面上的客服

【在 p*****0 的大作中提到】

: 电话号码是多少啊，难道我的也得黄了？

f*o2011-12-14 08:12