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【求教】用简并引物做PCR，是否需要增加引物的量？

【求教】用简并引物做PCR，是否需要增加引物的量？# Biology - 生物学

s*52012-01-04 08:01

1 楼

NSC
RD: 1/4/2012
PD: 08/2008
EAD/AP Approved: 2/14/2012
FP notice: 2/22/2012

C*r2012-01-04 08:01

2 楼

Tom Hardy确实是好演员

t*z2012-01-04 08:01

3 楼

本人正在用一组带有很多含糊的位点的引物做PCR，
比方说：CGRTCAKGATCGWCSATAGC
我也不知道怎么称呼，是“degenerate primer”吗？
我想，在PCR反应体系中，其实只有一小部分引物真正与我的模板相结合，
比如我的引物是：CGRTCAKGATCGWCSATAGC
我的模板序列是：CGATCAGGATCGACGATAGC
里面有四个位点是简并的，所以在引物溶液当中真正与模板完全匹配的引物分子不过是
总分子个数的16分之一。
虽说别的不完全匹配的引物分子也或多或少能够结合，但是总体说来，简并引物的结合
效率要低于正常引物吧。
所以我想，要用简并引物做好PCR，是否需要加多于正常量的引物，以保证溶液中匹配
的分子个数达到正常水平呢？
我在摸索PCR条件。本来引物浓度通常不会当做需要优化的条件之一的，但是现在我打
这方面主意了。
以上是我的猜测，不知真实情况怎么样？请有经验的前辈们指点！多谢大家，新年实验
顺利！

b*u2012-01-04 08:01

4 楼

恭喜。
FP什么时候收到信?
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

z*g2012-01-04 08:01

5 楼

Why not just run once? You will have your answer.

f*u2012-01-04 08:01

6 楼

恭喜

w*32012-01-04 08:01

7 楼

I used to use 10 times amount of primer (100 pmol) than regular PCR reaction
(10 pmol) and also ran at lower annealing temperature.

s*52012-01-04 08:01

8 楼

FP notice is received at the end of Jan.
Online EAD status update is received today. "On February 14, 2012, we
ordered production of your new card. Please allow 30 days for your card to
be mailed to you. If we need something from you we will contact you. If you
move before you receive the card, call customer service at 1-800-375-5283."

s*n2012-01-04 08:01

9 楼

像你这种情况正确引物的浓度不算低，annealing temperature是关键！

【在 t*****z 的大作中提到】

: 本人正在用一组带有很多含糊的位点的引物做PCR，
: 比方说：CGRTCAKGATCGWCSATAGC
: 我也不知道怎么称呼，是“degenerate primer”吗？
: 我想，在PCR反应体系中，其实只有一小部分引物真正与我的模板相结合，
: 比如我的引物是：CGRTCAKGATCGWCSATAGC
: 我的模板序列是：CGATCAGGATCGACGATAGC
: 里面有四个位点是简并的，所以在引物溶液当中真正与模板完全匹配的引物分子不过是
: 总分子个数的16分之一。
: 虽说别的不完全匹配的引物分子也或多或少能够结合，但是总体说来，简并引物的结合
: 效率要低于正常引物吧。