求mass spec高人指点# Biology - 生物学
l*o
1 楼
也许我在基督教上花的时间多了些（不是基督徒），总习惯于钻牛角尖。对于诸佛诸菩
萨的描述，不同佛经上有很多互相不一致的地方，比如阿弥陀佛的来历，观音的位格。
。。这些不bother你们吗？或者你们认可佛经本身可能有错误？
请指教，谢谢！
萨的描述，不同佛经上有很多互相不一致的地方，比如阿弥陀佛的来历，观音的位格。
。。这些不bother你们吗？或者你们认可佛经本身可能有错误？
请指教，谢谢！
L*e
2 楼
I am planning to prepare coIP samples and use mass spec to get a protein
binding profile. By comparing control and mutant groups, I am hoping to
find targets that are more disease relevant. I use magnetic beads for Co-IP.
Now here comes the questions:
Would it be good enough to just use SDS buffer for elution? I know this is
the case if my next step is western blotting.
If not, would an acidic glycine buffer followed by a basic buffer (Tris-HCl
) be sufficient since this only results elution of native protein complexes?
What are the other methods you recommend for removing the SDS from protein
samples in addition to running them on a gel? Columns?
Thank you!!!!
binding profile. By comparing control and mutant groups, I am hoping to
find targets that are more disease relevant. I use magnetic beads for Co-IP.
Now here comes the questions:
Would it be good enough to just use SDS buffer for elution? I know this is
the case if my next step is western blotting.
If not, would an acidic glycine buffer followed by a basic buffer (Tris-HCl
) be sufficient since this only results elution of native protein complexes?
What are the other methods you recommend for removing the SDS from protein
samples in addition to running them on a gel? Columns?
Thank you!!!!
P*S
3 楼
观世音菩萨根据众生的因缘可以有各种化现。比如圣母玛利亚是观世音菩萨的化现也不
是没有可能的。
您说佛经不一致好像不太对。但对同一段佛经，不同人有不同解释挺正常的。“佛以一
音演说法,众生随类各得解。”
【在 l***o 的大作中提到】
: 也许我在基督教上花的时间多了些（不是基督徒），总习惯于钻牛角尖。对于诸佛诸菩
: 萨的描述，不同佛经上有很多互相不一致的地方，比如阿弥陀佛的来历，观音的位格。
: 。。这些不bother你们吗？或者你们认可佛经本身可能有错误？
: 请指教，谢谢！
是没有可能的。
您说佛经不一致好像不太对。但对同一段佛经，不同人有不同解释挺正常的。“佛以一
音演说法,众生随类各得解。”
【在 l***o 的大作中提到】
: 也许我在基督教上花的时间多了些（不是基督徒），总习惯于钻牛角尖。对于诸佛诸菩
: 萨的描述，不同佛经上有很多互相不一致的地方，比如阿弥陀佛的来历，观音的位格。
: 。。这些不bother你们吗？或者你们认可佛经本身可能有错误？
: 请指教，谢谢！
L*e
4 楼
anyone ......?
IP.
HCl
complexes?
【在 L*******e 的大作中提到】
: I am planning to prepare coIP samples and use mass spec to get a protein
: binding profile. By comparing control and mutant groups, I am hoping to
: find targets that are more disease relevant. I use magnetic beads for Co-IP.
: Now here comes the questions:
: Would it be good enough to just use SDS buffer for elution? I know this is
: the case if my next step is western blotting.
: If not, would an acidic glycine buffer followed by a basic buffer (Tris-HCl
: ) be sufficient since this only results elution of native protein complexes?
: What are the other methods you recommend for removing the SDS from protein
: samples in addition to running them on a gel? Columns?
IP.
HCl
complexes?
【在 L*******e 的大作中提到】
: I am planning to prepare coIP samples and use mass spec to get a protein
: binding profile. By comparing control and mutant groups, I am hoping to
: find targets that are more disease relevant. I use magnetic beads for Co-IP.
: Now here comes the questions:
: Would it be good enough to just use SDS buffer for elution? I know this is
: the case if my next step is western blotting.
: If not, would an acidic glycine buffer followed by a basic buffer (Tris-HCl
: ) be sufficient since this only results elution of native protein complexes?
: What are the other methods you recommend for removing the SDS from protein
: samples in addition to running them on a gel? Columns?
l*o
5 楼
哦，对不起，大概是我理解错了。
我看wiki，
http://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%98%BF%E5%BC%A5%E9%99%80%E4%BD%
各佛经所说的阿弥陀佛身世背景不一样，
《妙法莲华经》：阿弥陀佛、阿閦佛与释迦牟尼佛，在过去世中，皆是大通智胜佛的十
六个儿子之一，因修行《妙法莲华经》而成就[21]。
《悲华经》：阿弥陀佛过去世中，出生在删提岚国土，名为无诤念王，因其大臣宝海的
劝告，随宝藏如来修行，又名无量净。他生有千子，其长子不眴后来成为观世音菩萨，
次子尼摩则成为大势至菩萨，其后诸子为文殊师利、普贤、阿閦佛等。其大臣宝海即为
释迦牟尼佛的前世[22]。
《观佛三昧海经》：在过去世中，在空王佛门下有四个比丘，阿弥陀佛为第三比丘，因
修行念佛法门而成就[23]。
《阿弥陀鼓音声王陀罗尼经》：阿弥陀佛出生于清泰国土，为转轮圣王月上之子，其母
为殊胜妙颜，其子为月明[24]。
《佛说济诸方等学经》：在离垢〔火佥〕成就功称如来至真等正觉在世时，阿弥陀佛的
前世为净命比丘，释迦牟尼佛的前世为为法比丘。净法比丘一心宣扬空法，毁谤净命比
丘，最后堕入地狱。因此释迦牟尼在五浊恶世成道，而阿弥陀佛在净土成道[25]。
《一向出生菩萨经》：阿隬陀佛为大转轮王持火之子，名为不思议胜功德，他在宝功德
威宿劫王如来门下，因修持入无边门陀罗尼而成就[26]。
。。。
这是指不同前生的事，所以不矛盾，对吧？
【在 P****S 的大作中提到】
: 观世音菩萨根据众生的因缘可以有各种化现。比如圣母玛利亚是观世音菩萨的化现也不
: 是没有可能的。
: 您说佛经不一致好像不太对。但对同一段佛经，不同人有不同解释挺正常的。“佛以一
: 音演说法,众生随类各得解。”
我看wiki，
http://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%98%BF%E5%BC%A5%E9%99%80%E4%BD%
各佛经所说的阿弥陀佛身世背景不一样，
《妙法莲华经》：阿弥陀佛、阿閦佛与释迦牟尼佛，在过去世中，皆是大通智胜佛的十
六个儿子之一，因修行《妙法莲华经》而成就[21]。
《悲华经》：阿弥陀佛过去世中，出生在删提岚国土，名为无诤念王，因其大臣宝海的
劝告，随宝藏如来修行，又名无量净。他生有千子，其长子不眴后来成为观世音菩萨，
次子尼摩则成为大势至菩萨，其后诸子为文殊师利、普贤、阿閦佛等。其大臣宝海即为
释迦牟尼佛的前世[22]。
《观佛三昧海经》：在过去世中，在空王佛门下有四个比丘，阿弥陀佛为第三比丘，因
修行念佛法门而成就[23]。
《阿弥陀鼓音声王陀罗尼经》：阿弥陀佛出生于清泰国土，为转轮圣王月上之子，其母
为殊胜妙颜，其子为月明[24]。
《佛说济诸方等学经》：在离垢〔火佥〕成就功称如来至真等正觉在世时，阿弥陀佛的
前世为净命比丘，释迦牟尼佛的前世为为法比丘。净法比丘一心宣扬空法，毁谤净命比
丘，最后堕入地狱。因此释迦牟尼在五浊恶世成道，而阿弥陀佛在净土成道[25]。
《一向出生菩萨经》：阿隬陀佛为大转轮王持火之子，名为不思议胜功德，他在宝功德
威宿劫王如来门下，因修持入无边门陀罗尼而成就[26]。
。。。
这是指不同前生的事，所以不矛盾，对吧？
【在 P****S 的大作中提到】
: 观世音菩萨根据众生的因缘可以有各种化现。比如圣母玛利亚是观世音菩萨的化现也不
: 是没有可能的。
: 您说佛经不一致好像不太对。但对同一段佛经，不同人有不同解释挺正常的。“佛以一
: 音演说法,众生随类各得解。”
o*p
6 楼
IP.
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Samples can be separated on a gel and subsequently cleaned up to remove SDS.
HCl
complexes?
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Changing the pH works, but usually denatures proteins. I used to do elutions
with ammonium hydroxide (pH>10). It is both efficient and convenient. It
can be removed simply by speed vac.
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Filter assisted sample preparation (FASP) is a popular choice.
【在 L*******e 的大作中提到】
: I am planning to prepare coIP samples and use mass spec to get a protein
: binding profile. By comparing control and mutant groups, I am hoping to
: find targets that are more disease relevant. I use magnetic beads for Co-IP.
: Now here comes the questions:
: Would it be good enough to just use SDS buffer for elution? I know this is
: the case if my next step is western blotting.
: If not, would an acidic glycine buffer followed by a basic buffer (Tris-HCl
: ) be sufficient since this only results elution of native protein complexes?
: What are the other methods you recommend for removing the SDS from protein
: samples in addition to running them on a gel? Columns?
P*S
7 楼
一个可以是不同世。另外一个可以是不同的化身。佛经读多了之后，你就会发现本师释
迦牟尼佛的情况更不可思议。
初地菩萨我记得就能显现一百个化身，更不要说佛了。
圣经里的三位一体是比较难解释的问题。佛经里对于佛的法报化三身解释得相当清楚。
如果明白了佛的法报化三身，解释三位一体就变得非常简单了。
【在 l***o 的大作中提到】
: 哦，对不起，大概是我理解错了。
: 我看wiki，
: http://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%98%BF%E5%BC%A5%E9%99%80%E4%BD%
: 各佛经所说的阿弥陀佛身世背景不一样，
: 《妙法莲华经》：阿弥陀佛、阿閦佛与释迦牟尼佛，在过去世中，皆是大通智胜佛的十
: 六个儿子之一，因修行《妙法莲华经》而成就[21]。
: 《悲华经》：阿弥陀佛过去世中，出生在删提岚国土，名为无诤念王，因其大臣宝海的
: 劝告，随宝藏如来修行，又名无量净。他生有千子，其长子不眴后来成为观世音菩萨，
: 次子尼摩则成为大势至菩萨，其后诸子为文殊师利、普贤、阿閦佛等。其大臣宝海即为
: 释迦牟尼佛的前世[22]。
迦牟尼佛的情况更不可思议。
初地菩萨我记得就能显现一百个化身，更不要说佛了。
圣经里的三位一体是比较难解释的问题。佛经里对于佛的法报化三身解释得相当清楚。
如果明白了佛的法报化三身，解释三位一体就变得非常简单了。
【在 l***o 的大作中提到】
: 哦，对不起，大概是我理解错了。
: 我看wiki，
: http://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%98%BF%E5%BC%A5%E9%99%80%E4%BD%
: 各佛经所说的阿弥陀佛身世背景不一样，
: 《妙法莲华经》：阿弥陀佛、阿閦佛与释迦牟尼佛，在过去世中，皆是大通智胜佛的十
: 六个儿子之一，因修行《妙法莲华经》而成就[21]。
: 《悲华经》：阿弥陀佛过去世中，出生在删提岚国土，名为无诤念王，因其大臣宝海的
: 劝告，随宝藏如来修行，又名无量净。他生有千子，其长子不眴后来成为观世音菩萨，
: 次子尼摩则成为大势至菩萨，其后诸子为文殊师利、普贤、阿閦佛等。其大臣宝海即为
: 释迦牟尼佛的前世[22]。
L*e
8 楼
OMG~~~~~~~~~
LOVE IT!
Thanks!!!!!
SDS.
elutions
【在 o******p 的大作中提到】
:
: IP.
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: Samples can be separated on a gel and subsequently cleaned up to remove SDS.
: HCl
: complexes?
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: Changing the pH works, but usually denatures proteins. I used to do elutions
: with ammonium hydroxide (pH>10). It is both efficient and convenient. It
: can be removed simply by speed vac.
LOVE IT!
Thanks!!!!!
SDS.
elutions
【在 o******p 的大作中提到】
:
: IP.
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: Samples can be separated on a gel and subsequently cleaned up to remove SDS.
: HCl
: complexes?
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: Changing the pH works, but usually denatures proteins. I used to do elutions
: with ammonium hydroxide (pH>10). It is both efficient and convenient. It
: can be removed simply by speed vac.
S*G
9 楼
这不算什么啊，佛教各宗派之间的一些分歧甚至否定才是让人比较难以直视的。
K*S
10 楼
LOL, orbitrap
SDS.
elutions
【在 o******p 的大作中提到】
:
: IP.
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: Samples can be separated on a gel and subsequently cleaned up to remove SDS.
: HCl
: complexes?
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: Changing the pH works, but usually denatures proteins. I used to do elutions
: with ammonium hydroxide (pH>10). It is both efficient and convenient. It
: can be removed simply by speed vac.
SDS.
elutions
【在 o******p 的大作中提到】
:
: IP.
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: Samples can be separated on a gel and subsequently cleaned up to remove SDS.
: HCl
: complexes?
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: Changing the pH works, but usually denatures proteins. I used to do elutions
: with ammonium hydroxide (pH>10). It is both efficient and convenient. It
: can be removed simply by speed vac.
S*G
11 楼
话说回来，基督教圣经在不少外人看来是一番鬼扯，基督教徒还不是一样信得不亦乐乎
，宗教的本质不外如是。
，宗教的本质不外如是。
L*e
12 楼
lol
what was that ......profile pic?
【在 K******S 的大作中提到】
: LOL, orbitrap
:
: SDS.
: elutions
what was that ......profile pic?
【在 K******S 的大作中提到】
: LOL, orbitrap
:
: SDS.
: elutions
N*n
13 楼
基督教的父与子，争个不休，不是个清静的。
x*2
14 楼
Orbitrap是一种mass spectrometer
你的样品可以用Orbitrap分析，也可以用其它的mass spectrometer
KingofMS回帖的意思是：三楼回你帖的人用户名叫Orbitrap，真好玩儿
话说你可以多和KingofMS聊聊，他对mass spectrometer的各种应用非常了解
你的样品可以用Orbitrap分析，也可以用其它的mass spectrometer
KingofMS回帖的意思是：三楼回你帖的人用户名叫Orbitrap，真好玩儿
话说你可以多和KingofMS聊聊，他对mass spectrometer的各种应用非常了解
h*n
15 楼
这个是因为佛教里面讲的佛，菩萨等都是有三身的。什么意思呢？
三身是指法身，报身，和化身。其中法身才是佛和菩萨心的安住地，才是佛教说的佛，
报身和化身都是为了帮助众生，必须出生，或者显现在他们能看到和交流的世界里的。
而且对于同一个佛或者菩萨，报身和化身可以很多很多。我们因为还没有解脱轮回，我
们觉受里面自己当然只有一个，但是对于佛和菩萨来说报身和化身同时可以非常多。
佛教里讲我们这个人类世界只是轮回世界的一部分，还有非物质世界等很多世界。我们
这个世界就是一个化身世界，对于同一个佛和菩萨可以有非常众多的化身，可以在我们
现在这个人类世界出生很多个化身，张三是某某菩萨的化身，李四还可以是某某菩萨的
化身。
呵呵，对于佛来说，他却可以自称从来没有出现在我们的世界，因为他指的是自己的法
身。这样你才能理解佛经里记载的佛说自己从未说法，其实释迦摩尼讲了几十年的法。
他自己却说，没讲过，因为他要开示给最高悟性的众生，佛是法身，不是显现在大家面
前这个化身佛。
只要一个众生达到初地菩萨，再谈论他在一个化身世界里的来历就没有意义了。一个初
地菩萨可以同时有100个化身。
【在 l***o 的大作中提到】
: 也许我在基督教上花的时间多了些（不是基督徒），总习惯于钻牛角尖。对于诸佛诸菩
: 萨的描述，不同佛经上有很多互相不一致的地方，比如阿弥陀佛的来历，观音的位格。
: 。。这些不bother你们吗？或者你们认可佛经本身可能有错误？
: 请指教，谢谢！
三身是指法身，报身，和化身。其中法身才是佛和菩萨心的安住地，才是佛教说的佛，
报身和化身都是为了帮助众生，必须出生，或者显现在他们能看到和交流的世界里的。
而且对于同一个佛或者菩萨，报身和化身可以很多很多。我们因为还没有解脱轮回，我
们觉受里面自己当然只有一个，但是对于佛和菩萨来说报身和化身同时可以非常多。
佛教里讲我们这个人类世界只是轮回世界的一部分，还有非物质世界等很多世界。我们
这个世界就是一个化身世界，对于同一个佛和菩萨可以有非常众多的化身，可以在我们
现在这个人类世界出生很多个化身，张三是某某菩萨的化身，李四还可以是某某菩萨的
化身。
呵呵，对于佛来说，他却可以自称从来没有出现在我们的世界，因为他指的是自己的法
身。这样你才能理解佛经里记载的佛说自己从未说法，其实释迦摩尼讲了几十年的法。
他自己却说，没讲过，因为他要开示给最高悟性的众生，佛是法身，不是显现在大家面
前这个化身佛。
只要一个众生达到初地菩萨，再谈论他在一个化身世界里的来历就没有意义了。一个初
地菩萨可以同时有100个化身。
【在 l***o 的大作中提到】
: 也许我在基督教上花的时间多了些（不是基督徒），总习惯于钻牛角尖。对于诸佛诸菩
: 萨的描述，不同佛经上有很多互相不一致的地方，比如阿弥陀佛的来历，观音的位格。
: 。。这些不bother你们吗？或者你们认可佛经本身可能有错误？
: 请指教，谢谢！
x*2
16 楼
lol是
laughing out loud
的简写
laughing out loud
的简写
L*e
17 楼
谢谢，您的指点！
【在 x**2 的大作中提到】
: Orbitrap是一种mass spectrometer
: 你的样品可以用Orbitrap分析，也可以用其它的mass spectrometer
: KingofMS回帖的意思是：三楼回你帖的人用户名叫Orbitrap，真好玩儿
: 话说你可以多和KingofMS聊聊，他对mass spectrometer的各种应用非常了解
【在 x**2 的大作中提到】
: Orbitrap是一种mass spectrometer
: 你的样品可以用Orbitrap分析，也可以用其它的mass spectrometer
: KingofMS回帖的意思是：三楼回你帖的人用户名叫Orbitrap，真好玩儿
: 话说你可以多和KingofMS聊聊，他对mass spectrometer的各种应用非常了解
z*1
18 楼
没做过MASS SPEC,但据说一般coIP时用双tag比较好，用peptide置换洗脱，这样特异性
好，比较容易成功。
好，比较容易成功。
S*s
19 楼
1.FLAG-HA double tag->stable cell line
2.Flag elute/HA elute
3.send out for MS sequencing
IP.
HCl
complexes?
【在 L*******e 的大作中提到】
: I am planning to prepare coIP samples and use mass spec to get a protein
: binding profile. By comparing control and mutant groups, I am hoping to
: find targets that are more disease relevant. I use magnetic beads for Co-IP.
: Now here comes the questions:
: Would it be good enough to just use SDS buffer for elution? I know this is
: the case if my next step is western blotting.
: If not, would an acidic glycine buffer followed by a basic buffer (Tris-HCl
: ) be sufficient since this only results elution of native protein complexes?
: What are the other methods you recommend for removing the SDS from protein
: samples in addition to running them on a gel? Columns?
2.Flag elute/HA elute
3.send out for MS sequencing
IP.
HCl
complexes?
【在 L*******e 的大作中提到】
: I am planning to prepare coIP samples and use mass spec to get a protein
: binding profile. By comparing control and mutant groups, I am hoping to
: find targets that are more disease relevant. I use magnetic beads for Co-IP.
: Now here comes the questions:
: Would it be good enough to just use SDS buffer for elution? I know this is
: the case if my next step is western blotting.
: If not, would an acidic glycine buffer followed by a basic buffer (Tris-HCl
: ) be sufficient since this only results elution of native protein complexes?
: What are the other methods you recommend for removing the SDS from protein
: samples in addition to running them on a gel? Columns?
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