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请教在细胞质里的转录因子该如何研究？

请教在细胞质里的转录因子该如何研究？# Biology - 生物学

l*n2012-02-12 08:02

1 楼

不会耕地，不知道怎么挖地，今天突然有个想法，不过被老公否决了，我想问问大家可
行否？不要笑话我。
家里有不要的bookshelf，我想把它倒下来，放到后院里，里面填土，然后种东西，刚
好是一格一格的，也不用分了，可以吗，老公说木头会烂，不好，我看到有人专门用木
头搭出这种格子来种东西的呢，感觉书柜放下来简直刚刚好啊！当时还有点小得意,哈
哈
update：楼下的都说可以，我准备执行了，要不要地面挖个坑稍微埋进去点，还是直
接平放在草地上呢，原本后面那块板要去掉吗？

s*t2012-02-12 08:02

2 楼

我在研究一个转录因子。它作为转录因子在细胞核内的功能已经比较清楚了，而我发现
它主要在细胞质里面分布，纯化其在细胞质里面的interaction蛋白，发现其相互作用
蛋白主要是一个E3 ligase， Ubr4.
请教这样该如何进一步研究？还是说没有什么有意思的？
谢谢

l*12012-02-12 08:02

3 楼

挺聪明的！不过已经有人这么干了，那个人就是咱6区的，猜猜是谁？

M*n2012-02-12 08:02

4 楼

这个TF不用的时候是不是ubiquitinated,然后降解?
用的时候转运到核里面？
所以在胞质里面有一个pool？这样总比用到的时候在翻译省点时间。

【在 s*********t 的大作中提到】

: 我在研究一个转录因子。它作为转录因子在细胞核内的功能已经比较清楚了，而我发现
: 它主要在细胞质里面分布，纯化其在细胞质里面的interaction蛋白，发现其相互作用
: 蛋白主要是一个E3 ligase， Ubr4.
: 请教这样该如何进一步研究？还是说没有什么有意思的？
: 谢谢

j*u2012-02-12 08:02

5 楼

我觉得很好啊，

k*o2012-02-12 08:02

6 楼

E3 ligase估计是给这TF的turnover起作用的。

t*g2012-02-12 08:02

7 楼

很聪明的想法

h*n2012-02-12 08:02

8 楼

我做那个转录因子也差不多这样，有事胞核有时胞浆，在胞浆内会被泛素化讲解

l*n2012-02-12 08:02

9 楼

真的可行吗？那我就执行啦，谢谢大家，不过会有什么缺点吗？

s*t2012-02-12 08:02

10 楼

嗯嗯，十有八九就是这样的。
既然如此，是不是就不值得研究了啊？我们这主要是研究转录因子在stem cell的功能
，主要做ChIP seq。
如果是在细胞质里面，又和E3在一起，是不是功能就显而易见了，不值得花时间去研究
啊？
如果值得研究，意义何在呢？如何入手？
谢谢！

【在 M*****n 的大作中提到】

: 这个TF不用的时候是不是ubiquitinated,然后降解?
: 用的时候转运到核里面？
: 所以在胞质里面有一个pool？这样总比用到的时候在翻译省点时间。

i*e2012-02-12 08:02

11 楼

原本后面的板一定要去掉！这是俺弄了4个书架 bed 的经验教训！

s*t2012-02-12 08:02

12 楼

那你做没做在细胞质的功能？如何入手？
谢谢。
我这个转录因子绝大部分都在细胞质里面呢，只有小部分在核内，奇怪。转录因子是在
核里面才有功能啊，放那么多在细胞质里面不是太浪费了咩

【在 h****n 的大作中提到】

: 我做那个转录因子也差不多这样，有事胞核有时胞浆，在胞浆内会被泛素化讲解

l*12012-02-12 08:02

13 楼

木头会烂，但是一、两年应该没问题的。姜狗就是这么干的。

【在 l*******n 的大作中提到】

: 真的可行吗？那我就执行啦，谢谢大家，不过会有什么缺点吗？

s*s2012-02-12 08:02

14 楼

这个很正常啊，便于调控，没啥特别的

【在 s*********t 的大作中提到】

: 那你做没做在细胞质的功能？如何入手？
: 谢谢。
: 我这个转录因子绝大部分都在细胞质里面呢，只有小部分在核内，奇怪。转录因子是在
: 核里面才有功能啊，放那么多在细胞质里面不是太浪费了咩

c*p2012-02-12 08:02

15 楼

这个很好啊，我朋友就这么干，我觉着下面要再戳几个洞更好

l*12012-02-12 08:02

16 楼

Please go to
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2518226/
>Overall, our results suggest that PUB22 and PUB23 coordinately control a
drought signaling pathway by ubiquitinating cytosolic RPN12a in Arabidopsis.
Subcellular Localization
The sGFP cDNA clone was fused in-frame to the 59 end of the full-length
PUB22 and PUB23 coding region and ligated into the pBI221 transient
expression vector. The sGFP-PUB22 and sGFP-PUB23 fusion constructs
were transformed into protoplasts prepared from wild-type Arabidopsis
seedlings by polyethylene glycol treatment (Kim et al., 2004). The expression
of sGFP-PUB22 and sGFP-PUB23 was monitored at 16 h after
transformation. Fluorescence images were viewed with confocal microscopy
(LSM META 510;Carl Zeiss). sGFP and rice (Oryza sativa)Os TRBF1,
which is localized in the nuclei, were used as specificity controls.
Gel Filtration Chromatography
Fourteen-day-old seedlings were homogenized in nuclear grinding buffer
consisting of 100 mM MOPS (pH 7.6), 5% Dextran T-40, 2.5% Ficoll, 250
mM sucrose, 10 mM MgCl2, 2 mM phenylmethylsulfonyl fluoride, and 13
protease inhibitor cocktail (Roche). The extract was then passed over two
layers of mesh and centrifuged at 1000g for 10 min to harvest the
supernatant (cytosol) and pellet (nuclear). The pellets were washed twice
with nuclear grinding buffer plus 0.1% Triton X-100. The nuclear fraction
was dissolved in nuclear grinding buffer and sonicated twice for 15 s
Cytosolic and nuclear fraction extracts were passed through a 0.2-mm
filter before loading onto a Sephacryl s300 gel filtration column (Hiprep
16/60; GE Healthcare). Gel filtration experiments were performed as
described (Kim et al., 2001).
Ps:
//www.wikigenes.org/e/gene/e/850613.html

【在 s*********t 的大作中提到】